五月，耿繼茂等奏：三月初六日，臣與總督李率泰、提督王進功、海澄公黃梧等領兵先后至八尺門，偽威遠將軍翁求多率兵民六萬余人納款。十四日夜半渡海，進拔銅山，斬首三千二百余級；偽都督余寬等率偽官兵家屬人等三萬二千四百余名出降，所獲船只、盔甲、器械無算。鄭經僅存數十艘，乘風遁走臺灣。計閩海地界凡數十島，賊巢布列，至是掃滅殆盡。授投誠周全斌為承恩伯，食三等伯俸。
六月，李率泰以病求罷，諭留之。
以朱昌祚為福建總督（由浙江巡撫遷）。授投誠黃廷為慕義伯。加致仕福建總督李率泰為正一品。
李率泰奏：總兵官李長榮等出洋會剿張煌言，擊敗五千余人，擒偽總兵張賢等，并獲船只、器械。
七月，管理福建安輯投誠事務賁岱奏：自康熙元年至三年止，合計投誠文武官三千九百八十五員、食糧兵四萬九百六十二名、歸農官弁兵民六萬四千二百三十名口、眷屬人役六萬三千余名口、大小船九百余只（以上東華錄）。
八月，李率泰上疏議取臺灣，以福建水師提督施瑯為靖海（一作南）將軍，承思伯周全斌、太子少師左都督楊富副之，整舟師數百號候風開洋（海上見聞錄、皇朝年表）。
十月，耿繼茂奏：荷蘭國出海王于八月十六日帶領番船十只、番兵千人抵閩安鎮，約九月二十至圍頭取齊，于十月初旬往澎湖攻賊巢，候風便進取臺灣（東華錄）。
四年（永歷十九年、一六六五）正月，李率泰奏：閩海廈門各島前已蕩平，惟南山、鎮海、佛潭橋一帶余孽盤踞；總兵劉進忠等進剿，于三年九月初四日親統官兵，陣斬七千有奇，招撫男婦一萬三千余名（東華錄）。
水師提督施瑯疏請攻臺，與周全斌等出洋，未至澎湖，颶風大作，各船飄散，不能相顧，皆引還。未幾，瑯、全斌入京。進瑯伯銜，為內大臣，歸旗（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
五月，議政王等會議吏部奏請裁并督撫一疏，得旨：福建仍留總督一員。
六月，李率泰奏：漳、汀地方遼闊，請以守漳道仍駐漳州，巡建道仍兼轄延平，守建道自建寧府改駐汀州，兼轄郡武；從之。
八月，兵部議敘康熙二年進取金門、廈門、康熙三年攻克銅山等處功，加靖南王耿繼茂俸銀一千兩，賞海澄公黃梧大蟒、貂裘、鞍轡等物，加黃順等二十人為左都督、施瑯等六人為右都督、陳斌等十一人為都督同知、黃英等十一人為都督僉事。總兵楊富以進援中傷，落水復出，授拜他喇布勒哈番，準襲二次。各將士加等授職有差。
九月，李率泰奏：水師右路總兵官杜永和連破海寇，斬偽將烏角車等。
上諭：設立水師提督、總兵官等，原為防御海寇。今福建銅山、炫鐘等處賊船挽泊，提鎮官等并未帶領官兵撲剿，至賊船飄往廣東，并未跟蹤追殺，又不豫檄廣東各官在前截殺，則設立水師提督何用？以后若再如此，定行治罪。
五年（永歷二十年、一六六六）正月，李率泰卒。遺奏閩海余氛遠竄臺灣，奉旨撤兵，與民休息，洵為至計；惟是將眾兵繁，若撤之太驟，不無驚惶，太遲又恐貽患。目下當安反側之心，日久務防難制之勢。紅毛夾板船雖已回國，然往來頻仍，異時恐生釁端。閩省兵馬、錢糧專望協餉，倘若外解不周，即有意外之慮。至數年以來，海禁甚嚴，遷移之民盡失故業；宜略寬界限，俾獲耕漁，稍蘇殘喘。
