由于吸引了曾國藩這位著名的學者和軍人的注意力，李鴻章被委派為常規軍和非常規軍的總指揮，鎮壓中部地區的太平軍。當時的李鴻章是安徽的一位不太出名、但十分優秀的官員，他第一次接觸到了軍事指揮的工作。這個工作最終把他和查爾斯·戈登將軍聯系到了一起，并建立了友好和信任的關系（至少是在李鴻章這一方）。雖然當時李鴻章已經三十五歲，但他心中依然充滿了青年時期的熱情，他在1855年對曾國藩進行了以下描述：

“聽說曾國藩大人已經決定讓我在他手下工作，消滅長毛黨，這是我人生中得到的最高贊美，也是對我以前工作的肯定。雖然我還不知道這份工作的具體職責是什么，但不管是什么，我都會盡最大努力恰如其分地將其處理好。我會戰斗、戰斗、不停地戰斗，因為我鄙視那些像強盜一樣橫行全國的叛賊。如果可能的話，他們會摧毀整個政府，還會進軍北京，掀翻神圣的帝位。所以我們必須徹底消滅他們，把他們趕到海里，或者是拿他們的尸體去喂狗。”

“我的父親，曾三次拜會過曾國藩大人，他說近幾百年里，沒有幾個學者能與曾國藩總督相提并論。多高的聲譽啊！他在對古典佳作有深刻的見解的同時，又是十分睿智的官員和足智多謀的戰士，這難道不是妙不可言嗎？是的，這就是曾國藩——博學、睿智、有勇有謀。作為一個這樣的人，不管是從最南方還是到最北方，還是從西藏到東海，曾國藩的事跡被人們廣泛傳頌。而如今，他希望得到我的幫助，完成他的宏圖大業。”

“曾國藩的家庭和我的家庭在很多方面有相似之處，雖然我有必要表現得謙遜一些，不把兩家的比較進行得太細致具體。安徽和江蘇的古老中國家族有兩大分支，他的家族就屬于其中一個分支。我的一些朋友說，曾國藩的祖上是滿族血統，正是出于這個原因，他才得到了高官顯爵和大量特權。但我知道這個說法是完全錯誤的，一千一百多年來他的家族都一直安居在安徽、江蘇兩省。”

“1855年。——昨天晚上，我與書生時期的三個老朋友一起吃飯。他們都帶著開我玩笑和打擾我工作的目的來司庫辦事處找我。他們這樣做實在是大錯特錯，因為，即使他們自己沒有重要的事情要處理，也不能去妨礙別人處理重大的事件。”

“阿平評論了我的得體官服和大玉扳指兒。我不喜歡他說現在我父親肯定比我寒窗苦讀追求功名的時候更加慷慨大方。我告訴阿平，我不喜歡他說話的語氣，因為我很可能拿不到半點俸祿，或者，我現在所保管的這些錢是不可能屬于我的。”

“確實，我父親和叔父都比六七年前更加慷慨大方了，并且，如果我有需要的話，可以從他們那里得到很多錢。但這并不是因為他們對錢的看法轉變了，而是他們知道借出去的錢，很快就會帶著可觀的利潤還回來。”

“我從未像現在一樣，在這個世界上有如此廣大的認識。但我十分確定的是，如果一個人擁有一定量的某物，人們會樂意幫你使之增加；同時，如果你完全沒有某物，一個不尋常的人會為你提供所有的東西。對于所有和生活聯系在一起的事情也是同樣的道理。如果一個學生在考試中失敗，那么所有通過考試的人就不能和他一起通宵不眠，聽他背書，也就不能幫他解決難題。但如果他學業優秀，在考試中脫穎而出，那么所有博學的人都會為他提供幫助，使他更上一層樓。如果一個人身無分文，衣衫襤褸沿路乞討，他很可能繼續如此，因為除了跟自己一樣的乞丐之外他沒有別的朋友，當他在寒冷的夜晚想買一碗湯，或是在節日里想買一盤炸蝗蟲或蜜蜂的時候，這些人根本幫不了任何忙。這個道理甚至對家庭事務也適用，如果一個男人到一定年齡還沒有成親，那他四鄰的女人就會認為，他要么是找不到妻子，要么就是找到了也養不活她。但當這個男人一旦結了婚，就會在鄰里間獲得名望和地位，一些女人就會認為，她們的女兒如果能嫁給他做姨太太也很不錯。”

