巡撫都御史劉堯誨亦言：『賊鳳回潮，全賴閩兵追擊，犁沈大半，擒斬多功。淛不勝嫌忌，反稱妄虜，計阻閩師；乞賜勘以昭激勸。至于呂宋雖非貢國，而能慕義來王；所獻方物，應為代進』。下兵部，覆如閩撫議。上曰：『人臣若肯同心為國，嫌忌自無』。兵科給事中蕭彥又言：『林鳳為閩兵所擊，區區余燼不即就殲而堅欲示弱，可虞一；或撫、或否，可虞二；置之腹心之地，可虞三；彼無意聽招而我招之，可虞四；有云「鳳死」、有云「鳳生」，揭報支吾，蹤跡詭秘，可虞五。總之，惠、潮重地，非淛輕率寡謀、拂眾自用者所能勝任。乞量移別地』！吏部覆「淛宜留任」；上命供職如舊。

（二月辛未），罷廣東參將吳京，下總督訊；以縱賊林鳳，為督臣所劾也。

（三月癸丑），總督兩廣侍郎凌云翼以廣賊林鳳棄眾投番，撫散余黨二千報。下兵部議，謂鳳既遠遁，宜聽便宜計取，或修備以待之；而賊黨盡散、地方寧謐，于例并得論功。因論鳳在呂宋，非閩中用間諭夷，豈有潛遁之日；及其黨回潮，非廣中相機諭撫，寧有底定之期！事在相左，實則相成；均宜查敘，為苦心任事者勸。許之。

（丁巳），惠潮參將魏宗瀚、王如澄及碣石把總朱相俱論死。先是，賊曾一本犯潮州，瀚等擁官兵行二十日始至，賊從碣石衛鶯州夜遁去；復犯雷州，與瀚等遇，偽以眾降。瀚等墮計，焚戮舡兵殆盡。朱相自碣石來與賊沖戰，沈其舡；再戰，再勝之。瀚等不為應，李茂才、李節、林清先潰，瀚等望風而奔，相亦退走；賊遂橫行海澳中。于是議造閩舡、募閩兵，仍以瀚統之。比賊方抵省，而閩兵已相機投賊，并各舡悉為賊有矣。會城之敗，其禍蓋尤烈云。

（九月丙申），巡撫福建僉都御史劉堯誨奏報：把總王望高等以呂宋夷兵敗賊林鳳于海，焚舟斬級；鳳潰圍遁，復斬多級——并呂宋所赍貢文、方物以進。下所司。

辛亥，敘平廣東海寇林鳳功，升福建巡撫僉都御史劉堯誨為右副都御史，總兵胡守仁、參議喬懋敬、參政陶幼學等各賞賚有差。禮部議賞呂宋番夷例以聞；報可。

（十月丙寅）（？），加授福建總兵胡守仁都督僉事；以督閩兵過廣追剿海賊有功，故首敘之。

（十二月乙亥），先是，逋寇林鳳率黨回潮，先犯潮州之海門港踏頭埔，繼犯惠之碣石東海〈氵窖〉。時閩帥胡守仁統師追剿，而廣兵之在海豐諸處者亦有擒捕；賊見兩省舟師盛集，潮州道參政金淛又推誠諭撫，遂分〈舟宗〉散泊，束身待招。鳳知眾心已散、己罪不赦，掣舡夜遯；撫散過馬志善、李成等一千七百十二名，收回被虜男婦六百八十八名口，舡只、器械、火藥稱是：御史詹貞吉勘報以聞。兵部覆：『一剿一撫，其功則一；閩功近巳升賞，廣功委不宜遲。其言修我武備以聽鳳酋、盡我撫綏以化余黨，尤為善后確論。侍郎凌云翼除盜安民，厥功懋矣；金淛撫散多賊，心力亦殫：雖經升任，仍應與總副道府等官張元勛、趙可懷、晏繼芳、何子明、劉經緯、夏道南、侯繼高、孫光祖、徐汝陽、蕭遍、李畿嗣、楊寅秋等同論。其失事偏將蔣柏清，當重罰示懲』。上賜云翼銀三十兩、纻絲二表里，淛等以下各二十兩，子明等以下各十五兩，遍等以下各十兩；蔣柏清奪俸半年。

