明神宗萬歷元年（一五七三）：初，俞大猷移鎮福建福、興、泉、漳、延、建、邵武、福寧并浙江金、溫地方。方議攻賊澎湖，忽有新倭自漳、泉趨福寧，大猷遣兵追之；將及，副將鄧之屏促向澎湖，新倭猝入烽火寨，殺把總去（名山藏俞大猷傳）。

八年（一五八〇）九月，日本犯浙江韭山及福建澎湖東涌（明史）。

三十二年（一六〇四）七月，福建人李錦、潘秀、郭震久居大泥，與和蘭人習。其酋麻韋郎欲通貢市，錦為畫策，奪澎湖嶼而守之；因賄高寀，使上請于天子。酋善之，錦乃為大泥國王書移寀及守將，俾秀、震赍以來。守將陶拱圣大駭，白當事，系秀于獄；震不敢入。而酋已駕三大艘直抵澎湖，伐木筑舍，為久居計。錦亦潛入漳州偵探，當事亦系之獄。已乃令三人諭其酋還國，將校詹獻忠持檄與俱。獻忠多攜幣帛食物，覬酋厚酬。錦等又依違其詞，酋不肯去。采已遣人索賄三萬金，許為代奏。會都司沈有容自請往諭。有容負膽智，大聲論說。其下人露刃相詰，有容盛氣與辯，無所懾。酋心折，乃曰：『我從不聞此言』。時巡撫徐學聚嚴禁奸民下海，犯者必誅；接濟路窮，酋無所得食，即索取所予寀金，揚帆去。錦等皆伏罪（明紀）。

四十七年（一六一九）四月，漳州府奸民李新僭號「洪武」，結海寇袁八老等率兵黨千余人流劫焚毀，勢甚猖獗。巡撫王士昌檄副將紀元憲、沈有容等領兵討平之（通鑒綱目三編）。

熹宗天啟五年（一六二五）九月，海賊劉香寇福建（明史）。

七年（一六二七）六月，海寇鄭芝龍等犯福建銅山、中左所等處（明史紀事本末）。

懷宗崇禎元年（一六二八）正月，工科給事顏繼祖劾福建總兵俞咨皋下獄。初，巡撫朱欽相招撫海寇楊六、楊七等；鄭芝龍求返內地，楊六紿其金，不為通，遂流劫海上。繼祖上言：『海盜鄭芝龍生長于泉，聚徒數萬，劫富施貧，民不畏官而畏盜。總兵俞咨皋招撫之議，實飽賊囊。舊撫朱欽相聽其收海盜楊六、楊七以為用，而咨皋招之海即置之海，今日受撫，明日為寇。昨歲中左所之變，楊六、楊七杳然無蹤，咨皋始縮舌無辭，故閩帥不可不去也』。疏入，逮咨皋下于理（明史紀事本末）。

三月，禁漳、泉人販海。芝龍掠福建、浙江海上（明史紀事本末）。

七月，兵部議招海盜鄭芝龍。九月，芝龍降于巡撫熊文燦。工科給事顏繼祖言『芝龍既降，當責其報效』。從之。初，俞咨皋招楊六、楊七降，獨芝龍猖獗如故。芝龍敗都司洪先春，釋不追；獲一游擊，不殺；咨皋戰敗，縱之走。當事知其可撫，遣使諭之。癸未，芝龍降。會朝命布政使熊文燦為巡撫，文燦善遇芝龍，使為己用：先后擊擒李魁奇，蹙鍾斌于大洋投海死，海警遂息（明史紀事本末、明紀）。