以張朝璘為福建總督（原任江西總督）。
十一月，福建巡撫許世昌以病乞休，命以原官致仕。以劉秉政為福建巡撫（以上東華錄）。
是年，曾養性補福建巡撫（逆臣傳）。
六年（永歷二十一年、一六六七）三月，以祖澤溥為福建總督（貳臣傳）。
七年（永歷二十二年、一六六八）四月，海澄公黃梧奏：海疆底定，非昔日強寇出沒可比。福建全省之兵并歸經制，獨同安城守一營官兵，尚屬臣標；請將城守營副將一員、兵一千名悉歸經制，聽總督、提督管轄。從之（東華錄）。
八年（永歷二十三年、一六六九）正月（紀事本末作七年事），浙江投誠將孔元璋請往臺灣招撫；京中遣大臣明珠、蔡毓英至泉州，加興化知府慕天顏卿銜，渡海往議。鄭經遣柯平、葉亨到泉州，議照朝鮮例稱臣奉貢，不剃發、不登岸。議竟不成。經在東寧，以陳永華理國政，馮錫范管侍衛、劉國軒等管兵。洪旭病故，其子洪磊及永華侄繩武等皆任用。置鳳山、諸羅二縣，課耕種、通魚鹽，安撫土番、貿易外國，數年間海上亦相安無事（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
三月，以劉兆麒為浙江福建總督。
九年（永歷二十四年、一六七〇）閏二月，復設福建總督一。
四月，復設福建分守興泉道、巡延建邵道，其福州府、福寧州海防事歸驛鹽道兼管，興、泉二府海防事歸興泉道兼管。
以劉斗為福建總督。
十月，浙江福建總督劉兆麒奏：偽寧遠將軍林柏馨、偽都督施轟率偽官百四十四員、兵千六百九十名、船三十只自臺灣赴浙投誠。
十年（永歷二十五年、一六七一）正月，耿繼茂奏：舊疾日劇，請以長子精忠管理軍務；從之（以上東華錄）。
耿繼茂卒，子和碩額駙精忠襲（皇朝年表）。
五月，予故靖南王耿繼茂謚「忠敏」。
八月，福建總督劉斗奏：?？茏猿匪畮熤螅珯{出沒，侵犯靡常，甚至在各島嶼蓋造房舍。臣等密商機宜，配發水陸官兵陸續搜剿。今已搜剿六十余島，斬溺賊眾五千三百八十余人（以上東華錄）。
十一年（永歷二十六年、一六七二）九月，命福建總督自漳州移駐省城（東華錄）。
是月，范承謨為福建總督（東華錄）。
十二年（永歷二十七年、一六七三）二月，鄭經將劉國軒下海澄，遂圍漳、泉。先是，都統胡圖復漳、泉，經奔廈門，國軒亦棄惠州去，凡七府一時俱潰。至是，國軒復出，沿洲堡連下十余處；兵僅數千，飄驟馳突，鋒銳不可當。于是都統穆赫林敗于灣腰樹，將軍喇哈達、都統胡圖敗于鎮北山，將軍賴塔、提督段應舉敗于福山頭。國軒遂取平和、漳平，進破海澄，斬應舉及總兵黃藍，兵士死者三萬余、馬萬余匹，軍勢益振；乘勝下漳平、長泰、同安，略取南安、惠安、安溪、永春、德化諸邑。國軒自圍漳，遣兵圍泉?？低踅軙鴷r駐軍福州，不敢進。已而在籍學士李光地為鄉導，引賴塔兵由安溪間道出同安，泉州圍解，國軒退入海澄；時出窺漳州，相持年余不決（清史紀事本末）。
七月，靖南王耿精忠奏請將部下官兵撤回安插（東華錄）。
議政王大臣等議奏：福建今已底定，地方有防守官兵；靖南王既請自福建遷移，應將王本身并標下十五佐領官兵家口均行遷移。從之（東華錄）。
