九月，成功自江南退師，留陳輝、阮美、羅蘊章分守舟山，于初七日回駐廈門。以出師無功，修表待罪，遣使從龍門間道達滇，自貶王爵，仍用招討大將軍印。立忠臣廟，祀死難諸臣，以甘輝為第一；哭之曰：『早從將軍之言，吾不至此夫』！初，甘輝之破仙游也，聞有活閻羅王志章者能前知，齋戒往謁。志章書「位至崇明，壽至崇明」八字示之。既封崇明伯，而江南之役，道經(jīng)崇明，心疑其驗；阻之不獲，竟死焉（小腆紀年）。
是年，調(diào)浙江水師總兵常進功為福建水師總兵，征鄭成功。直抵衙前，成功兵潰，追破之于定關(guān)（貳臣傳）。
十一月，滿洲兵復(fù)至。十一日，頭站三百人、馬五百匹先至，屯東門外。途中所過，各掠三十里居住人家，令供酒肉；役使主人，拆毀房屋。大隊以十二月二十六日至，屯札七門外，南至藤山、東至竹嶼、北至崎山。人民住星，大屋留一進、小屋留一房與主人，仍令供給油柴酒肉。至次年四月，始往海澄。官以兵至，預(yù)征后三年糧于本色，每一兩取谷六百斤，又糧每一兩取白米三斗。每披甲一名，用夫至二、三十人；兼以修城，燒運磚瓦、砌石搬土，自是年冬起，每日俱用千余人（榕城紀聞）。
十七年（永歷十四年、一六六〇），魯王在澎湖島（海東逸史）。
正月，將軍達素兵至福州。三月，至泉州，雇配船只。成功調(diào)回北汛諸提鎮(zhèn)及南下兵分派屯札。四月二十六日，泉州船二百余號進至圍頭；成功令林察、蕭拱宸等泊劉五店，遏止圍頭，不得入同安港會合。右虎衛(wèi)陳鵬守五道、高崎東一帶，援剿前鎮(zhèn)戴捷守高崎寨，殿兵鎮(zhèn)陳璋、前沖鎮(zhèn)劉俊、智武鎮(zhèn)顏望忠守澥保寨并赤山坪，游兵鎮(zhèn)胡靖防守東渡寨，戎政王秀奇總督高崎等處，協(xié)理戎政楊朝棟總督東渡等處（海上見聞錄）。
鄭成功撥陳輝等泊海澄港，以截漳州大隊；水師提督黃廷、周全斌等在海門迎敵。八日，漳州配大船一百號，李率泰、黃梧督之，出海澄港，將軍達素、同安總鎮(zhèn)施瑯以小船配滿兵渡高崎，約于十日進兵。是日，成功傳令陳輝等安泊中流，不許起柁，欲待漳州船出而乘其后。倏忽間，滿船乘風(fēng)順流蔽江而下，以數(shù)船攻一船，用鐵鏈釘住，炮矢齊發(fā)，陳堯策、周瑞船及方左營皆被毀。滿兵蜂擁上陳輝船，輝走入艙，發(fā)火藥從下沖上，船火飛裂，滿兵上船俱死，輝跳而免。成功坐熕船，繼令何義督之，而下八槳船往來督戰(zhàn)。將午，南風(fēng)大發(fā)，海潮漸長，黃廷、周全斌等奮力迎戰(zhàn)，同正副龍熕兩船破囗〈舟宗〉而入。龍熕受大彈子一丸至十余斤，小彈子一斗。副龍熕照樣新鑄者，各以一船專載之。龍熕所及，船中人頃刻不見，遂奪先鋒各等船。戶官鄭泰自金門率船五十號乘勢沖入，宣毅鎮(zhèn)黃元從鼓浪嶼后沖出夾攻，炮聲如雷，隱隱不絕，火煙迷江，咫尺不辨，共擒滿船十三號。滿先鋒三船被追至圭嶼，棄船登岸；馬信招之降，夜溺殺之。將軍達素督兵船至牟尼嶼、赤山坪登岸，陳輝揮兵于水中逆戰(zhàn)，兵少漸不支。守高崎陳鵬密通同安施瑯，謀為內(nèi)應(yīng)。其左營陳蟒，璋之侄也，見勢急欲出兵救援，鵬止之。王秀奇總督高崎等處，速令蟒赴之。滿兵見金龍甲兵，以為迎己，及下水砍殺，始慌亂。