先是，諸羅圍益急，柴大紀(jì)檄調(diào)防守鹽水港游擊楊起麟、防守鹿仔草游擊邱能成等帶所領(lǐng)兵赴諸羅。會貴林等統(tǒng)援兵至鹽水港，游擊楊起麟乃謀與貴林等同進(jìn)。八月癸丑（十八日），貴林、蔡攀龍、孫全謀留老弱弁兵百人，隨守備黃象新駐鹽水港，盡選精銳前發(fā)，至鹿仔草。甲寅（十九日），楊起麟亦留守備黃象新兵七百人守鹽水港，領(lǐng)兵六百名至鹿仔草，與邱能成合兵。乙卯（二十日），貴林、蔡攀龍、孫全謀、楊起麟、邱能成共帶兵二千一百余人，分三隊進(jìn)至半天厝。賊分三路來拒官兵。官兵擊之，賊稍退。聞大侖莊為賊巢穴，貴林、杭富、馬大雄等復(fù)率眾攻之。及被圍，楊起麟又率兵往援。無何，大雨如注，溪水陡漲。官兵陣亂。倒店、竹仔腳賊皆出乘官兵。官兵首尾不相救。貴林、楊起麟、杭富、馬大雄皆戰(zhàn)死。又陣亡千總以下林玉得、楊振鳳、李振明、苗承霖、劉文全、吳紹玠、姚瑞麟、劉鳳騰、胥獻(xiàn)珪、陳淮、孫文元、葉文郁、畬應(yīng)標(biāo)、任贊元、陳元生、汪應(yīng)麟、陳邦材、陳洪猷等十八人。陣亡兵丁七百余人。而義民陣亡者亦不下百人。蔡攀龍、孫全謀等雖至諸羅，器械、糧餉，盡為賊有。賊勢猖獗如舊。

有義民許品、黃鳳者，隨蔡攀龍進(jìn)兵，至竹仔腳散失，逃回鹽水港，言官兵已入城，副將蔡攀龍又帶兵逐賊，接應(yīng)余兵入城。佳里興巡檢邵宗堯聞其言，大喜，馳報捷音。而總督李侍堯亦信之，入告。乃越數(shù)日，竟不得諸羅音問。遣人探之，道路仍阻。始稍稍知官兵失機(jī)矣。有旨授柴大紀(jì)為參贊，賜號年長阿巴圖魯，賞其固守諸羅之功也。

八月庚申（二十五日），恒瑞至鹽水港，聞官兵不利，賊勢益張，眾日往來攻擾鹽水港、鹿仔草。乃以所帶兵分五百人，檄游擊劉越領(lǐng)之，防守鹿仔草。癸亥（二十八日），賊攻鹿仔草，陷之。

初，柴大紀(jì)以鹽水港、鹿仔草為往來府城要路，遣游擊楊起麟、邱能成分兵守。至諸羅被圍久，撤鹽水港、鹿仔草之兵隨貴林等赴縣城，惟董秉璨帶老弱四百余人守鹿仔草，而鹽水港亦唯守備黃象新帶兵八百人守之。會恒瑞至鹽水港，鹽水港兵勢稍振，賊益攻擾鹿仔草。

賊目葉省妻黃玉娘者，諸羅娼也，家月眉潭。葉省率眾寇諸羅，黃玉娘往往為后殿。諸羅東門之戰(zhàn)，葉省斃于炮，其下推黃玉娘為主，為葉省復(fù)仇。自貴林等援兵失利，乘勢寇鹿仔草。守鹿仔草游擊董秉燦與守備林士元分守南北柵。林士元守南柵，聞賊至，以火藥實炮待之。既而見賊數(shù)十人吶喊，將近柵，林士元輕之，率兵出逐。賊皆伏密箐中，一時并起。林士元急收兵，閉柵，發(fā)大炮擊之。黃玉娘為娼時，與鹿仔草亡賴子多往來；亡賴子聞黃玉娘至，私以水灌炮，炮不能發(fā)。賊人扳柵入，官兵皆潰回鹽水港。陣亡千總張射斗，兵數(shù)十人。

