廢除丞相雖然使得朱元璋一人大權獨攬，牢牢地將權力控制在自己手中，滿足了他個人強烈的權力欲，但此后六部處理的政務，事無巨細，最后全都匯總到他的手里。有人做過一個統計，廢相之后，以洪武十七年（1384年）九月十四日到二十一日為例，8天之間，內外諸司奏札共1660份，合計3291樁事。也就是說，朱元璋每天平均要看200個報告，處理400多件事情。如此繁多的政務，朱元璋即便是精力過人，也仍然會因應接不暇而心力交瘁。尤其是定制、擬旨、批示等都要筆之于書，寫成文件，此類的文書工作，更不是一個人所能操持應付的。故而朱元璋也不得不承認：“朕嘗思之，人主以一身統御天下，不可無輔臣。”為了解決這一新的難題，洪武十三年（1380年）九月和十五年（1382年）十一月，獨裁勤政的朱元璋先后設置了“四輔官”和“殿閣大學士”，讓他們襄助侍從，以備顧問，并協助自己批閱奏章，處理政務。殿閣大學士的設立，標志著明代內閣制度的萌發。內閣制度的萌發絕不是偶然的，它是朱元璋要大權獨攬而又無法不任用輔臣的必然結果。
自秦始皇統一中國時起，相權便作為皇權的補充而存在著，并且在一定程度上還是皇權的制約機制。盡管歷朝歷代在皇權與相權的分配上存在一定的差異，但是相權作為皇權的重要制約機制的作用是一直存在的。朱元璋廢除丞相制度，使皇權在不受任何制約的條件下運作，標志著專制制度達到了極致。
廢除了丞相制，君權與相權之間的矛盾得以基本解決。君權空前膨脹，這對于大明朱氏江山的穩固，自然是極為有利的。在明代將近三百年的歷史中，前后在位的皇帝十六名，其中，有好幾位是在童年時代便成為九五至尊的，有好幾位則多年避居深宮，倦于理事。但盡管如此，君權還是極為牢固，并不曾出現過權傾一朝、覬覦皇位的人物。這自然與丞相制的廢除有著莫大的關系。而與君權的空前膨脹相比，閣臣的作為則相形見絀。明代的閣臣絕大多數是由進士而翰林，然后再拜命入閣。這些人的人生道路基本是靠書本鋪砌的，一生久在翰苑，舞文弄墨，從總體上看，他們都缺少長袖善舞的政治實踐經驗。像宣德年間的“三楊”和萬歷朝張居正那樣的權臣，畢竟是鳳毛麟角。在張居正當朝的時期，內閣權威曾發展到了頂峰，但這個“震主”的權臣卻最終禍發身后，慘遭抄家之禍。其他的內閣輔臣大多庸庸碌碌，只知恪守皇明舊章，而極少勇于任事、敢言直諫者。于是，明代閣輔有許許多多的綽號，如“紙糊三閣老”“萬歲閣老”“劉棉花”“伴食中書”“青詞閣老”“土木偶”“魏家閣老”“門生宰相”和“清客宰相”等。
朱元璋一方面大力推行中央集權制度，一方面又實行與之相矛盾的政策，分封諸皇子為王，使其“屏藩皇室”。朱元璋實行分封制度的目的，一是在于加強對北方蒙古的防御，一是為了防止朝中奸臣篡奪皇位。朱元璋規定諸王可以“移文取奸臣，舉兵清君側”。雖然為防止諸王跋扈難制，朱元璋又允許以后皇帝在必要時可以下令“削藩”，但分封諸王為后來的皇位之爭埋下了禍根。
7.封王建藩，加強皇室力量
在處理“國”和“家”的問題方面，朱元璋算得上是處理得最好的一個。通過封王建藩，朱元璋把“國”和“家”很好地融合在了一起，使“國”變成了“家”，使“家”變成了“國”，“國”和“家”真正變成了一個“國家”。不但鞏固和加強了朱氏家族的統治，而且使朱氏家族的統治也演變成了國家的統治。
為了確保朱明王朝千秋萬代地統治下去，朱元璋一方面加強君主專制統治，把軍政大權牢牢地掌握在皇帝一人手中，另一方面，想方設法加強皇室本身的力量，其具體的辦法就是分封諸王。從洪武三年（1370年）開始，他分三次把自己的24個兒子和1個孫子都封為親王，分駐全國各戰略要地，想通過他們來屏藩王室。朱元璋說：“天下之大，必建藩屏，上衛國家，下安生民，今諸子既長，宜各有爵封，分鎮諸國。朕非私其親，乃遵古先哲王之制，為久安長治之計”。（《明太祖實錄》卷五一）群臣對此自然都不敢反對，逢迎朱元璋是“封建諸王，以衛宗社，天下萬世之公議”。
