（十月辛亥），浙江岑港倭徙巢柯梅，總督侍郎胡宗憲屢督兵討之不能克；于是南京御史李瑚追劾宗憲私誘王直啟釁，巡按浙江御史王本固、南京給事中劉堯誨亦劾其老師縱寇，濫叨功賞，請行追奪。堯誨又言：『前淮、揚之變，知府石茂華、劉崇文等嬰城自保，顧得援軍之力，卻賊冒賞，御史馬斯臧偽增功次，亦當并治』。兵部覆請切責宗憲，而令查盤科、道羅嘉賓、龐尚鵬并勘斯臧等事。上曰：『宗憲司軍務重寄，宜去與留，其令在廷集議，毋黨護依違。斯臧等，本兵既據勘賞矣，如何又勘？其并議上』。于是成國公朱希忠等、吏部尚書吳鵬等議言：『宗憲功多，當切責留用，如部議；斯臧等事已前決，當置勿問，如上旨』。上手答曰：『妖逆賊直罪浮賊富，本宗憲用計誘獲，人皆知者。小人嫉功，會彼奏上玄瑞，遂爾有言。朕覽諸疏，付之丞弼議擬，用存公論耳。是議亦不分是非，不明功罪。宗憲其仍舊用心平賊，以副簡眷』。未幾，宗憲上疏自辯曰 ：『王直為東南大患，節經兵部題奉欽依，先有購求之文，后有許降之意。臣仰承廟算，不惜身家而百計以圖之。茲幸擒獲，言者乃誣臣為私誘、詆臣為專擅；又以今歲繼來之寇，謂由臣擒直啟釁致之：是將嫁無窮之禍于任事者之身。推原其意，豈欲人人皆畏首畏尾、不敢一奮然擔當國事，然后為可耶？昔歲臣任巡按時，徐海、陳東、麻葉之徒已盤據松江，結巢柘林，攻城破邑者四年矣；彼皆王直黨也，果何人招致、何人啟釁乎？矧直猾譎善戰，久雄海上；昔年以孤舟住泊瀝表，總兵俞大猷時為參將，以福船五十艘圍攻數月，竟爾逸去。以此觀之，此酋非可以力勝、非可以常視之也。方直跳浪海洋，中外驚詫；以為猛虎毒蛇，不啻丘富。臣苦心積慮，幸而獲之；乃言者復以么么視之。夫直誠么么，與海上事無輕重也；不足為臣功已矣，而又安得為臣大罪耶！臣力竭智殫，怨多毀集；愿畢力以除舟山余孽，退伏斧鉞。唯圣明裁察』！上復報曰：『卿計獲妖賊，人所 皆曉；特以獻瑞故，人不敢直指引軍事以害卿耳。卿宜竭誠展布，以平余氛。不允辭』。
（十一月丙戌），浙江柯梅倭罵舟出海，總兵俞大猷等自沈家門引舟師橫擊之，沈其末艘，稍有斬獲；各賊舟趁洋南去。由是，福、興、潮、廣間紛紛以倭警聞矣。
（嘉靖三十八年正月己丑），廣東原屯黃岡倭流劫海陽、饒平、潮陽、惠來等縣。
（二月庚申），廣東倭流突福建詔安，官兵御之；賊引眾犯漳浦。
（三月甲午），總督浙、直、福建都御史胡宗憲言：『舟山殘孽移住柯梅，即其焚巢夜徙，力已窮促；小船浮海，勢易成擒。而總兵俞大猷、參將黎鵬舉防御不早、邀擊不力，縱之南奔，播害閩、廣；失機殃民，宜加重治』。上命巡按御史逮系大猷、鵬舉來京訊治?？旅焚林龊＃趹棇嶊幙v之；故不督諸將要擊。及倭既出舟山，即駕帆南泛，泊于浯嶼，焚掠居民。由是福建人大噪，謂宗憲嫁禍。南京御史李瑚遂劾參宗憲，數其三大罪。瑚與大猷皆福建人，宗憲疑大猷漏言于瑚，故諉罪大猷以自掩飾如此。
