在《御制大誥·耆民奏有司善惡第四十五》中，朱元璋號召說：“今后所在布政司、府、州、縣，若有廉能官吏，切切為民造福者，所在人民必深知其詳。如果廉能官吏遭到不良官吏和同事們的誣陷排擠，一時不能明其公心，又因遠在數千里外，實情不能上達，允許本處城市鄉村的耆宿老人們赴京面奏。以使廉能官吏得到保全。自今以后，若想根除民間禍患，最好的辦法，就是鄉間年高有德的人們，或五六十人，或百人，或三五百人，或千余人，年終時共同商議確定，本境禍害百姓的有幾人，造福百姓的有幾人，赴京師面奏，朕一定根據耆老們的奏狀，褒獎好官，罷免壞官，情節嚴重者治罪。嗚呼！所在城市鄉村耆民智人等，能按照朕的話，切實舉行此事，天下就會太平了。民間如果不主動揭露奸頑，表彰廉能，朕就不可能及時知道，所以囑托民眾幫助朕做這件事。如果城市鄉村中有包攬訴訟、把持官府，或挑撥煽動官吏害民者，允許四鄰及當地人民赴京，據實面奏，朕將加以清除，安定百姓。君子一定要把朕的話放在心上，千萬不能坐視縱容奸惡官吏人等害民。特此囑托。”
《御制大誥》中還規定：各地政府對于進京面奏的百姓，不得阻攔。即使沒有文引路條，也要放行。如有阻攔，官吏要被族誅。做出這一規定，朱元璋是想借助民間的力量懲治不法官吏，甚至像他所說的迫使官吏向善。皇上以愛民的救世主出現，允許百姓告官，使百姓成為保持官員廉潔的制約力，這在歷史上是極為罕見的。
由于朱元璋對吏的痛恨程度超過了對官的痛恨程度，因而在《御制大誥》中他對官、吏做出了不同的規定。他在《御制大誥》中規定耆民百姓可以到京師面奏本處官員善惡，而對于吏，則不必經過這種程序，老百姓可以直接捉拿、綁縛害民吏胥，送到京師治罪。在《御制大誥·鄉民除患第五十九》中，他規定：“今后布政司、府、州、縣在職和賦閑的吏胥，以及城市鄉村中老奸巨猾的頑民，有專門包攬詞訟、教唆害人、通同官吏禍害百姓者，允許城市鄉村中賢良正直、愿意為民除害的豪杰人士，共同商議，將害民者綁縛起來，送到京師，以安良民。敢有邀截阻擋者，一律梟令。途中經過關津渡口，把守人員不得阻擋。”
在《大誥三編》中，朱元璋又寫上10條“民拿害民該吏”，誥文說：“以前任用的官員，都是不才無籍之徒，上任后，勾結吏員、皂隸、不才耆宿及一切頑惡潑皮，夤緣作弊，害我良民多矣。像這類無籍之徒，貪心無厭，作惡不止，若不加以禁止，民何以堪。此誥發布后，你們高年有德的耆民，以及青壯年豪杰，務必幫助朕，給良民創造一個安定環境。如果想依靠官員們替百姓辨別曲直，朕即位十九年來，還未見到一個這樣的官員。今后各地官吏，若有在辦理訴訟時以是為非、以非為是的，受冤枉的人可以邀集四鄰，到衙門捉拿刑房的吏胥，送到京師來；若有采買物品不按價付錢的，就把禮房的吏胥捉拿來；若有賦役不均、差貧賣富的，把戶房的吏胥捉拿來；若有借舉保人才擾害百姓的，把吏房的吏胥捉拿來；若勾補逃軍時有賣放正身、用同姓名者頂替的，鄰里對證明白，就幫助被害人家將兵房的吏胥捉拿來；若有借工程科斂、賣放應役工匠的，把工房的吏胥捉拿來。如果百姓遵從朕的命令，切實舉行，不出一年，貪官污吏就都變成賢人了。為什么這樣講？就因為良民都能辨別是非，奸邪官吏難以橫行，這樣官吏們就會都被逼得變成好人了。各地官員人等，敢有阻擋百姓拿送害民吏胥的，一律誅滅全家。”
在朱元璋的號召下，從洪武十八年（1385年）開始，全國掀起了一個捉拿害民吏胥的浪潮，大量吏胥被綁送到京師，除情節嚴重者處死外，絕大多數都被發配到邊遠地區充軍。后來，朱元璋制定“合編充軍”條例，專門列有“積年害民官吏”一款，為將捉拿的害民吏胥發配充軍提供了明確的法律依據。
