十一月，丁曰健由省放洋，對渡淡水，馳至艋舺。令軍功范義廷等招募勇丁，前赴竹塹，聽候調用。令彰嘉各營及湯得升所帶兵勇由西螺、虎尾溪一帶進發，聯絡彰化；令凌定國所率義民克期會剿；參將關定國率駕紅單炮船赴梧棲港口，會同同知王楨勇丁合攻葭投莊等處疏通鹿港后路，并派兵與通判張世英之師直搗賊巢。曰健即由牛罵頭直剿竹坑，收復大肚溪等處；進至大甲，將匪黨劉阿妹掩捕正法。派勇馳往內山，分剿犁期店一帶，牽掣內山賊匪，不令出援葭投；而親至梧棲港派撥勇練，分路進攻彰化境內。連日陸續攻破田中央、海玻厝、水里港、福州厝各賊莊，并將薀仔底十余莊及無名小莊十余所同時平毀，復將葭投尾莊外賊營三座及八張犁、何厝莊賊營七座焚毀，斷城糧道。其凌定國一軍，亦先后攻破竹仔腳等大小賊莊二十余處，并將海峰侖陳啞狗老巢焚毀，生擒匪黨林振等十三名。被脅各莊，望風歸順。
十二月，匪黨陳鮄等竄守葭投莊。丁曰健派令文武員弁移營進逼，由水師寮等處奮力進攻，搶入葭投莊內，生擒多名，立將葭投克復；自彰鰲頭地方至大肚溪以北，匪莊四十余里，一律肅清。乘勝進攻彰北，與玉明會師，克復彰化，并將鹿港至寶斗一帶道路疏通。其南路匪莊，亦經鴻源、元福先后攻克。林文察放洋收泊，會同元福進攻斗六，將附近巢穴數十莊悉數攻毀；復誘令斗六賊匪出巢，設伏擊敗。悍賊乘勢攻斗六土城，陣斬甚多。戴萬生逃往彰化之北勢囗〈氵南〉莊與四塊厝地方。
三年（一八六四）正月，戴萬生逃至張厝莊。元福帶兵將附近西南之目宜山、紅毛社、丙郎莊、社頭、侖仔等賊莊四十余處，分路剿毀；復與曰健所派勇丁，合破張厝莊。戴萬生逃至芋寮仔莊；元福、曰健親督兵勇，將該莊攻破，生擒戴萬生并董九仙、戴印等正法。彰化縣屬肅清。文察擬留兵勇五千名，此外兵勇及元福所部，咨請督、撫分別撤回（以上東華續錄）。
左宗棠奏：曾元福在臺年久，應留臺郡，俾收駕輕就熟之效。所有福建水師提督，查有現任臺灣鎮總兵曾玉明堪以署理；所遺臺灣鎮總兵，即以曾元福署理（左恪靖伯奏稿）。
二月上諭：竄江逆股，已由瀘溪小路翻山潛入閩地，光澤、邵武俱形吃重。頃據徐宗干奏，臺灣南北兩路肅清，各軍搜剿余孽，將次竣事；著左宗棠、徐宗干即將臺灣撤回得勝兵勇，派赴邵武一帶，扼要設防。如有匪蹤闌入，即行擊剿。臺灣匪首林晟等見尚在逃，并著該撫飭令在事文武嚴密搜捕，勿任漏網。
三月，林文察奏：內山四塊厝林匪老巢，經文察督軍攻克，生擒匪首林晟（一作贛晟）正法，臺灣軍務漸次肅清。
四月，左宗棠奏：延平軍情吃緊，張運蘭一軍尚無入閩消息。見臺灣大局肅清，林文察既署陸路提督，防剿閩省上游，是其專責，臣與撫臣徐宗干已飛咨調共內渡；恐到任尚需時日，臣于道員康國器截剿常州竄賊獲勝后，調其由昌化回營，取道嚴、衢入浦城達閩，已報啟程（以上東華錄）。
