四、進軍閩粵
同治三年（1864）春夏之交，太平軍分五路向江西集中：譚星部由浙江開化進入江西玉山、廣信；陳炳文、汪海洋部從皖南直入江西德興；李世賢、陸順德部由開化至江西玉山；劉肇均、朱興隆部亦由蘇南經浙西、皖南進入江西；洪仁玕、黃文金等亦準備由皖南經浙江趨江西。但向江西集中的太平軍并沒有統一規劃，基本上是各自為戰。九月上旬，洪仁玕、黃文英在廣昌被俘后，李遠繼、譚體元往投汪海洋，汪海洋駐軍于江西寧都、石城一帶；李世賢則活動于贛、粵邊境。
九月，太平軍余部分四路向福建挺進，聲勢浩大。來王陸順德從廣東大埔北上，占領閩南永定縣，再北取龍巖州；侍王李世賢于九月十四日東向進克閩東南的漳州府，擊殺漳州鎮總兵祿魁、汀漳龍道徐曉峰，漳州知府札克布丹；天將丁太陽、林正揚等于九月中旬由江西雩都、瑞金南入閩境，十一日占領閩西南的武平，擒斬福建按察使張運蘭，隨后東走永安。同時，康王汪海洋、佑王李遠繼、偕王譚體元從江西寧都、瑞金進入福建汀州府境。據稱，同治三年（1864）秋，進入福建的太平軍總數在三十萬人左右，這使任閩浙總督的左宗棠極為震驚，他奏請清廷以蔣益澧護浙江巡撫，以楊昌濬署浙江布政使，自己則準備赴閩浙總督任所——福州。
十月二十八日，左宗棠從杭州出發，途經建德、蘭溪、龍游、西安各縣，取道浦城入閩督戰。其部隊則分三路進入福建：西路飭幫辦福建軍務劉典所部新軍八千人由江西建昌府赴汀州，又奏請以記名按察使王德榜署福建按察使，帶所部五營約二千五百人自江西瑞金入汀州會合作戰；中路以提督黃少春、副將劉明珍兩軍共四千五六百人由衢州、江山取道福建浦城、建寧赴邵武一帶接防，替出康國器一軍進攻漳州府；東路則以署浙江提督高連陞部四千人、知府魏光邴部五百人由杭州東赴寧波，雇輪船經海道赴福州，以出興化（今莆田）、泉州。
十月上旬，署福建陸路提督林文察進攻漳州，被太平軍擊退。十一月初三日，李世賢又在距漳州二十余里的萬松關陣斬林文察，并擊退署福建水師提督曾玉明的援軍，泉、廈震動。當時在福建的太平軍余部主要有兩大支：以漳州城為中心的李世賢占有南靖、云霄（均屬漳州府）、龍巖（屬龍巖州）、永定（屬汀州府），擁眾十余萬；扎老營于南陽（位于汀州府長汀、連城、上杭交界處）的汪海洋擁眾約九萬人，分軍守古田、下車、南嶺一帶。左宗棠命高連陞趨同安，以保泉、廈；黃少春趨長泰（屬漳州府，時為李世賢控制），以規漳州；劉典進連城（屬汀州府），王德榜繼其后，會攻龍巖。左宗棠自己則率親兵于十六日抵浦城，并擬進延平，策應各軍。
十一月十九日，汪海洋、李遠繼、譚體元等在長汀、上杭、連城間大破左軍西路劉典部。翌日，劉典退守連城，王德榜、王開琳等從汀州赴援。二十七日，左宗棠從浦城進駐延平（今南平縣），護浙江巡撫蔣益澧派署衢州鎮總兵劉清亮率三千人援閩。當時，在福建的太平軍號稱三十萬眾（實數亦在二十萬左右），而左宗棠全軍不過兩萬多人，加上協同作戰的閩軍、粵軍亦不過四五萬，左宗棠深感雙方實力懸殊，難于應對，他說：“李、汪諸逆狡悍兇頑，倍于群寇。”（《左宗棠信札》手稿，湖南社會科學院藏）清廷為增加福建兵力，于十二月初五日諭令時在廣東的福建水師提督吳全美、時在江蘇的福建陸路提督郭松林以及汀州鎮總兵沈俊德、漳州鎮總兵李成謀（均在湖北），金門鎮總兵王東華（在江蘇），建寧鎮總兵張得勝（在安徽）各帶本部赴任。
