（丁丑），以倭寇攻陷興化府城，命提督兩廣都御史張臬總督廣、閩軍務，調度兵馬，分部擊之。罷巡撫都御史游震得回籍聽勘，令總兵官劉顯戴罪剿賊，逮參政翁時器、參將畢高至京問罪。初，興化敗書聞，震得已坐失事奪俸。既而巡按御史李邦珍言：『震得一籌莫展，宜簡命大臣有濟變才者，假以重權，亟往拯之』。南京科道官范宗吳、張士佩等亦言：『賊薄興化時，震得詐疾告休；及城陷，則避之福清，不肯督兵救援。顯屯軍江口，遠在三十里外駐營，未聞提兵決戰；而時器與高聞變，即縋城夜出，尚未識其所往。請各置之理』！俱下兵部——議覆：『大臣有威望、累著擒賊之功者，一時無如臬賢；宜重用之。震得等誠駑怯有罪；但顯素得士心，臨敵易將，恐一時難其代者。宜令立功自贖，俟事寧并論』。上然之，乃有是命。

戊寅，福建福寧倭寇自政和等縣襲攻寧德，破之；趨羅源入海，轉薄連江登岸。時寧德已四陷矣。

（四月）庚申，福建新倭自長樂登岸，流劫福清等處。總兵官劉顯、俞大猷合兵邀擊于遮浪，殲之。平海倭引舟出海，把總許朝光以輕舟抄之，斬首四十九級；賊乃盡焚其舟，還屯平海。

丁卯，副總兵戚繼光督浙兵至福建，與總兵劉顯、俞大猷夾攻原犯興化倭賊于平海衛，大破，平之；斬首二千二百余級、火焚刃傷及墮崖溺水死者無算，縱所掠男婦三千余人，復得衛所印十五顆。自是，福州以南諸寇悉平。

（乙亥），巡按廣東御史陳道基以正月間潮、惠二府倭患聞，乞速命督、撫諸臣調兵分剿。詔總督都御史張臬嚴督各官調集漢、達官軍協力剿滅以靖地方，毋怠！

（五月庚辰），按福建御史李邦珍以二月中福建倭寇攻陷寧德、平海城及都指揮歐陽深死狀聞，因言『破平海者乃閩之南境賊，其初自福清等處登岸；破寧德者乃北境賊，其初自福寧登岸：皆閩中大患——而南賊尤劇。已經累次調兵剿捕，而總兵俞大猷赴援濡滯、游擊何本源等私掣回戍兵，致忠將陷沒、地方失守。乞明示賞罰，以昭勸懲』。上從部議，令張臬、譚綸嚴督劉顯等協力剿之，刻期蕩平；大猷姑戴罪自效，本源下巡按御史逮治。歐陽深賜棺殮銀五十兩，蔭一子為世襲指揮僉事；仍立祠祀之。

（六月庚戌），巡按御史李邦珍勘上福建剿平舊倭狀：『先是，賊兩破寧德城，屯據橫嶼。嶼去縣十余里，四面皆水；路險隘，不便深入。故官軍與賊相守逾年，莫敢決一戰者。四十一年七月，總督尚書胡宗憲檄浙江參將戚繼光部浙兵七千余人援之；令軍中人持草一束，填河而進。遂大破賊巢，平之；生擒九十余人、斬首二千六百余級、焚溺死者無算，奪被擄三千七百余人、印二顆。乘勝剿福清牛田寇，又破之；追至興化，同副使汪道昆等用火夾攻賊營，焚斬幾盡。捷聞，下邦珍勘實』。兵部覆：『諸臣賞宜從重；宗憲雖去任，仍當優錄』。上命賞宗憲銀二十兩、彩幣二襲。升繼光署都督僉事，升都指揮戴沖霄二級，道昆及浙江監軍副使王春澤、把總等官吳惟忠等一十九人各一級；仍與福建副使等官金立敬等四人各賞銀有差。是日，浙江巡撫趙炳然亦報福建余賊于四月中流入浙江界，官軍迎戰于連嶼、陡橋、石坪等處敗之，斬首百余級；既而新倭百余人亦犯石坪，我軍乘勝追剿，無一生還者。疏下，兵部議覆；得旨：『炳然督剿倭寇一月兩捷，賞銀四十兩、彩幣二襲；宜益用心飭備，以副委任』。

（七月壬辰），巡撫福建都御史譚綸以四月中平海大捷聞，言『賊自興化破城后，乘勝攻陷平海據之。我兵方議大征，會長樂縣新倭自福清渡江，謀趨平海合營；總兵俞大猷、劉顯遮之于途，擒斬幾盡，余黨俱遁入海。平海賊聞之，始懼，欲逃；

