己丑，詔停巡撫福建都御史劉燾俸，令戴罪刻期剿賊；奪邵武知府邵德久、參議黃朏、僉事秦宗道、舒春芳等俸半年，下都指揮張弼、王夢麒等于御史問；恤錄陣亡把總沈講如例。先是，燾報捷稱水陸皆全勝，地方略平。未幾，賊攻永春陷之，流劫德化、長樂、漳平之間；而內地群盜如大埔之窖賊、南澳之水賊、小溪之山賊、龍嚴之礦賊、南靖工運等處之流賊各乘間蜂起，而窖賊張璉等最強。燾應接不暇，但殺牛饗賊、擁眾自防而已。時閩、廣皆為賊巢，燾報功既不實，性復貪吝，不給廣兵行糧；廣兵等尋叛，與群盜合。于是，閩清、尤溪、大田、將樂、泰寧、建陽、歸化、新城、樂安諸縣無不被殘破者。官軍每戰輒敗，惟報效把總沈講率水兵遇賊于馬溪，俘斬數百人，力盡死之。……燾，山東傖健，敢勇，善騎射；素無士行，亦鮮馭眾應變之略。遭時氛曀，遂冒開府。歷觀其前后章疏，皆滑稽誕謾，恬不知恥；真小人之雄也。
（嘉靖四十年五月丙戌），總督浙、直、福建尚書胡宗憲及巡撫福建都御史劉燾言：『廣東饒平、大埔、程鄉三縣賊首張璉、蕭雪峰、林朝曦等糾眾侵越汀、漳，為亂日久；乃賊巢在廣，兵至則退入巢穴，兵退則復肆剽掠；必須絕其盜源，然后禍患可息。請敕兩廣、南贛、福建三省撫臣發兵會剿』。兵部覆請，從之。
（閏五月）庚戌，巡按廣東御史潘季馴勘上三十七年倭寇廣東諸臣功罪，言『倭自正月中犯潮州府蓬州、鮀浦等處，所至將官不能御，或敗或走；獨千戶魏岳、百戶蔣囗明、鎮撫陳浚等戰甚力，斬首八十余級，生擒九十余人，賊始遯去。我兵失亡者亦二百人，岳等死之』。……
（六月）癸未，以倭警，免福建福州、泉州、漳州、汀州、興化等府所屬州縣正官入覲。
（七月癸巳），以倭賊侵陷廣東潮州府大城所，詔奪惠潮參將張四維俸三月，分守參議馮舉謨、海道副使鄭維誠、分巡僉事齊遇俸各二月；下本衛所掌印捕盜等官董越等九人于按臣論罪，知府何鏜等準贖。先是，潮州敗倭自福建囗入詔安大城，海夫劉伍等及上底東界客兵因挾之為亂。去年十二月乘除夜城中無備，伍等先襲入城，群倭繼之；守城諸將各棄印遁走。至是年二月，知府何鏜等督兵追捕，伍等始就擒，斬首三百余級。事聞，因有是命。
江西巡撫都御史張元沖疏報去年十二月至今年閏五月閩、廣流賊由光澤、寧化等處突入江西境，窺新城、廣昌，轉掠萬安、泰和；請敕南贛軍門協剿。福建巡按御史李廷龍亦報山賊呂尚肆、李占春等與福、興、漳、泉殘倭四出剽掠，自建寧以北、福寧以南無處不為盜藪。乞申飭福建都御史劉燾、南贛楊伊志、兩廣張臬刻期平定。疏并下兵部，議覆。上以群寇猖獗，禍連三省；切責諸臣怠玩不行設策剿滅，姑令各戴罪殺賊，期以九月報平。如再誤事，御史指名參奏重治。
（九月）己亥，福建山賊襲破鎮海衛城；事聞，詔下各衛所掌印巡捕、鎮撫等官田有麟等二十五人于巡按御史問。
