二十四年（一八四四）三月，劉韻珂等奏：臺灣嘉義縣巨匪洪協等糾眾豎旗謀逆，并有已革武生郭崇高合伙起事，所糾匪黨約共二千余人。經該鎮、道等督同各員弁帶兵剿捕，接戰六次，殺斃賊匪一千余名，將首逆洪協及股首杯孕等先后拏獲。又嘉義縣匪徒李安等糾匪滋事，經營、縣往拏，擒獲多名。奉諭：辦理尚屬妥速，所有已獲各犯，著飭該鎮道取訊確供，即在臺灣地方分別正法；其在逃之股首郭崇高、劉取、葉周、余朝，仍著上緊嚴拏，務獲懲辦，毋任漏網。
二十五年（一八四五）三月，調吳其浚為福建巡撫。
八月，調鄭祖琛為福建巡撫（以上東華錄）。
二十七年（一八四七））九月諭：福建臺灣道熊一本著撤回內地酌補，所遺員缺著徐宗干補授（斯未信齋文編）。
十月劉韻珂奏：履勘臺灣水沙連六社番地，體察各社番情，據實覆奏。奉諭：該生番輸誠獻地，固由不諳耕種，謀食維艱，欲求內附。惟利之所在，日久弊生，生番合壞而居，不能不與漢民交易。日后官吏控馭，偶或失宜，即易激生事端。國家開辟邊境，計劃必周；與其輕議更張而貽患于后，不若遵例封禁而遏利于先。所議自系籌及久遠，未肯遷就目前。且此項番地，舊以土牛為界，乾隆年間復立石碑，例禁綦嚴；自應恪遵舊章，永昭法守。該督所請六社番地歸官開墾之處，著毋庸議（東華錄）。
九月初十日，淡水颶風大作，大雨滂沱；至十四日稍息。大加蚋、芝蘭、三貂、石定等四保，同時被水，倒壤民房，淹斃人口甚多；蓋藏米粟悉被漂流，橋道塘汛亦多沖塌（斯未信齋文編）。
十一月初八日辰刻，臺灣郡城地震，由南而北，較往年為重（同上）。
——錄自福建通紀卷十六。
文宗咸豐元年（一八五一）三月，閩浙總督裕泰奏：漳、泉會匪已獲要犯多名，現在提省審辦，并密派委員赴臺查禁私礦（東華錄）。
澎湖廳初四日至初六日風霾大作，刮起海水，遍地飛灑，土人稱為咸雨；瘠土皆成斥鹵。最重之處，所種雜糧苗葉枯萎，收成無望（斯未信齋文編）。
四月，修福建臺灣廠戰船，從總督裕泰請也（東華錄）。
五月，以王懿德為福建巡撫（王靖毅年譜），以季芝昌為閩浙總督（東華錄）。
呂恒安、徐宗干奏：澎湖廳上年晚收歉薄，本年三月復猝被風霾，以致雜糧枯萎，民情倍形拮據；業經會商于道庫提銀二千兩，又撥銀三千兩，委員解往該廳，查明分別撫恤。
振福建澎湖廳被風災民。
八月，以辦理福建噶瑪蘭開墾出力，予通判朱材哲等升賞有差。
九月，閩浙總督兼署福建巡撫季芝昌因病賞假；以調任福州將軍裕瑞兼署閩浙總督、布政使慶瑞暫護福建巡撫。
十月，緩征福建臺灣澎湖被風霾咸雨災民地種、船網滬繒銀（以上東華錄）。
臺匪洪紀等糾黨樹旗謀反，以紅布條各掛襟紐為號；先在嘉義縣屬官伷、六甲等莊派飯索銀，沿途搶掠。經臺灣鎮、道葉紹春、徐宗干督飭文武員弁并力攻剿，斃匪無算；先后生擒四大股首偽大元帥洪紀、總大哥林鬧、偽副元帥林仰、李兆基、偽軍師胡枝囗〈牛母〉、偽先鋒林罩、顏耀、分股首陳潮及偽旗首旗腳一百余名，正法梟示。其脅犯及聞拿投首者，分別遣發、徒杖有差（斯未信齋文編）。
二年（一八五二）五月，以王懿德兼署閩浙總督（王靖毅年譜）。
