十九年（一八九三）九月，臺灣府陳文騄、彰化縣俞秉焜購獲施慶、楊中成。鹿港游擊賴望云圍許得龍于大安港三晝夜，疲極始獲。并送臺北，提王煥當堂研訊，斬之。施九緞前三年在浸水莊病故（施案紀錄）。

二十年（一八九四）五月，邵友濂奏請添設云林縣林圯埔分防縣丞一員。

邵友濂奏請于臺北府屬大嵙崁地方，南雅山下設分防同知一員，管束社番，兼捕盜匪，作為沖繁難調要缺，名曰臺北府分防南雅理番捕盜同知，以淡水、新竹兩縣沿山地界歸該同知管轄（以上東華錄）。

六月二十三日，中國艦隊與日本戰于豐島。八月十八日，戰大東溝，敗績，海疆戒嚴。臺灣懸海外，為東南洋屏蔽，朝命福建水師提督楊岐珍、廣東南澳總兵劉永福率師渡守。巡撫邵友濂調南洋南琛、威靖兩兵輸至臺。七月，永福率廣勇兩營至，增募六營成八營，仍稱黑旗。八月，岐珍統所部十營至。兵稍集，乃令提督張兆連率十三營守基隆，以扼社寮、頂石角、小基隆炮臺；道員林朝棟統十營守獅球嶺，筦獅球嶺炮臺；提督李本清統所部七營守滬尾。本清本駐中路新竹、知府朱上泮本駐滬尾，至是移上泮守中路。本清又與藩司唐景松交惡，本清求去；乃以提督綦高會守滬尾。未幾，復以提督廖得勝易高會。匝月間，滬尾凡三易將。又改令上泮往澎湖，偕總兵周鎮邦以守；而以臺紳主事邱逢甲率土勇守彰化、新竹。友濂聞北洋諸將敗潰入邊，鳳凰、九連諸城相繼不守，慮兵禍將及，大懼（讓臺記）。

調邵友濂署湖南巡撫，以唐景松署福建臺灣巡撫。景松既署臺撫，調刑部主事俞明震（事在甲午十一月）、副將陳季同（事在乙未二月）先后至（東華錄、讓臺記）。

二十一年（一八九五）正月，邵友濂奏飭聶緝規馳滬辦理臺灣后路轉運。

臺灣鳳山縣旗后南岸炮臺火藥失慎（以上東華錄）。

唐景松令副將黃義德、督弁吳國華挈銀二十萬兩內渡，至廣東募勇。義德粵人，國華本粵洋盜；知縣唐鏡沅介諸景松，謂其大俠知兵，景松信之。初，景松以道員與永福同軍事于粵西，后積不相能；至是，移永福軍于臺南，會臺南鎮總兵萬國本守南路；景松自任守臺北。自張兆連一軍以外，專倚廣勇。命知縣胡友勝統廣勇守獅球嶺，而移林朝棟守中路彰化（讓臺記）。

二月二十八日，日人取澎湖。初，臺灣戒嚴，當事檄知府朱上泮率勇丁戍澎湖。上泮以澎湖絕地，不愿行，強而后可。抵戍數月，即聞朱營缺額甚巨，巳查辦得實，撤差看管；不知用何術，而事驟解。澎湖鎮總兵周鎮邦者，本水師宿將；初以安平副將守炮臺，頗得力，擢總兵，調澎湖總兵，統營七。鎮邦概不以營官委人，自居之，竄其名與子若婿。天南炮臺統帶者，初亦鎮邦自為。二十四日，日本船至，乃委某為之。某以二十五日受任，人為之危；某慷慨自若，不知其早有定見也。日本船十二艘以二十七日攻媽祖宮，拱北炮臺統帶官臧某御之甚力，發巨炮，日艦受傷；又一艦擱淺，脅之走。喧傳擊沉日艦二，受創二。上泮遽以電告，景松以銀二萬兩犒軍，保上泮道員。而日兵巳別于文良巷登陸，營官林福喜率四百人御之，日兵受創甚，然終不敵。時兵弁方爭賞金互哄，上泮素不恤士，饟銀至逾兩月不發；以其半存私舍，以其半寄紳士某家。勇丁搶賞銀后搶糧臺，又分搶其存寄銀立盡，遂潰；先至鹿港者，皆腰纏累累。鎮邦、上泮皆不戰，由澎湖后路遁，實以重金預雇民船也。二十八日，日兵入澎湖城。天南炮臺管帶某者，聞日兵至，挾炮門炸釘為信，叩軍門降；水雷管帶某亦撤水雷降。西嶼者，在澎湖之西，另島不相屬，實為澎湖屏蔽；故設炮臺二、置炮七，照海塔燈亦在是，某西人司之。統領提督劉姓率三營駐此，以番銀五百五十圓雇民船遁，時二十九日也。越三日，日本人始至。有陳連陛者，閩人，曾入北洋水師，至克虜伯廠購炮，故習拆炮、裝炮諸技。憤利器之委于敵也，偕伺塔燈西人拆之；凡炮械之有關緊要者，悉毀埋之，偕西人至廈門（西人言于稅務司，稅務司又言于水師提督黃少春云）。上泮以偽傷免罪，鎮邦得嚴議（無暇逸齋文鈔、讓臺記）。

