然而，藍玉自恃有功，驕橫不自檢束。打敗元主脫古思帖木兒后，他不僅私占掠獲的大量珍寶、駝馬，還將元妃占為己有。朱元璋聞此大怒，說：“玉無禮如此，豈大將軍所為哉！”藍玉班師至喜峰關，因已入夜，守關人未及時納入，藍玉怒而縱兵破關而入，朱元璋知道后很不高興。藍玉領兵在外，經常擅自升降將校，進止自專，詔令有所不從，甚至違詔出師。在朱元璋面前，有時也是舉止不恭，語言傲慢，失君臣禮。更嚴重的是，藍玉蓄莊奴、假子數千人，橫行霸道，胡作非為；他還強占民田，魚肉百姓。百姓上告，御史官舉劾，他竟將御史打了逐出。
洪武二十六年（1393年），錦衣衛官員告藍玉同景川侯曹震等謀反，藍玉被殺，株連三族，坐黨論死者一萬五千人，史稱“藍獄”，是繼胡惟庸案后的又一次大案，連稱“胡藍之獄”。
如此眾多手握重兵的高級將領，為什么會毫無反抗地束手就擒呢？顯然，他們沒有任何要同朝廷作對的準備。也就是說，他們并沒有反謀。這也是一個冤案。那么朱元璋為何要殺了藍玉？這其中一個重要的導火線就是洪武二十五年（1392年），年僅三十九歲的太子朱標死了。按嫡長子繼承制，皇位只能由皇太子的長子接任，而朱標的長子早已夭折，這時排行老大的朱允炆才十五歲。朱元璋誅殺權臣，就是想要為子孫鏟除后患。
有一則記載說，當初馬皇后去世以后，朱元璋一直處于郁郁不樂的狀態，戮殺大臣的行為也更加恣意妄為。有一次，太子朱標進諫說：“陛下您殺大臣殺得太多，恐怕會傷了君臣間的和氣。”朱元璋聽了以后不說話，沉默了很久。第二天，朱元璋把太子叫來，將一根荊棘扔在地上，命令太子去撿起來。面對長滿刺的棘杖，太子覺得很為難。朱元璋說：“這根荊棘你拿不起來，我替你將刺磨干凈了，難道不好嗎？現在我所殺的人，都是將來可能威脅到你皇位的人，我把他們除了，是在為你造莫大的福啊！”太子跪下來給朱元璋磕頭，但心里卻不同意朱元璋的觀點，低頭說：“上有堯舜之君，下有堯舜之民。”他這是什么意思呢？他是說，父親您似乎不是堯舜那樣的明君，否則哪來那么多亂臣賊子？你想，朱元璋聽了這話能不生氣嗎？老皇帝氣得搬起椅子就扔了過去，要砸太子，太子嚇得趕忙逃走。
鏟除權臣如同除掉荊杖上的棘刺，是為了便于掌握。雖然老將都已經被殺光了，但新起的藍玉等人能征善戰，強悍桀驁，讓人很不放心。因此，為了孫子朱允炆，為了防備不測，對藍玉這樣的強臣，反也得殺，不反也得殺。然而，令朱元璋沒有想到的是，這卻導致到了靖難之役時，南京朝廷竟無將可派，可以說，朱元璋的分封外藩和大殺功臣直接導致了靖難之役中建文帝的失敗。
9.特務統治，監視天下
為了鞏固朱氏家族的統治，朱元璋居然用特務來監視天下，這是以往任何一位皇帝所不能比的。
朱元璋生性多疑，為了加強對大臣的監視，防止他們在背后搗鬼，開始時，他派遣一些檢校、僉事等人暗中偵查大臣的舉動。
