國軒離漳州城五里而軍。援漳兵共十余萬，國軒兵亦有萬余；營壘咫尺相望，指揮自如，諸軍畏之如虎。國軒以果堂要地，于果堂后版尾地方再筑一寨。工未就，援兵數萬齊至，銳不可當。國軒與吳淑、何佑、林升、江欽兵不滿二千，奮勇死斗。日午至申，沖擊數迭。國軒戒依寨，且守且戰，斬章京石兒等；其余帶傷以數千計，始引回。國軒時縱卒渡河沖擊，身登士阜，據胡床，張蓋而觀之。又善用間諜，敵人纖悉必知，時謂之「劉怪子」。姚啟圣遣人至海上議息兵，又說國軒使罷兵就撫，國軒巽詞以謝。啟圣設修來館，懸重賞，海上文武兵將來者俱償銀有差。時諸軍缺糧，國軒一切不禁，頭領與兵下、長發與短發，往來循環，國軒兵額亦不缺。十一月，吳淑守版尾寨（三藩紀事本末作蕭井寨），清兵筑壘環攻，淑處之晏如。身被傷，復病，時值陰雨，新筑垣壘多壞，揮左右避之，自踞床而臥。八日夜二更，墻傾壓死（紀事本末作十月事）。舁至思明州，經親臨哭之，以其子吳天駟為建威左鎮，統其兵。時官軍戰艦皆集，萬正色謀于興祚曰：『子沿海與之上下，吾張水師；以諸將之銳，方船以逼海壇，子攻其陸、吾薄諸水，破之必矣』（海上見聞錄、三藩紀事本末、小腆紀年）。
宣義將軍尚之孝奏：康親王咨稱福建、江西接壤之地，尚有逆賊江機、楊一豹擾害建寧、邵武諸處，令臣速進兵剿滅。臣星夜至汀州，整頓甲兵進剿。
福建總督姚啟圣奏：臣以進攻廈門、金門等島，酌撥兵一萬四千名赴水師提督萬正色軍前；第沿海諸汛地兵力單弱，請召募新兵補額。
福建提督楊捷奏：江西賊首偽都督呂貴等率賊三千余人犯崇汛，建寧城守游擊李英破賊于岑陽山，悉殲其眾（以上東華錄）。
十二月，姚啟圣、吳興祚大集舟師攻廈門，題請水師克期協攻。經以林升為總督、朱天貴為副，率諸軍御之（海上見聞錄）。
福建水師提督萬正色奏：新船雖竣，舊船尚在督修，且檄調諸路兵及炮手猶未悉至，臣先以新船配官兵赴定海訓練，俟舟師輳集，水陸夾攻。上諭：江南總督阿席熙速選善用炮者二千人送該提督軍前，福建總督姚啟圣等亦速修整舟艦。萬正色其嚴飭將士，凡大兵所至，務當撫綏被寇之人，毋妄肆淫掠，負朕恤民至意。
又奏：臣標前后已設官兵，尚余新募水師萬余，請增置援剿左、右、前、后四鎮，各設總兵等官，即以投誠總兵林賢等補授。下議政王大臣等集議行（以上東華錄）。
十九年（永歷三十四年、一六八〇）正月，萬正色率總兵林賢、陳賢、黃鎬、楊嘉瑞督舟師出閩安。鄭經命左武衛林升督援剿左鎮陳諒、左虎衛江勝、樓船左鎮朱天貴御之。升畏官軍之眾也，分船三十號守海壇，自統船六十號泊泉州；天貴爭之不得。二月，萬正色至海壇，海船逆戰。正色分前鋒兵為六隊，直沖而入，親統巨艦繼之；又以輕舟繞出其左右，并力夾攻，炮火齊發，擊沉賊船十六艘，溺水死者三千余人，余皆潰遁至泉州。正色至圍頭，朱天貴以七船沖入，所向無前。俄海風大作，正色收各船入泉州港，沿海岸上安炮。朱天貴船無所取水，乃退至金門。經所親幸施福密通姚啟圣，欲為應，使降兵數百人挈眷來歸，乘機舉事。國軒諜知，啟經收殺之，并及施濟（福即施亥）。經議撥國軒兵三千，配小船直入泉港攻萬正色，使人持令箭抽兵。時兵久無糧，遂潰，國軒禁不能止（海上見聞錄、小腆紀年、東華錄）。
初，劉國軒聚屯于獅子山、玉洲灣等處，又聯絡烏嶼橋、充龍堡各處之兵，以壯聲援。提督楊捷親帶馬步精兵于十七、十八兩日攻烏嶼橋等寨，均獲全勝；復前往同安縣所屬高浦所安營，馳回漳州會剿，攻破玉洲、三汊河、石瑪、陳州、馬州、灣腰山、觀音山、展旗等十九寨（平閩紀、東華錄。三藩紀事本末作姚啟圣事）。
