十月，劉銘傳奏臺灣水師員缺并武職補(bǔ)署章程：臺灣綠營額設(shè)水陸十八營：水師七營、陸路十一營，共額兵一萬四千余人。自同治八年左宗棠奏準(zhǔn)裁兵加餉后，存兵七千七百余人。光緒三年，丁日昌復(fù)請?zhí)趿魪?qiáng)，暫停募補(bǔ)。截至光緒八年，經(jīng)臺灣鎮(zhèn)總兵吳光亮續(xù)裁，實(shí)存兵數(shù)四千五百余人，年支餉銀十七萬余兩。統(tǒng)計水陸現(xiàn)存兵額內(nèi)，水師七營分隸澎湖、安平各協(xié)；除澎湖水師兩營兵丁暫照原章，俟總兵吳宏洛接任再議整頓外，其余安平、滬尾、噶瑪蘭水師五營久無船械，未便任其廢弛，擬請改為陸路，仍隸原營。并請將安平副將移駐后山水尾，改為臺東協(xié)；北路副將移駐埔里社，均作為陸路題補(bǔ)之缺。就現(xiàn)在軍營官弁并投效武職之中每月考試，如五槍能命中三、四者，即分別奏咨留標(biāo)；以后考列在前，準(zhǔn)其補(bǔ)署經(jīng)兵。部議覆：所請安平水師副將移扎后山水尾暨安平以下水師各營均改陸路，應(yīng)毋庸議。至臺東如何設(shè)官控制，準(zhǔn)在附近水陸營抽撥布置（以上劉壯肅奏議）。
十四年（一八八八）二月諭劉銘傳：據(jù)總理各國事務(wù)衙門奏臺灣設(shè)局抽收洋商厘金與約不符、請旨遵辦一折，臺灣為通商口岸，洋商應(yīng)完出口正稅，向不抽厘，既據(jù)該使臣等屢次據(jù)約陳請，著劉銘傳將抽收洋商厘金一事，即行停止。至該省應(yīng)如何征收落地稅厘，著另行設(shè)法辦理；總應(yīng)征之華商，彼自無所借口（東華錄）。
五月，臺灣水陸電線告成。自十三年三月甫將基隆、滬尾合至臺北兩線動工，八月，怡和洋行承辦水線，裝由飛捷輪船到臺，鋼殼四鐵葉輪船一只、修理電線機(jī)器一副、測量機(jī)器一副。各局電報機(jī)器由臺北滬尾達(dá)福州之川石，海程水線妥安，福臺兩省先行通報。續(xù)至澎湖放線，抵臺南之安平口。陸路前已勘明，于十一月間由臺南接辦陸線，取道彰化，迤邐而北。十四年二月，與臺北之基隆、滬尾兩線接通。統(tǒng)計水陸設(shè)線一千四百余里，分設(shè)川石、滬尾、澎湖、安平水線房四所。除臺南、安平、旗后原設(shè)報局三處外，添設(shè)澎湖、彰化、臺北、滬尾、基陸局五處。一切材料、機(jī)器、水線、輪船、木桿工程、勘路、轉(zhuǎn)運(yùn)、局員經(jīng)費(fèi)、洋匠薪資，共銀二十八萬七千兩（劉壯肅奏議）。
初，十三年三月，臺灣興造鐵路，經(jīng)商務(wù)委員張鴻祿、李彤恩函招新嘉坡、西貢等島閩商陳新泰、王廣余等，僉稱俱愿回籍合辦。復(fù)經(jīng)委員集股，訂購輪船二只，由英、德兩廠購辦鐵路鋼條三百三十里、大小鐵橋十一道、火車客車七十具，自基隆至淡水六十里、自基隆至臺南六百余里，約需銀百萬兩。惟基隆至淡水山河復(fù)雜，須挖山洞九十余丈，大小橋梁百二十余座，挖高填低工程，均由商務(wù)局雇夫興辦。稟請巡撫挪用銀二十萬兩，又給頭批鋼條等款十萬兩。至是李彤恩病故，各商稟請歸官自辦；已繳現(xiàn)銀三十余萬兩，愿留快船兩只作抵。基隆至淡水，本年內(nèi)即可完工。由基隆至臺東，除大甲溪外，別無大工耗費(fèi)；復(fù)經(jīng)劉銘傳飭工師勘估，需銀六十余萬兩，核之原估百萬數(shù)目相符。擬盡購到鋼條辦至彰化，再行量力以籌。奏請將閩省每年協(xié)濟(jì)銀四十四萬兩，至十七年春季止，尚存未解銀一百零四萬兩，暫挪先修鐵路；竣工后，即將所收腳價歸還成本（同上）。