（四月丙午），福建新倭大至，且多赍攻具；先攻福寧州城經旬不克，乃移攻福安縣破之。其沿海諸邑——若長樂、福清等境，悉有倭舟。是時廣東流倭往來詔安、漳浦間，前歲舟山舟倭移南來者尚屯浯嶼；加之新寇遍福、興、漳、泉諸處，無地非倭矣。
（庚戌），巡按福建御史樊獻科勘上三十七年倭犯福建文武諸臣功罪，言『倭相繼入寇，流劫惠安、同安、長樂、漳、泉之境，陷福清、南安二縣，巡撫都御史王詢督兵追剿，殲賊于?？?；在漳、泉者，隨亦創殘而遁』?！滓?，福建新倭自福寧州、連江、羅源等處流劫，集于懷安、閩縣各鄉鎮；遂合眾攻福州府城不克，環而守之。是日，參將黎鵬舉以舟師擊倭于海中七星山、屏峰嶼，斬首六十七級、生擒六十八人。
（乙卯），詔發倭僧清授于四川寺院安置。初，清授隨侍郎楊宜所遣鄭舜功至寧波；未幾，總督胡宗憲所遣生員蔣洲復以僧德陽至：俱上書求貢、市。朝議未允，令量賞遣歸；未行間，而王直就擒，岑港所泊諸夷遂結艐拒我師，焚德陽舟山所居道隆觀，合勢開洋去。清授原不與諸舟，同來又居定海七塔寺，諸夷亦不索之。至是，尚羈留未遣。宗憲疏言：『倭情已可見，清授不必遣還；然留之浙西，非宜。請用洪武年間故事，發四川各寺安插』。兵部議覆，從之。
（五月壬申朔），先是，舟山倭遁至舊浯嶼，結劇賊洪澤珍等棲泊海山，水陸分擾。巡撫福建都御史王詢率兵擊敗之，以捷聞；且言：『原任參將充為事官王麟、黎鵬舉、把總指揮魏宗瀚等、緣事署都指揮僉事王夢麒逐剿有功，乞命麟、宗瀚等戴罪殺賊，夢麒付兵部紀錄推用』。從之。
總督浙、直、福建都御史胡宗憲及巡按御史周斯盛以倭犯寧、紹、臺、溫馳報，下兵部——覆言：『自倭患以來，廷議增設總督、總兵等官，且于選將練兵、征調轉餉諸凡經略之規，蓋詳具盡矣；而竟未收全效。如往歲舟山之賊逐剿幾盡，將謂生遺孽矣；而春汛一臨，群然四集。今各路登岸及在洋先后至者，無慮數萬；豈盡皆島夷哉！實沿海頑民互相構結，或盤據近地、或潛泊海洋。方其煽亂，則謂之來；及其少熄，遂謂之去；乘其少挫，便謂之捷；幸其它往，因謂之安耳。如此不已，恐征調日繁、催科日擾，將致生他變。乞敕宗憲等仰思重寄，矢畫遠猷；嚴督水陸官兵刻期剿絕，毋徒紓目前之急，必潛消意外之虞可也』。上然之。
（戊寅），倭圍福建福州府城且一月，至是，始解；悉將輜重登舟，環泊橘圍洲等處。
壬午，福建倭攻永?？h，破之。
（癸未），福建浯嶼倭始開洋去——此前舟山寇隨王直至岑港者也，屯浯嶼且經年；至是，乃遯。其毛海峰者，后移眾南岙，建屋而居。
（丙申），福建永福等倭駕舟開出梅花洋，參將尹鳳、備倭指揮張倫等以舟師分〈舟宗〉擊之，斬首一百七級，生擒九人。
（己亥），福建出洋各倭復回舟泊澳頭。
（六月丁巳），福建倭自梅花開船遁，參將尹鳳以水兵追擊于橫山，斬首一百二十余級，生擒三十二名。