檢校即特務。顧名思義，特務僅僅是一個職務名稱，在當時，它并沒有形成正式的組織機構，這或許是因檢校任務特殊，屬地下工作者、隱蔽戰線，不便于公開的緣故。檢校的職責是：“專主察聽在京大小衙門官吏不公不法，及風聞之事，無不奏聞。”他們的任務雖然單一，但卻特別重要，因為告發他人的隱私勾當于朱元璋，是不需要層層上報的，所以檢校們是可以直接面見皇帝本人的，且不受時間和地點限制。這一點，連當時的高官顯貴都望塵莫及。
洪武一朝，最著名的檢校頭子有高見賢、夏煜、楊憲等人，他們專“以伺察搏擊為事”，即以特務工作為生。這幾個人得勢后，連朱元璋最親信的李善長等人也怕他們，日夜提心吊膽。
檢校們可謂無處不在，無孔不入。有女僧引誘華高、胡大海妻敬奉西僧，行“金天教”法，朱元璋知道后下令把兩家婦人連同女僧一起丟在水里。錢宰被征編《孟子節文》罷朝吟詩：“四鼓冬冬起著衣，午門朝見尚嫌遲，何時得遂田園樂，睡到人間飯熟時。”第二天，朱元璋對他說：“昨天作的好詩，不過我并沒有‘嫌’啊，改作‘憂’字如何？”錢宰嚇得出了一身汗，磕頭謝罪。但朱元璋沒有放過他，還是遣送他回老家了，說：“朕今放汝去，好放心熟睡矣。”宋濂是個正直的知識分子，做人本分，性格誠謹，在官場上混了這么多年，從未“當奸人過”，即從沒害過任何一個人，但他照樣被監視了。有一天，他在家中請人喝酒，翌日，按慣例早朝，朱元璋嚴肅地問宋濂：“你昨天是不是在與人飲酒，那么客人是誰，吃的又是什么菜呢？”宋濂吃了一驚，如實做了回答。朱元璋笑笑說：“是這樣的，你并沒有騙我。”
在當時，檢校中集聚了各種各樣的優秀人才，其中就有畫家。朱元璋曾在宋訥家安插了一個檢校畫家。一日，宋訥獨坐生氣，面有怒容。朝見時，朱元璋問他昨天為什么生氣，宋訥大吃一驚，不得不如實說：“手下的奴才不小心把茶器打碎了，我愧失教，因此而生氣。敢問陛下從何而知之？”朱元璋沒說什么，只把那個檢校畫家畫的畫展現在宋訥面前，宋訥一看，這才明白。
即使退了休而沒有公務的人，朱元璋也要監督他們。吳琳原先是個高級檢校，曾身居“浙江按察司僉事”高職，他一直在朱元璋身邊工作，負責他的衣食起居，可謂親信中的親信；后來擢升為兵部尚書。洪武六年，兵部改為吏部，吳琳又轉為吏部尚書。吳琳告老回黃崗，朱元璋派人去察聽，遠遠見一農人坐小杌上，起來插秧，樣子很端謹。使者前問：“此地有吳尚書這人不？”農人叉手回答：“我便是。”使者復命，朱元璋聽了以后，大加贊許。
曾經從敵方叛變過來的高級將領，盡管對朱元璋一向忠心耿耿，但還是受到經他授意的檢校們的重點監督。他這樣說：“昔日，他們能投到我這邊來，現在，或者以后，他們也能投到別人那邊去。對這種人，我總是不放心的。”對降臣羅復仁就是如此。羅復仁曾經是陳友諒的編修，為人厚道，為政清廉，學問深奧，是陳友諒十分器重的人物，但是他覺得跟著陳沒有發展前途，遂就“遁去，謁太祖于九江，從戰鄱陽湖、圍武昌，均立下了功勞；被授予中書諮議”。洪武三年（1370年），官拜弘文館學士。應該說，他對朱元璋是沒有二心的。在戰爭年代和建國初期，朱元璋對他沒有防備之心，而是信任他的，一見面就稱他“老實羅”。但就是這樣一個“老實羅”，后來也受到檢校的監督。