二年（一六二九）二月，海盜李魁奇伏誅。魁奇本鄭芝龍同黨，芝龍忌之，擊斬粵中。

四月，廣東副總兵陳廷對約鄭芝龍剿盜。芝龍戰不利，歸閩。不數日，寇大至，犯中左所近港；芝龍又敗，寇夜薄中左所（以上明史紀事本末）。

七月末，吉了警至，人心奔潰。當事汲汲圖近守之策；有以專守閩安鎮為言者，以此鎮最狹，可設銃墻、設木牌也（崇相集）。

三年（一六三〇），紅夷據澎湖，犯漳、海澄、中左所，入廈門（蔡忠烈年譜）。

四年（一六三一）正月，上召廷臣及各省監司于平臺，問福建布政使吳楊、陸之祺備御海寇之策（明史紀事本末）。

平遠賊鍾凌秀與弟復秀聚千眾于連子山銅鼓嶂。

二月，賊掠永平寨，殺官軍二百有奇，守備、千百戶、把總皆死。旋札黃峰隘，知府林聯綬調兵御之；指揮嚴明被執，千戶劉堯、百戶張機不屈死。

賊突出瑞金縣，札南門岡，為鄉豪張振熙、僧守貞所敗；盡棄輜重，徒手趨還楊家巷。林守懲前敗，不發兵堵截。賊復收殘孽，整隊而出。官兵御之，指揮王應官、張大倫、把總王國佐、賴思養、賴君遷、曹緯咸敗死。次日，巡道顧元鏡復遣指揮韋某、百戶張耀接援。韋聞敗先竄，張戰死。

九月，督撫熊文燦提兵入汀會剿。時賊舍杭武，徑出廣東，襲始興縣，破之；羽書告急。奉旨，諭熊會贛、廣兩院合剿。熊乃率鄭芝龍親兵駐上杭。

十月，參將鄭芝龍師駐三河壩，督官兵搗賊巢；遇賊于丙村，斬馘三百余人。次日，賊迎戰，又斬賊三百余級。陳二總乞降，不許，并斬之，焚其巢而還。

五年（一六三二），鄭芝龍追賊至石窟都。鍾凌秀以賊二百受撫。

二月，鍾凌秀弟復秀叛，招余黨三百余，焚掠藍屋驛；復由淥水潭至回龍岡，焚劫甚酷。巡道顧元鏡遣百戶賴其勛等御之，戰死。謝志良追兵亦至，戰敗，死者百人。賴明照亦陷陣死。

四月，顧元鏡自上杭率千總劉良機、材官郭之英、陳望正、把總黃基昌、蔡聯芳等往雩都、興國，會鄭芝龍兵大剿。

八月，顧元鏡同總兵陳廷對、同知黃色中屯程鄉，搗賊巢（以上臨江匯考）。

九月，海盜劉香老（一但作香）寇福建，巡撫都御史鄒維璉遣游擊鄭芝龍擊破之（明紀）。

十一月，海盜劉香老犯小埕，游擊鄭芝龍擊走之。

六年（一六三三）六月，海盜劉香老犯長樂（以上明鑒會纂）。

紅夷襲陷廈門城，大掠。鄒維璉急發兵水陸并進，參政曾櫻請用鄭芝龍為軍鋒。芝龍焚其三舟，官軍傷亦眾。寇乃泛舟大洋，轉掠青港、荊嶼、石灣。巡撫御史路振飛懸千金勵將士；諸將御之銅山，連戰數日始敗去（明紀）。

七年（一六三四）四月，先是鍾凌秀既降復叛，為鄭芝龍所擒；其黨潰入長汀，轉掠江西屬邑，芝龍屢敗賊。會福建有紅夷之患，劉香乘之，連犯閩、廣沿海邑。總督兩廣侍郎熊文燦不能討，議招憮。漳州知府施邦曜縶香母以誘賊，賊陽許之；乃令參政洪云蒸、副使康承祖，參將夏之本、張一杰入賊舟宣諭，云蒸等俱被執。文燦懼罪，奏諸臣信賊自陷。給事中朱國棟效之，帝令戴罪自效（明紀）。

八年（一六三五）四月，福建游擊鄭芝龍合粵兵擊劉香老于田尾遠洋。劉脅被執兵備道洪云蒸出船止兵；大呼曰：『我矢死報國，亟擊勿失』！遂遇害。香老勢蹙，自焚溺死。康承祖、夏之本、張一杰脫歸。八月，香老家屬六十余人、部屬千余人至黃華降于溫處參軍（明史紀事本末）。