三月，李文奎擊殺中軍方副將于巡撫署。文奎原直隸保定游匪，從淮軍渡臺，得保外委，充撫轅親兵。時方副將為武巡捕，文奎犯禁令責革，仍轉事中軍副將黃義德，充什長；義德募勇往廣東，以方副將署中軍，文奎又以事責革去，遂思亂，其黨布城中及撫署內外。是月二十五日午后，景松之婿余姓者內渡，令勇丁舁其裝出，將入船；文奎率黨十余人持刃劫于道，勇丁逃，文奎令其黨安置掠物關帝廟，而自追勇丁，直入撫署門。方副將出，喝曰：汝欲反耶？文奎徑砍其頭。方副將抱頭返奔入門，已踣。中軍護勇時屯署內，將應文奎，爭出柵放槍，蓋以為號也。幫帶某見事急，自閉營門，并閉署門。景崧聞變，不知顛末，先遣差官出詢；甫及儀門，已中刃返奔。文奎徒黨追及堂皇，將入殺景崧。適景崧盛服出，遇于堂皇；其徒猝見巡撫，矜持，手不能下，謬請安侍立，云無事無事。景崧獎以有膽，命出為周旋。知府管元善聞變，奔告楊岐珍。岐珍率一營至，喝開撫署門，與亂黨對施槍炮；中傷百姓甚伙，死者十余人。先是，景崧聞文奎徒黨眾，將令，充營官以安之，命募緝捕一營；至是，卒用文奎屯基隆，而方副將之死僅以一捕賊示了之（讓臺記）。

李鴻章電致總理各國事務衙門：日本交到締和條約第二款第二、清國約將臺灣全島及所屬諸島嶼，第三、澎湖列島散在于東經一百十九度、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼，并該地方所有堡壘、軍器、工廠及一切屬公對象，永遠讓與日本。

四月，派二品頂戴前出使大臣李經方前往臺灣，與日本派出大臣商辦事件。

諭署臺灣巡撫布政使唐景崧：著即開缺，來京陛見；其臺省大小文武各員，并著唐景崧飭令陸續內渡（以上東華錄）。

時臺人議勾各國保護，電告總理衙門、南洋大臣、閩浙總督等處文略曰：臺灣屬日本，萬民不服，迭請唐撫院代奏臺民下情，而事難挽回，悲慘曷極！伏查臺灣為朝廷棄地，百姓無依；惟有死守，據為島國，為南洋屏蔽。但須有人統率，眾議堅留唐巡撫仍理臺事，并劉鎮永福鎮守臺南；請各國查照割地紳民不服公法，從公剖斷，臺灣應作何處置，再送唐撫入京、劉鎮回任。伏乞代為電奏?？偫泶蟪紙笤疲簛黼娋堰M陳。和議一事，已于十八日定約。臺灣入隸版圖，一歸他屬，忠憤勃發，胥在意中；但時勢所迫，勉從其議。其大要約有兩端：一則戰不可恃，若進迫京師，利害攸關，視臺尤重；一則臺無接濟，一拂其情，勢必全力并攻，徒損生靈，終歸淪陷云云。景崧令臺中官弁以五月四日為斷，欲去者聽；留者錄用，薪銀倍給；踰時求去者，以軍法論。于是道、府、縣官相繼納印去。景崧分滬尾七營為兩部，以廖得勝、綦高會分統，高會專筦炮臺。時藩庫尚儲銀四十余萬兩，火藥庫儲炮藥土藥四萬余磅，各炮臺儲藥資每炮擊三十出；槍彈存者尤多，毛瑟槍彈儲二百八十余萬顆。其訂購機藥未至者，德國大田廠炮藥二十萬磅，槍藥五萬磅、哈乞開司一百磅、快炮四尊，皆已給價三分之一（東方兵事紀略）。

