臺中逃官及難民抵澎湖，澎協將弁皆倉皇失措，以為一貴將長驅至，亦各出眷屬登舟，將竄廈門。右營守備林亮請主將掣回登舟各家屬，諸將猶豫未決；亮按劍厲聲曰：『朝廷以海外封疆付我等，今鋒刃未血而相率委去，他日駢首市曹，寧能免乎？丈夫不死則已，死則死忠義耳！請整兵配船守要害，俟賊至決一死戰。戰不捷，公等歸亦未晚』。乃馳出江干，申主將令，拔佩刀驅官民眷屬各登岸，人心始固。時水師提督施世驃駐廈門，見難民船日至甚眾，始知臺變。而郡中文武竄至澎湖，喘息稍定，然后具文申報至廈，世驃即日率師出港。總督覺羅滿保疾馳抵廈門，咨檄南澳鎮總兵藍廷珍。而廷珍條上進兵事宜之書至，所議悉與吻合，大喜曰：『吾調此君，平臺得人矣』！責成巡撫呂猶龍調餉佐軍，使廷珍總統渡臺，水陸兵八千、船四百（一作六百）艘，會提督合兵進剿。六月一日師行，滿保躬造海濱送之。廷珍意氣激昂，從容語總督曰：『草寇不足煩區處，某一登彼岸，即可奏報蕩平也』。初十日，抵澎湖，適降將吳良受一貴命謀取澎湖，赴世驃營前詐降。事覺訊之，盡吐黨中情形，知其黨內亂，一貴、君英互爭雄長，謀相攻，百姓不附。廷珍言于世驃曰：『群盜皆烏合不足憂。但眾至三十萬，誅之不勝誅，且多殺無益；宜張示止殲渠魁，余勿問。則人人有生之樂、無死之心，可不血刃平也』。世驃然之，并戒將士登岸之日無得妄殺。十三日發澎湖，以守備林亮、千總董方為前鋒，并率善水者十余駕小舟同前鋒先行，于鹿耳門表記沙路，并載旗幟伏南北港。時賊以大炮扼險迎拒。十六日，舟師至鹿耳門外，先鋒林亮、董芳以六舟冒死直進，遙望炮臺火藥累積；專以炮注攻，中之，轟發如雷，守臺者死無數。眾軍齊集兩港，悉樹大軍旗幟；潮水漲高八尺，廷珍率四百余艘連檣并進，直渡鯤身。敵將蘇天威退保安平鎮，與城守鄭定瑞列隊迎拒。林亮、董芳復先登陷陣，廷珍督大隊繼之，蘇、鄭敗走，廷珍入鎮城。次日，世驃始至。敵二次來犯，皆為廷珍擊退。十八日，游擊魏天錫等以輕舟載鎗炮、硝磺、烈焰于涂擊埕、水仔尾等處燒賊巨艦。十九日，朱一貴遣李勇、吳外等率賊數萬，駕牛車列盾為陣，復犯安平，賊目翁飛虎率所部烏龍旗冒炮火沖突。廷珍督戰于二鯤身，而林亮等別以小舟載炮附岸夾攻，斬溺無算。自是，一貴等退入府治不敢出。有西港民某愿導兵由西港暗渡，出府治之背攻其巢；世驃遣亮、芳等以兵千二百往。次日，廷珍知其事，乃急言于世驃曰：『西港距府不遠，呼召立應，又多竹林可埋伏；彼若以數千人分布要害，四面掩擊，亮等一軍危矣。宜遣將統大軍繼其后，方可萬全』。世驃曰：『誰當此者』？廷珍曰：『非他人所能往，某不敢辭』。二十一日，率水師五千五百余，夜指西港進發。黎明在竿寮（一作官寮）鄉登岸，令空舟悉回安平。諸將請其故，廷珍曰：『示軍士必死無還心，今日戰勝、明日直抵府治耳』。會敵在蘇厝田，與林亮等正激戰，廷珍嚴陣設伏而進。敵望見曰：『此老藍旗幟也』！驚而潰。是夜，駐犁頭標，料敵眾必乘夜劫營，伏兵大敗之。比曉抵城下，敵數萬遁去。廷珍夜入城，秋毫無犯，民大悅；時二十三日也。自進兵至此，裁七日耳，遂復府治。廷珍報捷廈門，而世驃先于軍中奏捷矣。世驃亦同抵城，獲殺害歐陽凱、許云、羅萬倉之楊泰、黃龍、陳碧三人，各付其子歐陽敏、許方度、羅世正等自行處死。