為官軍所扼，不得出，乃移營渚林迤南。時副總兵戚繼光自浙江應調至，臣素知其勇略，使領中軍；顯左軍，大猷右軍。及戰，繼光先進薄賊巢，左、右營繼之，四面合圍；因風縱火，賊死戰皆灼爛，巢中積尸及溜，無一人得脫者』。因敘諸臣功，以繼光居首，顯、大猷次之，募兵督戰如副使汪道昆、參議萬民英又次之，先驅陷陣如把總胡守仁等又次之，邀賊助陣加義士許朝光、劉文敬又次之；而二司、府、縣等官萬衣等之給餉、紀功、屯兵、分守，均宜敘錄。至于江西巡撫胡松、南贛巡撫陸穩、浙江巡撫趙炳然調兵赴援之功，亦不可泯；而原任巡撫游震得指授于去任之日、參政翁時器效死于戴罪之時，勞績并著，固不當以昔之過而盡掩其功也』。疏下，兵部議覆；得旨：『天地、宗廟垂佑，八閩底寧；各官協謀戮力，功實可嘉！綸升右副都御史，巡撫如故；繼光署都督同知，仍蔭一子為錦衣衛正千戶：各賞銀三十兩、纻絲二表里。顯于祖職上升二級，與大猷各 賞銀二十兩、纻絲一表里。道昆升一級，民英升俸一級，守仁等二十一人各升二級；朝光、文敬各授原籍所鎮撫，仍與守仁等各賞銀十兩。炳然、松穩各三十兩、二表里，衣等十二人各五十兩。震得令按臣詳勘前后功罪以聞，時器仍逮京從公問擬』。

（九月丙申），故海寇王直余黨洪迪珍降，伏誅。迪珍，漳州人。初，與直通番。后直敗，其部下殘倭乃依迪珍往來南澳、浯嶼間；懼官軍誅之，聲言聽撫而剽掠如故。至是勢窮，率其子文宗自詣福建海道副使邵楩所，愿立功自效。總督都御史張臬收下獄，馳疏以聞；詔即地斬之。

（十月）辛亥，福建巡撫譚綸條陳防海善后事宜。兵部覆行其五事：『一、復水寨。舊制，自福寧南下達漳、泉，置水寨五，以扼外洋；法甚周悉。今宜復舊，以烽火門、南日山、浯嶼三〈舟宗〉為正宗，銅山、小埕二〈舟宗〉為游兵。寨設把總一員領之，而為之分信地、明斥堠、嚴會哨、殿功罪，使總核有經，坐收實效。一、處兵將。副總兵戚繼光宜擢為總兵，鎮守全閩；仍增設坐營都司一員、把總二員，充其任使。其原設三路參將，悉宜改為守備。總兵官俞大猷宜復還伸威營，與南贛軍門事權為一，在福建止備汀、漳二府山寇。一、處客兵。福建所募浙兵列為二班，班各九千人。上班者以七月初一日為始，用防秋汛，至十月散回；下班者以十月初一日為始，赴戍所防春汛，至六月終散回。更番迭上，歲以為常；不得變亂行伍，違誤戍期。一、團練主兵。各縣額設民兵，宜汰其老弱，盡以精悍者充補。仍分為二部：一屬本縣掌印官訓練防守，一屬巡捕官赴府團操。每府委武職一人，統督該府掌印官監督；兵備道以時閱視，別其勤惰而賞罰之。一、申明職守。沿海及腹里府州縣與衛所同住一城及衛所自住一城者，若遇攻圍不能固守，衛所掌印、捕盜官俱照守邊將帥失陷城寨律，斬；其府州縣捕盜、掌印官送部，降級別用。自今宜申明職守，著為定例』。上命兵部同三法司詳擬失陷城池罪例以聞，余如所議。……吏部亦覆論二事：『一、重監督。大將臨戎，非素所同心文官與之終始，則臨事矛盾，成算有乖。今升級副使汪道昆本監戚繼光軍，宜即升為本司按察使，與繼光共理兵務。一、舉賢能。參議金淛、運同劉汝順、同知劉宗寅久居閩地，習其土俗；遇有升遷，請即于本省推補』。……詔俱允行。

（嘉靖四十三年二月戊午），福建總兵戚繼光追擊仙游縣殘倭，大破之。時閩中舊倭略平，余黨復糾新倭萬余攻仙游縣城，圍之三月。繼光引兵馳赴之，大戰城下；賊敗，趨同安。繼光麾兵追至王倉泙，斬首數百級，墜崖谷死者無算；余眾尚數千，奔漳浦縣之蔡丕嶺。繼光分其兵為五哨，身自持短兵，徒跣緣崖，披荊棘而上，迫壘；賊伏發，繼光氣愈厲，督各哨兵入賊巢，殊死戰，擒斬又數百人。于是，閩寇悉平；其殘寇得脫者流入廣東界，掠魚舟入海。（三月己未），廣東官軍擊潮州倭寇，破之。……