十一月，吳三桂反，止閩、粵兩藩勿撤（皇朝年表）。
十三年（永歷二十八年、一六七四），三藩難作，耿精忠據福建以叛。三月十五日（李文襄年譜作二十九日），精忠傳各官入府議事?？偠椒冻兄儾磺?，被拘，以巡撫劉秉政為統制使，蕭震為布政司，自稱總統兵馬上將軍，移檄各府縣；望風降。泉州提督王進功夜縱諸將焚劫；馬惟興劫興化、郭維藩劫惠安，獨同安城守張學堯、晉江水師營李尚文所部無犯。初，精忠遣通事王鏞至臺灣乞師，請以舟師由海出江南，而自統陸師出浙江；鏞回言海上船不滿百、兵不滿萬，精忠輕之。經遣協理柯平至福州報命，精忠謾應曰：『世藩來甚善，各分地自戰可也』。臺灣侍衛馮錫范、鎮將劉國軒率舟師數十、兵數千至廈門。精忠調諸路兵出關，以黃梧為平和公。梧病疽，受印不數日，疽潰而死；子芳度遣黃翼帶兵千余人，從精忠兵出關。海澄總兵趙得勝與錫范密約，以海澄降。精忠召泉州提督王進功至省，以張學堯鎮泉州、花尚蘭守同安。錫范等至同安，尚蘭迎降，獲學堯家口。學堯聞變趨回，俱降于經（海上見聞錄）。
鄭經至思明州，以趙得勝為左都督，封興明伯張學堯為左先鋒鎮、花尚蘭為仁武鎮。遣人于精忠借漳、泉二府，并議撥船；精忠不許，又禁買船料貨物。耿、鄭交惡，精忠遣王進率部卒千人入泉州。進原為漳州副將，時提標五營不應調。王進至，與城守賴玉相結，以提標守備戴國用為爪牙，勒令王進功家眷入省。進功子藩錫與楊青等以藩錫母命召諸將議事，賴玉、戴國用、李尚文至，執之，率兵攻王進。進走登涂門樓，意氣自若。提標兵無統帥，相持竟日。進恐海船至，更深整隊出城而去。六月三日，范錫至，殺賴玉，分其尸。四日，絞殺戴國用，釋李尚文，迎經入城。經以范錫為指揮使，暫理提督軍務。遣人諭黃芳度降，封德化公、授前提督，漳屬錢糧聽其征給。芳度終不自安，差人間道赍密疏入京。潮州總鎮劉進忠降于精忠，密請漳浦鎮劉炎率兵會之；夜攻同城，續順公沈瑞并其兵（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
七月，以郎廷佐為福建總督，以楊熙為福建巡撫（東華錄）。
尚可喜遣兵圍劉進忠于潮州，精忠不能援，因求救于經；經遣援剿后鎮金漢忠率舟師援之。以進忠為右都督，封定虜伯（海上見聞錄）。
八月，黃芳度間道赍奏，言父梧于三月病故，不得已權送敕命于精忠，仍密行招募，合舊兵共得六千余名。六月初四日，斬偽城守都督劉豹等三人，保守漳州。惟望大兵入閩救應，隨往迎接。得旨：大兵由浙江、江西、廣東三路進閩，黃芳度偵何處先到，即來迎會。尋芳度兄一等侍衛芳世乞隨大兵進剿，救援伊弟；因授芳世為隨征福建總兵官，進剿福建（東華錄）。
九月，精忠遣王進以步騎三萬攻泉州，并命漳浦降總兵劉炎與進為犄角。進至惠安，肆行焚掠；經命劉國軒統營兵御之。王進退屯楓亭，列營二十余里。十月，國軒至涂嶺，嚴陣會戰。進見前陣皆新募之兵，直前擊之，新募兵殊死戰。國軒令許耀分兵襲其營，進大敗。國軒追至興化城外而還，劉炎以兵會上。經檄黃芳度擊走其兵。精忠復遣徐鴻弼會云霄鎮劉成龍兵入漳浦。經以馮錫范、趙得勝督諸軍迎戰于羅山。右虎衛何佑揮軍擊之，鴻弼等敗回漳浦城。錫范以沖天炮擊入城，炎大懼，同鴻弼、成龍等出降（海上見聞錄、三藩紀事本末）。