閏六月，總兵官藍廷珍復分遣官兵擴清南北二路。游擊劉得紫亦自賊中拔歸大營，請為鄉導；淡水營守備陳策率援淡水之兵南下諸羅，與大軍合。北路賊黨潰散殆盡。朱一貴走匿諸羅縣尾溝莊（一作灣里溪），為村民擒獻。惟逆黨杜君英、杜會三（君英子）、陳福壽、江國論等尚未獲；廷珍購得一二，皆善待之，使轉招其黨。旬日，先后出降，與朱一貴皆檻送京師，磔死。又緝捕鹽水港、紅毛寮、石壁寮、下淡水、竹仔腳等處土匪，分別正法，人心大定。其敗逃之游擊周應龍及棄臺逃回之臺廈道梁文煊、同知王禮、臺灣知縣吳觀棫，諸羅知縣朱夔俱訊明伏法。知府王珍剖棺梟示；游擊張彥賢等亦解任，審明定擬。先是，朝廷得世驃捷奏，大喜，賜東珠朝帽、黃帶四團龍補服；又擢淡水營守備陳策為臺灣鎮總兵，加左都督藍廷珍仍總兵，留臺灣彈壓（以上平臺紀略、圣武記、皇朝武功紀盛、二希堂文集、東溟文后集、臺灣志略、清史紀事本末）。
七月，福建巡撫呂猶龍奏報：總督覺羅滿保丁母憂。得旨：臺灣新經恢復，一切整頓地方及調補官員等事急需料理，滿保著在任守制。
水師提督施世驃奏：臺灣所屬南北兩路地方，距府治遙遠；臣抵臺灣，隨調參將林政等帶兵進剿南路，游擊林秀等帶兵進征北路，再遣游擊朱文等直趨北路朱羅山后追捕賊黨。今據林政等報，南路賊眾與臺灣耕種粵民構難，于六月十九日在漫莊地方被粵民殺敗。迨官軍繼至，乘勢追捕，賊目鄭廷瑞等已被千總阮欽、杷總李興盛等擒殺，余伙盡皆逃散。據林秀等報，北路賊眾于六月二十八日在大木降地方被官兵截殺，死者甚多，余眾悉降（以上東華錄）。
八月十三日，臺地怪風暴雨，屋瓦齊飛；風雨中流火條條，竟夜燭天。海水驟漲，所泊臺港大小船擊碎殆盡，或飄上平陸。拔大樹，傾墻垣。翌日霽，郡無完宅，壓溺者千數。以風災奏聞，發帑開倉大賑。施世驃終夜露立風雨中，疾作，以九月十五日卒于軍。事聞，給還所降之級，并加宮保。所借藩庫銀一萬兩，著賞給，不必償還。調廣東提督姚堂代其任。時廷議移臺鎮總兵于澎湖，而設陸地副將于府治，裁水陸兩中營歸內地。廷珍力爭不可，提臣姚堂亦以為言。乃仍令總兵鎮臺、副將駐澎，特命滿漢御史各一員歲巡臺灣，察民疾苦（平臺紀略、圣武記）。
十月，上諭大學士等：臺灣駐扎之兵，不可令臺灣人頂補，俱將內地之人頂補。兵之妻孥毋令帶往，三年一換。每年自京派出御史一員前往臺灣巡查，凡有應條奏事宜亦可條奏。至地方事務，御史不必管理（東華錄）。
冬，命擇臺臣廉靜有才識者往巡視臺灣，黃玉圃承命以行（望溪集）。
免臺灣等三縣風災額賦有差（東華錄）。
六十一年（一七二二）六月，以石文焯署福建巡撫。
十月，以黃國材為福建巡撫，以李樹德為福州將軍。
十二，著宜兆熊前赴福州，署理將軍事務（以上東華錄）。
世宗雍正元年（一七二三）正月，臺灣逸盜楊合謀作亂，總兵藍廷珍遣兵捕獲之，余黨悉散（臺灣舊志）。
四月，中營千總何勉獲逸賊王忠等，伏誅。忠等，一貴余黨，逃傀儡內山。廷珍令外委鄭國佐、林天成召番通事章旺入內山諭番眾，不許窩留；于是忠等不敢復入番界。勉備歷險阻，訪知蹤跡，遂擒忠及劉富生、陳郡等解省正法。詔授勉守備，尋升北路營參將，準襲兩世拖沙喇哈番（臺灣舊志）。
增設縣一，曰彰化；并增設淡水廳（同上）。
設淡水同知主北路捕務，與彰化知縣同城（沈文肅公奏議）。
八月，兵部議敘福建官兵克復臺灣功。得旨：總督滿保著兼兵部尚書職銜，提督施世驃著給與世襲一等阿達哈哈番，總兵官藍廷珍著給與世襲三等阿達哈哈番；水師營副將許云陣亡，著給與世襲拜他喇布勒哈番；參將羅萬倉、游擊游崇功俱系陣亡，著給世襲拖沙喇哈番；總兵官歐陽凱著追贈太子少保，參將林亮著給拜他喇布勒哈番，游擊董芳、守備何勉俱著給拖沙喇哈番。
