十一月甲子朔，將軍協辦大學士吏部尚書陜甘總督嘉勇侯福康安、參贊領侍衛內大臣海蘭察、領隊大臣舒亮、普爾普統領侍衛巴圖魯額爾登寶、特勒敦撤、萬起鼐、色凌額，翼長六十七、札勒甘布，侍衛春寧、彥津保、哲克、德勒登額、慱綽諾克、屯保、薩寧、阿克星額、長保、賽音庫、巴彥泰、德色、定西鼐、伍庫穆爾、阿哈保、格登寶、察漢、薩克丹布、翁古爾海、西津泰，參領佐領萬廷、朔云保、賽崇阿、富靈保、德楞泰、富永、伍德、阿穆爾塔等三十余員，騎都尉云騎尉那丹保、諾托寶棍、楚克札布、富蘭等四員，護軍校驍騎校托克和等以下又二十余人；隨帶江南狼山總兵袁國璜、蘇州城守參將李芳園、甘肅城守參將吳宗茂、江西吉安參將張兆熊、南昌城守守備廣惠；又隨帶福建副將李威光、守備鄭玉楷、陳大成、千總把總以下九人；而湖北革職副將陳大恩、湖南革職守備李天貴亦投效軍營，隨之臺灣。其隨帶之兵，則廣西三千，副將巴爾布、參將馬龍、游擊王宣、都司張爾魁、守備黎致明、劉應瑞、千總以下五十九人分領之；四川漢屯兵三千。屯兵則各分屯所：曰八角確，曰河東屯，曰河西屯，曰干囗〈保上木下〉寨，曰下孟董，曰上孟董，曰九子寨，曰雜谷腦，曰別思滿，曰漢牛，曰宅壟，各有屯守備、屯千總、把總等領之。綠營兵則總兵穆克登阿、副將那蘇圖、都司張維、額爾恒額、年鏞、孟洪翼、劉懷仁、張占魁、守備馬大雄、田占魁、張志林、湯萬年、千總以下三十八人分領之。而參贊成都將軍鄂輝，則總領川兵者也。其隨營文員，則有甘肅蘭州道蘇楞泰、郎中方維甸、范鰲、員外郎長齡等至鹿仔港。以上滿漢將卒屯番七千余人，又在泉州招募義民二千人隨征。樓船千艘，旌旗蔽海。十月壬戌（二十八日），自蚶江崇武澳放洋，一日夜齊至鹿仔港。鹿仔居民望之，皆至海口設香案迎謁，歡聲震地。十一月乙丑（初二日），將軍福康安統領官兵登岸，即日札營馬芝遴。
初，將軍福康安至廈門，欲渡鹿耳門，后上聞藍元枚卒于鹿仔港，有旨諭令改渡蚶江。及其至也，兵精將勇，號令嚴明，賊人聞之奪氣矣。
丁卯（初四日），海蘭察率侍衛特勒敦徹、穆塔爾等二十人，至彰化縣西八卦山勘形勢。賊人于山梁設卡御官兵。佐領阿穆爾塔、侍衛哲克等首登山梁，賊人驚走。山下賊眾又于竹園內突出遮官兵。海蘭察率侍衛賽音庫、薩克丹布、屯保等奔前射賊，賊皆應弦而倒。自藍元枚田中央之敗，彰化縣左右，凡五月不見官兵。是行也，侍衛二十人直入賊巢，賊不能當。士氣為之大振。
于是將軍福康安將發兵解諸羅之圍。先調守番仔溝之兵移屯馬鳴山，以守馬鳴山之兵移屯鹿仔港。于鹿仔港、番仔溝、馬鳴山各營兵中，挑其精壯者一千二百人，檄侍衛札拉芬、六十七、游擊裴起鰲、守備馬得聰等領之，隨舒亮由烏日莊進兵攻大里杙。又派守備徐大鵬帶兵二百名、義民二千人，隨同知徐夢麟往牛罵頭，與徐鼎士合兵，由大肚進攻大里杙，與舒亮會合。留總兵李化龍、參將福蘭泰、游擊張會元等領弁兵六百余人守鹿仔港。以隨營候補知府德明額留港供餉運。