先是恒瑞聞鹿仔草急，遣游擊劉越帶兵五百人協(xié)守。甫至而鹿仔草陷。恒瑞劾失守鹿仔草之罪，董秉燦、林士元、劉越等革職、鐫級各有差。

甲子（二十九日），總兵梁朝桂統(tǒng)領(lǐng)杭州協(xié)領(lǐng)花沙布、佐領(lǐng)富昌、糾金保、防御伊克坦布、色成、都司楊拜揚(yáng)、蕭應(yīng)得、驍騎校五人、千總、把總九人，杭乍駐防兵五百、廣東綠營兵五百，自關(guān)帝廳赴鹽水港。

先是恒瑞赴鹽水港，請梁朝桂同行，會南路賊犯草店尾，官兵御之，陣亡千總徐日光。常青以南路賊方窺伺郡城，大營兵單，不欲遣朝桂行。至是添調(diào)滿漢兵皆至，常青念鹽水港賊眾而官兵新敗，恐恒瑞不能當(dāng)，故遣朝桂。恒瑞既至鹽水港，數(shù)日之內(nèi)，賊焚劫附近民村樹林、頭后鎮(zhèn)、上帝廟，又陷鹿仔草，鹽水港一日數(shù)驚，而新店海口賊尤屢擾之。恒瑞令謝廷選領(lǐng)兵八百人守新店。或言宜進(jìn)兵解諸羅圍者，恒瑞曰：『今四面皆賊，不惟進(jìn)不能解圍，即欲退回郡城，其可得乎』？日致書常青告急。既聞梁朝桂帶兵千人至，心乃稍安。

九月戊辰（初四日），賊犯鹽水港，恒瑞率兵御之，侍衛(wèi)富克精額中炮死。戊寅（十四日），賊復(fù)至，守備黃象新、蕭應(yīng)得、李自昌帶兵擊走之。恒瑞賞黃象新、蕭應(yīng)得、李自昌戴用花翎，以獎勵之。辛巳（十七日），總兵普吉保領(lǐng)兵攻笨港，克之，退屯元長莊。

初，常青屢檄普吉保援諸羅。普吉保以兵單，且藍(lán)元枚新卒，未可輕動。頃之，守備宋國興率千總、把總十二人，漳州兵千名；游擊夏承熙帶千總、把總九人，兵千名；先后至鹿仔港。而廣東總兵李化龍、參將張朝龍、守備劉光國、王德俊、余飛鴻、胡瑛、千總以下二十一人，帶廣東兵二千，繼至鹿仔港。兵勢既振，恒瑞再檄普吉保令統(tǒng)兵援諸羅分賊勢。上亦切責(zé)普吉保坐視諸羅受圍，不能進(jìn)取。而鹿港義民首林湊等又言兵有可進(jìn)之機(jī)，不宜失事會。于是普吉保將興師。九日丁卯（初三日），廣東游擊張會元、守備馬得驄又帶千把總十一人、兵千名至鹿仔港。會李化龍奉旨署水師提督，普吉保乃請李化龍駐鹿港，分廣東兵六百人，令游擊張會元領(lǐng)之，守馬鳴山。己卯（十五日），普吉保部分諸將，以參將張朝龍領(lǐng)廣東兵，以參將海亮領(lǐng)福建陸提興協(xié)長福各營兵，以游擊琢靈阿領(lǐng)浙江兵，以游擊夏承熙領(lǐng)漳州兵。將弁七十余人，征兵五千，發(fā)鹿仔港。維時沿海麥仔寮各民莊尚為官守。于是普吉保由馬鳴山興師，沿海行。辛巳（十七日），至笨港。笨港為賊焚毀略盡，不能守，退屯元長莊。常青遣千總王國志、董國瑞帶兵二百名，府城義民二千，赴鹽水港；從恒瑞之請也。

壬午（十八日），泉州城守營游擊張無咎帶兵五百人至臺灣。癸巳（二十九日），都司吳壯圖帶兵五百人至。初，總督李侍堯聞諸羅被圍久，常青派大營兵赴援，幾萬人，圍不解。恒瑞至鹽水港，每稱賊眾兵單，不能進(jìn)。因奏遣總兵鄭國卿帶兵三千人直渡鹽水港。時上諭李侍堯在泉州招新兵補(bǔ)缺額，新兵大集。李侍堯即以所募新兵千五百人充是役。游擊張無咎、吳壯圖帶兵至關(guān)帝廳。常青乃令赴鹽水港。