六月，命升任福州將軍桂良來京，以閩浙總督季芝昌兼署福州將軍（東華錄）。
臺灣道徐宗干奏：臺匪羅阿沙等戕官倡亂，現飭中營游擊夏汝賢、水師營弁李朝祥統帶水陸營兵勇，會合屯丁義首，由南路進剿，斃匪無算，生擒匪犯一百七十余名。鳳山縣城，業經克復。又會同鎮營北路攻剿，焚毀羅阿沙偽帥府，搜出偽印、袍甲、旗械、槍炮，先后生擒偽大元帥羅阿沙、賴棕偽副元帥、偽將軍、偽軍師、偽先鋒及大股首，并戕官正犯伙匪四百余名，分別審辦，凌遲斬梟。地方現漸肅清（斯未信齋文編）。
九月，臺灣道徐宗干奏：續獲戕官首犯林恭等二百余名，并搜出鳳山縣典史、巡檢印顆。內有總偽先鋒吳阿班，訊系內營水師革兵，曾入小刀會；供認勾結廈匪，密約洋匪首紀貓生糾黨，于秋間赴臺接應。隨飛移安平澎湖協副將、艋舺營參將協同各廳、縣兵勇加意防捕；旋捕獲洋匪紀貓生等三十余犯，均供認前情不諱，分別審辦。水陸各營現仍嚴密巡防，需餉接濟。歸莊難民，正在集捐籌恤（斯未信齋奏疏）。
徐宗干奏：行抵鳳山，審明續獲大股首林芳等二十六名，就地正法。又周歷被匪焚毀之阿猴、萬丹、阿里港各莊，據各鄉民控訴，粵眾剿賊，不無波及滋擾；已將粵莊丁勇撤退。又繞道至山豬門等處閩、粵雜處各莊，妥為安撫。又附奏噶瑪蘭通判董正官會營剿賊遇害（斯未信齋奏稿）。
十月，吳文镕調補閩浙總督（吳文節公遺集年譜）。
三年（一八五三）正月諭：朕現聞閩省洋面廣艇匪徒愈肆滋擾，臺灣米船間被搶掠，以致臺米不能渡海，閩、浙糧價增昂。福建水師提督鄭高祥不能乘坐海船，每遇巡洋，往往藏匿海囗〈氵義〉，逾時捏報欺飾。似此怯懦無能，無怪匪徒日肆。且江、浙二省現辦海運，設使洋面稍有疏虞，所關非細。著怡良、王懿德迅即確查，鄭高祥如有前項情節，不勝水師之任，即行據實參奏（東華錄）。
三月，以福建巡撫王懿德兼署閩浙總督。
四月，臺匪戕臺灣令高鴻飛、嘉義令王廷干。
五月，臺灣副將呂大升護送琉球貢使自京旋，飭募泉勇五百名渡臺助剿（以上王靖毅年譜）。
六月，以福州將軍有鳳兼署閩浙總督（東華錄）。
臺灣副將曾天明、都司凌敬會同副將呂大升擊賊于嘉義，大敗之；收復縣城，獲偽中路元帥曾雞角、偽軍師吳海、偽先鋒石乞食、股首汪大忒正法（王靖毅年譜）。
七月，御史蔡征藩奏：風聞臺灣府城被圍，請簡員解散。略云：此次匪徒滋事，臺灣鎮并不親行，僅委縣令會同守備孟浪前驅，以致被賊戕害，現在直撲府城；鳳山縣屬亦被賊圍。奉諭：前據王懿德奏，臺灣道徐宗干與該鎮恒裕意見不合，當將該員等交部議處，仍責令該鎮、道迅將滋事各犯拏獲。現著該署督即飭令澎湖協副將邵連科前往臺灣，會同恒裕等相機妥辦（東華錄） 御史陳慶鏞奏：臺灣土匪于五月十二日攻臺灣府城，經商人等登城拒守，并合民勇殺賊五、六百名；知府裕鐸自出家財助餉，其在臺之商郊各幫與現赴天津之臺商各船均各踴躍捐餉，以備軍需。現在鳳山縣有游擊曾玉明守住火藥局，被賊圍困，救兵莫達。賊目有林許為渠魁，吳王二姓為主謀云云。奉諭：前有旨令有鳳馳往福州署理總督篆務，此時如已拒閩，即著王懿德與有鳳按照該御史所奏查明籌辦。該御史又稱臺灣在籍前任禮部員外郎鄭用錫、候補主事施瓊芳、候補道林國華、道職林占梅均堪辦理圍練勸捐事宜，著該署督等諭令該紳士等或捐貲助餉、或出力督團；但使地方肅清，必當優加獎勵（東華錄）。