雖然檢校們的權力很大，上可以監視大臣中書，下可以監視平民百姓，但他們并沒有扣押和處決犯人的權力。胡惟庸案發生后，由于檢校只能執行察聽、偵伺工作，而無扣押處決犯人之權，因而不能適應新形勢下大舉鎮壓的需要。于是洪武十五年（1382年），朱元璋下令設立了錦衣衛。
在明代，實行的兵制是衛所制，但還設有一個鮮為人知的“上十二衛”。這個上十二衛，便是皇帝的私人衛隊。錦衣衛就是上十二衛中的一個衛。較其他衛而言，錦衣衛更貼近皇帝本人，換句話說，錦衣衛就是皇帝的貼身衛隊，負有護駕之重任。凡盜賊奸宄要秘密緝訪，街涂溝洫要經常注視，是一個組織完備的軍事特務機構，和皇朝的府、部、院都沒有隸屬關系，由皇帝直接指揮，只對皇帝負責。
錦衣衛設有監獄，稱之為錦衣獄，屬錦衣衛下邊的北鎮撫司管轄。獄內刑罰不僅殘酷，而且名目繁多。一個人若不幸踏進錦衣獄，那么便“五毒備嘗，肢體不全。其刑最殘酷者，名曰琶，每使用，使人百骨盡脫，汗下如水，死而復生，如是者二三次。荼酷之下，何獄不成。”一個犯人如果被送進錦衣獄，那就等于被送到了地獄，再也沒有生還的可能。
洪武二十年（1387年），朱元璋認為錦衣衛的詔獄用刑過于殘忍。同時，鎮壓臣民不軌妖言的任務也基本完成，于是下令焚毀錦衣衛刑具，把犯人移交刑部審理。洪武二十六年（1393年），胡惟庸和藍玉案全部結束，朱元璋再次申明此禁，詔令京師外罪囚，不得交錦衣衛，無論罪惡輕重，全都經三法司。但是這條法令并沒有維持多久，明成祖即位后，又重新利用錦衣衛來鎮壓建文帝的臣下，恢復了詔獄。以后歷代皇帝都倚仗錦衣衛做耳目爪牙，錦衣衛的職權日益擴大，人員日益眾多，最終造成殘酷的恐怖氣氛，一直延續到明亡。
明代對官員的服裝進行改進，其中最具特色的是對官員服裝用“補子”制度來表示品極，而有“補子”的服裝便被稱為“補服”。
“補子”是一塊約40～50平方厘米的綢料，織繡上不同紋樣，再縫綴到官服上，胸背各一。“補子”圖案一般文官用禽鳥紋，武官用走獸紋，各分九等，容易識別。明朝實行官員服裝“補服”制，從而使官員之間等級明顯，利于管理。
朱元璋設置錦衣衛的更深一層的原因是擔心自己死后，下一代皇帝駕馭不了文武功臣，所以他幾興大獄，假借了若干由頭，連殺帶整，把輔佐他打天下的文武功臣差不多滅了個干干凈凈。這類案子，事出有因、查無實據，如果交給朝官們按法辦理，就有可能曠日持久，甚至定不了案。所以就把這些案子作為詔獄交給錦衣衛辦理，可以迅速實現自己的目的。
10.寰中士夫不為君用，必嚴懲
一個人說話聲音高，并不代表他在口吐真理。同樣道理，朱元璋利用“文字獄”大肆屠殺文人，并不就能說明他統治有方。相反，卻可能說明他統治無能。朱元璋這樣瘋狂地屠殺文人，對朱氏家族的統治所產生的危害也是不言而喻的。
