臺南劉永福駐營三塊厝，旋移鳳山縣屬旗后。和議成，軍儲、電線、鐵路、機器局及茶、糖、鹽、磺、樟腦、茄枬沈香與金、煤諸礦大利，舉為日本有。臺南僻一隅，且海道斷，饟械源絕不足守。于是鎮道以下各官及臺紳邱逢甲等相繼內渡。臺南土匪蜂起，紳民相率之旗后迎永福，并上「民主總統」印章；永福不受，仍稱幫辦，入府城議防守。以其子知州成良統福字前軍、右軍及中、左、右各營守旗后大砰山炮臺，提督陳羅統翊安軍中、左、右各營合黃金龍軍防四草湖海口，臺灣鎮標中軍游擊李英統鎮海中軍、前軍各二營并道標衛隊合柏正才、吳錦標軍防白沙墩海口，周明標、張占魁兩營防喜樹莊海口，都司柯壬貴統吉林炮隊并安平各臺炮勇合鄭超英、周德啟、孔憲盈各營防安平海口：是為臺南海口之防。以副將袁錫中統鎮海后軍防后山埤南諸路，臺灣城守參將吳世添率右翼練兵駐府城：是為臺南內城之防。其勇營，則副將楊泗鴻所部鎮海中軍正、后兩營、前軍右營、武毅右軍右營并吉林炮隊都司蕭三發所部福軍前敵黑旗各營、守備王德標所部福字七星隊各營、總兵利瓦伊義所部新楚各軍（分統為副將楊載云）、知縣忠滿所部忠靖營、鎮海中軍先鋒營總兵譚少宗所部福字先鋒各營、都司邱啟標所部臺南其義兵營防軍各營、知縣劉光明所部福字左軍中營、右軍前營、副將吳光忠所部忠字防軍各營；其義兵營，則增生吳湯興之新竹義民各營、林得謙之十八堡義民軍、兵部主事許南英之王國瑞聞臺南圍練營、生員李清泉、謝鵬翀之五段團練。部署粗備，新竹知縣景崧在滬尾，請朝棟參謀岳裔由平頂觀音山達八里岔迎之。聞唐已內渡，即奔回彰化。先是，景崧檄前臺灣鎮吳光亮赴援臺北，光亮軍至桃仔園、中櫪，臺北潰勇千余奔至新竹，始知臺北失守；見廣勇金帛累累，沿途截殺之。林朝棟亦至，派隊巡哨，令吳軍安扎城外觀音亭。是月十六日，臺灣府孫傳兗卸篆，黎景嵩代之，查庫款祗洋銀二千。臺中協鄭榮聞前任程起鶚提存庫款二十萬兩，傳兗令王淮三由汴仔頭運至福州；遂率練勇擄王淮三，向傳兗索餉。朝棟在后壟聞日乓至桃仔園，收兵回彰化；傳兗隨朝棟眷出城內渡。新竹、苗栗紳民推吳湯興為首，以御日兵。二十一日，日本斥堠騎兵駐三角涌；山根少將分兵由劉潭甫達大姑崁，為居民襲擊，互有殺傷。二十二日，占領大姑崁。二十三日，吳湯興集各營戰于楊梅櫪，日兵少卻。二十五日，苗栗生員邱國霖敗于大湖口，新竹勇丁餉食不足，紳民將提督二營配船內渡。三十日，日本兵至新竹，吳湯興與徐驤御之；戰敗，奔苗栗縣。新竹鋪戶等率眾迎日兵入城，秋毫無犯；日用麥、米、雞、魚、蔬菜，準市價購買，安堵如故。署苗栗縣李烇集紳民議戰守。徐驤扎頭份，與日兵接仗，日兵不能前進。苗栗人姜紹祖年十八，率佃丁百余人赴戰；被擄十余人，姜亦與焉。遍詢姜名，姜家人慨然承認，遂見殺；而姜幸免，為新竹人保出、再招勇迎戰，死于炮火中。

