命常青督師渡臺剿賊，以李侍堯為閩浙總督、柴大紀署理水師提督、郝壯猷署理陸路提督。先是，提督黃仕簡、任承恩渡海后，觀望失機；大紀督率官兵、義民收復彰化、鳳山、諸羅、鹿仔港、竹塹等處，郝壯猷在南路亦頗有斬獲。帝聞之，故解仕簡、承恩任，而有是命（續東華錄、清史紀事本末）。
免福建臺灣府屬本年額賦（東華錄）。
三月十日，鳳山城復陷，游擊鄭嵩死焉，壯猷遁歸府城。承恩至鹿港，距大里杙賊巢僅四十里，亦不敢進。爽文之亂也，適當漳、泉二府人械斗之后；爽文既漳籍，泉人不從亂。賊遣偽官來鹿港收稅，泉民林湊等起義，一鼓擒之，故鹿港?？谖词В\所畏惟泉人也。及水、陸兩提督兵至，泉人爭思助官兵殺賊；兩提督不知驅策，彼此觀望，坐失事機。上聞之，改授江南提督藍元枚為福建陸路提督。時諭旨謂大紀、壯猷因仕簡、承恩等觀望，不無效尤，解大紀署任（圣武記、續東華錄）。
諭：福建陸路提督，前因柴大紀守城出力，本欲將伊擢授。但柴大紀于林爽文等滋事之先，不能豫為防范，以致逆匪蔓延，本即有罪；且臺灣原設兵額一萬余名，該鎮督率守城之兵不過一千余名，此外兵丁見作何用，并未據柴大紀奏及，實有應得之咎，不當復邀優擢（東華錄）。
四月，命總督常青為將軍，督辦臺灣軍務。復調廣東兵四千、浙兵三千、駐防滿兵一千，以福州將軍恒瑞、陸路提督藍元枚為參贊。尋改授元枚水師提督、柴大紀署理陸路提督，逮治黃仕簡、任承恩、郝壯猷等，尋斬壯猷以徇軍中（圣武記、續東華錄）。
五月，常青、恒瑞至南路，離府城十里，遇賊萬余；甫交綏即退，又請增兵。賊以其暇，得蠶食各村，脅其不從者輒焚劫。于是泉人亦附于賊，旬日十余萬，莊大田驅以攻府城。其黨錫舍攻大南門；番婦金娘以畫符為女軍師，攻小東門；北路賊許尚等分攻大、小北門。錫舍弟達德勸錫舍降，遣莊允赴府告其族莊子才；為廷理所執，審問得實，使子才作書諭之。錫舍乘間由大南門入，常青令率黨出城建功，大田猶不知也。賊四面攻城，及夕將退，錫舍倒戈相向；廷理等乘勢追殺，賊大敗走。錫舍仍往扎大湖；自是賊匪或時出侵擾、或假道攻擊，俱先期預知者，錫舍敗其謀也。林爽文攻諸羅；諸羅據南北之中，爽文必欲陷之。自六月中攻圍，晝夜不息，賴大紀力守之，為府城屏蔽。又攻鹽水港、鹿仔港以斷府縣餉道，大紀皆分兵擊奪之；決其堰澗，破其炮車，以守城兵四千抗賊數萬，先后百余戰，屢擒偽降謀內應之奸細。又因糧于賊，屢出奇兵，奪其峙積。上以大紀用法嚴明，命載入行軍紀律，為各省法，授參贊大臣。常青遣總兵魏大斌、參將張萬魁、游擊田藍玉、副將蔡攀龍、貴林等三次往援，皆為賊所截，張、魏、田、蔡僅得入城，損兵大半，貴林及游擊楊起麟皆被戕于賊。諸羅圍日密，城中以地瓜、野菜、油囗〈米凡〉充食。大紀告急之文，用小字書寸紙，募人間道夜行，始得達府。常青復催恒瑞自府城、總兵普吉保自鹿港進援，各有兵五、六千，畏賊勢不敢進；恒瑞復張皇賊勢，奏請兵六萬。上知諸將不足侍，詔解常青、恒瑞之任（皇朝武功紀盛、圣武記）。
