前言

蛋白質(zhì)之間的相互作用驅(qū)動(dòng)著大多數(shù)細(xì)胞機(jī)制，包括信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)、新陳代謝和衰老等。識(shí)別介導(dǎo)這些過(guò)程的表面殘基，即蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)，對(duì)于藥物分子設(shè)計(jì)等諸多領(lǐng)域有著重大意義。此外，結(jié)合位點(diǎn)的相關(guān)信息還可以幫助計(jì)算生物學(xué)的其他領(lǐng)域，包括蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模擬對(duì)接。然而，目前常用的實(shí)驗(yàn)測(cè)定方法，如實(shí)驗(yàn)性丙氨酸掃描突變和晶體復(fù)合體測(cè)定，既昂貴又耗時(shí)，這種方法也只考慮被檢查的復(fù)合體位點(diǎn)，而忽略了參與其他相互作用的不同位點(diǎn)，故而其應(yīng)用存在局限性。探索有效的蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)方法，已成為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能研究以及理性藥物分子設(shè)計(jì)應(yīng)用的前提和關(guān)鍵。

本書(shū)主要從描述特征、殘基定義和數(shù)據(jù)篩選三個(gè)方面進(jìn)行優(yōu)化，從而構(gòu)建有效的蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)方法，內(nèi)容包括四個(gè)部分，基于氨基酸組成偏好的配體結(jié)合口袋識(shí)別方法、使用隨機(jī)森林方法進(jìn)行蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)的預(yù)測(cè)、基于數(shù)據(jù)聚類(lèi)的蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)識(shí)別，以及蛋白質(zhì)結(jié)合位點(diǎn)預(yù)測(cè)輔助分子對(duì)接。

本書(shū)的出版得到了國(guó)家自然科學(xué)基金-河南聯(lián)合基金項(xiàng)目（基于蛋白質(zhì)分類(lèi)和殘基定義優(yōu)化的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用位點(diǎn)預(yù)測(cè)，項(xiàng)目編號(hào)：U1404307）和河南科技大學(xué)博士科研啟動(dòng)基金（項(xiàng)目編號(hào)：13480032）的支持。由于本書(shū)內(nèi)容相關(guān)的參考文獻(xiàn)較多，難以一一列出，在此向相關(guān)作者致敬。

由于作者學(xué)識(shí)水平和視野所限，加之本書(shū)成書(shū)時(shí)間倉(cāng)促，書(shū)中不足之處在所難免，懇請(qǐng)廣大讀者批評(píng)指正。

作者

2020年9月