《靈樞經》曰：“上焦出于胃上口，并咽以上，貫膈而布胸中，走腋，循太陰之分而行，還至陽明，上至舌下，足陽明常與營俱，行陽二十五度，行于陰亦二十五度，一周也，故五十度而復大會于手太陰。”觀此，則秦越人謂作水谷之道路，氣之所終始者，為不誣矣。“中焦亦并胃中，而出上焦之后，此所受氣者，泌糟粕，蒸津液，化其精微，上注于肺脈，乃化而為血”。“下焦者，別回腸，注于膀胱而滲入焉。故水谷者，常并居于胃中，成糟粕，而俱下于大腸，而成下焦，滲而俱下，濟泌別汁，循下焦而滲入膀胱焉”。觀此，下焦之文，則純是決瀆之事，馬氏乃謂上中下之三焦以氣看，手少陽之三焦作有形府看，謂其惟司決瀆之職而已，分三焦為二，何其謬哉！《靈蘭秘典》曰：“三焦者，決瀆之官，水道出焉。”瀆，猶江、河、淮、濟之瀆。《爾雅》曰：“瀆者，獨也，各獨出其所而入海也。”夫決瀆本下焦之事，決瀆之官，猶今之總督河道之職也。今以三焦之名，而獨任下焦之職，此其故何哉？蓋以水瀆在下，非氣莫導，膀胱所藏之水，必待氣海之氣施化，乃為泄便注泄，是故以三焦治之，謂賴其氣而為之前導也，故曰“氣化則能出矣”。若曰不必下焦之氣施化，而手少陽自能決而出焉，則經不當復繳“氣化則能出矣”之句。或曰：三焦是六腑之一，故決瀆由之，恐不可作下焦看也。余曰：此正是馬氏所疑之處，馬氏以手少陽三焦為腑，惟司決瀆，下焦非腑也，故作氣看。不思《素問·宣明五氣篇》曰；“胃為氣逆，為噦，為恐。大腸小腸為泄。下焦溢為水。膀胱不利為癃；不約為遺溺。膽為怒。”又《靈樞·九針篇》曰：六氣為病，“膽為怒。胃為氣逆，噦。大腸、小腸為泄。膀胱不約為遺溺。下焦溢為水”。據此二篇，則《靈》、《素》亦以下焦備六腑之數，是下焦與三焦無彼此也，是故不分而為二也。王好古雖引《靈樞》謂有足三焦之說，緣足三焦乃太陽之別絡（別絡乃支絡），并太陽之正，入絡膀胱，約下焦（約是約束也），實則閉癃，虛則遺溺，雖有足三焦之名，實則足太陽之絡脈也。蓋下焦乃足經之所屬，故即膀胱言之也。《本臟篇》言“腎合三焦膀胱”，亦以此故。好古此問，不過欲人知此義爾，實無二質可分也。諸家言有形狀，有俞穴者，皆不過即其經脈而言，如奇經沖、任、督之類也。噫！夫《難經》、《靈》、《素》之翼也，《脈經》，診候之宗也。《難經》載心包絡、命門、三焦者凡八篇，《脈經》闡《靈》、《素》之要旨，推脈候之本原。噫！醫學至秦越人亦神矣，至王叔和亦可稱精思矣。二公殫心究竟，著述垂訓，亦可謂無滲漏矣。乃陳無擇不信《難經》，而信龍川不核之方志，世人不宗王叔和《脈經》，而宗高陽生之《脈訣》，且也妄肆譏彈，是何異河伯而議海若之汪洋，處蟻封而談藐姑射之靈秘哉！多見其不知量也。余為此辯，豈不知將益增嘵嘵之口，顧后之人惑于其說而莫之覺，愿為秦王忠臣也，或毀或譽，何暇計哉。孔子曰：“知我者，其惟《春秋》乎，罪我者，其惟《春秋》乎。”余私心竊欲自附云。
東垣云：三焦，有名無形，主持諸氣，以象三才之用，故呼吸升降，水谷往來，皆恃此以通達。是以上焦在心下，主內而不出；中焦在胃中脘，主腐熟水谷；下焦在臍下，主分別清濁，出而不內。統而論之，三才之用，本于中焦。中焦者，胃脘也，稟天五之沖氣，陰陽清濁自此而分，十二經絡自此而始。或不得其平，則寒熱偏勝，虛實不同，榮衛澀滯，清濁不分，而生諸病。故曰：氣會三焦，手少陽脈通于膻中。膻中者，臣使之官，為氣之海。審此，則知三焦者，沖和之本也。三焦，相火及包絡之脈，人之元氣也，周身何處無之，是名相火用事，主持陰陽之氣，神明之府也。（出《醫學發明》）
十、問診三焦包絡