己巳（初六日），將軍福康安、參贊海蘭察、鄂輝、領隊大臣普爾普統領巴圖魯侍衛、廣西、四川漢屯官兵五千余人，發鹿仔港，由二林、麥仔寮前進。庚午（初七日），至元長莊；守元長莊總兵普吉保上兵籍，請隨征。辛未（初八日），黎明，下令軍中官兵分五隊并進，海蘭察、鄂輝、普爾普、穆克登阿、普吉保等分領之，師次侖仔頂。侖仔頂賊眾不虞官兵遽至，倉卒出陣。官兵壓之，皆披靡，退入竹箐，施放鎗炮。侖仔頂左右賊莊聞之，糾眾至，圖截官兵。于是將軍福康安命鄂輝、穆克登阿為左拒，普爾普、春寧、吳宗茂為右拒，海蘭察率巴圖魯侍衛長驅直入諸羅。戰良久，官兵奮勇，無不一當百。賊眾一時潰走。海蘭察至牛稠溪，賊眾猶阻溪自固。海蘭察率眾沖賊陣，直渡溪南。先是賊人于牛稠山設竹棚為久困諸羅計，至是官兵競上山焚之。柴大紀聞鎗炮聲，知援兵至，方擬率眾出城接應，而海蘭察已直抵城下矣。辛未（初八日），將軍福康安至諸羅。五月之圍，一朝頓解，百姓歡聲如雷，皆額手慶更生，至有泣下者。而鹿仔草左右賊莊聞之，亦解散思遁走矣。
壬申（初九日），海蘭察至鹿仔草，與恒瑞會。恒瑞即隨海蘭察至諸羅。鹿仔草與諸羅道路始通。將軍福康安既至諸羅，運粟數千入城。城中斗米二百，民忘其困。于是按察使李永祺由府城至諸羅，檄令招集流亡，賑恤百姓，民情安堵。諸羅自被圍以來，商民捐貲，招集人眾，協同官民固守，數月之間，城垂破者數矣。眾志益堅。上嘉予之，錫縣名曰嘉義，以褒其功。
將軍福康安將率大兵搗賊巢，先遣普爾普帶鹽水港、鹿仔草之師通府城道路，命總兵鄭國卿守鹽水港，總兵梁朝桂守鹿仔草，提督柴大紀、蔡攀龍守嘉義縣。癸未（二十日），大兵發嘉義縣。
賊眾之棄嘉義而逃也，占聚中林、大埔林、大埔尾三莊，中林尤為賊之精銳所在。將軍福康安令恒瑞、普吉保攻大埔林，鄂輝、袁國璜攻大埔尾，海蘭察率額爾登寶、穆克登阿、春寧等攻中林。將軍福康安自率額爾登布、張芝元、吳宗茂為后殿。海蘭察等望見賊眾，以騎兵蹂之，賊實時奔潰。大埔林、大埔尾之賊聞之，亦潰。師進至庵古坑。庵古坑，蔡福巢穴也，守甚固。大兵至，拔柵直入，賊不敢拒。時已薄暮，去斗六門尚三十余里。自林爽文倡亂以來，斗六門遂為賊之門戶，精甲、利兵、粟米皆在焉。
嘉義圍解，林爽文遣賊目守中林、庵古坑，而自回斗六門，思負險拒官兵。以騎兵不可當，沿途掘壕，冀陷馬足。大兵既克庵古坑，將軍福康安令軍中曰：『賊眾屢經敗？ ，今膽寒矣，宜乘夜趁之，緩則賊將為備』。于是偵知大路多陷坑，眾由稻田繞道行。甲申（二十一日）遲明，與賊遇。官兵爭前砍賊柵，須臾柵開。賊猶率眾拒官兵。官兵乘勝大破之。賊目棄家屬遁。
自嘉義至斗六門，凡八十里；官兵所向克捷，斬首數千級，賊尸遍野，俘獲不可勝計。于是各莊民聞之，皆扶老攜幼，赴軍前自投。而彰化以北，東螺、西螺各莊，先為賊守，亦皆殺賊爭應官兵矣。
普爾普之開通南路也，己卯（十六日）至鹽水港，帶同翼長烏什哈達、游擊黃象新等，兵二千人，又隨帶王國志所領義民二千人南下，戰于茅港尾，又戰于灣里溪，皆克之。庚辰（十七日）至三坎店。