楊昌君等奏：臺灣洋面遼闊，港囗〈氵義〉紛岐，緝捕巡防，關(guān)系緊要。部議以經(jīng)制水師各缺，未便全改陸路，系為專汛防守起見；至安平水師副將，昔年建設(shè)，原屬要缺；第沿海情形今昔不同，而臺東控扼后山，議設(shè)武職大員，未便稍涉遷就。臣等往返函商，安平僅距臺南府城數(shù)里，臺灣總兵有水陸兼轄之責(zé)，駐扎府城，足可照顧海口；副將一缺，久為虛設(shè)。臺東為后山扼要之區(qū)，非參、游所能鎮(zhèn)壓，就近營分無可抽撥；現(xiàn)又未便輕議添設(shè)，徒糜餉需。若以安平水師副將改為臺東陸路副將，所屬中、右兩營都司等缺隨同移撥；其左營游擊現(xiàn)駐鹿港，將來中路有撫標(biāo)兩營分布，不虞單弱。應(yīng)將鹿港游擊作為安平水師營游擊，隸臺灣鎮(zhèn)管轄。所有臺灣鎮(zhèn)屬之恒春游擊改隸臺東，仍使鎮(zhèn)、協(xié)兩標(biāo)各符原管之?dāng)?shù)。似此量為布置，餉項(xiàng)毫無所增，于新設(shè)地方得有實(shí)濟(jì)，而于水陸營制亦屬相符。相應(yīng)請旨飭部議行。下兵部議奏（東華錄）。
七月，澎湖、基隆等處修造炮臺，并購造各船炮。各口自十二年正月興工，分筑炮臺。惟安平舊臺尚可修葺應(yīng)用，其余基隆、滬尾、澎湖等處，皆擇地另造新臺。旗后本有炮臺一座，后在太平山添筑一座。本年春夏，各軍陳報，濠溝、兵房并外圍均已完工；因炮位未到，子墻寬窄高低，須視炮架部位，方能定筑。澎湖筑臺四座，基隆、滬尾各二座，因地勢土松沙濕，各兵房俱仿外洋圖形，用鐵水泥三萬六千桶。又由英商議購新式后膛鋼炮三十一尊，隨配炮彈架具，包運(yùn)到臺，共規(guī)平銀六十萬兩。先運(yùn)到大炮十七尊，其余由上海續(xù)運(yùn)。據(jù)監(jiān)工洋人鮑恩士并炮廠派來總兵聞德詳勘，各臺均能合度：惟子墻炮基亟須鐵水泥，用石子與鐵水泥參合，須用十二萬桶。計澎湖、基隆、滬尾、安平、旗后五海口共造炮臺十座、沈雷六十、碰雷二十，配齊雷線及應(yīng)用各機(jī)，約銀二萬兩，硝磺火藥約銀萬兩。又購鋼快船二，曰斯美、曰駕時。前法事急時，購?fù)喆唬贤ā⒈边_(dá)、前美、如川小輪船四。十三年購?fù)ㄝ喆弧Ｊ哪旯ぷ鳎瑥?fù)造小輪駁船一，挖泥機(jī)器船一（劉壯肅奏議）。
九月朔，施九緞圍彰化縣城，索焚丈單。九緞，二林上堡浸水莊人；耕作營生，家頗饒。性呆戇，信鬼神，常仗劍破額，作戰(zhàn)童狀。先是，彰化知縣蔡麟祥率巡檢黃文瀚、吳云孫等從橋仔頭丈起，大約每甲田止長加一，若有錯誤者改之。嗣李嘉棠接篆，奉令催迫，盡變舊章。各堡派員清丈，不計田之肥瘠，一年間盡行丈完；催各堡領(lǐng)丈單，每甲納丈費(fèi)二元。計彰邑原賦額三萬有奇，至是清丈約有二十余萬；各委員在縣署分給丈單，領(lǐng)者寥寥。時西門民家有雞，雌化為雄，謠言頗起。嘉義縣亦催領(lǐng)丈單，民間騷動，會盟糾眾。統(tǒng)領(lǐng)武毅右營提督朱煥明（安徽人）本駐彰邑，劉銘傳檄往嘉義彈壓；撥棟營副帶林超拔駐彰城。