（七月戊子），先是，巡按浙江御史王本固、南京御史李瑚各參劾總督浙、直都御史胡宗憲岑港養寇、溫臺失事掩敗飾功之罪，詔下查盤科道官羅嘉賓、龐尚鵬從實核報。至是，嘉賓等奏覆：『岑港倭凡五百余人，于三十六年十一月隨王直至，求市易；及王直被擒，見官兵侵逼，燒船上山，據險屯駐。至三十七年七月，聞攜帶桐油、鐵釘，移駐柯梅造舟。至十一月舟成，于十三日開洋去訖；今泊福建浯嶼。其溫州三十七年之寇，則自三月間至，流劫樂清、瑞安、永嘉、平陽等境，府城及瑞安、樂清二縣盤石、寧村等所皆被圍逾月，殺指揮劉茂、朱廷鑰、千戶周賓、百戶劉源、季爵、秦杭、鄉官僉事王德、醫官王崇大等。至六月初，由飛云港等處開洋而遯。其臺州之寇，亦同三月間由松門、澶湖登岸，流突臨海、黃巖、太平、仙居、寧海、天臺等境且遍，府城及太平縣城數被攻圍，觀海衛百戶陳椿、太平縣典史葉宗皆死于賊。至五月十九日，自第現大青開洋而去。天臺有遺倭潛突仙居、臨海，知府譚綸督兵夫逐捕；至六月初六日，擒斬盡絕。以上岑港、溫、臺失事始末，大都如此。
……』。疏下，兵部議覆；得旨：『（戚）繼光、（張）四維、（劉）英革任，仍同（張）鈇、（梅）魁等下按臣逮問。（袁）祖庚等免究。（陳）元珂降調。宗憲、（王）詢策勵供職』。
（九月）甲午，總督浙直福建胡宗憲、福建巡撫王詢等言：『今歲倭寇始犯泉州，焚掠同安、惠安等縣；繼至福州，攻毀福清、永安等城。既而蔓延于興化、突走于漳州，分投流劫，民受荼毒。今督率將領水陸官兵，擒斬過一千五百六十有奇。即今內地稍寧，蕩平有日』。因上諸臣功，兵部以聞。詔賞宗憲、詢各銀三十兩、紓絲二表里，詢仍升二品俸服；參將尹鳳十五兩，參議顧翀十兩，署都指揮王麟、知府熊汝達等各五兩；署都指揮孫敖等，行軍門犒賞。
（十一月丁丑），福建撫、按官王詢等言：『黃崎、漳港等倭突攻福清、長樂，逼近會城，屯住洪塘、南臺等地；而中路游兵參將曾清束手無謀，分守參將王麟受財賣港，備倭張僑、張建節等防御無功，指揮魏宗瀚、陳孔誠等貪貨致寇，海道副使邵楩調度失策，均宜重治』。詔革清、麟任，并僑、宗瀚等付按臣逮問；楩奪俸三月。
（庚寅），巡按福建御史樊獻科查勘倭寇犯?？诘忍?，參論諸臣功罪。詔指揮劉繼良戴罪殺賊，把總王鏊等各賞銀十兩，參將尹鳳等準贖，指揮張僑等各奪俸二月，百戶馮城等贖完發落，指揮王洲等付按臣逮問。
（丙申），總督浙、直都御史胡宗憲讞上王直、葉宗滿、王汝賢等獄，謂『直等勾引倭夷肆行攻劫，東南驛騷，海宇震動。臣等用間遣諜，始能誘獲。乞將直明正典刑，以懲于后。宗滿、汝賢雖罪在不赦，然往后歸順，曾立戰功；姑貸一死，以開來者自新之路』。事下兵部——會同三法司復議：『三犯俱不可原；仍將妻字、財產沒入，庶盡律法』。上曰：『直背華勾夷，罪逆深重；就彼梟示。宗滿、汝賢既稱歸順報效，姑待以不死，發邊衛永遠充軍。余如議』。