十二月，金漢忠一軍殲于潮州。鄭經遣趙得勝督軍援之，與尚可喜兵戰于黃花岡，廣兵敗走，潮圍解。
經設六官：洪磊為吏官、楊英為戶官、鄭斌為禮官、柯平為刑官、楊賢為工官，兵官缺。置六科都事、察言司、承宣司、賓客司等。陳永華為總制，留守，兼管勇衛；馮錫范為侍衛；二衛皆親軍。薛進忠為左武衛、劉國軒為右武衛、何佑為右虎衛、施福為五軍，其左右先鋒及諸鎮營皆聽五提督調遣。凡文武事宜，皆參軍陳繩武、侍衛馮錫范主之。經之來思明州也，兵餉取給于東寧。洪磊承其父遺命，助餉銀十萬兩。至是兵眾餉多，乃以六官督比紳士富民以充之。以鄭省英為宣慰使，督理各府縣錢糧。百姓年十六以上、六十以下，每人月納銀五分，曰「毛丁」；船計丈尺納稅，名曰「梁頭」。及設各府鹽引，分管鹽場，以給兵食（海上見聞錄）。
黃芳度奏：臣練勁卒滿萬，堅守漳城及龍溪五縣。耿逆潛師援漳浦，臣分兵邀擊，賊眾大潰。鄭經復遣偽侍衛趙得勝來攻漳浦。乞發大兵，不拘何路進閩，與臣會合。得旨：尚可喜即發兵應援黃芳度，康親王杰書、將軍希爾根由浙江、江西作速進剿福建。大兵一到，移知黃芳度速赴會合（東華錄）。
十四年（永歷二十九年、一六七五）正月（三藩紀事本末作十三年事），耿精忠遣張文韜至泉州鄭經處賀正議和，送船五只。經遣鄭斌報使，約以楓亭為界，始通好（海上見聞錄）。
二月，永春馮眺峰寨民呂華不服征派，鄭將薛進忠圍之，三月不下。知縣鄭時英諭之出降，釘殺之，家族發淡水充軍。續順公沈瑞駐驍平，廣兵來援，何佑遇于百子橋，破走廣兵，瑞出降，封懷安公（海上見聞錄）。
五月，鄭經至海澄，遣鄭斌入漳慰諭芳度。東兵入見，芳度不受命，密調回黃翼出關兵。精忠移檄召之，亦以疾辭（海上見聞錄）。
六月，經自海澄移檄萬松關。芳度令其下俱剃發據守，遣其兄芳泰入粵請援，自與諸將守四門。經進攻不利，援剿后鎮萬宏登梯中炮死，乃筑屯圍之。調何佑從潮州先攻平和縣，守將賴升降，諸屬皆下（海上見聞錄）。
十月，海澄標將吳淑以漳州降鄭氏。初，淑歸清，屬海澄公標，黃梧待之厚。梧將死，呼淑托曰：『吾兒年少，君可保全之』。及城被困日，淑謂其弟潛曰：『我本海上舊將，公雖待我厚，我負罪于先藩實深。今世藩待我眷族尤有加，豈可反圖逆命』？遂以十月六日開城，芳度倉皇投開元寺東井而死（三藩紀事本末作十三年事）。經兵入，獲其將黃翼等斬之；沒其家，剖黃梧棺戮尸斬首，及芳度首揭以徇眾。有議發梧祖冢者，經曰：『罪止其身，于先世何與』？不許。芳泰會其兄芳世，由州汀至永定，聞漳州降，大掠而遁。經以吳淑為后提督，出江右（海上見聞錄、逆臣傳、皇朝年表）。
十五年（永歷三十年、一六七六）五月，精忠汀州守將劉應麟以州款于鄭經。經使吳淑入據之，以應麟為奉明伯，始叛盟也（三藩紀事本末）。
七月，以郎廷相為福建總督（由原任河南巡撫遷）。
九月，福建總督范承謨陷賊三年，耿精忠多方偪誘，誓死不屈。至是，與稽永仁等并遇害（海上見聞錄、東華錄）。