知府楊廷理奉將軍檄，率義民將趨北路，詣軍營迎謁。普爾普即日旋師，命楊廷理安撫民莊。賊目陶烏詣廷理請降，廷理受之。普爾普又以所帶兵安置鐵線橋、茅港尾、灣里溪、鹽水港，乃自赴斗六門軍前報命。由是府城至嘉義大路皆通矣。
將軍福康安率兵次水沙連山口，分兵搜入。海蘭察射賊目蔣挺，擒之。賊眾自相踐踏，死者不可勝計。聞林爽文已回大里杙，乃撤兵出山趣賊巢。檄副將格？ 額、都司張奉廷以埔心、二林之兵移駐水沙連。丁亥（二十四日），大兵至平臺莊，距大里杙五里。時薄暮，海蘭察、普爾普率前鋒先進。林爽文傾巢出迎官兵，眾至數萬，自山梁馳下沖官兵。官兵迎擊之，賊再卻再來。于是將軍福康安統領大兵皆至，賊不敢逼。乃于山梁排列鎗？ ，更番施放，呼聲震山谷。官兵嚴隊伍，結營山下，覓途上山。夜半，山上鎗？ 聲益急，火光四起。將軍福康安遣人探虛實。遲明，微聞山上車聲，曰：『賊殆將遁耶』？即率眾先登。而林爽文已于夜半先遁矣。
先是林爽文與官兵相持，戰良久，而官兵轉益奮勇，無不一當百。賊氣益衰。林爽文知不可敵，乃縱火山上，發鎗炮以示死拒，即乘勢回寨。夜半，開寨東門遁去。于是官兵結營大里杙。參贊舒亮、副將徐鼎士、游擊吳秀、都司敏祿之兵皆來會。將軍福康安以大里杙賊粟、牛只犒賞軍士、義民，論功行賞。
于是有旨賞嘉義解圍之功，護軍參領朔云保、二等侍衛伯賓、三等侍衛賽音庫、屯保、哲克皆賞給巴圖魯，加賞銀百兩。又賞克斗六門之功，總兵穆克登阿、二等侍衛春寧、三等侍衛薩寧、阿克星額、薩克丹布、護軍參領萬提蔭、前鋒薩重阿、前鋒侍衛彥津保、佐領阿穆爾塔、副將吳宗茂、張朝龍、屯番守備阿勇、千總寨莫里、永忠皆賞巴圖魯，加賞銀百兩。又賞克大里杙之功，總兵袁國璜、三等侍衛博綽諾克、德勒登額、巴彥泰、定西鼐、翁古爾海、藍翎侍衛察漢、前鋒侍衛西津泰、佐領伍德皆賞巴圖魯，亦賞銀百兩。淡水同知徐夢麟帶領屋鰲社番眾雅惟斯畢岱等赴軍門謁見將軍福康安，福康安慰勞之，令赴內山堵緝首逆；并奏賞徐夢麟戴用花翎，以獎勵之。
先是嘉義解圍，總督李侍堯先得信，即以上聞，上大喜，晉封將軍福康安嘉勇公，參贊海蘭察超勇公，加賞寶石頂、四團龍補服。將軍福康安以林爽文未就擒，辭謝不敢受。
大里杙既破，將軍福康安未獲林爽文蹤跡，分兵入山四面搜捕。十二月甲午朔，師次平林仔。貴州總兵許世亨、副將岱德、參將札郎阿、游擊魯安邦、都司楊定邦、守備劉廷奇、羅世德、千總以下四十五人，兵千九百名至軍營。丁酉（初四日），攻克集集埔。集集埔為內山隘口，其東皆生番。將軍福康安聞賊眾逃逸集集埔拒險自固，分遣將弁攻克之，斬殺無算，未得首逆。乃遣普爾普駐科仔坑、普吉保駐科仔坑口、琢靈阿駐林紀埔、葉有光駐藤湖口、謝廷選駐流藤坪、舒亮駐歸仔頭、格繃額駐清水溝，皆內山隘口也。其東生番社口，則令番眾守之。其南阿里山口通府城小路，則令張萬魁守之。大營進駐東埔納。將軍福康安分遣義民入山招諭陷賊百姓，其自首者許令免罪。自賊中投出者共五千余人，而賊目陳泮、歐旅、阮和、陳講、黃寬、黃瀚、杜敷皆相次投出。杜敷者，番社社丁也。