六月諭：柴大紀自駐守諸羅以來，屢次將賊敗退，實屬奮勉可嘉；柴大紀著即補授福建陸路提督。但柴大紀任臺灣總兵已經數年，于該處情形較為熟悉，將來剿賊完竣，所有善后事宜，正須該提督隨同常青悉心籌辦；柴大紀著以陸路提督兼管臺灣鎮總兵事務，所有福建陸路提督事務著常泰暫行署理。
調陜甘總督嘉勇侯?？蛋渤梭A來京，面授方略，疾馳赴臺為將軍。七月，以內大臣超勇侯海蘭察為參贊大臣，聲言調兵十余萬。柴大紀賞給壯健巴圖魯名號、蔡攀龍強勝巴圖魯名號（皇朝武功紀盛、圣武記、韞山堂文、續東華錄）。
八月諭：蔡攀龍自到臺灣，屢次奮勇殺賊，著有勞績；海壇鎮總兵員缺，即著蔡攀龍補授，以示獎勵。
九月諭：據柴大紀奏，官軍在諸羅城外剿殺賊匪，城內紳耆鋪民挑送飯食、涼水，兵丁得不饑渴。又據常青、李侍堯等奏，牌腹村義民運糧接濟諸羅城中各等語。前曾降旨蠲免臺灣本年應征錢糧，著再加恩，將五十三年分臺灣府屬應征錢糧亦概行豁免。
諭：福建水師提督員缺，著柴大紀調補；其陸路提督員缺，即著蔡攀龍補授，并著授為參贊（以上東華錄）。
十月，所調蜀番及粵西兵五千先至。有旨：官兵不必至府城，當即向鹿港進發。?？蛋仓型韭勝\勢盛，奏請增兵而后進；上嚴飭之，命頒內庫所藏右旋螺帶往渡海。會颶風，不得渡，守風于崇武澳。二十八日，忽得順風，一晝夜數百艘盡抵鹿港海口，檣竿如櫛，列數里。賊聞之，不測多寡，謂真有十萬兵至，始懼，各村莊被脅者望風解散。大兵聲言直搗賊巢，而陰趨縣治（皇朝武功紀盛、圣武記）。
諭：成都將軍鄂輝見在帶領四川屯練兵丁赴臺灣剿捕賊匪，鄂輝久歷行陣，于軍旅較為諳習，亦著授為參贊，協同?？蛋不I辦進剿。
初，上命柴大紀捍衛兵民出城，再圖進取。十一月，大紀奏言：諸羅為府城北障，諸羅失則賊尾而至府城，府城亦危。且半載以來，深壕增壘，守御甚固；一朝棄去，克復甚難。而城內外義民不下四萬，實不忍委之于賊，惟有竭力固守待援。上覽奏墮淚，詔曰：大紀當糧盡勢急之時，惟以國事民生為重；古之名將，何以加茲？其改諸羅縣為嘉義縣，封大紀一等義勇伯，世襲罔替，加太子少保銜；并令浙江巡撫以萬金賞其家。
八日，?？蛋驳绕鹦?。大兵六千，義勇千余，遇賊侖仔頂。海蘭察率巴圖魯侍衛數十沖賊陣，矢無不中，賊披靡。海蘭察笑曰：『此一群犬耳，何畏』！遂怒馬殺入。賊分伏竹蔗林邀截官兵，官兵五隊分戰，再敗之牛稠山。即日，海蘭察抵嘉義城。次日，福康安亦至；復乘勝追賊，克之于斗六門，遂搗大里杙。大里杙已筑土城，頗堅整；賊猶萬余迎敵，乘官兵未集，先來萬炬索戰。官兵千騎伏溝塍閑，銃矢從暗擊明，發無不中；賊遽滅火，鳴鼓來攻。復尋鼓聲擊之，賊旋敗旋進，步騎鏖戰竟夜。黎明，遂克其巢。爽文已攜家走集集埔，乃通生番隘口也；據溪岸壘石環數里。
諭：嘉義縣城被賊攻圍已閱半載，而民人等共知大義，幫同官兵奮勇把守，久而益堅；著再加恩將嘉義縣五十四年應征錢糧再行豁免（以上東華錄）。
十二月五日，官兵攻集集埔，伐箐騰險而上，殺賊千余；又破余賊二千于小半天。爽文先匿其孥于生番社，而自與死黨數十竄箐谷。十三日，先獲其孥（皇朝武功紀盛、圣武記）。