（萬歷六年二月壬辰），巡按福建御史商為正奏稱：『本省濱海，密邇島夷。頃倭寇竊發，尚募他省之人以充戰守；況各軍生長于斯，熟知地理、慣事舟楫，選之以當水寨之役，較召募實為便益』。部覆如議。

（九月己未），兵科都給事中光懋題：『海賊林道干駕船泊潮陽河渡門港，令賊徒具狀告報——及被虜逃回之人稱虜去于萬歷六年打暹羅國烏椎船不勝，賊眾殺死甚多，被番趕逐，乏銀乏人，議復回河渡門舊巢取原埋銀物，議要打劫海門各所；候東風一轉，即欲駕回外夷。夫此賊之計亦狡矣，假投降以緩我師，得以從容舊巢；欲招安而不肆劫掠，得以潛跡觀釁。誠恐當事諸臣急于靖亂，甘受投降之計；而墮彼術中，貽禍匪細。乞敕兵部馬上星馳轉行總督等官殫紓籌算，克期會兵；務出萬全之計，以收一鼓之功。待渠魁授首，然后徐從議撫，散其余黨以靖地方』。部覆如議。

壬戌，定海洋擒斬倭功。不拘外洋、登岸，賊至五百名之外、船至十只以上為一等；所獲真倭、從賊一名顆升署職一級，二名顆升實職一級，獲漢人脅從賊三名顆升署職一級。賊至三百名之外、船至五只以上為二等；所獲真倭、從賊及漢人脅從賊，各以名顆多寡，上下其賞。或敗后散遯、零星擒斬者，各賞有差：著為定例遵行。

（十一月）辛亥，兵部題：『國初，于閩、廣、兩浙設三市舶，不徒督理貢事，亦以牽制市權；意固深遠。尋以浙江多故，旋設旋罷；惟閩、廣二舶尚存。而廣南番船直達省下，禁令易行。福建市舶專隸福州，惟琉球入貢一關白之；而航海商販盡由漳、泉，止于道、府告給引文為據。此皆沿海居民富者出資、貧者出力，懋遷居利；積久弊滋，綠為奸盜者已非一日。今總督凌云翼議將下番船舶一一由海道掛號，驗其丈尺，審其貨物。當出海、回籍之候，俱欲照數盤驗，不許夾帶違禁貨物。巡撫福建劉忠問一謂漳州澳船須令赴官告給船由丈引，并將貨物登記。二謂泉、漳商船無可辨查，要行該有司將大小船只編列字號，每船十只立一甲長，給文為驗。三謂沿海居民間有通賊接濟，宜立保甲，互相稽察。如一家接濟，則九家報官；敢有容隱，則九家連坐，其甲保長另行重處。四謂南日山寨新移吉了巡司之旁，道里不均，應接不及；須移置平海衛南哨澳地方，以便策應。臣竊謂近日劇賊林道干、林鳳等逋逃島外，尚漏天誅；更有黠猾豪富托名服賈，勾通引誘，假造引文、收買禁物，藉寇兵而赍盜糧、為鄉導而聽賊用，誠有如督、撫二臣所言者。伏乞敕下閩、廣該地方官查照前議，斟酌施行』。得旨：『海禁事宜，著該省撫、按官會議停當具奏』。

（萬歷七年九月丙寅），總督兩廣侍郎劉堯誨會同巡按御史龔懋賢條陳：一、禁遏通番，以徒私交之黨；一、查編海船，以詰接濟之奸；一、稽查保甲，以清接濟之源；一、察驗商船，以防混跡之患四事。巡撫福建都御史耿定向會同巡按御史敖鯤谷條議：一、清查船只，稽察貨物；一、編刻船號，照對文引；一、稽核保甲，禁緝接濟；一、商船分番出海，量留防守； 一、漳、潮互相關會，稽察船只五事。部覆均為閩、廣沿海要務，從之。