“阿平、阿三和阿坤都是我的好朋友，我不在意他們在我當值的時候對我的事情指指點點。他們過來拜訪的時候司庫正好不在。要是他在的話，他肯定會立即制止他們的嘲笑，并命令他們去干他們自己的事情。然而，他還是聽說了他們的來訪，并在他從知府那兒回來后向我了解了情況。他問我，我是不是把衙門當成了和文人老友重聚的地方。

雖然司庫是一個記賬的大師，讓那些收稅官一刻不得歇息，但他對文學卻一竅不通。他在衙門任職期間，除了那些被太平軍洗劫一空的地區，只有極少數的稅收未繳。在那些被戰火蹂躪的地區，曾國藩總督總是十分體諒地免除稅收。”

“我的朋友們已經聽說我要從軍，他們好像永遠不會厭倦于拿我以前的理想開玩笑。他們中有一個曾聽我說過一次，我希望自己能寫出一部經典佳作，一部能讓我在文學史上享有盛譽的史詩。他們把我的志向四處宣揚，甚至是曾國藩在和我父親的談話中都開玩笑地問，到底是筆還是劍能讓我成為更好的官員。是的，我父親知道他只是在開玩笑。因為，總督大人曾經說過，他最初注意到我是因為一位地區治安官上報說我的文學作品水平極高。后來，當我寫信給他請求委派任務的時候，他極力贊揚了我的文學風格和書法水平。實際上，我在這方面真的是下了苦功夫。后來，面見他的時候，他說我所有的經歷和成績都對我十分有利，他會把我安排在他的身邊，并且，如果我表現好的話，責任更大的官職會隨之而來。”

“所有人都知道士兵是受人鄙視的，但我就是要放棄最崇高的職業，去做最低賤的事。如果我在軍隊里軍銜很低，只是為了俸祿而戰斗，那可能就會受人鄙視。但這次，情況并非如此。我不喜歡這個軍職，但我要考慮我的未來，人民也需要適合的人拯救他們于水深火熱之中。我從來沒有，也永遠不會放棄對文學的追求，但現在是寫詩的時候嗎？當戰火和刀劍席卷大地的時候還有誰會在乎那些浪漫故事。”

“說我放棄了對文學的追求，完全改變了所有的志向是不正確的。曾國藩難道不是中部地區最博學的學者，和最威風的全軍總指揮嗎？”

接下來這些年里，與之前的文學向往相比，李鴻章的寫作重心轉到了自己在曾國藩總督心中地位的提升，和隨之而來的一次又一次升官上。他的日記和其他手稿中的大量細節都表明，這位“做好了踏入官場準備”的進士，實際上已經身在官場并孜孜不倦地參與到了政治活動之中。在放棄司庫辦事處職位接下來的五年里，這位年輕人似乎已經完全忘記“士兵是受鄙視的”。他在八月份的一篇長篇日記中寫道：

“被挑選為清朝軍隊的指揮實在是一種榮耀，而不應該受人鄙視。我所帶領的軍隊受到了曾國藩總指揮的最高嘉許，這也使得他最終挑選我為江蘇軍隊的指揮。這次升官并未在我的預料之中，但也沒有讓我感到十分意外，因為我所帶領的軍隊把長毛黨打了個落花流水。”

“以前我從來不認為自己會享受參與戰斗、大敗敵人的感覺。但我想，一種新性格已經注入到了我的體內，有時候我會問自己，我是否還會想回到以前那樣的和平的工作崗位上。”

