初，詔責總督玉德歷年廢弛，致賊氛日熾；且福建水陸官兵七萬有余，調渡臺者不過三、四千，豈能滅此二萬有余之賊？特命成都將軍德楞泰佩欽差大臣關防，調四川兵三千赴剿；將軍賽沖阿副之。會蔡牽為李長庚敗走，乃罷德楞泰之行，惟賽沖阿至臺灣。先是，賊塞鹿耳門，惟二汕、二港尚通小舟。長庚扼南北二汕外，別以小澎船五十，令總兵許松年、王得祿由大港繞安平港入，攻之，焚獲三十余船，俘賊千余。水陸并進，連五戰皆破賊。二月朔，復盡焚洲仔尾之柵與南汕來襲之船。賊大敗，困守北汕，如獸在阱。會七日風潮驟漲，北汕所沈舟為風浪掀起漂去，賊奪門出。官兵追截其船十余，卒以閩師不助扼各港，長庚所將水師僅三千余，故賊竟遁去。長庚奏言：蔡逆未能殲擒者，實由兵船不得力、接濟未斷絕所致。臣所乘之船較各鎮為最大，及逼近蔡牽坐船，尚低五、六尺，其余諸鎮之船更為不及。曾與三鎮總兵愿預支養廉捐造大船十五號，海門、金壇二鎮亦愿捐造十五號，而督臣以造船需數月之久，借帑四、五萬兩之多，不肯具奏。且海賊無兩載不修之船，亦無一年不壞之杠料；桅柁折則船為虛器，風篷爛則寸步難行。乃逆賊在鹿耳門竄出，僅余三十船，篷朽硝缺，一回閩地裝篷燂洗，煥然一新，糧藥充足。賊何日可滅？五月，上褫玉德職，逮問治罪；以阿林保代之。閩文武吏以不協剿，不斷岸奸懼獲罪，交譖長庚于阿林保；阿林保三疏密劾之。浙撫阮元以憂去，上密詢浙撫清安泰。清安泰奏言：長庚熟悉海島形勢，忘身殉國，故賊中有不畏千萬兵，只畏李長庚之語，實水師諸將冠。奏入。至是八、九兩月，上切責阿林保甫蒞任旬月，即專以去長庚為事；倘朕輕信其言，豈不自失良將？嗣后剿賊事責成長庚一人，阿林保倘忌功掣肘，則玉德即其前車之鑒。并飭造大同安梭船六十號，其未成以前，先雇大商船備剿（圣武記）。
十月，起阮元署福建巡撫。
阮元以病解任，調張師誠為福建巡撫（以上東華錄）。
李長庚追蔡牽于粵海，殲其侄蔡天來之船。
李長庚擊蔡牽于閩之浮鷹島（以上圣武記）。
十二年（一八〇七）二月，移建福建鳳山縣城。
以程祖洛為閩浙總督。
七月，賑澎湖廳風災，緩征新舊額賦及雜款銀。
九月，福州將軍賽沖阿奏：官兵在雞籠洋截剿朱濆，大獲勝杖。得旨嘉獎（以上東華錄）。
十二月，浙江提督李長庚剿賊蔡牽于黑水洋，死之。長庚率福建水師提督張見升等追牽，窮其所向，至黑水外洋。牽僅三舟，長庚擊破牽舷蓬，又自以火攻船，維其后艄；賊急發艄尾一炮，長庚中喉而殞。張見升望總統船亂，遽麾舟師退，牽乃遁入安南。事聞，朝廷震悼，追封壯烈伯，謚忠毅；命原籍同安縣立專祠。以裨將王得祿、邱良功嗣其任，勉以同心敵愾，為長庚雪讎（雷塘庵弟子記、圣武記）。
十三年（一八〇八），閩浙總督阿林保奏：拏獲蔡牽義子蔡三來等（東華錄）。
七月，浙江副將項統會同閩師由閩回浙，在韭山洋遇朱濆，攻之；獲船一只，生擒七名。朱濆即竄回閩，旋被閩總兵許松年轟斃，其弟渥代領其眾（雷塘庵弟子記、圣武記）。