十三年（一六四〇）八月，加福建參將鄭芝龍署總兵。芝龍既俘劉香老，海氛頗息；又以海利交通朝貴，浸以大顯（明史紀事本末）。

十七年（一六四四）三月，督撫張肯堂移鎮漳州。初，十五、六年間，南安、仙游之賊嘯聚日繁。既而漳南群盜復起：梁良、賴祿之徒攻城圍邑，馳驟于龍巖、漳平、永定、平和之間，西及汀、贛；崔鷹、鍾亮、華祝、方安之徒奔軼破撅。至是，將軍鄭芝龍請先趨云霄取葉、方，廓清浦南之道；然后回戈，西取梁、賴，南并崔、鍾，使上下援絕。肯堂不從；請芝龍西扼南靖，斷梁、賴之道，出別將取葉、方。鄭既趨南靖，塞山城、五峰諸口，梁、賴諸部皆不得反里舍。別遣洪中軍出云霄。時方久雨，葉、方日偵師期，將南走并于崔、鍾。鄭已先遣施中軍西走間道，出大埔、普寧，云將搗崔、鍾，陰遣人豢葉、方，使詣降自贖。葉、方相顧，正趙趄間，諸部落已漸散去。方安跳身就系；葉祝率數百眾將從崔鷹，遂為施中軍所得。于是洪中軍亦出石梯嶺，搜諸洞，擒獲諸部首，而浦南道清。時梁、賴西去圍永定，又進圍龍巖、漳平，焚掠橫甚。鄭欲西上角逐，肯堂不從。亡何，諸賊黨苦野次失其巢穴，不得越南靖，時時就鄭請命。鄭亦佯寬之曰：『爾稔毒勢不俱全，能有所誅夷，自效可耳』。未幾，梁、賴有隙。梁良見勢絀，暴死。賴祿欲自拔，率數千人求見鄭。鄭顧部將當陣擒之，俘馘數千，諸大腦以七宿著號者各反手就縛。不數日，崔鷹亦敗。施中軍所俘馘稱是，生得崔鷹。先后破除諸盜賊十百起，近不踰旬朔、遠不過歲時；所用軍儲不過萬余耳（黃漳浦集）。