鄭經久踞海澄，楊捷會同將軍賴塔等分水陸三路進攻，劉國軒率眾堵御。官兵一面進攻、一面招降。其總兵蘇侃欲降，陳昌不肯，城內自相并殺。官兵二十四日乘勢攻門，蘇侃接引入城，率其兵二千一百余名投誠，生擒其總兵楊吉等一十一員名。國軒與陳昌等收拾余眾下海（平閩紀、海上見聞錄）。
二十六日，島中兵變擄掠。經焚演武亭，盡率諸將登舟。二十九日至澎湖，協理五軍吳桂聚散卒據廈門，以待清兵（海上見聞錄）。
水師提督萬正色既復海壇，朱天貴遁據南日、湄州等嶼。復自海壇進剿，天貴南遁。尾至平海嶼，天貴復合偽將軍林升駕囗〈舟宗〉三百余只踞崇武嶼，率囗〈舟宗〉迎戰。正色擊沈其囗〈舟宗〉二十余只，陣斬偽總兵吳丙、偽副將林勛等，克復湄州、南日、平海、崇武諸嶼（東華錄）。
海澄既復，鄭氏將吳桂、羅士鉁、吳天祿各率眾投誠，并愿效力前驅。楊捷飛咨督撫將軍，調撥滿漢將弁配坐船只，從潯尾進兵。即令吳桂等協同官兵，從海澄一路進。二十七日，防守廈門總兵黃瑞、張雄等率眾降（平閩紀）。
康親王杰書奏：海中大定、小定地方，偪近廈門、金門，系我師必由之道；鄭經遣偽將軍張志屯糧聚眾，欲踞此地，以與我師相拒。臣遣駐防杭州副都統吳申巴圖魯率滿洲綠旗官兵齊進，大定、小定悉行恢復（東華錄）。
經回至東寧。經母董氏召經數之曰：『馮陳之業衰矣，猶有先君黃洪之刃；若輩其庸可赦乎？不才子徒累維桑，則如勿往也』（小腆紀年）！
耿精忠疏請入覲。得旨：著來京。以馬九玉為福州將軍，轄藩下兵（逆臣傳、東華錄）。
五月，東寧地有聲如驢鳴，半路店雨雹大如雞子，災異數見（海上見聞錄）。
六月，康親王杰書奏：偽將軍江機等聚眾恃險，通連海寇，為福建、江西、浙江三省之害巳久。今福建巡撫吳興祚等宣示招撫，江機等率領偽官一千一百三十八員、兵丁四萬三千六百二十九名投誠，各分別歸農補伍。
姚啟圣奏：偽總兵馬興龍就撫復叛，賊囗〈舟宗〉往來銅山、南澳等處。臣密遣總兵朱光祖招撫偽將軍朱天貴等，諭以如遇馬興龍，用心糜縶。今朱天貴已暗拘馬興龍父子及弟五人沉死海中，各偽鎮始隨朱天貴投誠（以上東華錄）。
七月，鄭氏部將陳永華病故（海上見聞錄）。
八月，敘招撫海寇功，加福建總督姚啟圣兵部尚書銜（東華錄）。
諭兵部：臺灣澎湖暫停進兵，令總督巡撫等招撫賊寇；如有進取機宜，明晰具奏。
姚啟圣奏：偽將軍楊彪（即楊一豹）率領偽官兵三萬一千余員名投誠（以上東華錄）。
二十年（永歷三十五年、一六八一）正月二十八日，鄭經卒于承天府行臺。三十日，馮錫范、劉國軒調兵駐承天府，會六官議立嗣。董氏與諸子收監國印，克囗〈臧上土下〉不肯與；眾議以克囗〈臧上土下〉乃乳母抱養之子，非親血脈，乃縊殺之。妻陳氏，亦自殺。二月一日，董氏率世子克塽登位，時年十二；馮錫范，其妻父也。百官朝賀畢，董氏起出位，諭所以誅監國故，以世子克塽托馮、劉等竭力匡扶，涕淚沾襟。以馮錫范，為忠誠伯、劉國軒為武平侯（國軒初以破海澄功封武平伯，至是封侯），大赦國中。先是貝子賴塔與經書曰：『自海上用兵以后，朝廷屢下招撫之令，而議終不成，皆由封疆諸臣執泥削發登岸，彼此齟齬。臺灣本非中國版籍，足下父子自辟荊榛，且睠懷勝國，未嘗如吳三桂之僭妄，本朝亦何惜海外一彈丸地，不聽田橫壯士逍遙其間乎？今三藩殄滅，中外一家，豪杰識時，必不復思噓已灰之焰，毒瘡痍之民。若能保境息兵，則從此不必登岸、不必薙發、不必易衣冠。稱臣入貢可也，不稱臣、不入貢亦可也。以臺灣為箕子之朝鮮、為徐市之日本，于世無患、于人無爭，而沿海生靈永息涂炭。惟足下圖之』！經報書請如約，惟欲留海澄為互市公所。姚啟圣不可，議遂格。而經自兵敗東歸，潦倒抑郁，日近醇酒、婦人。至是卒，臺人所稱永歷三十五年也；年三十九，凡嗣位十九年。長子克囗〈臧上土下〉，實乳婢出，經以陳永華女配之；用永華言、命監國。禮賢下士，謹法令，物望歸之。而群小憚其明察，經諸弟亦不利其立；馮錫范先以計罷永華兵柄，永華郁郁死，克囗〈臧上土下〉失助，遂共讒諸董氏，殺之。以次子克塽嗣為延平王，幼弱不能蒞事，諸務皆決諸錫范，人心益離（海上見聞錄、小腆紀年）。