而前協(xié)萬宏等繼至，前沖鎮(zhèn)劉俊亦從東沖出，協(xié)力拒戰(zhàn)。滿兵登岸皆被殺，其溺水者不計，生擒披甲三百余人，斷掌放回。達素回省，吞金而死。浮尸海岸萬余，長發(fā)者十二三、短發(fā)者十七八。成功磔陳鵬，殺其家屬；以陳蟒為虎衛(wèi)右鎮(zhèn)、何義為虎衛(wèi)左鎮(zhèn)。自是終成功世，無敢言覆島者（海上見聞錄、小腆紀年、清史紀事本末）。
七月，成功命兵官張光啟往日本國借兵船，載黃蘗寺僧隱元及其徒五十眾。時日本敦請隱元，故載與俱。成功書止與國王而不及上將軍主國政者，故日本兵不發(fā)（海上見聞錄）。
福建總督李率泰奏：海氛未靖，應(yīng)遷同安之排頭、海澄之方田沿海居民入十八堡及海澄內(nèi)地，酌量安插。從之（東華錄、皇朝年表）。
命靖南王耿繼茂移駐福建（東華錄）。
命都統(tǒng)宗室羅托為安南將軍，率師征鄭成功（清世祖實錄）。
八月，成功令陳堯策等札瑯崎，攻連江馬鼻及透堡，焚掠不遺；令楊富札福清、黃元札長樂沿海，聯(lián)絡(luò)征餉（海上錄）。
是年，耿繼茂由廣東入閩鎮(zhèn)守（福州府志、皇朝年表）。
十八年（永歷一五年、一六六一），魯王在澎湖島（海東逸史）。
三月，授浙江提督田雄二等侯、福建提督馬得功三等侯（東華錄）。
鄭成功進兵臺灣。臺灣，海外一巨島，東倚層巒，西迫巨浸；北之雞籠城，與福州對峙，南則河沙磯（亦作沙馬碕），小琉球近焉。廣袤千里，物產(chǎn)之利無所不有。內(nèi)地自鷺門、金門迤邐以達澎湖，風(fēng)濤噴蒲，瞬息萬狀。又東，鹿耳門旁夾七鯤身，海道紆折；余皆山羅礁擁，無所由入。隋大業(yè)中，虎賁將陳棱一至澎湖，東向望洋而返。宋史謂澎湖東有毗舍那國，即其地也。元置巡司于澎湖，明初廢之。嘉靖中，海賊林道干遁入臺灣，都督俞大猷追之，哨鹿耳門外以歸。道干尋為琉球所逐。天啟中，日本逐琉球而踞之。海澄人顏思齊者，謀奪日本計泄，與其黨楊天生、陳衷紀等二十八人竄臺灣，鄭芝龍附焉。思齊死，芝龍領(lǐng)其眾，尋就撫。荷蘭紅毛夷遭風(fēng)泊臺灣，乞于日本，以臺灣為互市地；不許。則曰：『愿得地如牛皮，多金不惜』。許之。乃翦皮為絲，圈城里許，入居之；旋逐日本而有之。崇禎中，閩地大旱，芝龍請于巡撫熊文燦，以舶徙饑民數(shù)萬至臺灣，人給三金、一牛，使墾島荒。已而芝龍去臺灣，荷蘭專治市舶，不斂田賦；故荷蘭人二千踞城中，流民數(shù)萬屯城外，相安無事。鴻荒甫辟，土膏墳盈，一歲三熟，漳州之人赴之如歸。市久之，荷蘭筑城曰臺灣、曰雞籠、曰淡水（一作先筑安平城，旋筑赤嵌城）。筑炮臺，沈夾板于鹿耳門之港口，置揆一王守之。成功以廈門地蹙軍孤，謀拓土。有荷蘭甲囗〈亻累〉（通事）何斌者，南安人；為揆一王主會計，負帑二十萬。懼發(fā)覺，遣其私人郭平駕小舟偽為釣魚者，順鹿耳門至赤嵌城往來探視，得一港路，走廈門謁成功（見聞錄作揆一王遣來議貢）曰：『臺灣，公家之故土也；沃野千里，雞籠、淡水硝磺有焉。橫絕天海，肆通外國。耕種可以足食，興販銅鐵可以足用，霸王之區(qū)也』。成功覽其地圖，嘆曰：『此亦海外之扶余也』！集僚佐議之不決，惟馬信、楊朝棟然之。