然而，貪污之風終明一代也沒有好轉過，雖然在朱元璋不斷的殘殺之后，略有好轉，卻沒有根本性的改變。其中一個主要原因在于：明代政府官員的工資太低，嚴重影響到官員們的日常生活，貪污就成了必然。在朱元璋看來，官員只是用來干活的，自己拿著錢養活他們，他們還敢貪污，那還得了？如果用現代人的觀點來說，朱元璋肯定不是一個好雇主，在他手下干活，不僅吃飯有問題，人身安全也得不到保障。朱元璋把官員看成了工具，而沒有從制度上去改善官員的待遇，貪污自然是越演越烈了。
6.廢丞相，集大權于皇帝一人
朱元璋廢除了丞相制度，消除了帝權與相權之爭，集大權于皇帝一人，從而避免了像霍光、曹操、司馬氏父子和桓溫等人的“專權”，甚至于“篡位改朝”，對鞏固和加強朱氏家族的統治是非常有利的。但是，朱元璋廢除丞相制度后，本來該由丞相處理的政務卻留給了皇帝。而作為最高統治者的皇帝主要在于統治，而不是事事躬親。皇權加強的弊端是為維持這種極權統治而采取的各種嚴厲野蠻的鎮壓手段，制造血腥大屠殺，給明代社會的發展投下了難以抹去的陰影。
從歷史上看，自秦始皇統一中國、建立君主專制中央集權的政治制度開始，地方集權于中央，中央集權于皇帝。而身居“一人之下，萬人之上”的丞相（宰相），是輔弼皇帝處理全國政務的最高行政長官，手中同樣握有重權。在漫長的歷史長河中，由于權力分配上的不均，帝權與相權之間始終互為消長，不斷發生沖突。這種矛盾斗爭的結果，一方面表現為宰相的“專權”，甚至于“篡位改朝”。譬如霍光、曹操、司馬氏父子和桓溫等人，就是以相權壓倒帝權的典型人物。另一方面，歷代有所作為的君主，無不采取措施限制相權的膨脹。伊尹放太甲，成王疑周公，便是例證。
朱元璋登基之后，深感丞相的權力對他的帝業終究是個威脅，便在暗中計劃廢除丞相，以皇帝兼行相權的職責。朱元璋說：“秦代設相，是禍起源。宰相權重，指鹿為馬。后來各代不以設相為鑒戒，相沿舊制，往往帶來禍患，原因就在宰相擅專威福。”為此，他逐步推行集權計劃，削弱相權，直至廢相，鏟除了心腹之患，終于使權力集中在自己手中。當然，由于主客觀方面的原因，朱元璋廢除丞相制的措施并不到位。
在廢除丞相之前，朱元璋首先是對丞相之位的人選進行了幾次大的調整。在明初，淮西勛貴與非淮西大臣之間，存在著尖銳的矛盾，淮西勛貴都是早期追隨朱元璋的舊將，朱元璋對他們非常倚重。
朱元璋登基后，任命李善長為左丞相，徐達為右丞相。左比右大，李善長是一人之下，萬人之上。由于徐達常年帶兵在外作戰，實權掌握在李善長手中。之后，李善長的兒子李祺又被朱元璋招為駙馬，權勢更加顯赫，成為朝廷中掌握實權的淮西集團首領。朱元璋對淮西集團勢力的日益膨脹頗存顧忌，于是在洪武四年，以年高有病為名，讓李善長告老還鄉，其實李善長時年僅五十八歲。在有意撤換李善長之前，朱元璋還曾經向劉基等人請教合適人選。
劉基說：“善長為元勛舊臣，能調和諸將，不宜驟換。”朱元璋道：“善長屢言卿短，卿乃替他說情么？朕將令卿為右相。”劉基連忙頓首道：“臣實小材，何能任相？”可能劉基預料到在淮西集團當權的情況下，必然會受到排擠，故而堅決不肯任相職。朱元璋又問：“楊憲何如？”劉基答道：“憲有相材，無相器。”朱元璋又問：“汪廣洋如何？”劉基道：“器量褊淺，比憲不如。”
朱元璋又問及胡惟庸，劉基連連搖頭道：“不可不可，區區小犢，一經重用，僨轅破犁，禍且不淺了。”朱元璋聽后默然無言。但是后來朱元璋還是根據李善長的推薦，任用了善于逢迎的胡惟庸。劉基嘆道：“惟庸得志，必為民害。”胡惟庸得知后，便對劉基忌恨在心。不過，后來的事實證明，劉基的話果然還是有道理的。
因李善長的提攜，胡惟庸進入中書省，與汪廣洋同任右丞相，左丞相空缺。胡惟庸入相后，由于他的精明干練，很快便得到朱元璋的賞識。這期間，胡惟庸還將自己的侄女嫁給了李善長的弟弟李存義的兒子李佑為妻，結成姻親，使得他與李善長的關系更進一步。有這樣的元老重臣為后盾，胡惟庸更加膽大妄為。加上李善長的舊屬們也極力幫助他，胡惟庸可謂如魚得水。由于他逢迎有術，漸得朱元璋寵任。到洪武十年（1377年），胡惟庸當上左丞相，位居百官之首，獨攬丞相之權。