（萬歷八年閏四月壬子），海賊林道干者，竊據海島中出沒為患，將士不能窮追；而大泥、暹羅，為之窟穴。既而逼脅大泥、侵暴暹羅，有通事言彼國愿往擒自效；總督兩廣劉堯誨議重立賞格，期于必獲。部覆為請，上從之。

（五月己卯），閩、浙、廣三省，多倭奴出沒海上；雖時有斬獲，而浙之南麂諸洋與廣之抱虎諸處尚有屯泊者。因飭兩廣總督劉堯誨、浙江福建巡撫吳善言、耿定向各嚴督將領防剿之。

（八月壬戌），柬埔寨酋鄭青捕逆賊楊四并金書牙蠟來獻——四，逋賊林道干黨也。先是，福建巡撫耿定向諜知干奔暹羅，諭寨酋計擒之。酋見諭，因執四并歸原兵陳廷寀等乞通貢于內。部臣謂「俟獲道干后再議」，上是之。

（萬歷十年七月乙亥），先是三月二十一日，倭寇溫州，副將陳澗、參將沈思學率兵擊走之；奪其二船，生擒倭賊四十七名，斬首五顆，焚溺死者不可勝計。至是，巡撫張佳胤以聞；且議有功文武各官及陣亡軍丁紀錄恤賞。部覆，從之。

（八月戊申），兵部覆福建巡撫勞堪題：『倭寇一自北洋、一自廣海突入，意在窺犯興化、漳南地方；又有伙船出沒東涌、彭湖，欲圖聯勢劫掠，實系內地奸徒勾引。各官兵奮勇撲滅，兩戰皆勝；共擒斬倭賊三十余人，爭回被虜男婦六十余人。乞將效勞被傷官軍分別賞恤及將倭賊梟示』。從之。

（十一月丁已），先是，廣東數苦倭，而蛋賊梁本豪后聚眾挾倭焚剽郡邑，流毒已久。總督尚書陳瑞擊破之，斬本豪；后先擒斬倭賊一千六百有奇，犁沈倭船、蛋艇二百余只，殲余孽殆盡——而建州逆杲遺子阿臺勾連北虜搶掠孤山，陰圖大逞；總督吳兌檄鎮、巡提兵襲擊，俘斬一千八百余人并殲名王十六，獲達馬幾五百。露布先后至，上喜，命同日宣捷。

（萬歷十二年正月己丑），福建巡按御史龔一清查核過南澳、銅山功：官兵沖沈倭舡四只，生擒倭賊二十八名、斬首十二級，奪被虜者六十余名；文武官于嵩等優敘、獎賞有差。

（萬歷十三年三月丁丑），錄福建十二年春汛斬獲功，賚海壇山名色把總黃道、分守參政顧褒、南日山水寨把總白斯清等銀兩有差。是役也，獲生倭深酉夢等十有九人。

（萬歷十四年二月乙酉），錄廣東南頭、碣石二寨擒斬海洋倭賊功，賞總督吳文華等銀、幣有差。

（萬歷十七年二月丁未），先是，有倭船三突至浙江外洋，官兵亟擊之，沈其船，斬首四十八級，生擒者六。巡撫滕伯輪以聞，行巡按勘報；伯輪已故，贈兵部左侍郎，將士賞賚有差。

（四月戊寅），廣東瓊州賊李茂、陳德樂等與林鳳各據海島肆行劫掠，林鳳不知所往，茂等陽就招撫，尚擁眾據住海南鋪前，其黨屢盜珠池；有司計散之，留者買田歸農。茂自投督府，宥罪；久之，為盜如故。所司收其船、器，拆毀廬舍，移居府城，終弗悛也；因捕治之。參將陳居仁、楊友桂各利其資，縱去；賊黨揚帆入海，襲破清瀾城，又犯萬州、陵水，毀民居及兵船、商舶。總督劉繼文先后以聞，兵科都給事中張希皋囗友桂可罪者四、賊勢可慮者四；俱下兵部。