十月辛丑（初七日），常青遣副將丁朝雄帶兵二千人復(fù)東港。東港在鳳山南四十里，濱海，為南路商舶出入要口。自鳳山陷于賊，商舶不通者幾月余。而東港最近竿林，各粵莊義民有事至郡城，皆道東港。六月以來，南路賊皆至南潭與大兵相持。至是竿林莊粵民糾眾攻新園賊巢，乘勢至東港。守港賊目張基光等回水底寮。義民首林成赴府城請發(fā)兵守東港，通糧道。

先是常青奏東港不通，糧道阻絕。總督李侍堯聞之，奏遣游擊倪賓、守備查城帶千總以下八人，兵千名復(fù)東港。至是常青分其半守鯤身，別遣副將丁朝雄統(tǒng)領(lǐng)革職參將那穆素重、革職守備黃喬等，帶臺協(xié)水師澎湖兵五百人往，倪賓、查城以新至兵五百人隨之。又遣奉差到營守備林登云帶臺灣招募新兵五百人、并投誠守備莊錫舍隨往備策應(yīng)。辛丑（初七日），丁朝雄等至東港，聞近港有賊，不欲遽登岸；港民懇請，乃札營港口，與山豬毛義民通。常青奏賞曾中立同知職銜、羅前蔭知府職銜，奉旨賞其招募山豬毛義民之功也。

十月丙午（十二日），駐守淡水副將徐鼎士、淡水同知徐夢麟，自大甲進(jìn)兵，攻大肚溪，克之。初，徐鼎士率兵自艋舺移駐大甲，同知徐夢麟亦招義民駐焉。賊目何有志等屢次來犯，官兵、義民擊走之。九月戊寅（十四日），都司敏祿、守備陳峰毫帶外委五人、兵千人繼至。兵勢益振。徐鼎士等上書守鹿仔港總兵李化龍，請定期會攻大肚賊巢；久無定議。于是賊圍諸羅急，其牛罵頭、烏日、沙轆、大肚各賊莊精壯者大半赴南路，大甲義民皆言兵有可進(jìn)之機(jī)。于是徐鼎士、徐夢麟等決意進(jìn)兵。十月庚子（初六日），徐鼎士部分將弁，留守備陳峰毫守大甲，即分兵六隊并進(jìn)。副將徐鼎士、都司敏祿、守備潘國材領(lǐng)兵千人，分三隊由沿海青埔西路進(jìn)；同知徐夢麟率義民從之。游擊吳秀、都司朱龍章、千總袁良禧領(lǐng)兵千人，分三隊由岸里社、社皮東路進(jìn)；浙人壽同春率義民從之。辛丑（初七日），都司敏祿、守備潘國材分兵攻豬篙莊、沙轆莊，克之。甲辰（初十日），焚麻園莊。丙午（十二日），官兵攻大肚，賊目何有志遁走，官兵克大肚。鹿港之師不至。徐鼎士等退守牛罵頭。

游擊吳秀等之由西路進(jìn)兵也，吳秀哨七張犁，搜元寶莊，至賴樹口。癸卯（初九日），退屯社皮。朱龍章由神崗莊至楓樹腳，焚水窟頭。壬寅（初八日），退屯北莊。袁良禧自大甲進(jìn)兵。辛丑（初七日）屯烏牛欄，壬寅（初八日）焚阿里史，癸卯（初九日）克瓦口仔。自大甲進(jìn)兵官兵，沿途焚毀賊莊，至或不見一賊。浙人壽同春率義民同進(jìn)，益輕賊。其駐烏牛欄也，每遣人偵大里杙虛實，皆言賊首離巢穴，守者不過五、六千人，壽同春益銳意搗賊巢。甲辰（初十日），壽同春將進(jìn)兵，袁良禧難之。于是遣信招吳秀等以大隊兵繼進(jìn)為后殿。與千總袁良禧分兵巡哨。袁良禧率兵由阿里史東路進(jìn)，壽同春率義民由阿里史西路進(jìn)。把總林肇升帶一百四十人從之。至三十張犁，距大里杙六里，賊眾四起圍官兵。把總林肇升、外委林彪皆戰(zhàn)死，陣亡兵丁一百余人，義民死者亦數(shù)百人。壽同春馬蹶被擒，至大里杙，罵賊不屈，被害，聞?wù)邆?

