目錄(89章)
倒序
- 封面
- 內容簡介
- 前言
- 第1章 緒論
- 1.1 引言
- 1.2 蛋白質結構與功能
- 1.2.1 一級結構
- 1.2.2 二級結構
- 1.2.3 三級結構
- 1.2.4 四級結構
- 1.2.5 蛋白質穩定性
- 1.2.6 蛋白質結構分析
- 1.2.7 蛋白質結構穩定性分析
- 1.2.8 蛋白質功能
- 1.3 配體-受體相互作用原理
- 1.3.1 受體-配體結合的關鍵點
- 1.3.2 結合過程理論模型
- 1.3.3 配體-受體相互作用的物理學性質
- 1.4 蛋白質結合位點預測研究現狀
- 1.4.1 蛋白質-蛋白質和蛋白質-配體結合位點的比較
- 1.4.2 蛋白質-配體結合位點預測
- 1.4.3 蛋白質-蛋白質結合位點預測
- 1.5 本研究的主要工作
- 1.5.1 基于氨基酸組成偏好的配體結合口袋識別方法
- 1.5.2 使用隨機森林方法進行蛋白質結合位點的預測
- 1.5.3 殘基聚類方法及其對蛋白質結合位點預測的應用
- 1.5.4 蛋白質結合位點預測輔助分子對接
- 第2章 基于氨基酸組成偏好的配體結合口袋識別方法
- 2.1 引言
- 2.2 基于全局口袋氨基酸組成偏好的配體結合口袋識別方法
- 2.2.1 材料與方法
- 2.2.2 結果與討論
- 2.3 基于局部口袋氨基酸組成偏好的配體結合口袋識別方法
- 2.3.1 材料與方法
- 2.3.2 結果與討論
- 2.4 本章小結
- 第3章 使用隨機森林方法進行蛋白質結合位點的預測
- 3.1 引言
- 3.1.1 單棵樹生長方法
- 3.1.2 自助法重采樣
- 3.1.3 隨機森林算法
- 3.2 基于單塊殘基屬性定義模型的蛋白質-配體結合位點預測
- 3.2.1 材料與方法
- 3.2.2 結果與討論
- 3.3 基于多塊殘基屬性定義模型的蛋白質-蛋白質結合位點預測
- 3.3.1 材料與方法
- 3.3.2 結果與討論
- 3.4 本章小結
- 第4章 基于數據聚類的蛋白質結合位點識別
- 4.1 引言
- 4.2 簡單迭代方法優化蛋白質-配體結合位點識別
- 4.2.1 隨機森林
- 4.2.2 驗證方法
- 4.2.3 殘差表示模型
- 4.2.4 閾值調整方法
- 4.2.5 迭代法
- 4.2.6 實驗結果與分析
- 4.3 基于最小協方差行列式(MCD)和馬氏距離的蛋白質-蛋白質結合位點識別
- 4.3.1 數據集
- 4.3.2 殘基模型和評價指標
- 4.3.3 MCD計算、馬氏距離和魯棒距離
- 4.3.4 隨機森林
- 4.3.5 交叉驗證和獨立測試
- 4.3.6 實驗結果與分析
- 4.4 基于隨機森林鄰近距離的蛋白質-蛋白質結合位點識別
- 4.4.1 數據集
- 4.4.2 殘基模型
- 4.4.3 隨機森林
- 4.4.4 距離度量
- 4.4.5 數據過濾與評價
- 4.4.6 鄰近距離優化
- 4.4.7 實驗結果與分析
- 4.5 本章小結
- 第5章 蛋白質結合位點預測及輔助分子對接
- 5.1 引言
- 5.1.1 分子對接方法分類
- 5.1.2 目前面臨的主要問題
- 5.2 結合位點預測信息前端使用輔助蛋白質-配體對接
- 5.2.1 材料與方法
- 5.2.2 結果與討論
- 5.3 結合位點預測信息后端使用輔助蛋白質-蛋白質對接
- 5.3.1 材料與方法
- 5.3.2 結果與討論
- 5.4 本章小結
- 第6章 總結與展望
- 6.1 研究工作總結
- 6.2 未來研究展望
- 參考文獻
- 注釋 更新時間：2022-01-14 22:03:26