“可以肯定的是，這些狂徒想毀壞我們的國家。他們稱自己為拜上帝會，四處講道，還集結了成千上萬人。就他們的名號本身來說，就是對清朝的一種不忠。但他們如果沒有武裝起來，進軍攻打城市的話，我們是不會攻打他們的。他們一路燒殺搶掠，對老百姓犯下了無數的罪行，還逼迫我們的人民（不管是鄉村還是城市），跟隨他們崇拜的天父。但在南方各地我們正逐漸消滅這些長毛黨，讓我非常自豪的是，在我自己的命令下就有成百上千名長毛黨被砍頭。”

“一些肉商告訴我說，由于這些太平軍四處劫掠，當地已經沒有肉類出售，連吃一頓都不夠了。他們還問，能不能殺一些長毛黨犯人取肉吃。我讓他們去見看管犯人的首領，并告訴他們這對補充當地的肉食品供應不會有害。”

“長毛黨把南京控制下來的時候也是這個樣子。他們大批擁進南京，肆意毀壞偏僻的城郊，殘忍屠殺當地百姓。然后，他們砸開城墻，這些長毛黨像洪水猛獸一樣擁進城去，殺人放火，無惡不作。他們最初幾千人的軍隊是來自南起廣州，北至長江，西達漢口這個地區。現在，他們的部隊已經達到了數萬人，他們四處宣揚著拜上帝會，并將他們所到之處徹底破壞。”

“雖然他們的旗號很響亮，還有很多的儀式，但實際上他們毫無組織。長毛黨的領袖、被稱為天王的洪秀全，以及他的軍師洪仁，在所有實際事情的處理中，都像在宗教上一樣，想法野蠻、瘋狂。在南京，長毛黨很快就發現他們已經成了甕中之鱉——由于干渴，他們的舌頭都長長地伸了出來；他們的腹部已經像被抽空的豬膀胱一樣，緊緊貼著后背。”

“長毛黨不會出城，不敢與我們在長江邊的城郊決一死戰。他們也不會投降，接受偉大的學者和戰士曾國藩的寬大處理。絕對不會！他們想和大隊人馬待在南京城里，直到清朝的忠實臣民被殺，直到瘟疫把他們全部消滅，再一船一船地拉走。”

“下屬們呈給我的報告中并未一一列舉這些來自南方的長毛黨的暴行，但我用自己的雙眼見證了一些事件的發生。如果我的母親只是從別人口中聽說，或是從書本上讀到這些事情，那她肯定不會相信。但她以及我的父親，也親眼目睹了長毛黨的燒殺搶掠。這群危害百姓的強盜把我們的家，也就是我出生的房子，像燒一堆稻草一樣，燒得一干二凈。當地的很多房子都被這群強盜燒毀，居民也被殘忍殺害。因此，對于這群把活人和死人堆在一起燒死的殺人犯、狂徒來說，任何的處罰都不會顯得殘酷。我不可能原諒或是饒恕他們的嗜血屠殺，我感謝讓我坐到這個職位上的所有神靈和所有祖先，我因此才能一直追趕驅逐這些惡棍，直到把他們消滅干凈，或是趕到海上。”

“1859年12月12日。——今天，有人報告說，我兩個學生時代的朋友，阿平和他弟弟在城郊被搜城的士兵殺死了。我對他們的死感到很遺憾，阿平似乎已經準備好加入太平軍的陣營，他取笑諷刺幾個我們的士兵，他們就把阿平和他弟弟的尸體吊在了一座橋上。前來報告的人記下了這幾個士兵的名字，于是我下令將這幾個士兵立即以同樣的方式處死。我也不想失去好士兵，特別是在這個關鍵時刻，但就這三四個人，應該不會有人注意到吧。”

“1860年4月16日。——夫人今天又生了一個兒子，我非常高興。我希望他能成為一代偉人，將來的總督。”

“1860年6月16日。——太平軍殺死了我善良高貴的哥哥，太平軍諸王也想取了我的性命。但我的血管里有豐富的血液供應，我的頭腦還能制訂出很多計劃，來打擊這些長毛黨和他們的首領。”

