二月十二日，澎湖有法船六只，泊在珠水、烏嵌開邊海面。十三日，六只內分一大船泊近蒔里澳，三船駛至媽宮、西嶼，二船至觀音亭后，齊開大炮，縱橫轟擊。總領前路各軍代理澎湖副將周善初、管帶練軍澎湖都司鄭漁出隊抵御，各炮臺亦開炮還攻；法兵將四角山、觀音亭等處炮臺及媽宮協署街道營房一律轟毀。周善初等不能抵敵，退往大城。十四日，法泊蒔里澳大船近岸，渡兵三百余人登岸，攻撲珠母水澳；管帶綏靖副中營副將陳得勝率隊相持，未久即退。十五日，法兵八、九百人復由雙頭跨登岸，徑至大山城下；周善初率守備馮楚燊接仗。陳得勝帶隊來援，手骽受傷。又調同知關鎮岳、通判梁岳英來援；關鎮岳為飛彈中傷，周善初等退往赤嵌北山。澎湖遂失（劉壯肅奏議）。
諭：已電孤拔于三月初一日停戰，開臺灣北海封口（東華錄）。
四月，法和議成；二十七日，畫押。五月六日，李士卑斯送信至蘇得勝營，約請親到基隆交還。九日，法兵全調往澎湖（劉壯肅奏議）。
五月，臺澎道劉璈革職，聽候查辦。初，劉銘傳由京渡臺，道經上海，適有記名道朱守謨懇隨東渡，月給薪費銀一百五十兩。該道素性奢侈，未及一月，即稟稱不敷用度，月需銀三百余兩；聲明實報實銷，不能限制。當經批駁，月增公費銀五十兩，旋即給假。通商委員李彤恩兼辦滬尾營務，朱守謨嫉之如仇。守謨又擅用庫銀二百余兩，并未報銷，特至臺南招搖播弄。復至福州省城，左宗棠聽守謨一面之詞，不能無惑于基隆之退；奏參知府李彤恩不審敵情、虛詞搖惑，以致基隆被踞。奉旨：將李彤恩革職。于是劉銘傳覆陳臺北情形，請將彤恩開復原官，另折奏參朱守謨傾陷李彤恩等情。奉旨：著楊岳斌將朱守謨飭提赴臺，歸入前案秉公研究。劉璈之任臺澎道也，擁兵二萬，皆湘人。臺灣進口洋藥、厘稅歸董事陳郁堂包辦；十年九月法人封口，照常征收，絲毫不解。十一月底，劉稟報臺南餉竭，潰散堪虞，截留臺北協餉五萬兩。十一年三月，由糧臺沈應奎查出中路鹿港等口隱匿厘金四萬六千余兩，稟請查追；陳郁堂始報稱臺南征收一萬五千余兩。劉銘傳札提陳郁堂來轅訊究；璈復稟請全臺洋藥、厘金每年加征十萬元，仍由郁堂包辦，抗延不到。于是檄令劉璈撤任，聽候查辦；專折嚴劾軍務之壞、鹽務之壞、厘金之壞、礦務之壞、吏治之壞自劉璈始及其聳各軍以圖內亂、激強敵以絕臺援、誑朝廷以陷督師、擁巨餉以速軍變四大罪，貪污狡詐，劣跡多端；請旨革職，特派大員渡臺逐款查辦。刑部尚書錫珍、衛榮光偕楊岳斌到臺確查覆陳，李彤恩驅逐回籍；朱守謨革職，永不敘用；劉璈查抄、斬監候，后改遣戍。
六月十二日，法兵退出澎湖（以上劉壯肅奏議）。
楊岳斌、劉銘傳、孫開華奏：臺北解嚴，請將歷年戰守尤為出力將弁、官紳及籌運出力人員獎勵。奉旨：量行核減陣亡之總兵曾照禮、副將劉義高、千總段有升、把總尤運農、祁文等均著交部照陣亡例從優議恤。
七月，命穆圖善來京陛見，以古尼音布署理福州將軍。
八月，劉銘傳奏：臺灣南路率芒、董底兩番社與七家山番械斗，副將潘高升不為伸理，并縱勇袒助七家山番，致兩番社聚眾滋事，請旨將潘高升懲辦。奉旨：潘高升著即行革職，歸案審辦。