八月，左宗棠奏：臺灣余匪復熾，攻撲彰城，旋即剿平。飭查啟釁情形，據署鎮曾元福、臺道丁曰健稟稱：林文察之叔林天河倚勢作威，截水霸田，眾議沸騰，欲圖報復，余匪藉此復肆。丁曰健又稱：林文察與曾玉明所部兵勇騷擾地方，均應徹底查究（左恪靖伯奏稿）。
四年（一八六五）四月，彰化內山匪黨經曾元福、丁曰健督軍剿辦，將洪欉等股悉數殲除，臺灣一律安定。復嚴督各軍分路搜剿，將著名股首莊明得、廖阿螺及洪欉之胞兄洪狗等擒獲。其潛匿平林山頂之悍賊洪花，亦經官軍用槍剌斃，其妻李氏身受銃傷，均梟取首級示眾；復將草田莊等賊巢攻破，獲匪多名，并擒獲羅務等匪黨，均先后訊明正法。嘉義匪首嚴辦亦經曾元福派隊殲斃，獲黨多名。惟要犯陳鮄尚在逃。
臺灣全境肅清，賞道員丁曰健布政使銜、總兵曾元福提督銜。
七月，左宗棠奏：臺灣賊匪陳啞狗實由總兵曾元福生擒正法，前署提督林文察遽以傳聞入告，以致奏報歧異。
五年（一八六六）八月，調左宗棠為陜甘總督，以吳棠為閩浙總督；未到任前、以福州將軍英桂兼署。
十月，以李福泰為福建巡撫；未到任前，以署布政使道員周開錫護理。
七年（一八六八）七月，以英桂為閩浙總督。
八年（一八六九）正月，以閩浙總督英桂兼署福建巡撫（以上東華錄）。
六月，閩浙總督英桂、福建巡撫卡寶第奏請撫有臺灣瑯囗〈王喬〉地方，并籌建炮臺，設立塔燈。報可（無暇齋文鈔）。
九月，移福建鳳山縣興隆里巡檢于枋寮，撥臺灣道標千總一員、兵一百名同往駐扎。
九年（一八七〇）二月，英桂、卡寶第奏稱：英國領事吉必勛、洋弁囗〈口茄〉當前在臺灣安平地方違約滋事各案，經該署道黎兆棠查系廩生許建勛、副將蕭瑞芳為之主謀，以致洋人藉端生釁。見在許建勛冒開洋行，私販樟腦，日引洋人深入內山；蕭瑞芳私造戰船，希圖出海。請即拘案懲辦。奉諭：臺灣為商賈輻輳之地，人情浮動，今許建勛懷挾私嫌，膽敢重賂洋人，從中構煽；蕭瑞芳身任武職大員，竟至偷見囗〈口茄〉當，煽其開炮占署，釀成巨案。英桂等即密飭黎兆棠迅將該二犯一并嚴拏正法，以絕后患。
七月，以王凱泰為福建巡撫。
十年（一八七一）正月，以文煜兼署閩浙總督。
九月，命英桂留京，以張之萬為閩浙總督。
十月，張之萬開缺養親，仍以文煜兼署閩浙總督。
十一月，以李鶴年為閩浙總督（以上東華錄）。
十一年（一八七二）七月，改福建淡水廳訓導為教諭，定學額八名。巡撫王凱泰奏請增臺灣噶瑪蘭一學，添設訓導一員（東華錄、三山同聲集）。
十二年（一八七三）十二月，召王凱泰入覲，以李鶴年兼署福建巡撫。
十三年（一八七四）十月，總督李鶴年奏參福建布政使潘霨，由捐納佐雜出身，心術陰柔、人品卑瑣。差委員缺多系捐班人員，以致物議沸騰，編造歌謠，黏貼街市；且有袒護同鄉結為朋黨及與將軍拜認師生各情。近日辦理日本事宜，卑詞下氣，求悅夷人，大失國體等語。奉諭：該藩司見在臺灣，其辦理一切事宜以及平日居官行事，沈葆楨知之必稔，即著按照李鶴年所參各節，秉公詳細查明，迅速據實具奏（以上東華錄）。