元朝有戶領分封制度，這種制度實際上是源于蒙古時期對戰爭中俘獲的人口、財產的分配。元代諸王主要是從封地分取賦稅收入，并非裂土為王。朱元璋繼承元朝舊制而有所損益，明代藩王“列爵而不臨民，分藩而不錫土”（《明史稿》列傳三，諸王）。諸王雖分封各地，擁有爵位，但藩府之外，沒有封地和臣民。由朝廷頒給“宗祿”。除寧王、燕王、晉王擁軍防邊外，其余諸王只能擁有少數護衛軍。在朱元璋看來，分封皇室子孫控馭各地，防止外姓臣僚跋扈，便足以“外衛邊陲，內資夾輔”，使國家固若金湯，而長久之計，莫過于此了。
明初封建諸王除了屏藩國家之外，還要對付殘存的北元勢力。所以，朱元璋賦予了某些藩王帶兵統軍的大權，分封習兵事的皇子于北邊軍事要地，皆預軍務，習稱“塞王”。他們中間的諸如燕王朱棣等人在長期的軍事活動中得到應有的鍛煉，軍事指揮才能日益提高，而政治野心也隨之膨脹起來。
朱元璋雖然分封諸王，但是對諸王的要求一直是很嚴格的，所以，諸王盡管權力比較大，然而對于朱元璋一直都是敬畏有加的。朱元璋作為他們的父親和皇上，也自然很難站在另外的角度來考慮諸王對于國家的某種潛在威脅。然而，有識之士對此卻是洞若觀火，明初著名能臣卓敬、葉伯巨等就曾先后上書過分封的弊端。
卓敬說：“京師，天下視效。陛下于諸王不早辨等威，而使服飾與太子埒，嫡庶相亂，尊卑無序，何以令天下？”而葉伯巨的論證就更加理論化了。早在洪武九年（1376年），訓導葉伯巨就“應詔陳言”，極論朱元璋“分封太侈”的隱患：“《傳》曰：‘都城過百雉，國之害也’。國家懲宋、元孤立，宗室不竟之弊，秦、晉、燕、齊、梁、楚、吳、閩諸國，各盡其地而封之，都城宮室之制，廣狹大小，亞于天子之都，賜之以甲兵衛士之盛，臣恐數世之后，尾大不掉。然后削之地而奪之權則起其怨，如漢之七國，晉之諸王。否則恃險爭衡，否則擁眾入朝，甚則緣間而起，防之無及也。”
在點明了諸侯藩王尾大不掉的隱憂之后，葉伯巨進一步力排眾議，深入分析了“疏不間親”論點的害處：“今議者曰‘諸王皆天子親子也，皆皇太子親也’。何不摭漢、晉之事以觀之乎？孝景皇帝，漢高帝之孫也。七國之王，皆景帝之同宗又兄弟子孫也。當時一削其地，則構兵西向。晉之諸王，皆武帝之親子孫也。易世之后，迭相擁兵，以危皇室，遂成五胡云擾之患。由此言之，分封逾制，禍患立生。援古記今，昭昭然矣。”
在舉出了西漢“七國之亂”和西晉“八王之亂”的鮮明例證后，葉伯巨還在奏表中為朱元璋出主意：“昔賈誼勸漢文帝早分諸國之地，空之以待諸王子孫，謂力少則易使以義，國小則無邪心。愿諸王未國之先，節其都邑之制，減其衛兵，限其疆里，亦以待封諸王之子孫。此制一定，然后諸王有圣賢之德行者，入為輔相，其余世為藩輔，可以與國同休，世世無窮矣！”
然而，此奏章卻激怒了朱元璋，他認為葉伯巨居心叵測，離間皇室，馬上將葉伯巨從家中逮入大獄，拷打至死。此后，就分封諸王之事再無敢言者。
葉伯巨的遠見在后來得到了充分的證實。其實，就朱元璋自己而言，他也不是不知道分封的利弊所在，然而由于他地位的特殊，所以他并沒有把這件事看得如何之大，直到卓敬等人一再指出后，他也不得不承認“爾言是，朕慮未及此”。當時朱元璋肯定也知道會有這種后果，但是為什么他還這么做呢？或許朱元璋是這么想的：讓自己的兒子割據一方，即使發起戰爭，也還是自己的子孫當皇帝，總比別人搶去要好得多。而這也直接導致了他選擇的接班人被自己的兒子搶走了皇位，釀就了靖難的苦果。
8.殺功臣，除后顧之憂
同樣是為了鞏固和加強家族的統治，唐玄宗李隆基外貶功臣使其悠閑自保，宋太祖趙匡胤則杯酒釋兵權，而朱元璋卻是瘋狂地屠殺功臣。與他們相比，朱元璋手段真是狠毒至極。
朱元璋收兵權就同他廢相一樣，并非一步到位，而是首先著眼于機構的調整，階段性地削弱中央軍事機構的權力。這其中最費腦筋的，是軍隊和統帥的關系問題。要打仗必須任命統帥，但是在戰事結束以后，如何收回這個統帥權呢？不收回，將帥有固定的直屬大軍，一旦有變故，他的統治是不牢靠的。要收回，采取什么方法？