大學士軍機大臣二等恪靖侯左宗棠薨于福州（以上東華錄）。
九月，奉旨將福建巡撫改為臺灣巡撫，常川駐扎；福建巡撫事，即著閩浙總督兼管。所有一切改設事宜，該督、撫詳細籌議奏明辦理。嗣經會議：臺灣本隸福建，應照新疆巡撫關防名曰福建臺灣巡撫；學政應照前議歸巡撫管理，文武闈援照安徽匯考之例仍歸福建應試。旗后、滬尾兩海關可否援照浙江之制改歸巡撫監督，應請敕下將軍奏辦。澎湖須設重鎮，擬將澎湖副將與海壇鎮對調。臺灣改設行省，必須以彰化中路為省垣，方可南北兼顧。撫標左右兩營，省垣未定，暫留閩省，仍歸總督兼管。添設藩司一員，綜核錢糧、兵馬，整頓廳縣各官；并設庫大使一員，兼經歷事。臺灣道向兼按察使銜，一切刑名由道審轉；其驛傳事務，亦由道兼治。添設司獄一員，毋庸另設臬司。臺灣鹽務，場產不足，由內地運售，名曰唐鹽；長泰、南靖等縣澳引額定例撥臺灣代銷，每屆奏銷由鹽法道匯核造報，應請仍照舊章辦理。銷去總兵「掛印」字樣（劉壯肅奏議）。
十月，淡水馬來番就撫。淡水東南三十里屈尺莊、拳山堡、大溪一帶迫近內山，生番總目馬來號稱驁桀，前巡撫岑毓英招撫未成。法兵既退，臺南副將潘高升殘殺無罪番，劉銘傳疏劾之。馬來謂新帥一視民番，遂降。定規約十條，以社目為社丁，月給勇糧如營制；總目銀六兩，按月至縣署親領。提督劉朝佑自馬來辟險百里為巨道，通宜蘭。于是新竹、彰化一帶生番，亦招撫。新、彰交界罩蘭莊東南全系生番，新設埔里社在生番之后；副將周鳴聲帶練兵一營屯扎埔里社，令譯人前往勸諭。旋據沙里興等七社至營乞撫，章程即照馬來八社辦理。臺灣向有撫番經費，在屯租項下撥給；劉銘傳奏將屯兵一項酌量裁減，無須另籌經費（同上）。
福建臺灣巡撫劉銘傳因病乞休，不允；命賞假兩月。
十二月，楊昌浚奏：奉諭臺灣地輿袤延甚遠，應否添設臺北道，悉心妥議；添設臺北道，不如添設藩司。從之（以上東華錄）。
是年，由兩廣總督張之洞代臺灣購制造槍彈機器一副，經記名提督劉朝干在臺北府城北外買民田積方三千八百九十丈七尺八寸，并砌筑基址；分赴內地采辦木料，督造機器局。自六月興工，至次年二月訖工，建成正、側各屋小機器廠一百十七間，通計筑墻、浚井、砌路、開溝、填河工料銀二萬三百二兩五錢。臺北軍械無處存儲，即就偏西地方建造軍械所七十三間，需工料銀萬六千三百七十二兩七錢八分（劉壯肅奏議）。
——錄自福建通紀卷十九。
十二年（一八八六）正月，淡水大科崁與新竹菜甕諸番既就撫，肆殺如初。劉朝佑率軍進扎頭寮，大科崁十三社咸就撫，惟貓里翁八社不下；朝佑瘴疾歸。巡撫劉銘傳督同唐仁元等三營由東路入、章高元等兩營由西路入，菜甕以南六十余社番畢下。春深瘴作，方息軍，而三角、屈尺諸化番忽見殺；偵其為加九岸竹山番也，乃命唐仁元深入百五十里，涉蠶叢絕險拔之，而北道以靖。林朝棟之壁罩蘭也，武榮十余社番殺人抗拒；飭哨官蘇益元潛入東勢角繞出武榮社之后，提督柳泰和又率師克帶目二十余社。武榮等社均懼，乞降。新竹大湖番迭出火民居，朝棟與泰和辟道四十里，深入拔之。