朱元璋殘暴陰刻，自負偏狹，猜忌疑心，自然對那些有思想、有才能的知識分子，更要視作心腹之患了。雖然他與元軍、與其他起義軍作戰打天下的時候，很注意延攬士人，以為己用。譬如劉基、宋濂、高升、唐仲實等。而且，在建國以后，朱元璋還三令五申：“國家用人，唯才是舉。如果是賢能之人，雖疏遠也要加以任用；如果是不肖之人，雖親近也要加以摒棄。”在這一思想的指導下，朱元璋起用了大批有才能的故元官吏以及長期與他對立的陳友諒、張士城、方國珍、陳支定等人的部屬。
朱元璋還下令在全國范圍內大力招募人才，他詔諭全國官民，以前隱居山林，或者被壓在底層不為朝廷所知的賢才，現在都應舉薦過來。朱元璋害怕下級的地方官員不把這個詔諭看在眼里，又專門下了一道圣諭，令各地的官員加緊尋訪，不得有憊懶之心。即使科舉制度實行之后，朱元璋也未放松舉薦制。可如果據此以為朱元璋是一位愛才如命的皇帝，那就大錯特錯了。
國家唯才是舉，大力招募人才，丞相李善長曾為朱元璋的旨意歡欣鼓舞，而胡惟庸卻說朱元璋此舉就像是小孩子冬天下雪的時候用籮筐逮麻雀的游戲。朱元璋就是小孩子。朱元璋叫天下文人出來做官就是小孩子往籮筐里面撒谷粒，而天下的文人就是那些鉆進籮筐里面吃谷粒的麻雀。
當初朱元璋逼迫文人出來做官的時候，可謂是取之盡錙銖，惟恐漏掉一個；后來，朱元璋大肆捕殺文人，又可謂是棄之如泥沙，毫無半點憐惜之心。如此看來，他豈不是同天下的文人玩了一回用籮筐逮麻雀的把戲？
朱元璋對文人采取的對策是親手炮制的聳人聽聞的“文字獄”，而且他的文字獄針對的是天下所有人。
浙江府學教授林元亮替海門衛作謝增俸表，上有“作則垂憲”一句話；北平府學訓導趙伯寧為都司作賀萬壽表，上有“垂子孫而作則”一句話；福州府學訓導林伯璩為按察使作賀冬表，上有“儀則天下”幾個字；桂林府學訓導蔣質為布政使按察使作正旦賀表，上有“建中作則”幾個字；常州學正孟清為本府作賀冬表，上有“圣德作則”幾個字。朱元璋把上面所有的“則”字都念成“賊”，認定那些文人都在罵他曾做過“紅賊”（指紅巾軍），于是派錦衣衛砍了他們的頭。常州府學訓導蔣鎮，為本府作工旦賀表，表中有“睿性生知”四個字。朱元璋硬是把“生”字讀成了“僧”，認為蔣鎮在諷刺他曾經做過和尚。蔣鎮就這么送了命。懷慶府學訓導呂睿為本府作謝賜馬表，上有“遙瞻帝扉”幾個字。朱元璋卻把“帝扉”讀作“帝非”，認為呂睿在誹謗他。呂睿自然就此見了閻王。
朱元璋利用文字獄，把天下的文人幾乎都殺光了。就連“吳中四杰”之一的高啟，也是被他腰斬的。
朱元璋的文字獄，使朝中人“惶惶不可終日”，連丞相李善長也因此而病倒了。丞相臥病不起，自然不是一件小事情。像周德興、廖永忠等一批開國功臣，包括朝廷上下大大小小的官員，都紛紛前往相府探視。朱元璋得知此事后，也帶著太子朱標等人親往李善長病榻邊，噓寒問暖，還諭令太醫房的太醫要想盡一切辦法盡快地治好李善長的病。用朱元璋的話說就是：“大明王朝一天也離不開李丞相！”
朱元璋真不知道李善長因何染病？不說別的，僅用“兔死狐悲”一詞就可以解釋李善長的病因，被那么多文人的鮮血包圍著、窒息著，李善長要是不生病那才叫怪呢。但李善長又不能對朱元璋實話實說，只能這樣說：“微臣年紀大了，偶感風寒，便可鑄成一場大病。”