八月，調閩浙總督吳文镕為湖廣總督，以署四川總督慧成為閩浙總督；未到任前，仍以福州將軍有鳳署理（東華錄）。
十月，臺灣鎮、道恒裕、徐宗干會奏：粵艇盜匪迭在內地各洋劫擄，經淡水廳同知張啟煊、安平協副將吳朝良督飭員弁紳商義民分路搜捕，先后擊沈賊船，擒拏斬梟首、從九十二犯，起獲銅鐵大炮六十五門，搭救商漁難民無算（斯未信齋奏折）。
四年（一八五四）正月，以王懿德為閩浙總督、呂佺孫為福建巡撫（東華錄）。
二月，蠲免上年被擾之云霄、石碼、廈防、永春、龍溪、漳浦、海澄、長泰、同安、安溪、仙游、沙、永安、尤溪、德化、大田、鳳山十七廳州縣額賦緩征興糧，淡水、臺防、噶瑪蘭、平潭、蚶江、馬港、龍巖、莆田、平和、詔安、南平、臺灣、嘉義、福清、永福、閩清、古田、晉江、南安、惠安、南靖、順昌、將樂、漳平、寧洋、彰化二十七廳州縣及水口、南日、峽陽、羅溪、全門、佛曇橋、華崶七縣丞所屬新舊額賦有差（東華錄）。
以王懿德兼福建巡撫（同上）。
三月，副將曾玉明獲臺灣噶瑪蘭匪首吳磋于中心侖，誅之（王靖毅年譜）。
十二月，總督王懿德上「按戶抽丁，窒礙難行」疏，略言：閩省負山面海，并控海外臺、澎。上游山深菁密，村落零星；下游聚族而居，民貧俗悍。大姓欺小姓、強族欺弱族，動輒械斗，已成錮習。若令抽丁當兵，不但無益地方，械斗恐將滋甚。臺澎、閩粵雜處，久分畛域；非戍以客兵，萬難鎮壓。且巡洋守卡，往返千里，尤非籍兵所能從事。丁糧歸并以來，民無徭役；茲擬抽丁辦法，歆以免役空言，不但民皆沮疑，并恐糧多抗欠。且裁兵則營弁隨同裁減，所抽之兵漫無統轄；若歸州縣則牧令盡掌兵權，若設營官則守備兼管民事，查與定制兩妨。至抽丁散處城鄉，稽查匪易；恃強凌弱，遇事逃亡，老弱充數，缺額虛名；偶有征調，吏胥一出，此戶騷擾。此又利未見而害先形者也。請仍遵舊制，以免紛更（王靖毅年譜）。
是年，臺灣道兼學政徐宗干奏請臺屬捐數較多，請增廣中額學額（斯未信齋文編）。
又奏：以軍餉久絀，請集捐收銅并準以銅折銀報捐，設爐鑄造當一大錢；并由臺地船廠購運廢鐵，兼鑄當一鐵錢參用（斯未信齋奏折）。
五年（一八五五）三月，逸賊黃位勾澄海外砂鄉巨匪黃興順擾廈門、淡水廳雞籠頭暨廣東澄海、九龍炮臺等處；劫掠漁商。署南澳鎮總兵陳應選、紳士洪鳳翔、謝友德、顧紹榮、詹廷光雇商船伏兵誘之于萊蕪洋，擊沈匪艇三十余只、獲其九，生擒賊伙王阿鰲等三十六名；興順逸放雞洋（王靖毅年譜）。
追予福建陣亡知縣高鴻飛入祀京師昭忠祠，并于臺灣任所建立專祠。
十二月，予故臺灣鎮總兵官呂大升祭葬恤蔭如軍營病故例（以上東華錄）。
七年（一八五七）正月，以慶瑞為福建巡撫。
八年（一八五八）九月，以瑞璸為福建巡撫。
十一月，瑞璸因病乞假，以慶端兼署福建巡撫（以上東華錄）。