南路嘉義土匪構行，提督章高元壁嘉義，別遣將撫后山花蓮港六十余社；后山統領張兆連亦撫恒春、埤南番百七十余社。復請自嘉義開道達埤南，減恒春道數百里。半歲間，招撫四百社，暑作兵乃歸。七月，蘇魯番既就撫，突殺罩蘭民，復結馬那社繳歸化旗以叛。林朝棟、柳泰和困山中，劉銘傳檄總兵吳宏洛督兵踰絕險，環攻一月，拔其巢。番酋誓天不復反，乃訴官民侵虐狀；劉銘傳為易墾吏，劃其地而還。北路白阿社復殺民勇二十余人，內閣侍讀學士林維源請討，復合諸將深入襲之；其酋馬來詩昧率妻子以降，赦不殺。分遣諸將拔余社，畢下之（劉壯肅公奏議）。
二月，命內閣侍讀學士林維源前赴臺灣幫同劉銘傳辦理臺北開墾撫番事務。
三月諭：劉銘傳奏澎湖為閩臺門戶，非特設重鎮，不足以資守御。楊昌浚與該撫意見相同，擬將澎湖副將與海壇鎮對調，仍歸總督管轄等語。即著楊昌浚、劉銘傳會同籌議具奏（以上東華錄）。
四月，劉銘傳奏將全臺田畝一律清丈，南北兩府各設清賦總局。調官吏三十余人履各縣，合正紳數人先行會查保甲，逐戶問田園多寡，然后勘丈以校之；前匿者免其罪。私租悉革，一入公家。嚴官吏賞罰為策勵，善者按異績補署，賄匿者劾之。嗣以嘉義、鳳山兩縣因原丈未能核實，覆丈需時，彰化土匪滋事，業戶不無觀望；雖經撲滅，必須另行分別辦理，奏請展限六個月（劉壯肅奏議）。
劉銘傳奏：各路生番巳招撫四百余社、歸化七萬余人，請將開山剿撫尤為出力官紳給獎。允之。
七月，楊昌浚等奏：臺灣現在整頓海防，百廢待舉，加于改設行省，經費浩繁。如澎湖一島辦防需銀八十萬兩，業經臣等先后奏請，敕部指撥。此外辦防、制械、設電、添官、分治、招墾、撫番，在在均關緊要。至建立省城衙署、壇廟各項工程雖不妨稍緩，惟既經分省，亦不能不次第舉辦。臺地防營，除裁撤外，尚存三十五營，分防沿海二千余里，勢難再減。臣等悉心籌劃，擬由閩海關本年照舊協銀二十萬兩，經臣銘傳咨請福州將軍古尼音布嗣后由廈關徑撥解臺。其閩省各庫局，無論如何為難，每年按限協銀二十四萬兩，陸續籌解。并請旨飭下粵海、江海、浙海、九江、江漢五關每年協銀三十六萬兩，共成八十萬兩，以五年為度。統計閩省及閩海關所協四十四萬，合之臺內歲入百萬兩，專為防軍月餉之需。其五關每歲各協銀七萬余兩，尚屬輕而易舉；而臺事稍得藉手，庶不致盡托空言。仍求朝廷寬以時日，容臣銘傳次第舉辦。現已奏明清理田賦，并隨地隨事力求整飭，變私為公。如三、五年后能照部議，以臺地自有之財供臺地之用，即當奏請停止協款。
九月，劉銘傳奏：臺灣產樟腦、硫磺兩項，民間私煮私售，每多械爭滋事。經內閣學士臣林維源、道員林朝棟等籌商收歸官辦，以助撫番經費。臣查硫磺一項，歷由已革浙江候補知府通商委員李彤恩兼辦，飭令該委員會同候補知府丁達意將樟腦、硫磺籌議辦理章程，以收自然之利。據李彤恩等稟稱：樟腦一項，近來日本出產甚多，香港腦價日落；若歸官辦，每石可獲利二、三元，臺產每年可出樟腦萬石。硫磺，臺產最佳，經前兩江督臣沈葆楨奏請開禁，采備官用，歷年辦有舊章；每石成本洋一元，官買每石價洋三元，每年出產六、七千石，上等硫磺每年約出千石，均解歸官用。