丙申，福建巡撫周寀言：『漳州沿海居民往販各番，大者勾引倭夷窺伺沿海，小者導引各番劫掠商船。今列為二款：一、定限船之法。查海禁原議給引五十張為率，每國限船二、三只。今照原禁，勢所不能；宜為定限。如東洋呂宋一國水路稍近，今酌量以十六只；其余大率準此。以后商販告票造船應往某國者，海防官查明數外，不準打造。一、薄稅銀之征。商餉規則，每貨值一兩者稅銀二分，又西洋船闊一尺稅銀六兩、東洋船闊一尺稅銀四兩二錢；既稅其貨，又稅其船，無乃苛乎！除船稅照舊，其貨物以見在時價裒益劑量』。兵部覆：東、西二洋各限船四十四只。

（萬歷十九年閏三月丁卯），福建所屬建安、甌寧、政和、浦城諸鐵爐，舊已禁開。其寶豐、遂應二銀坑鄰近有支提寺，奸宄易藏；僧大遷等稱奉賜藏經，將銅物、旗仗等件貯住。又海上有番僧欲效香山故事，乞內地建寺。撫臣趙參魯請將支提寺僧移入省城寺中，并申礦禁。其海上勾番者分別首從，照私通日本禁例重治；販廣商船，許至高州。部覆，從之。

（七月）癸未，大學士許國等題：『昨得浙江、福建撫臣共報，日本倭奴招誘琉球入犯。蓋緣頃年達虜猖獗于北、番戎蠢動于西、緬夷侵擾于南，未經大創；以致島寇生心，乘間竊發。中外小臣爭務攻擊，始焉以卑凌尊，繼焉以外制內；大臣紛紛求去，誰敢為國家任事者。伏乞大奮干剛，申諭諸臣各修職業，毋恣胸臆』。上諭六部、都察院曰：『祖宗設官分職，使之上下相統、內外相維，體式俱存，紀綱攸系；是以官守、言責各有司存，豈容紊亂！近年以來，人各有心，眾思為政；或以卑凌尊、或以新間舊，或以僚屬而〈哭，言代犬〉官長、或以外吏而排閣臣：以致國是紛紛，朝綱陵替。大臣解體，爭欲乞身；

國無其人，誰與共理！內治不舉，外患漸生；四夷交侵，職此之故。但有干名犯分、抵冒誣蔑肆無忌憚者，憲典昭然，定不輕貸。仍行與南直隸、浙江、福建、滇、廣鎮守督撫等衙門預講調度兵食之計，申嚴備御海汛之方。欽哉！故諭』。

（八月甲午），福建巡撫趙參魯奏稱：『琉球貢使預報倭警，法當御之于水，勿使登岸；奸徒勾引，法當防之于內，勿使乘間。歲解濟邊銀兩，乞為存留；推補水寨將領，宜為慎選。至于增戰艦、募水軍、齊式廓、添陸營，皆為制勝之機，足為先事之備』。部覆，從之。

（乙已），福建沿海船只水陸主客官兵，向以承平減設。至于倭報洊至，撫臣趙參魯請于五寨共添福、烏船四十只，海壇游增福船一只、鳥船四只，浯銅游增福船二只、烏船四只：共享船價銀五千九百余兩；應增器械、火藥，約用三千余兩。北、中二路共增浙兵三營共一千九百名有零，歲增餉二萬四千七百余兩。其銀宜留解邊錢糧支用』。部覆，從之。

（九月癸亥朔），給事中胡汝寧題稱：『倭夷與浙直、閩廣相對，乘風揚帆，數日即至。宜選求名將、多增戰船、廣募水兵及梭槍、榔筅、火器等項制造演習』。部覆，從之。

（十一月丙寅），朝鮮國國王李昖具報：『本年五月內，有倭人僧俗相雜稱：關白平秀吉并吞六十余州，琉球、南蠻皆服。明年三月間，要來侵犯；必許和方解』。有旨：『著兵部申飭沿海堤防。該國偵報，具見忠順；加賞以示激勸』。

（萬歷二十一年六月庚子），以薊遼、保定、山東等處防海御倭副總兵署部督僉事陳璘協守潮、漳等處。