（十一月丁亥朔），巡按福建御史李廷龍類奏：『七月至九月，廣東之程鄉賊、三饒賊、塘下南安之倭賊及各路之流賊出沒諸郡，無日不報警。其福、興、泉三府則苦海賊，汀、漳二府則苦山賊與流賊；迭出為患，而內地奸民佐之。今崇安、南靖二城相繼告陷矣，延、寧二府近亦苦兵矣；時事至此，宜痛繩失事諸臣以法，然后滅賊可期』。上從部議，降福建行都司掌印署都指揮僉事張岳、漳州府知府桂嘉孝、海道副使邵楩、建寧兵備僉事曹司賢俸各三級，下漳州等衛指揮、百戶等官覃顯等八人于巡按御史論罪。
（庚戌），南京給事中馬出圖等言：『閩中八郡群盜充斥，巡撫劉燾縱寇殃民；請加切責』。兵部覆：『燾北人，不便于南；恐督責難效。宜更置之，而專責宗憲徑略閩事』。上謂：『閩寇猖獗，數陷城池，流劫鄰省。燾巡撫二年，討賊不效，本宜治罪；既言風土不宜，姑調外任』。
（嘉靖四十一年二月壬戌），福建同安倭寇夜襲破永寧衛城，脅指揮王國瑞、鍾塤、蔡朝陽降之。
（辛未），巡按福建御史李廷龍奏：『去年十月中海寇破寧德縣，參將王夢麒、知縣李堯卿自城上御之，皆死』。因參巡 撫劉燾及指揮張銓等十人各失事罪。時燾已被論調外，上命御史逮銓等。贈夢麒都督同知，蔭一子指揮僉事世襲；贈堯卿太仆寺寺丞，蔭一子為國子生。
（己卯），提督兩廣侍郎張臬奏：『逆賊張璉，勢甚猖獗。臣已調集狼兵十萬，與福建、江西會兵進剿；分定信地，臣臬 駐惠、潮，巡撫福建都御史游震得駐漳州，南贛都御史陸穩駐永定』。得旨：『如擬。仍令協力進兵，克期殄滅；不許延玩』。張璉者，本饒平縣烏石村人。以毆死族長，懼誅，亡命入窖賊鄭八、蕭雪峰黨。后鄭八死，璉與雪峰分部其眾，而璉為最強。知縣林叢槐嘗親至其巢約降，給以冠帶。璉驕甚，與雪峰兵合，縱掠汀、漳、延、建及江西之寧都、連城、瑞金等處，攻陷云霄、鎮海衛、南靖等城，三省騷動。先是，守臣以璉巢介三饒之間，四面皆山，未敢訟言剿之；璉雖叛，猶揚言聽撫以緩我師。至是，臬等始議大征云。
（五月丙戌），巡按福建御史李廷龍類奏二月中三衛兵亂、永寧失守及尤溪、永安、古田、惠安、南安、同安諸縣各被新舊倭寇抄掠狀；部覆：『指揮王國瑞、鍾塤、千戶蔡朝陽身為降虜，宜重論；興泉兵備僉事萬民英疏為防守、福州兵備副使汪道昆不能御眾，宜并罰』。得皆：『民英、道昆各奪俸三月，國瑞等下御史鞫實奏聞』。
（乙未），提督兩廣侍郎張臬等以閩、廣、江西兵剿三饒賊，平之；賊首張璉、蕭雪峰俱就擒，斬首一千二百有奇。
（十月）丙辰，福建新倭大至，突犯福清、福寧、政和等處。
（十一月）丁亥，南京戶科給事中陸鳳儀劾奏總督胡宗憲欺橫貪淫十大罪，……。疏下，吏部請下巡按御史勘報；上特命錦衣衛系宗憲至京問。于是浙直總督缺遂罷不補，而以都察院左副都御史趙炳然為兵部右侍郎兼都察院右僉都御史，提督軍務、巡撫浙江。
己酉，改伸威營副總兵俞大猷為鎮守福建總兵官，令其仍駐本營，兼轄全省；而以鎮守福建副總兵改為分守，聽總兵節制。初，伸威鎮城之建，專轄漳州一府。至是，巡撫游震得薦大猷才勇可任大將；乃即其地改設總兵，以大猷為之。