隨著權勢的不斷增大，胡惟庸獨攬丞相大權，日益驕橫跋扈，生殺黜陟，為所欲為。內外諸司所上的奏章，胡惟庸必先取閱，凡是對自己不利的，就隱匿不上報。他任意提拔、處罰官員，各地喜好鉆營熱衷仕進之徒、功臣武夫失意者，都奔走于他的門下，送給他的金帛、名馬、玩好，不計其數。胡惟庸一時間權傾朝野，許多人都看他的臉色行事，敢怒而不敢言。
對于胡惟庸的所作所為，朱元璋也略有察覺，對他的擅權則非常不滿。洪武十二年（1379年）九月，胡惟庸等人未及時引見占城貢使，又與禮部互相推卸責任，朱元璋一氣之下，將他們盡行囚禁。由此不難看出，此時胡惟庸已經受到朱元璋的嚴重猜忌，其地位已經岌岌可危了。
洪武十三年（1380年）正月，涂節上書告胡惟庸謀反。朱元璋遂以“枉法誣賢”“蠹害政治”等罪名，將胡惟庸和涂節、陳寧等處死。然而，胡惟庸被處死后，胡惟庸案遠沒有結束，朱元璋把胡惟庸案當作一個捕人的巨網，并不收繩，隨心所欲地陸續往里裝人。而且他也明知，胡惟庸案根本構不成死罪，他必須羅織更多的罪名，把此案定成鐵案，讓他們永世不得翻身。后來，朱元璋又給胡惟庸添上了一個十惡不赦的通虜的罪名。
洪武十九年（1386年），明州衛指揮林賢通倭事發，經審訊得知，他是奉胡惟庸的命令下海通倭的，胡惟庸謀反案有了進一步的證明。洪武二十三年（1390年），又捉拿到奸人封績。封績本是元朝的舊臣，后來歸降于明。據說他經常往來于蒙、漢之間，曾經為胡惟庸給元嗣君送過信，胡惟庸在信中稱臣，并請元嗣君出兵為外應。這一下，胡惟庸通虜的罪名更加確鑿了，而且，李善長也被牽連了進來。原來早在洪武二十一年（1388年），大將軍藍玉出塞時，在捕魚兒海地方就俘獲過封績，但是由于李善長施加影響，就把封績給放了，并未上奏。這次封績又被捕入獄，李善長自然難逃干系。
恰逢當時李善長為了娛老而大興土木，因缺少工人，向信國公湯和借用衛卒三百名，以供營建。以營卒為工役，這種事情本是常事。但湯和膽小怕事，又不敢得罪李善長，因而表面應允，暗中卻向朱元璋報告，這無疑是說李善長私自集結兵力。碰巧的是，京中吏民為黨獄誅累，坐罪徙邊，約有數百人，其中有一個叫丁斌的，是李善長的私親，李善長便替他求免。由于朱元璋對李善長的猜忌之心日重，他不但沒有答應李善長的請求，反而命令將丁斌拿獲。由于丁斌曾經供事胡惟庸家，在審訊中就供出了不少李、胡兩家的往來之事。這樣，便認定了李存義、李佑父子伙同謀叛的罪狀，立即將他們從崇明島拘捕進京，重新審理定罪。
接著，朱元璋便頒布嚴敕說，李善長以“元勛國戚，知逆謀不舉，狐疑觀望懷兩端，大逆不道”。真是“欲加之罪何患無辭”！于是，在打天下時被朱元璋贊為蕭何的77歲的李善長被賜死，其妻、女、弟、侄等一門七十余人被殺。只有李善長的長子李祺及兩個兒子，因為臨安公主的緣故，得以免死，流徙江浦。到此，胡惟庸案才算告一段落，網繩暫時收起。十余年來，粗粗算去，朱元璋為此案共殺了三萬多人。
很明顯，這是一個冤案，史學家每每論及此處，就會反諷：豈有首逆已死，同謀之人十余年始敗露者？這只不過是朱元璋以胡惟庸案借題發揮，陰使獄詞牽連到所有的人，以實現他的草禽之計罷了。
胡惟庸案一方面導致大批功臣元勛被殺，另一方面是朱元璋借此廢除了丞相制度。丞相制度在中國歷史上延續將近兩千年之久，中書省撤銷以后，中國的丞相制度從此取消。明朝從此不再有丞相，“救時宰相”于謙、“奸相”嚴嵩、張居正，都不是原來意義上的丞相或宰相，而是內閣大學士或首席大學士了。
沒有了丞相，皇帝的權力馬上就增大了，皇帝直接統轄了吏、戶、禮、兵、刑、工六部，控制了一切生殺大權。洪武二十八年（1395年），朱元璋敕諭廷臣說：“國家罷丞相，設府、部、院、寺，分理庶務，立法至為詳善。以后嗣君，其勿得議置丞相。臣下有奏請設立者，論以極刑。”