元朝兵權主要由大都督府所掌握，任何將領調動都需要通過大都督府，這無形中會對皇帝的權威造成影響，鑒于此，朱元璋在廢除了中書省的同時，就借勢把大都督府也撤銷了，同時又設立了前、后、左、中、右五個都督府，每個都督府又設了兩個長官，即左、右都督，兩人都有自己的都司及衛所。朱元璋又明確規定：五軍都督府管理兵籍及軍政，但是沒有調動軍隊的權力，兵部掌管軍官的提拔并且制定軍令，但不能直接指揮軍隊。如果要調動軍隊，則由皇帝直接負責，然后從衛所中調動部隊并且委派將領。將領出征時有印在身，以示皇帝的權威；戰事如果結束，印必須交回，各個衛后的士兵則各回本隊。這些辦法的施行，達到了永久性削弱中央軍事機構權力的目的。
但朱元璋并不滿足，原因是在國家趨于安定后，隨之而來的是功臣武將驕橫放肆，皇權與將權的矛盾不斷激化。洪武年間發生了藍玉案，正是這種矛盾激化的結果。
藍玉，鳳陽定遠（今屬安徽）回族人，洪武后期的主要將領。關于藍玉早期的歷史，史籍記載不詳，只說他是常遇春的妻弟，作戰勇敢，所向皆捷。常遇春經常在朱元璋面前夸獎他，從而受到朱元璋的器重，初授管軍鎮撫，后升武德衛千戶，旋改任親軍千戶，積功至武德衛指揮使，地位不斷上升。洪武三年（1370年），藍玉被擢為大都督府僉事，進入明朝最高軍事行政機構。
洪武十一年（1378年）秋，藍玉率兵出征甘、青，次年取得勝利。朱元璋命置洮州衛，設官領兵駐守。師還以后，藍玉被封為永昌侯，食祿二千五百石，進入明初新貴公侯行列。
甘、青平定以后，朱元璋用兵西南和東北，藍玉在這一過程中發揮了重大的作用。云南梁王巴扎剌瓦爾密在元朝滅亡以后，負隅頑抗，一再拒絕明朝招降，最后竟將明使殺掉，朱元璋于是決定派兵征討。洪武十四年（1381年）九月，藍玉為左副將軍，跟右副將軍沐英一起，隨征南將軍傅友德率三十萬兵征討云南。“自九月朔出師，迄下云南，僅百余日”，次年閏二月，藍玉、沐英率兵西攻大理，取得了戰爭的勝利。其他一些民族地區，遣人招撫，大部不經戰斗便歸順明朝。奉詔班師后，藍玉因功加祿五百石，其女被冊為蜀王妃。
東北的納哈出是元朝世將，曾被明軍俘獲過，放還后仍與明朝作對為敵，據金山（今內蒙古哲里木盟東境西遼河南岸）一帶屯兵蓄銳，待機南下，從東北方面構成對明的威脅。洪武二十年（1387年）正月，藍玉為右副將軍，和大將軍馮勝、左副將軍傅友德率兵出擊。六月，藍玉率大軍直趨前進，一路勝利，到達金山之西。納哈出見久戰不勝，便派人到大將軍馮勝處請降，馮勝派藍玉前往受降。藍玉設酒宴款待納哈出。納哈出斟酒謝藍玉，藍玉不喝，一定讓納哈出先穿上他的衣服，才喝納哈出斟的酒。納哈出不肯，雙方爭執不下，形成僵局。納哈出將酒灑在地上，和隨從密語幾句后想走。在場有人明白納哈出話的意思，告訴常茂（常遇春子，馮勝婿，藍玉外甥），常茂急忙上前阻攔，將納哈出砍傷。回軍路上，明軍遭藏匿起來的納哈出余眾的伏擊，損失慘重，三千殿后騎兵全部覆沒。馮勝讓常茂承擔這個責任，常茂向朱元璋說明了情況，朱元璋說：“如爾言，勝亦不得無罪。”收回了馮勝的總兵印，命藍玉行總兵官事。不久又在軍中拜藍玉為大將軍，藍玉成為明朝戰時統兵的最高將領。
擴廓帖木兒死后，納哈出降。此時的北元勢力雖經明軍一再打擊，但敗而未滅，仍然構成了對明的威脅。擊敗納哈出的當年，藍玉為大將軍，率兵征討北元。洪武二十一年（1388年）四月，藍玉率兵出發，自大寧進至慶州，聞元主脫古思帖木兒在捕魚兒海（今貝爾湖），抄近路兼程而進。后經偵察得知元主營在捕魚兒海東北八十里處。藍玉命王弼為前鋒，疾馳直擊其營。元軍倉促應戰，傷亡慘重，元主脫古思帖木兒與太子天保奴等數十人向北逃跑，藍玉率精騎追趕，沒有趕上，俘獲其次子地保奴及妃、公主等數萬人和大量牲畜，并得其傳國璽、寶玉、金銀印章等物，取得巨大勝利。元主北逃以后被人殺死，北元因此而四分五裂，不久滅亡。
藍玉勝利班師，朱元璋聞訊興奮異常，將藍玉比作衛青、李靖，大加褒獎，回來后封涼國公。藍玉的政治生涯、軍事武功至此達到巔峰。