諭：福康安等調度有方，用能克敵致果，迅奏捷音，自應優加寵錫。?？蛋?、海蘭察俱系侯爵，著晉封公爵，各賞紅寶石帽頂、四團龍補褂，以示優異。其鄂輝、舒亮、普爾普等及巴圖魯侍衛章京并在事出力之鎮將弁員等，俱能率領兵民，鼓勇奏績；著查明咨部，一并從優議敘。
命福建督、撫及水陸提督輪年赴臺灣稽查，停止巡臺御史之例；并嗣后臺灣道、府缺出，請旨簡放，著為令（以上東華錄）。
諭軍機大臣等：德成自浙江差竣回京，偶詢及柴大紀平日居官聲名如何；據奏：風聞柴大紀自復任臺灣總兵以后，縱恣自大，且居官貪黷，較之地方文職尤甚。并將臺灣所轄守兵，私令渡回內地，貿易牟利；駐守之兵，所存無幾。上年逆匪林爽文等滋事不法，其始不過會匪黨伙，聽從附和，人數無多；因存城下兵無幾，不能實時搜捕。賊匪糾眾肆擾，距府城止三十余里，而柴大紀尚不思前往堵御；經永福催令出城，始與打仗。又因兵少敗衄，以致賊匪益肆猖獗，不可復制等語。是柴大紀貪縱廢弛，釀激事變，已屬確有可據。?？蛋灿诓翊蠹o種種劣跡，自必有所見聞，即應訪查明確，將其實在款跡，據實參奏；乃僅稱沾染綠營習氣，狡詐難信，而于柴大紀平日如何侵貪激變之處，并未逐款指出。試思柴大紀守城有功之人，若止憑含糊無據之詞，豈能將伊治以無名之罪？今朕于召見德成，無意中偶然詢及，始悉此等情節。所有德成指出柴大紀各款，及此外有何別項劣跡，并著?？蛋病⒗钍虉蚋餍袊啦槊茉L，據實參奏，不得再有瞻徇（圣武記、東華錄）。
五十三年（一七八八）正月四日，林爽文潛出覓食，海蘭察擒之于老衢崎。而莊大田之在南也，雖與林爽文同逆，又各自號召不相下；乘官兵未南下，益焚掠聚糧為旅拒計。已又思出降；計未定而?？蛋惨延谑罩僚Ｇf，大田倉猝出拒，敗而走。官軍連蹴之于大武壟、大目降、南潭、中洲、大小岡山、水底寮，累戰皆捷。極南有地名郎嶠者，負山臨海，最遼阻；莊大田力不支，與其黨潛匿焉。?？蛋蚕惹菜畮熡珊５览@而截之，于是自以大兵環山圍之；賊沖突不得出，陣殺者數千、溺海者數千、擒而戮者亦千余，莊大田并其母皆就獲。凡傅會之嚴煙、劉升、陳泮等，均檻送京師。臺灣平（皇朝武功紀盛、圣武記）。
初，康安之解諸羅圍也，柴大紀出迎，自以參贊伯爵，不執櫜鞬之儀；康安即劾其前后奏報不實。上以大紀固守孤城逾半載，非得兵民死守，豈能不陷？若謂詭譎取巧，則當時何不遵旨出城？其言糧食垂盡，原所以速外援；若不危急其詞，豈不益緩援兵？大紀屢蒙褒獎，或稍涉自滿，于?？蛋睬岸Y節不謹，致為所憎，遂直揭其短，殊非大臣休容之度。又福康安抵諸羅后，凡有攻剿，皆不派柴大紀、蔡應龍；而于擁兵不救之恒瑞，非惟不劾，且屢敘其戰功，曲為庇護。至是，據瑯玕奏：風聞柴大紀私令守兵渡回內地貿易，每月勒繳銀錢；又駐守嘉義縣時，系畏賊不出，并非實心守城。又據李侍堯奏：臺灣戍兵多有賣放私回，以致缺額。其留營當差之兵，亦聽其在外營生，開賭窩娼、販賣私鹽，鎮將等令其每月繳錢，經年并不操演。經李侍堯咨查，始據柴大紀開報，見戍兵實止共有七千五百名；此外則以傷亡散失，無可查核為辭。前歲賊匪滋擾府城時，柴大紀恇怯不敢出戰，經永福等面加誚讓，始帶兵出城等語。奉旨：柴大紀著革職拏問，交?？蛋仓鹨粐缹徝鞔_，定擬具奏。至福建水師提督員缺，著蔡攀龍補授；所遺員缺，著梁朝桂補授（圣武記、續東華錄）。
