丙子（十三日），將軍嘉勇公福康安統領大兵南下。先是普爾普領兵由嘉義至郡城，道經灣里溪、鐵線橋，賊眾聞風斂跡，皆走匿大武隴山內。至林爽文被擒，大武隴賊目許大花等聞之，挈黨投出。而林爽文之弟林勇，先在大武隴與莊大田協力窺郡城，既聞大兵已定北路，黨羽皆渙散，乃罄其所掠財物，糾集余黨據大武隴隘口。北路賊目蔡福及葉省妻黃玉娘等亦逃走南路，與之合力，思阻險自固。丁丑（十四日），將軍福康安分兵三路南下：普爾普由大排竹進山趨大武隴北面，鄂輝、許世亨由哆啰嘓、洗布埤迤西沿山搜捕，將軍福康安、參贊海蘭察統領大兵由灣里溪、鐵線橋進兵。防守鹽水港總兵梁朝桂亦隨大兵南下。己卯（十六日），師次牛莊，賊目蘇魁、陳獻瑞率眾阻官兵。官兵射蘇魁殺之，生擒陳獻瑞等，戮于軍。

壬午（十九日），將軍福康安、參贊海蘭察直抵南潭。福州將軍常青、江寧將軍永慶、廣州副都統博清額、南澳總兵陸廷柱，皆領兵自關帝廳來會。而湖南總兵尹德禧、副將伊常阿、參將張宜淑、游擊王希章、都司王朝佐、守備尹尚榮、陳綸、田武、千總以下二十六人，兵千名，亦由鹿港登岸陸續至軍。

初，常青聞將軍福康安東渡，自陳無功，請去將軍名號，以一事權。上以常青駐南路久，而福康安方經營北路，不欲遽加貶削。至是北路大定，福州將軍恒瑞坐逗留鹽水港革職，乃責授常青福州將軍，摘去雙眼花翎。

將軍福康安之定北路也，南路賊目皆氣沮。有民人數十至關帝廳請常青用兵。時關帝廳軍營兵不過三千，常青猶豫不能決。會總督李侍堯遣連江游擊梁上掄、興化都司譚綸邦帶兵千人至營，常青致書將軍福康安，請帶兵二千人靖南路。將軍福康安以南路兵日久力疲，恐不得當，損威望，乃覆書令其審度形勢，毋輕進。會上亦嚴諭常青防海口，不責以兵事，常青南下之議遂止。

將軍福康安既至南潭，與常青晤，仍以府城委之防守。檄令江寧將軍永慶、廣州副都統博清額、總兵陸廷柱分守打鼓港、竹枝港。

有義民首鄭其仁者，先隨丁朝雄收復東港，擒賊目吳豹送郡城伏法，奉旨賞守備職銜。至是遣人至軍前，報收復枋寮捷音。將軍福康安遣臺灣府知府楊廷理馳往枋寮撫慰新附，并遣張芝元、許廷進帶廣東兵五百人隨往。

癸未（二十日），大兵發南潭，參贊鄂輝以兵來會。初，鄂輝與普爾普分路搜剿大武隴賊巢。鄂輝攻本縣莊，克頭社，轉戰皆捷，至大武隴河。普爾普亦克大武隴隘口。賊目莊大田、蔡福等由內山南走水底寮。普爾普復自大武隴北面深入內山搜剿余匪。將軍福康安即令留守大武隴。鄂輝亦自大武隴南面入山，沿山搜捕，至大林莊出山，與大兵會。戊子（二十五日），大兵次下埤頭。

先是知府楊廷理奉令招撫枋寮，既至，鄉民皆出莊迎謁，意甚恭。楊廷理遍加慰勞，并令偵莊大田蹤跡，立功自效。于是楊廷理留宿莊中。夜半，枋寮賊陳昆、葉娥等復劫莊眾謀拒官兵。楊廷理聞變，單騎馳出莊，得免。有把總嚴廷選者，帶兵百人隨往，遇變皆死之。義民首鄭其仁亦死于亂。

參贊海蘭察既至下埤頭，聞之大怒，即率侍衛巴圖魯直抵枋寮，與賊遇，橫沖賊陣，賊不能當，射賊目陳建平殺之，賊皆潰走。官兵乘勝追之，斬首數千級，擠于海死者不可勝計，生擒賊目藍九榮等，戮于軍。賊目莊大田在水底寮，聞之，竄走瑯嶠。瑯嶠在鳳山極南，邊海，內通傀儡番社，山峻林密，道路險惡。