乃令洪旭、黃廷、王秀奇輔世子經(jīng)監(jiān)守思明州，鄭泰居金門所。成功陳兵自鎮(zhèn)南關(guān)起，依山布陣，甲兵數(shù)萬。周全斌統(tǒng)轄戎旗兵七千，皆衣金龍甲，軍威甚盛。三月一日，祭江，督文武官親軍武衛(wèi)周全斌、何義、陳蟒、提督馬信、鎮(zhèn)將楊祖、蕭拱宸、陳澤、吳豪、林瑞、張志等首程先行；令澎湖游擊洪暄引港，各船俱到料羅灣聽令。二十二日，自料羅灣放洋。二十四日，到澎湖，分各嶼住扎，成功扎營內(nèi)嶼（海上見聞錄、小腆紀年）。
四月，成功復(fù)奉魯王居金門（海東逸史）。
初，三月二十七日，成功自澎湖開船；下令曰：「視吾鹢首所向」。四月一日天明，成功至臺灣外沙線，各船絡(luò)繹至鹿耳門線外。此港甚淺，大船從無出入，故荷蘭不防之。成功焚香祝曰：『成功受先帝眷顧，寸土未得，孤島危居；今冒波濤，辟不服之區(qū)。天如佑我，假我潮水，行我舟師』。竹篙視之，則加漲丈余；以手加額曰：『此天所以哀孤而不委之壑也』！令何斌坐斗頭，按圖轉(zhuǎn)舵。成功下小船，由鹿耳門登岸。午后，大船齊進，泊禾寮港，登岸扎營；令陳澤扎鹿耳門，牽制荷蘭船，并防北線尾。守赤嵌城酋長貓雞實叮發(fā)炮擊營盤，成功恐焚及赤嵌衛(wèi)，令楊朝棟督張志兵防御看守。三日，陳澤扎營北線尾，守臺灣城揆一王遣頭目拔鬼仔率兵數(shù)百前來沖擊。陳澤迎戰(zhàn)，一鼓殲之。四日，楊朝棟招諭赤嵌城酋長，貓雞實叮以城孤救乏，遂率三百余名出降。令赤嵌酋長招揆一降，不從。先數(shù)夕，風(fēng)潮驟振，聲震云霄；揆一王率諸酋登城望海，見一人幞頭紅衣，騎長鯨從鹿耳門游漾紆回繞赤嵌城而沒。是日，炮聲轟天，以千里鏡視之，見鹿耳門船只旌旗；笑謂唐船近炮臺，則無遺類。俄見小船樹旗纛，倏北倏東，余船以次銜尾魚貫，悉遠炮臺而行，駭為兵自天降。呼酋長黎英三集眾截擊，倉卒間見大隊已達赤嵌矣。時荷蘭尚有甲版船在港，陳澤等攻之，沉其一、毀其一，余遂走。成功移師鯤身；次日，荷蘭擊鼓吹笛，出兵七鯤身。成功部將楊祥領(lǐng)藤牌手跳舞橫沖，荷蘭兵大敗，退守王城；攻之不克，多損傷，乃斬竹為籧篨，設(shè)門戶、筑土臺，駕炮攻臺灣城。揆一王于附城齊放大炮，頃刻土臺崩，兵退。荷蘭人出城奪炮，馬信、劉國軒率弓箭手射之，乃退。成功令赤嵌降酋駕炮擊附城，崩之。令馬信等扎臺灣衛(wèi)固守不攻，候其自降；派各鎮(zhèn)分汛地屯墾。改赤嵌為東都，設(shè)一府、二縣。以府為承天府，委楊朝棟為府尹。一為天興縣，委莊文烈知縣事；一為萬年縣，委祝敬知縣事（海上見聞錄、小腆紀年）。
荷蘭夾板至，成功調(diào)右武衛(wèi)前協(xié)黃德幫守臺灣衛(wèi)，名其衛(wèi)為安平鎮(zhèn)（海上見聞錄）。
成功擊臺灣土番，平之。營將楊高凌削土番，大肚番阿德狗讓殺高反。成功令楊祖征之，中標槍死，其鋒益熾，將出援荷蘭。黃安設(shè)伏誘之，斬阿德狗讓，余黨悉平（小腆紀年）。
安南將軍內(nèi)大臣達素奏：黃梧招撫鄭芝龍屬下偽都督萬儀、萬祿等，擒偽忠匡伯張進（據(jù)海上見聞錄，進系自焚死）、偽總兵朱受，折毀所據(jù)銅山城垣房屋，降偽官一百八員、兵四千四百名、家口萬余（東華錄）。