福建倭攻興化府城，陷之。倭自十月初犯福建，其自浙之溫州來者，則合福寧、連江登岸海賊，攻陷壽寧、政和、寧德等縣。自廣之南澳來者，則合福清、長樂登岸海賊，攻陷玄鍾所；蔓延及于龍嶺、松溪、大田、古田之境，無非賊者。初，浙江參將戚繼光與總兵劉顯等既破賊于林墩港等處，閩之宿寇盡平。繼光引兵還浙，遇倭自福清東營澳登岸，麾兵擊之，斬首一百八十有奇；遂行。而閩倭至者日眾，始攻興化城，不克；乃合兵薄城下，圍之且匝月。至是，城守卒勞罷；賊瞯其懈弛，夜以布梯傅城入之，開門放火，城中方知賊至。百姓恇擾，參將畢高、參政翁時器悉縋城宵遁，同知奚世亮為賊所殺，賊遂入據府。至來歲二月，始敗。是時劉顯在會城，聞興化危急，提兵往援；至則城已為賊所破。顯大兵留江西剿廣寇，所提入閩卒不及七百人，且疲于屢戰；倭新至，勢眾且銳，顯知不敵，乃逼城為營以伺賊隙。顯有威名，興化人。初聞顯至，以為旦夕破賊；既而相持日久，疑其養寇，深以為恨。
（十二月乙亥），以倭寇犯福清縣，罷副總兵楊縉回衛閑住，下參將黎鵬舉巡按御史問。
（嘉靖四十二年正月壬辰），巡撫福建都御史游震得奏上御倭三事：『一、浙江溫、處與福寧州接壤，實倭夷出沒之地。而一時將官莫賢于將參戚繼光，宜進繼光為副總兵，兼守其地；而于福寧州添設守備一員，隸繼光節制，仍令募兵三千以備戰守。又，漳州月港亦通倭要地，并宜添設守備一員，即以指揮歐陽深升署都指揮僉事充之，而聽節制于總兵于俞大猷。一、八閩之地，延平、建寧、邵武乃其上游；宜令建寧募兵一千、延平邵武各五百，使指揮樂塤統之，以備警急。其分巡武平僉事，亦加以「兵備」，重其事權。一、閩中自被倭患以來，其官軍之以死勤事與婦女之死節不辱者，宜悉表揚，以勵人心』。兵部覆如其言，詔可。
癸巳，廣東倭寇犯潮、惠二府黃岡、大澳等處。壬寅，福建巡撫游震得以去年十一月倭寇攻陷興化府狀聞：『初，賊至，先犯邵武，殺指揮齊天祥；轉掠羅源、連江等縣，殺游擊將軍倪祿；遂攻玄種所城及寧德縣入之，乘勝直抵府城下。會都督劉顯兵未至，賊遂襲入城，殺同知奚世亮等；又分兵攻陷壽寧、政和二縣。乞函命該部計處兵食、浙直總督發兵應援』。部覆：『賊以旬日內連破數城，如蹈無人之境；帥府而下，職守謂何！顧事急之際，請姑令戴罪立功。其各省援兵，請調浙江新募義烏兵一枝，以戚繼光統之；江西兵一枝，令撫臣
自擇良將：各星馳應援。仍起丁憂參政譚綸以原官兼按察司僉事，統浙江兵千二百人與都督劉顯、總兵俞大猷同心共濟，以收奇功。又，廣東南澳為賊淵藪，宜令兩廣提督張臬引兵搗之，使賊退無所歸。以其地丁、料、屯、鹽諸錢谷約二十余萬悉留用，以佐軍興；仍令南京兵部發馬價銀十萬兩濟之，本部仍備銀十萬兩俟緩急督發』。上悉命如擬行。因奪震得及文武大小諸臣俸，許其自效。譚綸等依擬用。戚繼光、劉顯各令奮勇建功，以副委任。仍誡浙江巡撫趙炳然、江西巡撫胡松、兩廣提督張臬各協力策應，毋分彼此。
（二月乙亥），福建興化倭寇結巢崎頭城，與都指揮歐陽深相拒，久之不出。深望見其兵，少輕之，直前挑戰；伏發，深與其下數百人皆戰死。賊乘勝，攻陷平海衛。