二月丁酉（初四日），大兵次風港。將軍福康安重賞瑯嶠各社番眾，令其堵緝內山隘口。戊戌（初五日），大兵發風港，穿林越箐，自黎明至日午，行三十里。凡遇隘口，皆留兵守之。賊眾伏密箐內，見官兵至，自山澗內突出，殊死拒。前鋒侍衛博斌、副將岱德、參將張朝龍等迎擊之，賊卻，官兵乘勝追之。至柴城，官兵四面圍逼，賊眾往來沖突，不能脫。知事急，皆相率投海。

初，將軍福康安遣侍衛烏作哈達領水師兵由海上抵瑯嶠。至是齊至，遇賊投水者，放鎗炮擊之，賊尸浮海面者無算。賊目莊大田知不可脫，率眾賊棄械竄伏山谷。官兵分途搜緝，生擒賊目莊大田、大田之弟大韭、許光來、許尚、簡天德、并大田之母黃氏。其義民、番眾擒獻者，林漢、陳才等又數百人。將軍福康安遣總兵袁國璜檻送莊大田等至府城，遣烏什哈達沿海搜查逸匪。乙巳（十二日），大兵凱旋，至東港。丁未（十四日），至山豬毛。

初，山豬毛義民團結鄉眾拒賊，上嘉其義勇，御賜褒忠扁額，鄉民建亭奉之。將軍福康安親至亭下招義民首慰勞之。

庚戌（十七日），至府城。府城紳民皆至三十里外設香案迎大兵，夾道歡呼。人人自慶。

將軍福康安既至府城，戮賊目張邦光等四百余人于市。令普爾普械送莊大田之弟大韭、大麥、偽副元帥許光來、偽參軍簡天德、偽靖海侯許尚、偽先鋒陳牙、偽左將軍林漢至京伏法。惟莊大田傷重垂斃，僇于市，以首送京師。又擒林勇于大武隴，擒蔡福并莊大田之子天義、天勇、孫阿莫、婿楊由、并其妻女于灰窯。賊目劉升、陳秀英、鄭記、陳天送、嚴煙等皆先后就擒解京伏法。葉省妻黃玉娘亦就擒，戳于臺灣市。大田幼子天畏逃至嘉義，至六月內，效用知府錢受椿訪獲之，械送內地。林爽文、莊大田黨羽盡矣。其投誠賊目陶烏等幾百人，奉旨貰其死，分各省安插。惟董喜隨林爽文逃至番界，或云已為生番所戳云。

南路捷聞，上大喜，賞擒莊大田之功，六十七、德成、額岱德、王宣、王德俊皆賞號巴圖魯，加賞銀百兩。

三月乙丑（初三日），奉旨逮問陸路提督兼臺灣鎮總兵柴大紀于京師。柴大紀自守嘉義以來，上念其守城之功，眷顧優隆。既聞其在總兵任內，婪臟負職，多劣跡，不稱任，而工部侍郎德成亦上言柴大紀營私玩寇。維時革職提督任承恩在刑部獄，上詔問之，其對如德成言。上知大紀所犯皆實，乃詔總督李侍堯、將軍福康安查明指參，以高廉總兵梁朝桂為陸路提督，轉汀州總兵普吉保為臺灣總兵。旨下，將軍福康安方統兵在鳳山，遣郎中長齡至嘉義逮大紀至郡。至凱旋郡城，同成都將軍鄂輝等以所犯面鞫之。大紀不能隱。又問大紀之弟大經，并經其家人林道清、巡捕官鄭名邦等皆言大紀縱兵市易，廢弛營伍。又挑補兵弁，皆以利進，及林爽文將作亂，畏賊回郡城各情，皆有征。獄具，上聞。于是籍沒其家，逮大紀于京師，伏法。福州將軍常青坐不能糾舉，革職回京聽旨。

將軍福康安以臺灣大定，撤回防守南北兩路各征兵，凱旋內渡。參贊超勇公海蘭察率巴圖魯侍衛先由鹿仔港內渡。又分派諸軍，以次渡海。由鹿耳門配渡者，廣州駐防兵為第一起，都統博清額領之；次杭乍駐防兵，將軍永慶領之；次貴州兵，總兵許世亨領之；次廣西兵，副將巴爾布領之；次廣東兵，總兵陸廷柱領之。由鹿仔港配渡者，四川屯番兵為第一起，總兵穆克登阿領之；次湖南兵，總兵尹德禧領之；次福州駐防兵，協領海興阿領之；次浙江兵，副將詹殿擢領之。其在北路凱旋廣東官兵，則總兵李化龍領之。而福建水陸各官兵，除挑留戍兵外，分四起內渡。惟留廣東兵千人，命總兵張朝龍領之，鎮撫地方。至五月，內渡官兵以次凱旋。