或有難于生生子曰：心主、包絡、三焦之說，已得聞命矣，但診法尚未詳明，如子所言，動脈下行于足經者，法當診于下部歟？誠如是，令人之惑滋甚也。且足經腎肝之動脈，皆不上行于手，又何故取法于手之尺部而診腎肝耶？請再悉之。余曰：嘻！如上所疑，是殆未知寸關尺上下陰陽之義也。夫脈之一字，有二義焉，十二經之動脈，乃路陌之脈，非寸關尺之謂也；寸失尺之脈，乃氣血之先，人之神也，故可以候周身百骸之疾。余之所指，非即動脈為診，乃宗《內經》、《脈經》，形于上者上診之；形于下者下診之，乃法象也，非為動脈之出入而言也。昔秦越人述《內經》之微旨，而取診法于寸關尺者，又豈無所本哉？寸關尺之部位，乃手太陰經經渠、太淵穴也，實手太陰經之動脈出入之地。古人取此以驗五臟之脈者，以肺受百脈之朝，又五臟六腑之氣味皆出于胃，變見于氣口，以氣口為五臟主，而脈之大要會也。按《脈要精微論》曰：“尺內兩傍，則季脅也。尺外以候腎，尺里以候腹中。附上，左外以候肝，內以候膈；右外以候胃，內以候脾。上附上，右外以候肺，內以候胸中；左外以候心，內以候膻中。前以候前，后以候后。上竟上者，胸喉中事也；下竟下者，少腹腰股膝脛足中事也。”按此，附上，謂關也；上附上，謂寸也。寸關皆有左右手分診，而尺獨不分左右者，則兩尺皆以腎為診也明矣。《內經》論診法部位，前后上下如此，皆法象天地，配合陰陽，誠萬古不可少易者。越人闡明《內經》之旨，取寸關尺以診一身臟腑上下之候，而王叔和宗之，皆本于此。心包絡附近于君，當宗《脈經》心部診之，乃上以候上之意也。三焦亦當如《脈經》，上中下分診之。其腎肝之動脈，雖不上行于手，而腎肝之元神，氣血之先，豈有不隨胃之元氣上行耶？！《玉機真臟論》曰：“臟氣者，不能自致于手太陰，必因于胃氣，乃至于手太陰也。”故一難獨取寸口，以決五臟六腑死生吉兇之法，其義可見。是以醫者，要明天地陰陽上下之理，以譬周身，則自然貫通，不為異論束縛。為醫而不本《素》、《難》、《脈經》，而一聽庸俗口耳之學，與為儒而不講明四書五經，惟徒剽竊時義者何異。孫思邈曰：不知《易》者。不足以言太醫。斯言誠有味哉。
十一、脈義
脈者，天地之元氣也。人受天地之氣以生，故一身之升降浮沉，即造化生生不息之機。其不息者，脈也。按《內經·五常政大論篇》岐伯曰：“根于中者，命曰神機，神去則機息。”顧其為字，從肉從永，其命名為陌，謂脈脈不斷，長永之道也，是斡旋一身而為之綱領。彼四時之脈體，有如弦、鉤、毛、石之謂者，無非跡陰陽浮沉升降消長而取義耳。至其營運之妙，有起伏隱見，可驗于一呼一吸之間。仲景曰：“呼吸者，脈之頭也。”是以有呼吸則有脈，無呼吸，則脈息氣絕而物化矣。此其天人一致之理，四時流行之機，微妙不易名狀，必潛會默契，庶可得其真體。劉守真釋名為幕，余以為未然。《爾雅》謂膜，幕也；幕絡一體也，非謂脈也。膜則有形，而脈則以神運，無形者也。觀天何言哉，四時行，百物生，可見矣。故見此者謂之知道，悟此者謂之知脈，脈何容易言哉。（上釋脈義。）
十二、問十二支土多十二經火多之義
有以十二支問于生生子曰：十二支屬水火木金者各二，土屬有四者何也？生生子曰：萬物生于土，而歸于土，土本四維，寄旺于四季之末，故土有四也。土也者，在人以脾胃應之；四肢屬脾，四肢猶四維也。臟腑皆藉脾胃以為養，猶萬物皆藉于土也。又問：人之十二經，金木水土各二而已，火獨有四者何也？生生子曰：有令德之君，必有調元贊化之臣，然后綱維立，教化行，而成無為之治。假令君非相以贊密勿，何能帥百執事，恪恭厥職。三焦、包絡，亦猶是也。包絡有護持之功，三焦有承宣節制之效，何以見？蓋榮衛出于三焦，而所以營于中，衛于外，大氣搏于胸中以行呼吸，使臟腑各司其職，而四肢百骸奠安者，孰非相火斡旋之功哉！古人以藥譬兵，以身譬國，良以此夫。丹溪曰：“天非此火，不能生物；人非此火，不能以有生。”信然。
十三、問手心主
或有問于生生子曰：《靈蘭秘典篇》問十二經貴賤相使，何獨遺手心主也？生生子曰：無所遺也，以膻中該言爾。“膻中者，臣使之官，喜樂出焉。”《靈樞·脹論篇》曰：“胸腹者，臟腑之郭也。膻中者，心主之宮城也。”《素問·遺篇》曰：膻中在胸兩乳間，為氣海，手厥陰包絡之所居，此作相火位，故言臣使，主其喜樂。
十四、手足經配合臟腑之義