閏月三日，彰化縣丁燮回籍，管帶防軍營羅樹勛代之。丁燮在彰化聞澎湖失守，匪徒在北壇巷強劫，燮立斬之，地方以安。及其去也，城內外紳民護送焉。臺灣府黎景嵩集臺、彰、云、苗四縣紳富會議，籌款守御，開設籌防局，并圖恢復臺北；以副將楊載云為新楚軍統領。日兵分三路進攻：一援三角涌。三角涌義民黃曉潭、蘇力、蔡國梁、黃國添、張龍安等開地窖以陷馬足，沿山埋伏。臺北日兵由大嵙崁馳援，余清勝導日兵由小路攻三角涌，破之。一出安平鎮新埔，遇新埔義民胡嘉猷扼守竹圍，回環重迭，日兵傷亡百余人，收隊而回。兵船二，窺安平口，傍英德兵船停泊；永福巡炮臺，發二炮擊斷桅桿，落水者十余人，乃斷鐵索飛駛去。一由新竹大路至老科崎，徐驤等埋伏擊之，直逼新竹城外數里而回。黎景嵩命生員林安瀾等至三角涌，諭義民由山后攻擊；復遣新楚軍二營、傅德升一營、鄭以金一營進攻新竹。又準苗栗縣錢糧收作軍餉；吳湯興所部之勇，每人月餉洋銀十二元，迭向縣中索取不給，即將糧串自行征收。李烇詳府，以湯興徒博虛名，全無實際，所收餉多中飽，前軍打仗皆徐驤之力，而與冒為己功；湯與亦備文指烇短處。景嵩不能決，兩造稟于永福。回電云：俟吳彭年到地查明情節核辦。時籌防局請永福派兵前來，爰遣縣丞吳彭年為統領、副將利瓦伊義為副，帶兵二營；二十七日抵彰化，職生吳敦迎，為前敵各軍糧臺。景嵩輕彭年，利瓦伊義亦心懷不平。

六月四日，景嵩擢維義為新楚軍統領，帶黑旗兵三百余名，往攻新竹。苗紳請彭年親往；彭年與屯兵營管帶徐學仁、黑旗親兵管帶袁錦清、幫帶林鴻貴兵三百余名，十六日至苗栗。時新楚軍扎頭份等處，又有數營在筆尖山附近，包圍新竹；日本北白川宮殿下率本隊攻筆尖山，克之。二十日，由香山至頭份山后，四面環攻；徐驤及鄭、傅諸軍力戰，利瓦伊義營為馬兵所破，開花彈如雨下，諸軍奔潰；統領楊載云力戰死之。彰化聯甲局致書于嘉義、臺南兩局，請接濟糧餉。二十三日，北白川官到新竹，分軍隊攻苗栗。所到先以小隊前探，每一隊數十人，每戰一排四、五人，錯落散布；開花炮以馬囗〈馬犬〉之，一刻數十出，流星飛行，軍隊皆卻。吳彭年初騎頳馬，鞭之不行，改御白馬督諸軍力戰。苗栗東畔大山為日軍所據，彭年于二十四日由三叉河至大甲溪。李烇奔梧棲港內渡；臺灣道陳文騄、臺南府唐贊袞、署臺南府朱和鈞、安平縣謝壽泉均卸事，以忠滿署安平縣并管臺南府印。吳湯興、徐驤等入彰化城。初，臺南見銀匱乏，永福設官銀票局，每票一圓；以同知莊序端總其事。市易流衍資挹注，而不足供軍饟，于是責議院諸紳籌饟，咸束手。稅務司英人麥嘉林請設官郵政局，以濟饟需。乃給官信票，責信局領購，禁私函，由海關司稽察；不及旬日，果征銀五千余圓。議紳請整飭鳳山鹽厘，令巡檢劉永貞往經理。前敵屢電求餉械，迫切待命；復令文案羅綺章渡廈門電求沿海督、撫拯臺民，辭甚哀痛。是時臺南盜賊充斥，為日人內間，將引以登岸。二十八日，日艦泊安平口外，復至鳳山旗后（以上東方兵事紀略、讓臺記）。