以臺灣用兵，免福建晉江等八縣本年額賦十分之三、浦城等十二縣十分之二。
諭：柴大紀既貪縱釀變于前，復狡詐欺罔于后；其前此接奉諭旨不肯出城一節，自系因郝壯猷前在鳳山棄城逃回，即于軍營正法，柴大紀心懷畏懼，恐罹重辟，是以不敢輕離該處。設非朕嚴申軍紀，于鳳山失事時即將郝壯猷按律辦理，則柴大紀怯懦畏葸，未必不為郝壯猷之續。今既查明種種劣跡，自應徹底嚴辦。
又諭：柴大紀婪索金銀五、六萬之多，且豫行寄信家中，屬伊子先行防備。見據瑯玕在其屋后地平之下，起出金錠銀兩；可見柴大紀勒索所屬、剝削兵民，貪婪激變種種款跡，已確鑿可據。
三月癸亥朔諭：柴大紀前在嘉義縣防守，未經帶兵出城一節，經?？蛋驳炔槊?，防守嘉義縣俱系義民之力，其未經出城亦系義民不肯將伊放出，伊亦畏賊不肯帶兵出城。柴大紀前次所奏，全不足信。是柴大紀恇怯無用，又復狡展欺飾，并守城亦無寸功足錄矣。
諭；臺灣獲盜，無論首從，皆按律正法。俟五年后，再照舊例分別奏請（以上東華錄）。
泉州各莊，賜褒忠、旌義里名；漳州各莊，賜名恩義村（瞥記）。
四月諭：臺灣逆匪滋事，其始不過無藉匪徒，邀集伙黨，倡立會名，尚無聚眾謀逆之事；前年閩省辦理楊光勛械斗奪犯一案，該省文武各員惟思將就完結，并未將逃逸匪犯實力緝拏。又柴大紀貪縱營私，永福近在同城，又有奏事之責，并不參奏，亦未據實揭報。該省督撫、該道于堵御賊匪固為出力，但核其貽誤地方之罪，究屬功不掩過。永福著革職，送交刑部治罪；臬司李永祺于覆審時不即嚴切根究，殊屬徇縱，著一并革職，留于臺灣效力贖罪；該撫徐嗣曾平時漫無覺察，并著交部嚴加議處。
五月，福康安等奏：臺灣改建城垣，用磚既難拉運，用石尤易矬蟄；請筑土城，高一丈八尺為率。除南北東三面依照舊基外，惟西面一帶瀕海應收進一百五十余丈：共添建城樓八座、卡房十六座、兵房八座。至鳳山縣城偪近龜山之麓，地勢低洼，請移于十五埤頭街地方，仍用刺竹圍插；其舊城基址與彰化縣西八卦山，均應添設石卡一座，駐兵防守。
癸酉諭：前因臺灣戍守兵丁，向內地各營分撥前往，遠涉海洋，紛紛更調，且義民出力者甚多；是以諭令即在臺灣募補，以歸簡便。今據?？蛋驳润w察輿情，若先盡義民挑補，既恐未諳軍紀、不能得力，又恐招募漳、泉之人太多；請于內地征兵內詳加挑選，照依戍兵額缺，令其頂補，自屬實在情形。其熟番既可招募，并請將集集埔等處空余田地撥給番民，自行耕種；仿照屯田之例，將壯健熟番挑作屯丁，設立屯弁管束，自應如此辦理。至臺灣無藉游民不安本分，武斷一方，名為羅漢腳；此等惡習最為可惡，與四川囗〈口固〉嚕匪犯無異。見經大加懲創之后，不可不實力查拏，務使不復有此項名目，方為妥善。