四月，按院陸清源出牌云：『照得謀國不臧，賊遺君父，正主憂臣死之日』云云。人見之愕然。蓋煤山之變，已有密探也（榕城紀聞）。

八月，封鄭芝龍安南伯。

十月，以鄭芝龍為總兵官，鎮守福建等處（以上甲申日記）。

福王弘光元年（一六四五）二月，芝山靈源閣災。舊讖有云：『火燒靈源閣，三山作戰場』；邑人大懼。閩中自此不靖矣（榕城紀聞）。

五月，清使江南御史黃熙胤招撫福建。熙胤，晉江人，與鄭芝龍同里。芝龍密遣使通款（三藩紀事本末）。

六月，唐王監國福京，閏月即皇帝位（甲申日記作七月），以七月以后為隆武元年。唐王名聿鍵，小字長壽，太祖子唐定王桱之后。崇禎五年襲位，年三十一矣。九年秋八月，京師戒嚴，王率護軍勤王，汝南道周以興制之不聽。至裕州，巡按御史楊繩武以聞，旨下切責；下部議，廢為庶人，安置鳳陽高墻。十七年三月北都陷，南京福王立，改元弘光，以明年為元年；唐王赦出高墻，禮臣請復王爵不許。十一月，命徙駐廣西之平樂府。明年（即弘光元年）五月，行抵杭州，而南都已覆。王勸潞王監國，不聽。時鎮江總兵鄭鴻逵、戶部侍郎何楷、戶部郎中蘇觀生胥會于杭，遂奉王入閩。六月甲戌，次浦城。閏六月癸未，福建各官迎謁于水口驛。南安伯鄭芝龍、禮部尚書黃道周、福建巡撫張肯堂、巡撫御史吳春枝等三箋勸進，王出御用銀一百五十兩令有司葺行宮，勿擾民。丁亥，至福州監國，建行在太廟、社稷。時鄭芝龍擁兵驕悍，鴻逵欲王早正位以系人心，芝龍猶豫弗決。群臣多言監國名正，建號宜遲；不報。十五日，祭告天地祖宗，即位南郊，以福建為福京、福州為天興府、布政司為行殿、福州府為國子監；大赦，稱號隆武。追尊皇考為皇帝、妣為皇后，遙上福王尊號曰圣安皇帝。鴻逵封定虜侯，尋晉定國公；芝龍封平虜侯，尋晉平國公；其弟芝豹封澄濟伯，鄭彩永勝伯；并賜號奉天翊運中興宣力定難守正功臣。芝龍部將施天福武毅伯、洪旭忠振伯、林習山忠定伯、張進忠匡伯、陳輝忠靖伯，鴻逵部將陳豹忠勇侯、林察輔明侯。以黃道周為吏部尚書武英殿大學士，蘇觀生為吏部右侍郎兼東閣大學士，福建巡撫張肯堂為兵部尚書兼左都御史，何楷為戶部尚書，四川按察使曹學佺為禮部尚書兼蘭臺館學士，福建巡按御史吳春枝為兵部右侍郎兼右副都御史，周應期為刑部尚書，鄭瑄為工部尚書，黃錦為禮部右侍郎。閩設八巡撫。何吾騶、蔣德璟、黃景昉、朱繼祚、林欲楫、姜曰廣、吳甡、高弘圖、路振飛、曾櫻、鄭三俊、熊開元、黃鳴俊、顧錫疇、陳子壯、林增志、李先春、陳洪謐、王錫袞、陳奇瑜等，皆遙授閣輔，戎車轉側至者數人。林增志、李先春先至，同入閣辦事；然不令票旨，皆王親為之。王性素儉，少遭患難；既即位，慨然以復仇雪恥為務，布衣蔬食，不御酒肉。敕司禮監：行宮不以金玉玩好陳設，器用磁錫；幃幄被褥皆布帛，絕無錦繡。后宮無嬪妃，御執事者三十人而已。中宮懿旨選女廚十人，王聞之，以為擾民，不許。勤于聽政，批閱章奏，丙夜不休。上書陳言軍國大事者，輒以手詔答之。素好讀書，博通典故，手撰三詔與魯監國書，群臣皆莫能及。重風節，重文學；收召名士，不次擢用。其志欲大有為于天下，而阨于時勢。感路振飛舊恩，募能致者賞千金，給五品秩（殘明宰輔年表、南疆繹史、明紀、清白士集、海上見聞錄、榕城紀聞、三藩紀事本末、小腆紀年）。

六月，浙東張國維、朱大典、孫嘉績、方逢年等迎魯王監國紹興。時浙西已降附，清兵方在江楚；吏部侍郎楊廷麟、兵部侍郎萬元吉、國子祭酒劉同升等以義師往來捍御，克復吉安、臨江等處。遂加廷麟兵部尚書兼東閣大學士，賜劍便宜從事；元吉副都御史，總督江西、湖廣諸軍；以同升為南贛巡撫。時唐王優禮鄭氏，以閩事屬之ｏ芝龍長子森入見，奇其表，賜國姓，改名成功，命提督禁旅，以駙馬都尉體制從事。芝龍議陳戰守事宜，自仙霞關外當守者計百余處，應設守兵若干。其戰兵以今冬簡練，明春出關，一出浙東、一出江右，計兵二十余萬。合閩、粵餉不支一年，仍請于兩稅正供內米一石預借銀一兩，令群臣捐俸，勸紳士輸助，察府縣歷年積榖銀兩未解者悉催赴行在，遣侍郎科道征發。吏部主事王兆熊兼御史督御餉急迫，不輸者，榜其門曰「不義」；于是閭里騷然矣。芝龍又請清理寺田，可得餉八十萬，王不聽。戶部侍郎李長蒨請廣開事例，從之。無論廝養隸卒，皆得給札授官。猶苦餉不足，守關兵僅數百人，率疲癃不堪用。設儲賢館，定十二科取士，以蘇觀生領之；已而招徠者多挾邪士，王亦厭罷。王以盜賊之興，皆由貪吏虐民，欲效高皇帝之法懲之。建陽知縣沈囗〈火豦〉貪酷被劾，特敕誅之，輔臣申救，不聽；由是人稍知懼。廷臣日請出關，王屢戒征期，芝龍輒以餉絀為辭。會賜宴大臣，芝龍自以侯爵欲位首輔上，黃道周爭以祖制武職無班文臣右者，終先道周，芝龍鞅鞅不悅。道周知芝龍無意視師，乃自請出關，號召義旅，且藉以聯何騰蛟圖恢復；王許之。請兵請餉，芝龍皆不應，僅給羸卒千人，賚一月餉，赍空敕數百道而行。時七月辛未也（南疆繹史、清史紀事本末、海上見聞錄、小腆紀年）。