五月一日，紳民將上總統印章于景崧；以日艦來犯，未果。日艦二、駛近滬尾炮臺下椗，統領綦高會去臺以嬉。日弁偵知自立事，二兵輪乃起椗行。景崧聞有日艦，令開炮，高會亦回營令往告臺官，則日艦巳去矣。是夜，日艦游弋口外。二日，景崧受總統印章，文曰「臺灣民主之章」（中東戰紀本末作改元永清）；紳民鼓樂赍送者百余人，行兩跪六叩首禮。國旗，藍地黃虎文。改藩司衙門曰內部，設內部大臣；籌防局曰外部，設外部大臣；別立軍部，設軍部大臣。府、縣等官改署有差。炮臺升虎旗，開炮二十有一。藩司顧肇熙以下，皆內渡。三日，提督岐珍撤兵內渡（岐珍所部十二營，至七日始畢渡）。基隆防兵，僅紹良所部及土勇四營；其東路三貂嶺、澳底諸處，無兵駐守。五日，日本兵輪、運輪二十九艘駛抵臺北海面，分泊基隆口外，澳底、金包里沿八里坌、大姑坎至滬尾，凡可登岸之處皆有之。六日，并力擊金包里（值基隆澳西岸），張聲勢作欲登狀（時駐金包里者六營）；而潛結教匪挖金砂，匪從澳底登岸。澳底本駐有岐珍防營，至是撤去，易以曹喜照（張兆連部分統）新募土勇兩營；成軍甫三日，遇敵不戰潰。于時登岸日兵才二千人，稍留兵守澳底，其全隊循山路進。七日，前鋒過三貂嶺，駐嶺背梁紳莊宅。景崧聞日人登岸，令吳國華率廣勇七百人往守三貂嶺。國華新自廣東至，倉卒部署，七日巳刻始率四百人先行。八日未刻，至小楚坑。適日兵從三貂嶺來探瑞芳大道，并繪圖，驟遇國華軍，遽搏戰，團勇夾擊，槍斃三畫日弁一，遂反奔；國華追之，鄉民拍手歡呼。時景崧復令營官胡連勝等援基隆，且調頂石角營官陳國柱、金包里營官陳柱波、獅球嶺營官知縣包干臣等各率廣勇數百人赴前敵助戰，皆稱統領，無所系屬。國華遇日本兵于小楚坑，包干臣率三百人往助戰；至則日兵已去，不繼。國華進躡而與團勇爭首級，大嘩。干臣縛團勇，指為漢奸，將殺之。國華已至三貂嶺，因雨待棚帳，尚未駐營；聞報，知干臣將持首級奪其功，大怒，撤隊馳下嶺。干臣見國華還軍，藏首級竹簏中，遽拔隊回；國華尾其后，俱還?；∷鞐?，三貂嶺不守；干臣竟以大捷聞，省會官紳畢賀。是夜，僅土勇一營、紹良部淮軍兩哨分駐瑞芳；四更時，日本全隊冒雨登三貂嶺。九日，景崧令前敵分三路進，圖復三貂嶺：一由大路從相思嶺、龍漳浦、瑞芳過九芬橋、小楚坑直抵三貂嶺為正兵，專責國華；一由暖暖街至吳朱埕繞出三貂嶺之左為奇兵，專責游擊楊連珍；一由海邊社寮炮臺循八斗口、庚子寮度九芬山截其歸路，責金包里分統李文忠：期以申初會基隆齊進。詎我諸營未集，日本已分兩隊踔至：一撲九芬、一直抵瑞芳；別隊扼吳朱埕北，防臺軍包抄。九芬近海岸，且兵單，日人已移快炮登岸猛擊；戰移時，宋營官死焉，哨官喪三人，孫營官受殊傷，九芬遂陷。