煥明到嘉義，焚莊社，趕散余黨；有李盤同余眾入彰屬，住湖仔內(nèi)楊中成家。彰邑二林、馬芝一帶，或居海濱、或界溪邊，沙埋土瘠，領(lǐng)者更少。嘉棠見嘉義知縣羅建常收繳丈費(fèi)起色，為上游優(yōu)擢，因此倍加操切。八月，將稟準(zhǔn)正法之犯林武、林番薯二名帶往北斗、西螺兩處釘死；又將未詳辦之簡燦捏報病故，帶到鹿港大橋釘死。傳者誤指簡燦為在押之許貓振；伊弟得龍謀奪不遂，乘間擁搶鹿港鹽館，從者有湖仔內(nèi)楊中成、番薯莊施慶并余匪二百余名。嘉棠回彰，聞報往勘；許得龍、施慶等糾眾在大路伏截。嘉棠在鹿港游擊鄭榮（紹興人）署請鹿紳為導(dǎo)，由小路回邑；鹿紳施家珍一時召勇不及，取恨嘉棠自此起，時八月二十八日也。二十九日，有人入城，分黃布為號；翌日，九緞立神轎后如戰(zhàn)童，率楊中成、許得龍、李盤等并余匪數(shù)百，以索焚丈單為名，旗書「官激民變」，下令不準(zhǔn)搶劫人家財物。西門外六莊總理王煥派給眾食，駐扎南瑤宮；至日晡，不期而臨城下者數(shù)千人。登城彌望，草木皆兵。自晨至午，發(fā)電數(shù)十次；旋電桿盡斫斷。嘉棠在城，率都司葉永輝、棟營副帶林超拔、都司洪盤安分守城上，清丈委員知縣龍贊岡、縣丞林錫圭、都司劉韶華亦上城防守；并扎飭各堡紳董，每堡召勇二百名，倉猝寫二百作二名，兼以道路不通，各堡驚疑，無人入援。鹿港鄭榮惟數(shù)十名兵守土城，紳商連結(jié)，僅能自保。二日，提督朱煥明在嘉義聞報回援；至東螺、北斗街，紳董告以人情洶洶，途中恐有阻礙，弗聽。是日拔隊(duì)至大埔心，便有匪類尾其后，沿途截殺；營勇死者十余人，鎗子俱竭。煥明奮勇奪路，手刃十余人，奔至口莊竹巷尾，九緞?chuàng)肀娪瓪ⅰ髟谒饔^音廟橋頭殉難，其馬被李掽奪去，余勇奔散入城；同殉難者，陳鳴魁、陳明良、王得勝、李海山、蕭云華、李太和等。三日，嘉棠請教諭周長庚暨局紳吳景韓、總理蔣攀龍、吳維邦至平和厝開道解圍；九緞不敢加害，然必欲焚丈單。長庚等回城，嘉棠猶豫未決；旋備焚丈單告示發(fā)貼，以為緩兵之計。四日，外援不到，油米告竭；嘉棠飭籌安局紳將游手丁壯，半收作義勇、半驅(qū)出城外，其余老幼乏食，開綏豐倉發(fā)米，城中恃以無恐。五日，匪黨迫城，嘉棠親持令箭上城，日夜防守，衣不解帶。林超拔鎗發(fā)皆中，守御無少疏懈；葉永輝亦率兵堵御，城賴以不破。七日，棟營統(tǒng)領(lǐng)林朝棟自臺北聞變，回霧峰，至田中央調(diào)撥兵勇，夜帶同從九林福浚、縣丞林文榮募土勇八百名分扎市仔尾；副將余保元衛(wèi)隊(duì)林青云偃旗息鼓，一擁登陴，斬首十七級。林超拔亦于城上夾擊，順勢奪八卦山。嘉棠率洪盤安土勇奪回南瑤宮番社，各匪如鳥獸散，盡奔西門而去，退住平和厝王煥莊中；彰化圍解。十一日，朝棟派都司洪盤安、李定邦等分剿南路浦尾、大岸頭、瓦窯等莊，知縣龍贊岡分剿中路頂侖仔、平等莊。其北路磚仔窯及中路平和厝兩莊，以林文榮帶領(lǐng)練勇攻取，已革甘肅知縣張紀(jì)甫隨同林青云帶隊(duì)策應(yīng)。林福浚帶棟前營由三塊厝等莊至平和厝，文童林朝瑞、林超拔帶隊(duì)策應(yīng)。匪眾駐平和厝，出圍接仗。朝棟督超拔向前包抄，余保元由后掩襲，環(huán)戰(zhàn)二時之久，陣斬三名，并先鋒一名；各黨棄莊奔潰。磚仔窯亦經(jīng)文榮、青云等同時攻破，并由各營連破竹圍二十一處，斬首四十一級、生擒八人，隨時梟示；余匪盡奔浸水莊而去。