十二月初四日（1865年1月1日），左軍中路黃少春部在漳州北溪會同高連陞進攻李世賢。二十八日，閩、粵清軍占領永定縣。李世賢擬調軍攻取安溪、長泰、泉州，以斷左軍餉道，徑取福州，但此計劃被高連陞獲悉，不果。
同治四年（1865）正月二十四日，福建建邵道康國器率部攻占九龍江上、下游咽喉要地——龍巖，切斷了李世賢與汪海洋兩軍的聯絡。二十七日，劉典、王德榜聯軍大破汪海洋于連城新泉，使其精銳喪失過半。二月初四日，又占領南陽鄉，太平軍南走上杭、永定。初七日，劉、王聯軍又在上杭白沙擊敗汪海洋部。
三月初三日，李世賢自漳州分路北進，敗于高連陞、黃少春。還在二月初時，李鴻章奉朝命派淮軍郭松林、楊鼎勛兩部共八千人（配有洋槍）坐輪船由海道援閩，并分別于三月初五日、三月十七日抵廈門。左宗棠令其分道進海澄、漳浦，以攻漳州府南。十六日，郭松林聯合高連陞、黃少春擊敗李世賢之軍。十八日，李世賢屢攻清軍漳州以北營壘，均被擊退。左宗棠再調劉明燈五營取道福州，由興化、泉州赴安溪，增加進攻漳州兵力，他本人也于四月十五日抵福州，就近督戰。四月中旬，淮軍郭、楊兩部，左軍王德榜部分別在漳州南面和西北擊敗太平軍，合圍漳州府城。二十一日，黃少春、王德榜會同郭松林、楊鼎勛擊殺太平軍萬余，俘虜三四千人，一舉攻占已由太平軍堅守七個月的漳州府城。李世賢等出西門，向西南方向敗走。二十二日，劉典、王德榜等又占領府城西北的南靖。
三月下旬，劉典、康國器分路進攻汪海洋部。四月中旬，汪海洋南走廣東大埔，因遇廣東清軍阻擊，折回閩南。汪海洋會同李遠繼合兵七萬，分七路進攻汀州府永定縣，清軍設伏獅龍嶺，并以抬槍射擊，獲勝。翌日再戰，康國器仍分三路以抬槍應戰，汪海洋再敗，撤向西北，據上杭、中都一帶。此役，康國器以八千之眾擊敗太平軍七萬人，主要仰仗抬槍之力。左宗棠對康國器以少勝多，予以嘉獎。
李世賢撤出漳州后，即退向閩、粵交界的平和縣，王德榜、高連陞、黃少春等緊追不舍，太平軍傷亡頗眾。四月二十七日，淮軍郭、楊兩部攻占漳浦縣城，次日，又入云霄廳。五月初一日，再取福建東南端的詔安。初二日，劉典、康國器等在永定縣塔下大敗李世賢，太平軍損失幾萬人，世賢只身逃脫。隨著戰局不斷變化，左宗棠的指揮部也步步前移，四月二十九日，至興化，五月初四日，抵泉州，初十日即達漳州。十一日，高連陞等又在閩西南上杭擊敗汪海洋，迫其走武平。至二十一日，汪部太平軍已由福建折入廣東境內，二十二日，占領廣東鎮平縣（今焦嶺）。
李世賢軍敗永定后，也潛往鎮平，投靠汪海洋。左宗棠一面下令緊追，一面派康國器統所部五千人入粵夾擊。同治四年閏五月二十三日（1865年7月15日），汪海洋與康國器交戰失利，退回鎮平。左宗棠命高連陞、黃少春、劉清亮等距鎮平數十里處扎營，汪海洋則在鎮平城外分壘三十余壘，收稻積谷，為久守計。左宗棠的部署是：以康國器、關鎮邦攻鎮平東南；高連陞、黃少春、劉清亮嚴扼閩、粵交界的武平邊境，堵住太平軍北上之路；劉典、王德榜兩軍則分屯福建南部的上杭、武平，作為第二道堵截線，并飭粵軍扼鎮平西南，準備把汪海洋部緊緊困在鎮平，然后一舉消滅。
六月二十八日，李世賢逃至鎮平，幾天后竟被汪海洋派人刺殺。在此危難之際，太平軍內部還不能和衷共濟，竟自相殘殺。這樣，太平軍余部的悲慘結局就不可避免了。七月十三日，由江西至廣東參戰的“霆軍”鮑超部提督婁慶云在鎮平大招擊敗佑王李遠繼。汪海洋集中兩萬兵力攻高思，康國器埋伏精銳于山嶺間，用抬槍轟擊太平軍，汪海洋左腕受傷，全軍大亂。