有以十二經問屬手足者何以故？生生子曰：陰陽上下配合之義也。手經之脈起于手，足經之脈起于足。手經主持于上，足經主持于下。手足經者，所以紀上下也，猶《易》之本乎天者親上，本乎地者親下也。《素問》運氣篇曰：心、肺、心包絡皆膈上，屬手經，肝、脾、腎在下，屬足經。手同手經，足同足經，手足經臟腑陰陽相配皆然，乃一合也。或曰：臟腑既以陰陽配合表里，何無夫妻之義？予曰：夫妻配合，是以相克言陰陽，此以手足同類言陰陽，乃自然之勢，不可紊者。如手太陰肺，金也，里也，陰也，手經也，故以手陽明大腸金配。手少陰心，火也，里也，陰也，手經也，故以手太陽小腸火配。足太陰脾，土也，陰也，里也，足經也，故以足陽明胃土配。足厥陰肝，木也，陰也，里也，足經也，故以足少陽膽木配。足少陰腎，水也，陰也，里也，足經也，故以足太陽膀胱水配。此五臟五腑五行正配合也。手厥陰心包絡，火也，手少陽三焦，亦火也。二經雖無特形，皆屬相火。一為氣父，表也；一為血母，里也。亦是以類配也。手以手配，足以足配，陰以陽配，火以火配，水以水配，金以金配，木以木配，土以土配，皆自然之勢，不得不然者（觀此配合，則知上下手足陰陽皆有定偶，手配手之陰陽，足配足之陰陽，則手經之三焦，必不配足經之右腎明矣）。
十五、問五行金木水火土之義
生生子曰：夫五行者，一水、二火、三木、四金、五土，咸有所也，何以然？《素問》運氣曰：水之為言潤也（陰氣濡潤，任養萬物也），火之為言化也（陽在上，陰在下，毀然盛而化生萬物也），木之為言觸也（陽氣觸動，冒地而生地），金之為言禁也（陰氣始，禁止萬物而揪斂），土之為言吐也（含吐萬物，將生者出，將死者歸，為萬物家）。水生于一，《靈樞經》曰：太一者，水之尊號。一，數之始也。天地未分，萬物未成之初，莫不先見于水，先地之母，后萬物之源。以今驗之，則草木子實未就，人蟲胎卵胚胎皆水也，故天一生水。一，陽數也；子，北方水之位也。子者，陽生之初，故水曰一。地二生火；二，陰數也；午，南方火之位也。午者，陰生之初，故火曰二。天三生木；三，奇之數；木居東，東亦陽也，故木曰三。地四生金；四，偶之數；金居西，西亦陰也，故金曰四。天五生土；五者，奇之數，亦陽也；土應西南長夏，故土曰五。以上下左右合而觀之，卒莫不有一定之理，而人身應之。午位居上，故火旺于午，在人以心應之，故心居上。子位居下，水旺于子，在人以腎應之，故腎居下。卯位居左，木旺于卯，在人以肝應之，故肝居左。酉位居右，金旺于酉，在人以肺應之，故肺居右。中者，土位，土居未，在人以脾胃應之，故脾胃居中。此五行不易之定位也（觀五行一定之理，則火不在下部，尤可見矣）。
十六、問心包絡何以不得為藏
或有曰：《難經》言藏有六，心、肝、脾、肺、腎，五而已，余一藏乃右腎也。手厥陰心包絡既是十二經中之一經，與少陽為表里矣，乃不以包絡為藏，而以右腎當之何也？生生子曰：心包絡乃包心之脂膜，實不離乎心也，雖其經起止有二，余絡出入屈折相同，觀《靈樞·邪客篇》有曰：少陰無 ，心不病乎？岐伯曰：外經病而藏不病也。蓋“心者，五臟六腑之大主，精神之所舍，其藏堅固，邪弗能容，容之則心傷，心傷則神去，神去則死矣。故諸邪之在于心者，皆在于心之包絡。包絡者，心主之脈也，故獨取其經于掌后銳骨之端，其余脈出入屈折，其行之疾徐，皆如手少陰心主之脈行也。”非若右腎之有形質者比也。以其質無特形，是故不得為特藏也。
十八、問五行土無定體寄旺四季各一十八日何長夏一月土又獨主之
生生子曰：朱子云：天有春夏秋冬，地有木火金水，人有仁義禮智，皆以四者相為用也。論歲氣流行之序，一歲之中，有春夏秋冬四時，木火金水各主一時，以行其氣，雖不言土，而土在四季中矣。土又獨主長夏一月者，蓋長夏建未，未位西南，乃土正旺之地。顧五行之理，順而相生，無少間斷，彼冬之水，生春之木，春之木，生夏之火，夏火正熾，曷能使其生金，徒有傷之而已，火旺則土相，故以土繼之，是火生土，而土生秋金，秋金生冬水，冬水復生春木，乃可生生無窮。《禮運》曰：播五行于四時。周子亦曰：五行順布，四時行焉。是四時之內，固備五行之氣也，由是而土獨主于長夏也。