朝棟備文稟獲勝情由，請一面解散脅從，惟為首者罪在不赦。十二日，巡撫委臺東州吳本杰、福寧鎮(zhèn)曹志忠、藩司沈應(yīng)奎往查激變情形。又駐雞籠總兵竇如田帶銘字三營、都司鄭有勤帶隘勇二營，于七日至大甲、八日至牛罵頭，勇丁與街眾滋事，斃數(shù)人；莊民蔡訪鳴鑼聚眾，竇勇退守牛罵頭山。紳士蔡占鰲接濟(jì)糧食始散，帶蔡訪到彰化正法。十四日，各統(tǒng)領(lǐng)到，嘉棠倡攻二十四莊。是夜已發(fā)令矣，浙人凌云在幕，知二十四莊之冤，向鄭有勤曰：朱煥明一隊(duì)遇害，始自武西堡、大埔心沿途截殺，至燕霧、下堡、茄冬林，兵勇?lián)p傷過半。游擊丁廣齡死在其處，距二十四莊十余里；至茄冬腳莊，始為二十四莊界。是殺官軍者，不獨(dú)二十四莊也；緣朱煥明殉節(jié)在口莊尾耳。鄭遍告各統(tǒng)領(lǐng)，始收令。周長庚、葉永輝代限至翌日酉刻，如二十四莊不領(lǐng)義旗者，即行剿辦。是夜差人著二十四莊紳董入城領(lǐng)旗；至酉刻，無一至者。長庚、永輝到籌安局，嗟嘆不已。局員吳德功懇向統(tǒng)領(lǐng)再限一天，泣告二十四莊生員陳捷華、總理沈大英等十余人，由小路至邑，泥淖沒脛，夜同德功、長庚、凌云帶謁統(tǒng)領(lǐng)及嘉棠，限以捆送李椪等。于是線東西數(shù)十莊、貓羅三十五莊及東西螺各領(lǐng)義旗，民心始定。嘉棠以鹿港郊商抗領(lǐng)丈單，甘心助賊，宜攻毀；沈應(yīng)奎不允。鹿紳蔡德芳、許士昆等到彰見應(yīng)奎，面陳激變情由，語礙嘉棠；應(yīng)奎稟撤嘉棠任，嘉棠恨鹿紳益深。十六日，嘉棠請澎湖鎮(zhèn)吳宏洛攻鹿港。附鹿莊民，扶老攜幼，露宿街中；蔡德芳秉燭危坐，達(dá)旦不寐，以安民心。沈應(yīng)奎止宏洛，不可；爰電請劉銘傳，以一攻鹿港，其白沙坑二十四莊、線西五十三莊皆望風(fēng)而變，地方何堪設(shè)想，銘傳遂電令宏洛歸應(yīng)奎節(jié)制。二十三日，探報施九緞、楊中成回家。宏洛會商應(yīng)奎，督軍分道圍捕；鹿港游擊鄭榮、廩生施家珍亦率勇。會九緞逃去，至湖仔內(nèi)圍；中成亦無蹤跡。嘉棠遂稟巡撫，以家珍等通知九緞，致令大兵圍捕無跡，請加之罪，令家珍等跟出九緞等匪。二十八日，吳宏洛、曹志忠、竇如田、鄭有勤回臺北。二十九日，李嘉棠撤任，以朱公純接彰化縣篆，出示購緝施九緞、王煥、楊中成、李盤、施慶、許得龍等，其余赦之，并免全臺丈費(fèi)（瑞桃齋施案紀(jì)錄）。
十一月六日，沈應(yīng)奎赴嘉義，施家珍等送之，臨別勒緝九緞等。而各莊甘為掩匿，致南北購線，極力追尋，訖無以應(yīng)。巡撫劉銘傳奏撤嘉棠保案，并革施家珍、施藻修衣頂。七日，兵備道唐景崧抵彰，查嘉棠激變情由，詳請奏參；布政使邵友濂亦以嘉棠視民如讎，詳請革職，永不敘用。嘉棠因稟巡撫，以周長庚與鹿港紳士相通情弊。長庚稟稱：當(dāng)時危急，請長庚冒險縋城解圍；及事后，誣人通弊如嘉棠者，是誠何心！銘傳令新任彰化縣羅東之、臺灣縣黃承乙會審，各具親供送呈臺北。前任彰化縣朱公純、鹿港鹽館總辦劉竺保，皆以不附嘉棠相繼撤委。嘉棠于十五日往臺北，力言長庚與鹿紳朋比為奸。長庚請假會試，十九日由土葛窟港內(nèi)渡；銘傳電諭不準(zhǔn)會試，羅東之追留不及。銘傳因電達(dá)閩、滬等處拘長庚，一面札飭鄭榮、施家珍等到臺北候提集周長庚訊鞫（同上）。