初，將軍福康安分遣社丁往諭屋鰲十八社生番，令其堵截賊眾入山道路，有言杜敷最諳番情者。杜敷未為賊時，與義民首知府職銜楊振文往來。即令楊振文往諭杜敷。杜敷素為林爽文信任。林爽文自大里杙破后，挈其父母妻子逃走內山。官兵追之急，乃以家屬托杜敷。杜敷藏之水里社。至是楊振文遣人諭令立功贖罪。杜敷遣其弟杜朗隨詣軍營。愿獻林爽文家屬贖罪。將軍福康安慰遣之。丙午（十三日），杜敷擒林爽文之父林勸、母林曾氏、弟林壘、妻林王氏送軍營。將軍福康安賞杜敷千總職銜，其義民首知府職銜楊振文亦賞戴花翎，獎其招諭杜敷之功也。
辛亥（十八日），官兵攻小半天，克之。小半天在萬山之中，最險僻。自官兵分守隘口，賊眾無能竄逸，皆赴小半天潛聚。將軍福康安聞之，分遣官兵剿捕。普爾普率領屯番先登，克之，斬殺無算，生擒賊目林追、林天等。自是大里杙左右賊眾，無容身之地矣。
林爽文之棄大里杙而逃也，其眾猶五、六千人，一敗于集集埔，再敗于小半天，斬殺大半，乃由鶴骨社、獅子社沿山逃走，又為生番剿殺，死傷略盡。而官兵南至阿南山，北至桃仔園，星羅碁布，四路圍截。其三貂、蛤仔欄先為賊目吳沙所據，亦招出之，令其擒獻首逆自效。林爽文知不可脫，乃謀之賊目何有志。何有志勸林爽文投淡水廳役高振。高振者，先與林爽文往來，時為義民首，隨官兵為眼目捕逆首。乾隆五十三年正月丁卯（初四日），林爽文逃至老衢崎，適與高振遇。高振即密報官兵擒之，檻送大營，并擒何有志。
初，林爽文謀逆，僣號順天；或言順天、三百六十天也，林爽文惡之，思改號，然已行，不可卒改。自僣號至破大里杙，適符其數。至是被擒，殆天意也。大兵回駐東埔納。官兵、義民擒獻賊目數百人。將軍福康安分別情罪輕者，即于軍營斬之，其解京者：曰首逆林爽文、曰偽都督何有志、曰偽保駕大將軍賴達、曰偽總管林繞、曰偽大都督林領、曰偽副元帥林水返、曰偽軍師陳梅、曰偽元師林琴、曰偽宗人林水、曰偽元帥林玉、曰偽保駕將軍賴子玉、曰偽游擊將軍賴敖、曰偽護國將軍黃富、曰副將軍李七，又有號稱將軍者曰蕭悟天、劉天錫、林良、石南、林祖、林侯、林棍、林得瓏等，并父母妻子共三十三人，派領隊大臣舒亮、參領札拉芬、參將李芳園、馬龍、都司張爾魁等分起解送京師伏法。奉旨賞擒林爽文之功，三等侍衛阿哈保、副前鋒章京德楞泰、驍騎校伯多果爾、游擊張維、都司張占魁、守備李自昌、屯番守備札克塔爾、阿結皆賞巴圖魯，加賞銀一百兩。
己巳（初六日），福建巡撫徐嗣曾至軍營。先是將軍福康安既克斗六門，以臺灣百姓甫經亂離，家屋焚毀，應發帑撫恤，咨會總督李侍堯于福建文員內自同知以下委令十二人赴軍前差遣。又以蕩平之后，凡撫恤百姓、筑立城垣，宜大臣督其事。于是奏請巡撫徐嗣曾渡臺灣。徐嗣曾至軍營，而首逆適就擒。將軍福康安因以北路民事委之經理焉。