是月，靖南王耿繼茂至，隨帶有千副披甲。城中夜間行劫查拏，皆王府兵丁。王府取囗〈金〈白上廾下〉刂〉草夫，閩、侯兩縣共一千三百名，長日不輟。各村供柴炭、雞、鵝、鴨等項不絕，近郊菜園皆王人租樸，即令栽種。當鋪、牙行、鹽商諸色買賣，王人共分抽稅，謂之「總牙」。南臺，洪塘各處市鎮(zhèn)，關(guān)隘所在，悉系王人總管。王和尚千余人、師尼五百人各住寺庵。各處渡船系王人撐載，不許漁翁取利。王母曰「太媽」者另開府于舊郎將軍府，所用人夫工匠，一一如王之數(shù)（榕城紀聞）。
十月，棄降將鄭芝龍于市。鄭芝龍為其家人尹文器出首通海，時圣祖初登極，四輔蘇克薩與鄭芝龍有隙，以十月三日戮芝龍并其子孫家屬凡十一人。報至，成功叱為妄傳；然中夜悲哭，居常郁悒。鄭芝豹以當成功變時即投誠來歸，并其子俱免死（東華錄）。
十二月，守臺灣城揆一王降。時安平陷重圍者已九月，兵士死者數(shù)千，而城堅守不下。成功乃使人告之曰：『此地乃先人故物，今我所欲得者土地耳，余悉以歸汝』。揆一知不能敵，乃請降；而遷其輜重下船，率五百余人駕夾版去。成功遂有臺灣，改名東寧。以各社田土分與水陸諸提鎮(zhèn)，挈其家屬至東都居??；兵丁俱令屯墾。內(nèi)則組織政府，興農(nóng)業(yè)、修兵備、定法制、建學(xué)校；用處士陳永華言，筑館舍以居明宗室遺臣之渡海者。外則置兵金門、廈門兩島，與相犄角；復(fù)通聘斐律賓群島及西班牙諸國，以結(jié)外援。惟初至，水土不服，疫癘大作，病者十之七八，死者甚多。加以用法嚴峻，果于誅殺：府尹楊朝棟以其用小斗散糧，殺其一家；又殺萬年縣祝敬，家屬發(fā)配。于是人心惶懼，諸將解體。先是，達素兵至，成功令思明州將領(lǐng)各眷口移住金門；其先來降者，家屬乘隙多內(nèi)渡。左提督王秀奇逃江南，埋名不出。原任漳州知府房星華逃入京，使其弟候補通判房星耀上言，以為海兵皆沿海取餉，使空其土而徙其人，禁舟不許下海，則彼無食而兵自散矣。降將黃梧亦先以為言。遂命戶部尚書蘇納海至閩，遷海邊居民離海三十里，莊村田宅悉皆焚棄；筑垣墻、立牌界，撥兵戍守，出界者死。自省城閩安鎮(zhèn)始，北抵浙界之沙埕六百七十里、南抵粵界之分水關(guān)一千一百五十里，通為閩邊一千八百二十里，筑寨固守，禁外出。其入海之水曰潘渡河、曰銅鏡河、曰廉村河、曰洋尾河、曰大梅河、曰赤頭河、曰云霄河、曰開溪河，皆斷而守之。百姓失業(yè)，流離死亡者以億萬計。蘇納海歸，薦施瑯為水師提督，移鎮(zhèn)海澄（海上見聞錄、粵閩巡視紀略）。
是歲，明兵部尚書張煌言駐師福建之沙關(guān)。煌言聞成功師抵澎湖，遣幕客羅子木以書責(zé)之；謂『軍有寸進、無尺退，今一入臺，則將來兩島并不可守，是孤天下之望也』！不聽。遷界令下，沿海流亡失所；煌言頓足嘆曰：『棄此十萬生靈而爭島夷乎』！復(fù)以書招成功，謂可乘機取閩南；不見聽。乃遺書故侍郎王忠孝、都御史沈佺期、徐孚遠、監(jiān)軍曹從龍，勸其力挽成功。既而再遣子木入臺，苦口責(zé)之。成功以臺灣初定，不能行；煌言乃以孤軍徘徊金、廈兩島之間（小腆紀年）。
——以上錄自福建通紀卷十一。