八月，蔡牽竄回閩，提督何定江窮追入閩（雷塘庵弟子記）。
浙洋鳳尾幫盜首張阿治母弟皆在福建惠安縣，總督阿林保系其母弟。阿治屢被浙江剿蹙，乃率余盜四百七十余名、難民九十八名、炮八十六門赴閩投誠（雷塘庵弟子記）。
十四年（一八〇九）正月諭：阿林保等覆奏查明泉州糧價較貴緣由：據稱漳、泉地方向賴臺米接濟，近年洋匪未靖，臺灣商販較少，泉州米價稍昂，委無通盜濟匪情事。見在蔡、朱二逆常到淡水一帶劫掠商船，該逆劫得一船，即用之不盡，往往放回勒索，其無須內地米糧已可概見等語。杜絕接濟一事，食米最為要務。該督、撫等頻年查辦海口接濟，于臺灣販米從未加意籌及，何以杜絕蘗芽，使之凈盡？務即妥辦，以清盜源。又另片奏查勘蛤仔欄地勢番情另行酌辦一節，蛤仔欄北境居民見已聚至六萬余人，且于盜匪窺伺之時，協力備御、幫同殺賊，實為深明大義；自應收入版圖，豈可置之化外？況其地膏腴，素為賊匪覬覦；若不官為經理，妥協防守，設竟為賊匪占踞，豈不成其巢穴，更為臺灣添肘腋之患乎？著該督、撫熟籌定議，應如何設官經理，或用文職、或駐武營，隨宜斟酌，期于經久盡善為要。再，梁上國折內敘及蔡逆賊船進至蘇澳港之時，先已率眾上岸，有該處番人與斗，居民吳氏擒獲數賊，始驚潰而去。嗣朱逆復又竄往，亦經居民與官軍夾攻敗賊等語。該處居民見官兵剿賊，郎知如此出力，著即詳查，加之獎賞（東華錄）。
八月，浙江提督邱良功、福建提督王得祿、海壇總兵孫大剛、黃巖總兵童鎮升探知蔡牽在寧波洋，各兵船連夜接續向北。初五日黎明，童鎮升首先追及。守備武定太等攻獲一船，生擒王烏等五十一名，斬取首級十顆。牽回衢港，竄往外洋。十一日，牽由象山潭頭外洋往南。提督邱良功等在北洋搜尋，無牽蹤跡；閩師回閩堵剿朱渥，浙師專剿牽。十五日，由普陀挑帶兵船，先后窮追南下。十七日，邱良功等追及牽于臺州魚山外洋，從上風攻系，賊船東南遁。童鎮升船被盜炮折桅，王得祿舟師亦至齊攻，斃賊無算。十八日，轉戰至溫州黑水外洋，閩、浙船仍據上風，合圍火攻，牽坐船破漏沈海，及其二妻一子同時斃沒。王得祿晉封子爵，邱良功晉封男爵（揅經室二集、雷塘庵弟子記、圣武記）。
案圣武記作牽自知無救，乃舉炮自裂其船。
十五年（一八一〇），設噶瑪蘭通判；自遠望坑迤北而東至蘇澳止，計地一百三十里（沈文肅公奏議）。
十九年（一八一四）三月，以陳預為福建巡撫。
五月，以王紹蘭為福建巡撫。
二十二年（一八一七）三月，以董教增為閩浙總督。
五月，以史致光為福建巡撫。
二十四年（一八一九）五月，調李堯棟為福建巡撫。
六月，以吳邦慶為福建巡撫，調李堯棟為湖南巡撫。
九月，調韓克均為福建巡撫。
宣宗道光二年（一八二二）正月，以葉世倬為福建巡撫。
八月，以趙慎畛為閩浙總督。
三年（一八二三）正月，葉世倬以年老休致，調孫爾準為福建巡撫（以上東華錄）。