（四月丁丑），福建巡撫都御史譚綸以王倉泙、蔡丕嶺捷聞，詔先賞綸與總兵戚繼光銀、幣，其余有功者俟勘至并敘。（六月）辛卯，廣東官軍大破倭寇于惠州海豐縣。倭初自福建流入廣東，會兩廣、南贛各軍門征調漢、土兵大集，乘其初至，急擊之。賊懼，悉奔崎沙、甲子等澳，奪漁舟入海；遇暴風，舟皆覆溺，得脫者僅二千余人，留屯海豐金錫都。總兵俞大猷帥官軍四面圍之，相守且二月。賊食盡，欲走；報效副總兵湯克寬伏兵大埔察窖口以待之。賊至伏發，賊乃大驚擾；克寬斬其梟帥三人。參將王詔等兵繼進，賊遂大潰；擒斬千二百余人，各哨軍前后所得零賊又一千余人。于是余倭無幾，不復能軍，散遯入山藪；各兵乃分道搜之。

（嘉靖四十四年四月甲午），倭寇自浙江臺州海洋突犯福建福寧州，總兵戚繼光督參將李超、把總魏宗瀚合水陸兵擊敗之，斬首二百余級。乘勝追剿原犯永寧倭，斬首百余級。

（七月壬寅），巡撫福建都御史汪道昆以四月中總兵戚繼光等追剿福寧、永寧二處倭寇狀聞；詔御史核實論功，仍先賞繼光、道昆及參將李超、把總魏宗瀚銀、幣有差。

（八月丁丑），廣東巨寇吳平等駕船四百余艘出入南澳、浯嶼間，謀犯福建；把總朱璣、協總王豪引兵擊之。海中賊奄至，圍官軍數重；璣、豪俱陷沒。事聞，詔閩、廣撫鎮官嚴督兵將協心夾剿，以靖地方；不許推諉誤事。其各官功罪，俟勘明議處。

（九月）丙申，罷浙江寧波府市舶議。先是，言者嘗欲比廣東事例，開市舶以通海夷。至是，浙江巡撫都御史劉畿言：『寧波舊設市舶司，聽其貿易，征其舶稅。行之未幾，以近海奸民侵利啟釁，故議裁革。今人情狃一時之安，又欲議復。不知浙江沿海港口多而兵船少，最難關防；此釁一開，則島夷嘯聚，其害有不可勝言者』。戶部亦以為然，事遂寢。

（嘉靖四十五年正月庚申），革惠潮總兵俞大猷職閑住，命福建總兵戚繼光兼管惠、潮二府并伸威營總兵事。先是，四十四年十月初，官軍圍海賊吳平于南澳，繼光將陸兵、大猷將水兵夾擊，大破之；平僅以身免，奔饒平縣之鳳凰山，其眾稍稍集，勢復振。時繼光留擊南澳余賊，獨大猷所部參將湯克寬、李超、都司白瀚紀、傅應嘉等引兵躡平后，連戰俱不利；平遂趨樟林，掠民舟出海。事聞，福建巡按御史陳萬言奏：『平初潰圍得脫，系大猷等所分信地；及追戰，又不力：法當重處』。廣東巡按御史陳聯芳復劾大猷在廣數年，民兵相繼煽亂，束手無策；宜急擇良將代之。上乃黜大猷，而命繼光兼鎮閩、廣。時克寬已升狼山副總兵，因廣寇未平復留，聽繼光節制；候功成之日，方許離任。

（四月壬戌朔），閩、廣官兵追擊海寇吳平于安南萬橋山澳，大破之。初，平自陽江烏豬洋戰敗，奔安南。提督侍郎吳桂芳檄安南萬寧宣撫司發兵征剿，遣參將湯克寬、都司傅應嘉等以舟師會之，夾擊于萬安橋山下。會暮，大風；我軍用火攻，焚平乘舟；平軍大敗，赴水死者無算，官兵生擒賊眾及斬首共三百九十八人。

（九月）壬辰，復設柘林守備，以澄海、潮陽二縣水兵隸之，令往來南澳及河渡門等處備盜。時吳平既敗，余黨陳新老、林道干等后窺南澳。議者以南頭參將去海洋遠，不便彈壓；欲于南澳別設參將，募重兵守之。侍郎吳桂芳以為澳中地險而腴，在勝國時設兵戍守，其后戍兵即據之以叛；此所謂「御盜生盜」，覆轍昭然。不如置戍柘林，而以南頭參將及該府捕盜官節制、督察之便。報可。

（十二月甲午），初設福建海澄、寧洋二縣，以其地多盜故也。