上古時代，宇宙洪荒，天地初定，神、人、妖、獸并存于世。為了爭奪霸主之位，乃至法力無邊的神器、兵器，各方爭戰不休，神州大地狼煙遍地，強大者無序可制，弱小者則終日惶惶。

終有神帝橫空出世，以無上神力德服各方，以悲憫之心善待天下，囚亂世妖王“魔魄”于洛氏山頂，以憫歌咒封印，并以極陰之氣以蔽之。終令征戰終結，世間太平，百姓遂得以休養生息達數百年。

然神帝為了滋養世人，以身試藥，遍嘗百草后，終于百毒齊發，不治而亡。天下隨之群雄并起，自立為王者達十六人。十六國間爭戰不休，各大小勢力或屈服，或攀附，手無寸鐵之百姓再想過一日安寧生活而不得。

坊間秘傳，神帝臨終之時曾留下預言：有卓之士，蒼山而戰。平定天下，五百年終。玄陰不出，至陽不生。

十五年后，被傳為神帝轉世的神秘少年卓牧云手持上古神器竹音清玉笛，約戰十六國主于蒼山之巔，以一己之力，連敗十六國高手四十七人。恩威并施之下，十六國共推卓牧云為新一代神帝，又稱新帝，在蒼山三生石旁立下誓約，新帝在世之日，永不再動兵戈。十六國自削國號，改稱云屬十六州，國主自降為州主。

卓牧云既為新帝，遂制定法典，約束強權，廣施仁政，善待百姓，數年之內，天下歸心。

時光荏苒，轉眼又是五百年歲月滄桑。不知何時，神州大地開始漸漸流傳起神帝當年預言所說的“平定天下，五百年終”。越來越多知曉往事的人開始思考這樣的事實：既然之前的預言已經應驗，那是不是說，新帝卓牧云帶來的天下太平，如今又要被重新終結。而所謂的玄陰和至陽，指的又是什么呢？