五十一年（一七一二）二月，浙閩總督范時崇等列款糾參革職福建提督藍理貪婪酷虐，流毒士民，應請拏究。十一月，上命侍郎覺和托等將藍理帶往福建會審。至是，覺和托察審藍理霸市抽稅，婪臟累萬，被害不止一家，流毒已極，應擬斬立決。得旨：藍理應依議處斬，但在臺灣澎湖對敵之時，奮勇向前，著有勞績，著從寬免死，調取來京入旗（以上東華錄）。
五十二年（一七一三），以臺灣軍興，減免福建各屬田租（石渠余紀）。
五十四年（一七一五）十一月，以覺羅滿保為福建浙江總督。
十二月，調陳璸為福建巡撫。
五十五年（一七一六）五月，福建浙江總督覺羅滿保奏：據臺灣鎮道詳報：南北生番四千七百余口傾心向化，愿同熟番內附。得旨：著地方官加意撫恤，倘有侵沒擾害者，該督撫即行指名奏參，從重治罪。
五十七年（一七一八）二月，免福建臺灣等三縣去年旱災額賦有差。
五月，兵部議準福建浙江總督覺羅滿保奏臺灣一郡有極沖口岸九處，應修筑炮臺十一座，內中路之鹿耳門為全臺咽喉出入要口、安平鎮為臺灣水師三營駐扎之所，舊有紅毛城一座，見在補筑城垣，其余等處亦見在修葺；有次沖口岸十五處，應修炮臺一十八座。再查澎湖地方實為臺灣門戶、金廈藩籬，有極沖口岸四處，內如媽祖澳原有新城一座，見在修葺，其余等處應筑炮臺七座；有次沖口岸五處，應筑炮臺三座，酌撥官兵巡守。北路之淡水、雞籠為販商要路，又為臺郡后門，向系臺郡水師左營汛地，并未安兵屯駐；請于臺灣各營額兵內酌量抽調兵五百名、戰船六只，設立淡水營，令北路營參將管轄，并請移興化城守右營守備駐防淡水，于臺鎮標中營撥千總一員、臺協左營撥把總一員為淡水營千總，每年輪流分防雞籠。從之。
以呂猶龍為福建巡撫（以上東華錄）。
五十九年（一七二〇）十月朔，臺灣地大震。十二月八日又震十余日，房屋傾倒，居民多壓死（東溟文后集）。
六十年（一七二一）四月，臺灣民朱一貴作亂，總兵官歐陽凱、水師副將許云、南路參將苗景龍、游擊劉得紫、游崇功、千總陳元等死之。一貴，長泰人，小名祖；游手無藝，好結奸宄。于康熙五十二年充臺廈道轅役被革，居母頂草地，飼鴨為生。其鴨旦暮編隊出入，愚民異之。無賴過者，輒款延烹鴨具饌，務盡歡。時承平日久，守土恬熙。臺灣知府王珍兼攝鳳山縣令，委政次子，稅斂苛虐。以風聞濫捕結會及私伐山木者二百余人，株連需索，民不堪其擾。于是鳳山縣民黃殿、李勇、吳外、鄭定瑞等謀變，曰：『今地方官但知沈湎摴蒱耳，兵民瓦解；欲舉大事，此其時乎』！以一貴朱姓，可托明裔。十九日，遂奉以起事，稱「中興大元帥」，率眾數百夜襲岡山塘汛。二十一日，警報至郡，總兵官歐陽凱集將弁議出兵。中營游擊劉得紫請行，不許令右營游擊周應龍以兵四百及新港、目加留灣、蕭壟、麻豆四社土番往。應龍軀干魁偉，議論風生，故主兵重之。是日微雨，應龍率兵番行五里即止，翌日再進十五里。一貴已于是夜出檳榔林劫防汛，戕把總，掠軍械；而應龍隔一水不往救。一貴乃旁掠四出，南路民杜君英等起應之。二十二日，應龍兵至小岡山遇賊，千總陳元、把總吳益等奮力掩擊，一貴敗走入山。應龍收兵弗追，扎二濫，但傳令懸賞購殺賊者。土番性兇殘殺良民，縱火燔民居，死者無數，人心激忿，各鄉樹幟響應。于是杜君英、陳福壽、劉國基起淡水，郭國正、翁義起草潭，戴穆、江國論起下埤頭，林曹、杜騫、林璉起新園，王忠起小琉琉，皆約一貴攻府治。君英合眾襲南路參將苗景龍于下淡水，景龍敗死。二十五日，應龍聞警往救，日行十五里。越日遇敵于赤山、君英、一貴兩路夾攻之。方激戰，應龍遽以后隊退，陳元陣歿、吳益創重佯死、周應被擒、李碩負傷走，而應龍竟回府治。一貴大隊隨之，郡中大震。二十七日，歐陽凱、劉得紫、許云共率師千有五百出御，列營春牛浦以待。忽軍中夜驚，鎮兵四散。二十八日黎明稍集，然人無戰心。逾日，敵兵大至；許云躍馬陷陣，敵大敗。時水師游擊游崇功以兵入鹿耳門赴援，遇臺廈道梁文煊、知府王珍等眷屬登舟，嘆曰：『官者兵民之望，官眷逃則人心散，大事去矣』！麾眾馳春牛浦。五月一日，一貴、君英合隊來犯。鎮兵忽內亂，把總楊泰綽號達家勇者先通賊，刺歐陽凱墜馬死；劉得紫被執，許云、游崇功等十余人皆死。水師游擊張彥賢、王鼎等率兵千余人、戰船四十余艘揚帆出澎湖，應龍復遁歸內地，臺道文煊以下盡奔澎湖。
一貴既入臺郡，北路賊賴池、張岳等同日陷諸羅，參將羅萬倉（一作蒼）死之。凡七日而全臺盡失。時臺中賊黨剽掠村社，半在線下多被蹂躪，所未至者惟南崁以北爾。淡水營守備陳策團練義勇，固守要害，擒殺亂民范景文等；又率淡水村義民侯觀德、李直三等以鄉兵破一貴賊數萬，斬獲萬許。諸羅義民陳徽等亦起兵攻復縣治，旋為賊陷。陳策遣人赴澎廈請兵。一貴等開府庫。有紅毛樓者，故荷蘭據臺時所筑，舊名赤嵌城；后鄭氏以貯軍火，四十年來莫有啟者。至是發之，得大小炮位、槍彈、硝磺、銅鐵無算。一貴乃自稱中興王，號永和元年；大封其眾國師、太師、公、侯、都督、將軍、尚書、總兵以下千計，優伶衣冠，輝煌道上。民間為之謠曰：『頭戴明朝帽，身穿清朝衣；五月稱永和，六月還康熙』。蓋當日雖婦人孺子，亦知其不久也。