瑞芳聞之，大震。先是，廣東守備劉燕率炮勇三十人，督格林炮五架扼瑞芳四面土山；營務處俞明震以景崧令來觀戰，亦在焉。瑞芳四面背山，形如釜底，前夕甚雨，適國華率營至，未筑壘，入駐金砂局；敵至乃出隊，逼于地勢，擁遏不成列。而日人列隊東西兩山頂，每隊八人，甚嚴整。東面拒三貂四里，日人先驅教民降虜下嶺，進扼九芬橋。臺軍遽開炮，敵伏不動；一時許，俟臺軍槍彈耗，始大呼過九芬橋，而山頂日人乃發槍彈。及金砂局時，已昏暮，日人燃電燈明如晝，臺軍皆驚。國華率隊進爭九芬橋；日人先于澗旁設伏，俟國華至，突起來犯，死傷二十余人，軍嘩潰，不能止。日人乘勢薄瑞芳，劉燕督隊自西面發炮下擊，彈雨下，死十余人，日兵退去。是夜大雨，國華竟拔隊回基隆。四更，張兆連率護衛營冒雨至瑞芳。十日辰刻，國華、連勝亦來會，兆連立九芬橋吹角列隊。日本督三、四百人來攻，每十二人一隊，兩日兵持刀督其后；臺軍槍炮并轟，日兵頗傷亡，稍退。兆連率隊沖入，國華兵不接應。日兵自山頂馳下包抄，斷九芬橋歸路；兆連被圍，受重傷，親兵死亡略盡。陳得勝率八十人、曾喜照率三十余人，涉溪澗冒死入救；一卒負兆連潛涉溪澗得脫，得勝竟戰死，喜照受傷。十一日黎明，日人分兩路專攻瑞芳西面土山，劉燕被圍；炮勇死八人、傷四人，瑞芳遂陷。中法之役，林朝棟駐獅球嶺扼法兵不得前，所部士勇皆勁卒；景崧用廣勇，與士勇積不相能，因移朝棟守中路，以胡友勝統廣勇四營守獅球嶺。于是臺北紳民及英人提理皆言速移朝棟扼獅球嶺，以守為戰，事猶可為；因請基隆同知方祖蔭赴臺北告景崧，且請景崧駐八堵為死守計。景崧言向午聞敗，已令黃義德率護衛營往扎八堵矣。義德至八堵，即馳回，詭言獅球嶺已失，大雨不能駐營；且倭懸六十萬金購總統頭，故乘火車馳歸防內亂。景崧不敢詰。是夜，義德部勇索餉大嘩，徹夜甚雨。十二日辰刻，日兵登獅球嶺，大雨如注；臺兵相拒三時之久，始行潰散。日本大將樺山亦于是日攻基隆，張兆連營棄遁歸臺北。滬尾守備吳覲庭斫斷電線，電報局員盡散。俄而雨稍止，街市寂然。幕客熊瑞圖等為景崧策：速退新竹，就朝棟、永福圖再舉。景崧左右均怒目視，覲庭手槍擬瑞圖曰：總統不寢者五夜矣，諸軍亦宜休息；所畫已定，多言者以是擊之。景崧默然。酉刻，前敵潰兵入城，城中大亂，積尸遍地，有重傷舁回死者；而廣勇、土勇復相殘殺，哭聲鼎沸。未幾，撫署火起，景崧微服遁赴滬尾忌利士德商棧。十三日，乘德兵輪內渡。城中散勇游匪沿途劫掠；藩庫猶存銀二十四萬兩，劫奪互斗，庫中積尸四百余。德商畢底蘭以狀馳告日本營，請速派兵來定亂；十五日，始來收城，兵不過八十名。明日，來千余人。十五日，樺山資紀統大軍入城，步兵二隊駐滬尾、八隊駐臺北；收殘兵四千，檄兵器，送之廈門。