1.3.1　受體-配體結合的關鍵點

受體與配體相互作用可以表示為式(1.1)：

[R]＋[L][RL]　　(1.1)

式中，[R]表示受體；[L]表示配體；[RL]表示受體-配體復合物。

由熱力學理論可知，結合自由能的變化(ΔGbind)決定了受體與配體的結合強度，受體和配體的結合常數與結合自由能的變化可以用式(1.2)定量表示。

ΔGbind＝－RT ln K＝ΔH－TΔS，　K＝　　(1.2)

式中，R是摩爾氣體常數[8.3144J/(K·mol)]；T是熱力學溫度；K是平衡常數；ΔH是焓變；ΔS是熵變。

現在已經有大量的關于蛋白質-配體復合體三維結構以及結合親和力的實驗數據，這些數據清楚地表明有以下特征存在于蛋白質-配體結合過程中。

(1)蛋白質和配體間空間上高度的互補性。

(2)蛋白質和配體表面性質上高度的互補性，比如靜電互補匹配，即正負電荷相對應，相互作用界面包含盡可能多的氫鍵、鹽橋；疏水相互作用互補匹配。

(3)配體一般以低能構象與蛋白質相結合。