清軍在廣東嘉應州地區（鎮平亦為轄縣）集中了來自閩、粵、贛三省的部隊，急需統一指揮，協調作戰。清廷于八月十三日采納了前護江西巡撫沈長紱的建議，命左宗棠入粵督師，節制廣東、江西、福建三省各軍。八月十四日，汪海洋施誘敵之計，引高連陞、康國器窮追至嘉應州城西南的興寧山中，伏軍八千人突起，擊斃高連陞部數千人，高軍大將關鎮邦授首，康軍亦亡精卒數百。經此戰，高、康兩軍均受沉重打擊，而汪海洋也得以攻入江西境內，但終因連戰不利，被迫于二十八日再入粵境。九月初三日，攻占和平縣（屬惠州府），十八日，自和平東進，于二十一日一舉攻克嘉應州城（今廣東梅州梅縣區），這也是太平軍占領的最后一座州城。汪海洋于城外建土城、望樓為死守計。他這樣困守孤城，無異于坐以待斃。
太平軍占領嘉應州城后，康國器疾馳至左宗棠大營獻策。他認為“嘉應已成困獸”，“誠以閩師逼其東，粵師逼其西，連營稍前，合成長圍，然后作塹困之。別布羅遮師，阻其隳突。得三萬兵，三月餉，可聚而殲也。”（康有為：《康公事狀》）左宗棠接受這一建議，調新任浙江提督鮑超（字春霆，四川奉節人）率軍一萬二千人入閩，至武平、上杭，再由廣東平遠徑趨嘉應西北，是為北路；劉典率軍八千人由贛入閩，自永定、大埔趨松口（在嘉應州城東北），攻其東；左宗棠（時帶親兵營及總兵楊和貴營駐閩南平和縣王官溪）親率署浙江提督黃少春一軍三千人、福建布政使王德榜一軍二千五百人攻東南；又商調廣東布政使李福泰一軍駐興寧（嘉應州城西南），總兵方耀駐興寧縣東，扼嘉應西面；再以粵軍記名提督曾敏行、副將鄭紹忠扼南路。江西巡撫劉坤一（字峴莊，湖南新寧人）也予以配合，令按察使席寶田、總兵劉勝祥兩軍由平遠、鎮平南下。左宗棠決心要在嘉應打一個最后的殲滅戰。
十一月二十九日（1866年1月15日），左宗棠至粵東大埔縣（屬潮州府），幫辦軍務劉典也率軍從福建永定趕到，左命其前部由松口進至嘉應州城東南，與扼州城正東的王德榜部相接；黃少春擋東北，與駐樟樹坪的高連陞部相連，而高部又與駐烏泥坪的康國器軍相望（兩軍相距十里）。這樣，東路、東南、東北及北路的月牙形包圍圈已經形成。十二月十二日，汪海洋在激烈的戰斗中頭部負傷，次日，卒于州城。余部由譚體元帶領。十五日，鮑超率“霆軍”抵平遠縣，十七日進至州城以西的相公亭，廣東布政使李福泰亦至城西藍口，形成合圍。左宗棠本人亦由松口前進，十九日，清軍對嘉應州城的總攻開始，左軍、霆軍、粵軍分七路圍攻。
二十二日夜，譚體元見城已不可守，遂開州城西南門，向群峰陡立的黃沙嶂潰走。四更時，高連陞、黃少春等攻入東門，高連陞、王德榜、康國器各軍均向黃沙嶂方向追擊。二十三日夜，王德榜軍在黃沙嶂左路北溪圍截招降太平軍約四萬人。二十四日黎明，高連陞一軍在大田追上太平軍，招降萬余人。鮑超部“霆軍”則于北溪白沙壩四面圍困東平王何明亮部，招降兩萬人，何明亮等七八百人被殺。同治五年正月二十一日（1866年3月7日），太平軍偕王譚體元撤退時墮崖受傷，呻吟道旁，被黃少春俘獲，送至左宗棠松口行營中，后被殺?？傆嬤@一戰役，太平軍余部陣亡萬余人，投降五萬余人（《湘軍記》載，黃沙嶂降者十余萬，顯系夸大之詞）。至此，長江以南太平軍的斗爭遂告結束。左宗棠于正月下旬返回福州閩浙總督衙署，并因戰功被清廷賞戴雙眼花翎（花翎即孔雀翎，是插在帽上的一種裝飾品，有單眼、雙眼、三眼之分，雙眼花翎非大官不能得），其長子孝威亦被特賞主事（正六品）。