也是在1860年6月，李鴻章第一次提到了“常勝軍”。英國軍隊的查爾斯·戈登上校后來成為了“常勝軍”的總指揮。在戈登的幫助下，李鴻章才得以向朝廷稟報長毛黨節節敗退，浙江、江蘇兩省的太平軍已經完全被鎮壓下去，清政府在當地的管轄權已完全恢復。同時，李鴻章被擢升浙江、江蘇兩省軍隊的總指揮，并暫任總督一職。不久后，在曾國藩總督的極力推薦下，李鴻章還得到了朝廷的全權任命，正式出任兩江總督。

李鴻章寫道：“我從來都不相信，鼓勵外國人干預清政府的內部事務是合適的。我相信，如果我現在擁有最高的權力，或是經歷了這些年的長毛黨造反，我肯定不會啟奏皇上，請求允許英國和法國的支援軍隊鎮壓太平軍。但曾國藩是一個有大智慧的人，他也是我最堅定擁護的人，因此我不會批評，也不會假裝走一條和他認為最合適的那條道路稍有區別的道路。曾國藩說，這些外國人，至少他們的宗教，應該對當前這個災難負責。在結束這場災難的過程中，如果這些洋人損失幾千士兵，也是合情合理的。這個說法毫無疑問是正確的，但與此同時，我們是否可以認為，這些洋鬼子通常都是這種麻煩后面的麻煩。因為這樣，他們便能以正當的理由踏進我朝國門，索取援助補償。”

“但我必須要說，這些洋人起了很大的幫助作用，特別是英國人，他們在過去四年里派遣了許多訓練有素的士兵來幫助我們。就洋人來說，在頭腦清醒的時候，他們是不錯的斗士和可敬的人。但酩酊大醉的時候，他們既不喜歡，也不尊重我們的軍隊。在收復一個城市之后，甚至需要我們的愛國軍隊花費大量時間，把這些洋人控制在安全范圍內。他們吃掉一切能找到的食物，喝掉所有的酒，但他們不欺負我們的婦女，不受到巨大挑釁絕不殺害非戰斗人員。”

“我給松江的吳將軍一筆錢，讓他與積極組織‘常勝軍’的美國人華爾一起平分。我還向總督推薦，讓華爾當將軍。我還未見過華爾本人，但已經聽說了很多他的功績，我相信他是最勤勉、最勇猛的洋人。”

“1861年1月5日。——長毛軍大舉進軍，占領了松江地區。我軍要不惜一切代價，立即將其奪回。我已經下令，讓吳將軍和華爾立即前來，與我商討此事。‘常勝軍’已經閑散數日，也許需要我再次親自坐鎮。長時間的戰役之后，我的身體十分不適、疲憊不堪，我并不十分介意再休息幾個星期或是數月。但這些士兵休息的時候比戰斗的時候吃得更多。在行軍或是交戰的時候，他們不停地尋找食物和酒，不論如何，他們都會設法找到。但當大量的士兵無戰可戰的時候，他們會變懶，還不受管教，希望有人把食物送到他們手上。單是這一點就需要許多額外的人手來提供服務，食物的消耗也讓軍隊難以承擔。而且，閑散下來的時候他們就會考慮報酬，絲毫不會猶豫地要求更多銀子。我認為，最好的解決方法就是讓他們一直戰斗，這樣到了晚上他們會更想睡覺，而不是悄悄行動，給自己和他人帶來麻煩。”

我們找到了李鴻章于1862年12月寫下的日記。“聽說雖然有很多人嘗試，但繼任華爾總指揮職位的合適人選并未找到，這讓我十分發愁。華爾是一個精力充沛的斗士，如果他還活著，對清朝和他的個人榮譽都會大有益處。不管命令他進攻何處，他幾乎都能獲得勝利，長毛軍已經開始害怕聽到他的名字。”

“華爾死的時候我就在他身邊，在他斷氣的那一刻，我淚流滿面。他死的時候遠離家人和朋友，這讓他的死亡更加感人。雖然他已經給他所有的部下發放了報酬，作為‘常勝軍’的副總指揮，他還是有許多薪酬未領，但他死的時候并未提及，我將用這筆錢為他修建一處祠堂紀念他。”