——錄自福建通紀卷十七。
穆宗同治元年（一八六二）正月，以徐宗干為福建巡撫；未到任前，以學政厲恩官暫理。
四月，彰化縣境戴萬生等聚眾滋事，臺灣道孔昭慈督兵捕之；兵內變，彰化縣城失守，副將夏汝賢等殉難，孔昭慈不知下落。總督慶端派總兵曾玉明等往剿，奏留升任漢黃德道、洪毓琛在臺會辨；以臺民攀留故也。提督石棟請調回赴浙師船，由鹿港登岸堵截。
五月，以洪毓琛補臺灣道，查明昭慈等陣亡，詔予祭葬、世職。
六月，曾玉明由浙防赴泉州統兵渡臺。戴萬生等分股圍撲嘉義縣城及斗六等處，文武員弁潘恭贊、義民潘諦等均力戰捐驅，遂解嘉義圍，并攻復大甲土城。玉明督同官兵義勇進攻彰化，又敗賊于大腳佃莊，并將潮洋厝等處匪巢攻毀。耆齡調金、廈、興化等營助剿。
七月，彰化匪徒分犯嘉義、鹿港等處，雖經官軍擊退，戴萬生踞守縣城，匪眾尚多。曾玉明等已由鹿港登岸，并有軍功施九挺等募勇協剿。參將林文明愿赴臺助剿；有旨：著調臺勇一千名，交其統帶迅速前往（以上東華錄）。
九月，官軍正在圍逼彰化，另股匪黨竄陷斗六，復撲嘉義。總督耆齡奏派關鎮國等管帶師船，并添派陸兵三百名渡臺。署金門守備黃炳南管帶師船，中途折回；奉旨：先行革職，交耆齡、徐宗干嚴行審訊（東華續錄）。
十二月，吳鴻源署水師提督，統帶各軍援剿嘉義。玉明一軍在鹿港專顧北路，而笨港紳民協力，復解嘉義圍。
二年（一八六三）二月，臺匪久踞彰化，臺灣道洪毓琛等派義首李成龍等由鹽水港進剿北路。其另股分撲嘉義之賊，亦經參將湯得升等先后擊退，保全嘉城。彰城踞匪無多，吳鴻源已統領全軍抵臺（以上東華錄）。
三月，閩浙總督著左宗棠補授，仍兼署浙江巡撫。
四月，令耆齡即將所辦閩浙兩省防剿事宜及所部各軍移交左宗棠接辦。
耆齡奏：臺灣官軍剿匪，添派曾元福馳往夾剿（以上左恪靖伯奏稿）。
五月，曾元福由泉州行抵鹿港。吳鴻源一軍自嘉義解圍后，掃蕩附近賊莊，迭有斬獲。斗六賊多敗遁，官軍迫至彰轄西螺、二重溝等處；玉明由鹿港逼近彰城。戴萬生已竄回四張犁本莊，余匪仍扼踞死守（東華續錄）。
七月，曾元福進扎白沙坑，設計攻破大岸頭各莊竹圍，并將大埔、八卦山等處賊巢盡行焚毀。吳鴻源冒暑染疫，暫回嘉義。徐宗干檄元福由間道直趨嘉義，接署水師提督。臺灣道毓琛病故，遺缺以知府陳懋烈暫署（東華續錄）。
八月，臺灣粵勇潰散，左宗棠奏請飭四川建昌鎮總兵林文察辦理臺灣軍務。奉旨：吳鴻源所統兵勇數已不少，不能于嘉義解圍以后，迅圖攻剿，輒于南靖莊等處頓兵數月，致該匪得豫為準備；迨賊守御既堅，又不知分兵別覓間道相機兜剿，以致師老財匱，勇丁嘩潰，賊氛益肆猖獗，實屬調度乖方。業經明降諭旨，將該員革職拿問；仍著左宗棠、徐宗干確切查明，據實參辦，毋稍徇隱。林文察既籍隸臺灣，熟悉情形，即著該署提督揀練得力將士渡臺，聯絡紳團，速將該處匪徒殄滅；應需餉項，即飭福建藩司于援浙餉內酌量撥給。徐宗干奏吳鴻源尚知奮勉，暫緩拏問，留營效力自贖。林文察署理水師提督，丁曰健補臺灣道（東華續錄）。
以英桂為福州將軍（東華錄）。