是年，臺灣鹿耳門內數十里海面，忽變成陸地（后湘二集）。
四年（一八二四）十月，命臺灣道兼管臺營水陸官兵（東華錄）。
初，總督趙慎畛以臺灣入籍一百四十年，奸民十一起，浮動好亂，生齒日繁，所在多游手，非械斗則為盜，慎選守令；以福州府方傳穟署臺守，一時臺灣道孔昭虔、臺縣李慎彝、鳳山縣杜紹祁、嘉義縣王衍慶、淡水廳吳性誠、噶瑪蘭廳呂志恒皆有聲。五月間，鳳山縣打鼓山鳴園竹生花；七月逢閏。民間以為昔林爽文反，有此兆，訛言間起。臺防同知缺，杜紹祁代之。署鳳山縣者，劉功杰也，頗銳意捕盜。未幾，而許尚之事起。許尚者，鳳山廣安莊人，業賣檳榔；素結諸無賴，群盜悅之。為鄉保所告，懼捕，遂與所善蔡雙弼、張仔來、高烏紫、王曾、楊良斌、沈古老、徐紅柑、林溪及番入潘老通謀反。其黨甚眾，期于十月十一日集議，先攻下淡水縣丞署、次攻埤頭，遂及郡城；苦無貲，先肆劫掠。傳穟聞盜，檄縣急捕。尚將起事，其莊人劉黃中微聞其謀，留諸家，勸之，不使尚出。功杰捕尚及良斌不得，焚其居，跡至黃中家。十三日，遂以尚獻，械系馳送于郡。傳穟親訊之，得其反狀；言于鎮道曰：『許尚之黨俱在，事破必速亂，埤頭無城，不可守也。劉令初仕，其參將又懦，宜增兵防。且臺地匪民所在嘯聚甚易，曩者南路有事，則北路起應；北路有事，則南路騷動，郡兵常苦為所掣。今宜及未起，速備北路，俾我得專力于南』。鎮、道皆然之。乃密飭嘉、彰、淡水為備。時苦積潦，郡城、嘉義城垣皆圮，急繕治之；而使紹祁偕縣丞丁嘉植、都司翁朝龍以郡兵二百協守埤頭。埤頭者，鳳山縣治也。舊縣毀于林爽文，移治埤頭，僅樹竹圍，又毀于蔡牽，故慮之。至則民間已紛言賊起，爭避郡城，然莫知賊所在。營、縣日出清莊，捕賊十余人；最后得其軍師林溪。許尚之被獲也，其黨將散，楊良斌不可，眾乃推良斌為首，聚議黃梨山中。良斌制刀杖旗幟，使潘老通借炮于其舅番通事潘巴能。以林溪為軍師，王曾為都督，領紅旗；李川、鄭榮春為正副先鋒，領烏旗；蔡雙弼以下皆為頭目。分招賊眾，期二十四夜攻埤頭，戕官據地，即乘勝攻郡城。使徐紅柑自臺灣、沈古老自嘉義各招其黨并起；又使吳賜潛入郡城，結匪民內應。約既定，二十一日，林溪至埤頭市五色綢制旗。溪故縣中白役偵賊者也，陰為賊主謀，官所往賊先知之，故其謀甚密。溪市得綢，使人持往，已將飯而后行。其母詰知出首，故獲之；訊未即服。良斌見獲溪，不待眾集，二十二夜遂以賊數百人分西北兩路攻埤頭，殺苦苓門汛兵，自竹圍隙處以入。埤頭先有備，紹祁、功杰守縣署，朝龍、嘉植守倉。賊先至倉，朝龍揮兵擊之，傷斃二賊。賊燃大炮不震，遂敗走。其縣前賊已砍柵門將入，亦為鄉勇擊退。參將某聞賊，擁兵火藥庫不出。翼日，語朝龍曰：『賊雖敗，必且大至。埤頭倉署皆不可守，火藥庫有土垣，四面阻水；昔蔡牽攻不能破，可速據此』。朝龍惑之，遂移兵入。文官相率隨入，民大惶懼奔逃，奸人乘間搶掠。