三年（一七二五）正月，浙閩總督滿保奏：臺灣陳阿難、益難等六社生番歸化，每歲照例以鹿皮代稅。下部知之。
三月，覺羅滿保奏：臺灣及山后七十四社生番歸化。
添設福建臺灣府及彰化縣儒學教諭，諸羅縣羅漢門地方歸臺灣縣轄。
七月，以宜兆熊為福建總督，調毛文銓為福建巡撫。
十月，調高其倬為閩浙總督。
四年（一七二六）七月朔，諭：毛文銓奏福建闕米，有土棍搶米之事。此省上年奏稱豐收，并未云荒歉。且據黃國材稱，福建積榖見有一百六十余萬石，而毛文銓乃奏請于江西采買米石。黃國材、毛文銓當日兩人之交代，種種不清可知矣。滿保、黃國材在福建多年，諸事善于掩蓋彌縫，或毛文銓被其所愚耳。至福建地處極邊，米榖應作何貯備，著九卿會議具奏。尋議福建地處海濱，福、興、泉、漳四府人多田少，皆仰給臺灣之米；自嚴禁奸商販米出境之后，民食常苦不足。雍正二年，奉旨飭發臺灣倉榖每年碾米五萬石運赴泉、漳平糶，今請再動正項錢糧，運米十萬石存貯邊海地方。至臺灣商販任許至福、泉等府貿易，其米船出入海口，設禁巡防，應令該督撫另行詳議（以上東華錄）。
是年，臺灣水沙連社番骨宗等戕殺民命，總督高其倬遣臺灣道吳昌祚、北路參將何勉討之，尋擒賊正法（臺灣舊志）。
六年（一七二八）正月，調朱綱為福建巡撫（東華錄）。
七年（一七二九）二月，高其倬檄臺灣道孫國璽、臺灣鎮王郡討平山豬毛社番（臺灣舊志）。
設福建觀風整俗使一，從禮部右侍郎蔡世遠請也。劉師恕補授內閣學士，為福建觀風整俗使。
三月，高其倬遵旨題覆：原任臺灣府鳳山縣知縣蕭震，向因命案遲延，經前撫臣題參革職。查蕭震居官勤力，人亦樸直。但因伊父母年俱八十，時時思憶，精神漸減，以致辦理不及從前，請革職留任。得旨：凡官員等有父母年高而補授略遠地方者，經朕聞知，皆曲體其情，改用近地，使之便于迎養，或得音問時通。蕭震既有八旬之父母，該督撫即應據實陳奏，俾得遂其私情，專心辦理公事，方為大臣愛養人材之道；乃隱不奏聞，致罹削職，甚為屈抑。蕭震著回籍省親后來京赴部引見，朕再降諭旨。
命高其倬來京陛見，以史貽直署福建總督（以上東華錄）。
八年（一七三〇）七月，臺灣地震；八月十日又震（東溟文后集）。
九年（一七三一）十二月，彰化大甲西社番林武力等聚眾為亂，臺灣鎮呂瑞麟討之（東溟文后集、臺灣舊志）。
十年（一七三二）三月，鳳山流民吳福生乘北路番變未靖，與商大概等謀搶陴頭。總兵王郡遣游擊李榮應援。福生等于二十八日夜焚岡山營，二十九日復焚舊社汛，四月三日夜聚攻陴頭。王郡探知陴頭賊熾，四月，留中營游擊黃貴守府治，自率兵夜發。五日辰刻抵陴頭，即與參將侯元勛等三路夾攻，自辰至未，戰數合，賊大潰。越數日、福生、大概等三十余賊俱擒獲，解省伏誅。六月，總督郝玉麟調呂瑞麟回府治，王郡升任福建陸路提督，討大甲西社番林武力等，尋擒獲正法。凡四閱月，北路平（同上）。
十三年（一七三五）十月，彰化柳樹湳、登臺莊生番肆出焚殺，副將靳光瀚、同知趙奇芳緝獲眉加臘社番巴里鶴阿尉等正法（臺灣舊志）。
臺灣平后，雍正年間有請建城垣者。諭云：臺灣非內地比，此次之易于收復，亦因賊無險可據；設有城垣，賊必負隅抗拒，更費兵力矣（郎潛紀聞二筆）。
——錄自福建通紀卷十四。