（嘉靖三十九年二月庚子），福寧桐山倭賊自前岐突犯泰順莒岡等處，守臣以聞。詔福、浙督撫官協謀剿除，無各推避取罪。
甲辰，論擒?？芡踔惫Γt升賞總督尚書胡宗憲等有差。初，宗憲遣蔣洲、陳可愿招諭直等；至三十六年十月，直與王滶、葉宗滿等同倭目善妙等五百余人泊舟岑港，請納款通貢、市。是時直母及子，宗憲皆羈致杭城。直先遣滶、宗滿來見，宗憲厚撫諭之，令宗滿持其母與字書往。直見我兵嚴備，又滶不返，遲回未能決，則要須滶出，乃登岸；宗憲即遣滶往。直猶未信，索我一貴官為質；宗憲遣指揮夏正詣其舟，直黨乃并前后往來官役朱尚禮等留之。直始輕身入謁軍門，宗憲故為款言，令自系獄待命。久之，直黨見官軍四集，尋知直已下獄，遂支解夏正、尚禮等，得遯歸。至是，時三年矣，其事初聞，宗憲蒙賜獎勵。下按臣核諸效勞人員功次，遷延不以時上。宗憲乃自列狀以聞，請亟加甄錄。……
（己未），倭寇六千余人流劫潮州等處，守臣告急。兵部言：『閩、廣二省俱鄰南海，倭奴侵軼廣中，皆以閩人為向導。今其勢張甚，在兩廣固當克期誅剿，在福建撫臣亦難辭縱賊貽患之責；請令巡按御史通核功罪以聞』。報可。
（三月庚辰），吏、兵二部會議提督兩廣侍郎鄭絅條陳：『一、惠、潮二府海倭山盜并起，請添設參將一員，專駐揭陽督兵防御。一、嶺東分守居獨省城，兼領南、韶、惠、潮四郡不便，宜仍以廣州、南、韶隸嶺南分守；而嶺東專管惠、潮，仍改賜敕書，令其兼理海防。一、倭賊入潮，每以漳海積寇相煽引；而黃岡鎮巡司則閩、廣界區，漳寇所由入者。請以潮州捕盜通判移駐其地，練兵防盜』。詔如議行。
（五月甲午），巡按福建御史樊獻科奏：『福建山賊倭夷并起，攻掠平和、詔安等縣，破崇武所城；請敕守臣亟圖平剿』。會巡撫劉燾疏至，言與賊連戰俱捷，地方稍寧——不如獻科言。上以二臣奏報互異，疑之，詔兵部亟檄南贛撫臣范欽及燾協力平賊；地方失事功罪，令御史詳核以聞。未幾，獻科復奏崇武失事狀。兵部始知燾奏不實，請逮守所千戶郭懷仁等付獻科問；停分守僉事萬民英俸，令戴罪視事；燾姑貰勿治，責以平寇自贖。從之。
（十月）丁未，巡按福建御史徐仲楫奏：『山海盜起，流毒八閩；乞切責督、撫大臣為弭盜計』。兵部言：『閩中寇盜，半系土著；此腹心疾也。宜亟檄總督胡宗憲、巡撫劉燾嚴率所屬克期剿除；脅從者許其首免，首惡不赦』。詔如議即行督、撫諸臣，令厲兵剿賊；不許觀望，致貽民害。
（十一月）乙丑，巡撫福建都御史劉燾類奏：『四、五月間，新倭與濂澳、月港等處舊寇合鹵掠。時臣甫蒞任，即定計擒之。初戰長樂、閩安，先挫其氣；再下興、泉，逐月港、崇武諸寇以及崎嶺、濂澳之間。兵之所過，陸無堅陣、水無完艘；凡擒斬七百有奇，溺死者倍之。乞錄領兵僉事萬民英、指揮王夢麒倭等功』。……是歲倭賊遍福建沿海諸郡；然皆千百為群，各自攘劫，無總統司號令者。燾不能制，任其饜欲而去；乃虛張功伐，侈言謀勇。然即其奏狀所列，固未明言某日某兵與賊戰某地也。