其次積聚三千余石，官既不用，商禁未開，不能出口；日久愈積愈多，不獨糜費、棄置可惜，且香港年銷硫磺至萬余石，運至江南、天津一帶熏炙葵扇、草帽，蒸炊餑餑，制造爆竹，銷路甚廣。臺灣磺產甚佳，奸民私煮，私運出口，不一而足。以自采之磺，禁不出口；既聽日本暢銷，又不能禁止奸民私煮。若設法經理，雖獲利無多，于撫番經費不無少補等情前來。臣查臺灣樟腦、硫磺兩項，每年可獲利三萬余元；以后若能出產多、銷路暢，經理得人，日漸推廣，實于國計民生兩有裨益。相應請旨一體開禁，以暢銷路，而免堆積。允之。
十三年（一八八七）二月，以邵友濂為福建臺灣布政使（以上東華錄）。
四月，李鴻章有議覆醇親王臺灣鐵路借款函，略云：查臺灣籌辦海防、開擴商務，必以興修鐵路為根基。光緒初年，丁雨生早有此議，而未果行。茲省三招商集議，幸有成局；殿下主持大計，自應樂觀厥成。核其所擬章程，系由商人借本百萬，俟車路造成，在于所收腳價內分年償還本利；此固外洋恒有之事。議息周年六厘，雖較津借德債利息稍重，而臺路成后，貨物出產，轉運必多，獲利亦必較厚；息從路出，似尚無妨。且聞該官商已與洋行定議，亦難再令核減。至所請林學士專折奏事一節，自因該學士殷實正派，為商民所信服；但止可責令督飭商人委員認真籌辦，勿任滋弊失信，省三必當綜其綱要；應如鈞諭，仍由臺灣巡撫領銜會奏為妥（海軍函稿）。
六月，予故臺灣副將張東麓等二十八人照軍營病故例，從優議恤。
八月，福建臺灣水底電線成（以上東華錄）。
臺灣巡撫劉銘傳奏：改設事宜，擬照前撫岑毓英原議，分彰化東北之境設首府曰臺灣府，附郭首縣曰臺灣縣。將原有之臺灣府、縣，改為臺南府、安平縣。嘉義之東、彰化之南，自濁水溪始、石圭溪止，添設一縣曰云林縣。新竹西南各境添設一縣曰苗栗縣。合原有之彰化縣及埔里社通判四縣一廳，均隸臺灣府屬。其鹿港同知一缺，應即撤裁。淡水東北四保之地，撥歸基隆廳管轄，將原設通判改為撫民理事同知。后山形勢，北以蘇澳為總隘、南以卑南為要區，控扼中權，厥惟水尾，擬添設直隸州知州一員曰臺東直隸州；左界宜蘭、右界恒春，計長五百里，寬三四十里、十余里不等，仍隸于臺灣兵備道。其卑南廳舊擬改設直隸州同知一員，水尾迤北為花蓮港所墾熟田約數千畝，擬添設直隸州判一員，常川駐扎，均隸臺東直隸州。
初，章高元自拔埔社開至丹社嶺，造路一百二十二里；張兆連自水尾開至丹社嶺，造路六十里。峭壁深溪，自冬及春，懸崖伐木，一律告竣。兆連復招后山二百十八社、高元撫前山二百六十社，都八萬八千人，可墾田園數十萬畝。遂頒憲書、設條教，薙發，立社長束之。五、六月間，疫癘大作，守隘勇丁避疫山外，山番被疫尤重。其俗：殺人禳災；于是北道大埧諸番復肆殺，竿其頭于門。諸將請討。八月，暑氣稍退，提督李定明以四營隨林維源就近剿辦。九月，維源率將討平之。而中路里冷白茆復肆殺，林朝棟、朱煥明并往討之；連戰二十日，軍且殆，卒攻其穴，迭敗之。番埋石誓天不反，乃歸。