當(dāng)是時，諸羅被圍日久；恒瑞駐鹽水港，普吉保駐元長莊，皆觀望不敢進(jìn)。諸羅食絕，民間舂油籸度日，死者日相繼。上諭柴大紀(jì)『不必拘與城存亡之見，如勢不可守，即當(dāng)完師出重圍，再圖進(jìn)取』。柴大紀(jì)得旨，猶豫不能決，商之各義民首，皆曰：『諸羅城小，而固守已數(shù)月，若棄之，非便』。柴大紀(jì)以聞，且曰：『臣實不忍將此數(shù)萬生靈付之逆賊之手，惟有忍饑固守，以待援兵之至』。上益嘉大紀(jì)能守正，晉封義勇伯，加太子少保，戴雙眼花翎，賞銀萬兩，親制詩章以寵之。有旨授副將蔡攀龍溫州總兵，旋升福建水師提督參贊軍務(wù)；以總督李侍堯奏其解諸羅之圍也。時貴林等敗尚未上達(dá)，并授貴林溫州總兵，孫全謀羅定協(xié)副將，邱能成大鵬營參將，其游擊楊起麟亦有旨以參將補(bǔ)用；自貴林以下并賞戴花翎以獎勵之。

十月丙辰（二十二日），總兵梁朝桂克復(fù)鹿仔草。戊午（二十四日），總兵鄭國卿統(tǒng)領(lǐng)弁兵一千五百余人至鹽水港。己未（二十五日），恒瑞至鹿仔草。恒瑞既復(fù)鹿仔草，馳信與普吉保，定期進(jìn)諸羅。乃命梁朝桂疏通道路，期與普吉保合兵。梁朝桂至鎮(zhèn)平莊與賊戰(zhàn)，朝桂負(fù)傷回鹽水港。事聞，賞梁朝桂戴用雙眼花翎，賞號巴圖魯。

將軍常青之初進(jìn)兵也，以鹿港委之藍(lán)元枚，諸羅委之柴大紀(jì)，淡水委之徐鼎士；意在先靖南路。既而札營關(guān)帝廳，與賊相持日久，諸羅被圍，屢分大營兵救之；南路兵益單，而諸羅之圍不解。于是上諭內(nèi)閣曰：『臺灣逆匪林爽文等糾眾不法，特派總督常青前往臺灣，授為將軍，督辦剿捕事宜。數(shù)月以來，并未能痛加殲戮，挪移尺寸之地。且該將軍年逾七旬，究恐精神不能周到。茲特命福康安前來行在，面授機(jī)宜，令其隨帶欽差關(guān)防，馳赴臺灣，更換常青。即授福康安為將軍，并授海蘭察為參贊大臣，舒亮、普爾普為領(lǐng)隊大臣。揀派曾經(jīng)戰(zhàn)陣之巴圖魯、侍衛(wèi)、章京一百余人分起前往，領(lǐng)兵征剿。至臺灣初次調(diào)撥及續(xù)調(diào)官兵已有數(shù)萬，嗣又于廣東、浙江添調(diào)綠營及駐防兵萬余人，并于福建本省派撥兵六千，既又添調(diào)四川降番，并于湖北、湖南、貴州等省挑備兵數(shù)萬，陸續(xù)遄程前往。合計征調(diào)各兵不下十余萬，所有應(yīng)用軍糧，已于浙江、江南、江西、湖廣、四川省撥運(yùn)米百余萬石，軍餉火藥等亦已廣為儲備，諒此么么小丑，一時烏合，何難立見殲除』。旨下，臺灣官兵聞之，皆欣欣知賊不足平矣。