二月，福建總督姚啟圣、巡撫吳興祚奏請開邊界，俾沿海人民復業。得旨：廈門、金門諸處已設官兵防守，應如所題，照舊展界。如有奸民借此通賊者，仍令嚴行察緝。
敘克海壇、廈門、金門功，給吳興祚拜他喇布勒哈番、又一拖沙喇哈番，萬正色拜他喇布勒哈番，余升敘有差。
六月，諭總督姚啟圣、巡撫吳興祚、提督諾邁、萬正色等：鄭經既死，賊中必乖離擾亂，宜乘機規定澎湖、臺灣；其與將軍喇哈達、侍郎吳帑春同心合志，將綠旗舟師分領前進，務期剿撫并用，底定海疆，毋誤事機。
七月，諭議政王大臣等：原任右都督施瑯系海上投誠，且曾任福建水師提督，熟悉彼處地利、海寇情形；可仍以右都督充福建水師提督總兵官，加太子太保，前往福建。
到日即與將軍、總督、巡撫、提督商酌，克期統領舟師，進取澎湖、臺灣。其萬正色改為陸路提督，諾邁還京候補。
十月，施瑯奏：督撫均有封疆重寄，今姚啟圣、吳興祚俱決意進兵，臣職領水師征剿事宜，理當獨任，但二臣詞意懇切，非臣所能禁止，相應奏聞。得旨：姚啟圣統轄福建全省兵馬，同施瑯進取澎湖、臺灣；巡撫吳興祚有刑名、錢糧諸務，不必進剿（以上東華錄）。
十二月，敘恢復海澄、廈門、金門十九寨功，授楊捷三等呵達哈哈番（東華錄）。
初，經在廈門時，姚啟圣賂其嬖人施亥，令擒經以自歸，不果。及克塽立，而經母董氏卒，馮錫范主國事，劉國主兵事。賓客司傳為霖密約十三鎮同日發難，事泄。十一月，誅傳為霖及同謀商壽、陳國威，盡殺其子弟；續順公沈瑞令自經，家屬入官。國軒居臺，被刺者再，都氏益惶駭不知所為。姚啟圣奏：經死，子少國亂，時不可失；水師提督施瑯習海道，可用。內閣學士李光地奏亦同（海上見聞錄、小腆紀年）。
二十一年（永歷三十六年、一六八二）正月，施瑯至閩，于廈門各處調兵整船。劉國軒以銃船十九號、戰船六十余號、兵六千人撥諸將守澎湖，身往來督視（海上見聞錄）。
二月，調董國興為福建巡撫。
福建提督施瑯奏：夏至南風盛發，不可進兵，請至十月大舉。上命議政王大臣集議；僉謂師期不便屢遷，應檄總督姚啟圣、提督施瑯克期于夏至后進取臺灣。得旨：進剿海寇，關系重大，總督姚啟圣、提督施瑯身在地方，將海面形勢、賊中情狀審察確實，如有可破可剿之機，毋失機會（東華錄）。
七月，劉國軒歸自澎湖，安平鎮火（海上見聞錄）。
八月，福建總督姚啟圣奏：閩省有綠旗兵，又有漢軍甲兵，進取臺灣、防守地方，業已足用，大兵宜撤回。上命將軍喇哈達等盡率福建大兵還京師（東華錄）。
十月，臺灣饑（海上見聞錄）。
福建提督施瑯奏：臣于水師營中簡精兵二萬余、戰船三百艘，已足破滅海寇；請命督、撫趕辦糧餉給臣軍，獨任臣以討賊，無拘時日。臣整理舟師，時加操練，但遇風利，即可進兵（東華錄）。
十二月，承天府火災，沿燒一千六百余家。米價騰貴，民不堪命（海上見聞錄）。
是年，浙江總督李之芳會題楓嶺營屬浙、閩分轄，永為定制（李文襄年譜）。
二十二年（永歷三十七年、一六八三）正月，馮錫范備兵鹿耳門（海上見聞錄）。
二月，臺灣米價大貴（同上）。
以金鋐為福建巡撫。
福建提督施瑯奏：進剿臺灣，選派水陸官兵已足辦賊，平陽總兵官朱天貴所部之兵，似不必更留福建，虛糜糧餉；請發回原汛。得旨：提督施瑯進剿臺灣，深入海島，朱天貴及原帶官兵仍留福建，在后策應，聽憑施瑯調遣。
五月，劉國軒率師至澎湖。先是，姚啟圣奏：劉國軒遣偽官黃學赍書至，請照琉球、高麗等外國例稱臣進貢，不薙發登岸，應否如所請？請旨定奪。上不許（以上東華錄）。