塘報兵又為賊殺，道路遂梗。二十三夜，郡中聞警，乃議昭虔、慎彝以城守左營及安平水師兵守郡，傳穟與署臺鎮趙裕福、中營游擊楊俊督師援鳳山。許尚猶在府監，斬之而后行。時郡中訛言四起，人心震駭，紳士韓高揚、黃化鯉等入見傳穟，請方略。傳穟曰：『鳳山雖一隅，距郡城百里，賊朝發可夕至也。恐有奸宄應之，宜固根本。今郡城垣壞，漏夜筑之，兩日可竣。城內外街市多立木柵，君等率丁壯隨李令日夜親巡，城上分布兵勇。安平副將率水師六百人駐西城外螻蛄石，以衛商行為犄角；城內設勁兵三百人擐甲露宿，足為策應。各衙門及紳士家皆募鄉勇以收游民，無使助賊。惟大兵南下，賊必潰走，當遏之勿使越入郡境。已飭臺灣、嘉義營、縣分屯兵勇，扼其要隘。且令各莊耆簡壯丁相為守援，土賊不得往應，則吾事濟矣』。或請閉郡八門，曰『不可。南路難民避賊者日數千，至不能無納。且毋使北路謠傳郡城被困，啟奸人心也。道試甫畢，各學官俱在，率兵役守門，稽出入而已』。眾悅，守備遂嚴。二十四日，鎮將兵起；傳穟部署畢，二十五日亦以兵二百、鄉勇二百繼之。經阿公店，南北適中地也，民居頗稠；留兵勇二百人，使訓導謝代塤駐之，以扼其沖，道乃通。二十六日至埤頭，撤功杰，使紹祁回任；署鎮亦撤其參將，以朝龍代。傳穟乃督民夫，增補竹圍，繞圍浚深溝，中插竹簽。招撫逃民，諭各鄉守莊捕賊；其先受賊約，能自首者免罪。紹祁更募鄉勇八百名，以四百人守埤頭、四百人偕官兵捕賊。縣役中有通賊者不敢動，而頗自危；紹祁大度，示之不復窮究，反側遂安。賊自埤頭走黃梨山豎旗招眾；鎮將初至，不測賊眾寡，又以負險，頗患之，未遽擊。既而各路兵屯鄉莊受府縣約束，阻守要隘甚密，所在匪民觀望待起者不下數千，賊不能通。至是，竟無敢應者。嘉義賊將自內山潛至，扼于王、李二令，皆散走。吳賜至郡城，為慎彝獲誅。新授臺灣鎮蔡萬齡亦至。良斌見眾不集，大懼，其黨乃離；兵勇進攻之，遂潰。傳穟、紹祁亟懸重賞捕賊，王曾、李川、蔡雙弼以下全獲伏誅。良斌駕小舟入海，逃至彰化，縣令李振青獲之送郡，南路遂平。是役也，自許尚起及竣事僅一月，不煩內兵，不使賊蹂躪閭閻，南路辦賊，北路宴如；凡用餉銀數萬，皆籌款補給，不費帑金者，郡縣得人之效也。奏入，上大嘉之曰：『方傳穟總司籌辦，悉協機宜』；特賞花翎。鎮、道以下，各從優議敘。明年，乃建鳳山縣城于舊治（東槎紀略）。
五年（一八二五）九月，閩浙總督員缺，著孫爾準補授。韓克均著調補福建巡撫；未到任以前，著孫爾準兼署。
六年（一八二六）五月，改福建彰化縣海豐港口歸嘉義縣笨港縣丞轄，烏石港口歸頭圍縣丞轄。
六月諭：孫爾準奏臺灣嘉義、彰化地方有匪徒糾眾焚搶，系賊匪李通與粵民黃文潤挾嫌糾斗起釁。數日之間，即蔓延兩邑，糾伙甚眾，竟敢抗拒官兵。爾準即馳往查辦，飭鎮、道出示曉諭，散其黨與。并檄調副將邵永福等帶兵在艋舺堵御，防其北竄；并調總兵陳化成帶兵會同許松年、蔡萬齡三面兜擒。