福建撫臣南居益遣兵破走紅夷，焚其城，獻俘奏捷。其辭曰：『紅夷之睥睨彭湖自韋麻郎始，非一日矣。彼時賴良將講懾，猶能以三寸舌立功。而此番到彭湖，則酋長不止一人，番眾且以千數：筑城據勝，實懷久假之心；薦食啟疆，每作橫敵之勢。海天風雨，盡染鯨氛；閩越山川，幾成腥界。安危所系，寧惟半壁藩籬；強弱攸關，幾累靈長社稷。所幸廟靈默佑，將吏同心；共擊楫于中流，必滅此而朝食。往年中左之役，業半盡于殲俘；此日彭湖之師，遂全收夫掃蕩。壓壘而營者三閱月，固知釜有游魚；毀城而遁者十余艘，已見穴無伏鼠。稍開一面，見天地之包荒；恢復寸疆，亦山河之增壯。蓋惟皇威赫震，神武丕揚；密勿定九伐之謨，樞府佐六師之命。臣等勉承重寄，幸效微勞：銷鋒鏑于中興，愿為蒿矢；慰冕旒之南顧，敢作籧篨。謹露布以馳聞，知天顏之有喜也』（注：閩久受夷患，但向來飄泊海上、挾市搶掠，猶可追逐。惟據彭島筑城，三載以來，進退有恃；兼以彭湖風濤洶涌難戰、官兵憚涉，雖有中左之創，夷無退志。于是南撫臺力主渡彭搗巢之舉，移會漳、泉募兵買船，選委守備王夢熊諸將士開駕，于天啟四年正月初二日由吉貝突入鎮海港，且擊且筑，壘一石城為營；屢出奮攻，各有斬獲，夷退守風柜一城。是月，南院發二次策應舟師，委加銜都司顧思忠等統領至彭湖鎮海會齊；嗣是攻打無虛，而夷猶然不去。南軍門慮師老財匱，于四月內又行巡海二道親歷海上會同漳、泉二道督發第三次接應舟師；委海道孫國禎督同水標劉游擊、彭湖把總洪際元、洪應斗駕船于五月二十八日到娘媽宮前，相度夷城地勢。風柜三面臨海，惟蒔上嶼一線可通；掘斷深溝，夷舟列守。宜先攻舟、后攻城，舟不可泊，城必不能守矣；遂于六月十五誓師進攻。夷恐羈留商民內應，盡數放還。南軍門又授方略，赍火藥、火器接應，即日運火統登陸，令守備王夢熊等直趨中墩扎營，分布要害，絕其汲道、御其登岸，擊其銃城、夷舟；又令把總洪際元等移策應兵船泊鎮海營前海洋，直逼夷舟，候風水陸齊進。七月初二，夷計無復之，令夷目同通事赴鎮海營面見，求開一路；孫海道同劉游擊嚴責夷目回催速還信地，遲則攻剿無遺。初三日，我兵直逼夷城，改分兵三路齊進；而夷恐甚，牛文來律隨豎白旗，差通事同夷目至娘媽宮哀稟：牛文來律奉咬〈口留〉吧王差赍公文赴投本院，并無作歹；乞緩進師，容運糧米上船，即拆城還城。孫海道恐攻急，彼必死斗，不如先復信地后一網盡之為穩，姑許之。夷果于十三日拆起，運米下船；止東門大樓三層為舊高文律所居，尚留戀不忍。乃督王夢熊等直抵風柜，盡行拆毀；夷船十三只，俱向東番遁去。我師犄角扎營，防其復回，并議酌善后事宜。是役也，同心戮力，諸臣則有按臣喬（承詔）、左右布政游漢龍、陸完學、廉使朱身修、參政朱一馮、副使高登龍、參政孫國禎、沈珣、楊公干、副使沈萃禎、桂紹龍、胡爾慥、僉事葛寅亮、知府潘師道、同知趙紓、何舜齡、推官林棟隆、簡欽文、知縣李燦然、楊廷詔、劉斯淶、陳以瑞等，武臣則有鎮守副總兵謝弘儀、南路副總兵俞咨皋、游擊劉應龍、都僉李應山、參將陳文煬、游擊鄭嘉謨、都僉吳從質、彭湖把總洪際元、把總洪應斗、守備王夢熊、坐營張虎臣、把總陳營等：所宜分別功次升賞，以慰效力疆場者也。計解生夷十二名，酋長高文律等、酋目而論那等）（「兩朝從信錄」）。
（天啟五年四月戊寅朔），福建巡撫南居益題：『海上之民，以海為田。大者為商賈，販為東西洋，官為給引，軍國且半資之，法所不禁；烏知商艘之不之倭而之于別國也。其次則捕魚，舴艋不可以數計。雖曰禁其雙桅巨艦，編甲連坐，不許出洋遠涉；而東番諸島乃其從來采捕之所，操之急，則謂斷絕生路，有挺而走險耳。聞閩、越、三吳之人住于倭島者不知幾千百家，與倭婚媾、長子孫，名曰「唐市」。此數千百家之宗族姻識，潛與之通者實繁有徒。其往來之船名曰「唐船」，大都載漢物以市于倭，而結連萑苻，出沒洋中，官兵不得過而問焉。即兩汛戒嚴，間有緝獲；而窮海鯨窟，焉能盡殲！夫我之防倭、防通倭之奸，已若是乎不易為力矣；而又益之以紅毛夷，奸人群而附之，教倭助夷、引夷附倭。夷以所得接濟漢物，盡數賄倭；倭復以眈漢物之心，盡力助夷：而夷與倭及海中之寇合并以成負嵎之勢。我百方抽選，僅得兵若干名；彼一呼而梟獍四集，數每倍蓰。我百方挽運，糗糧莫繼，惟若不足；彼因倭、因盜，翻見有為。是以逾年相持，不能有功；非去夷之難，去倭與寇之難也。今鎮臣俞咨皋言：「泉州人李旦久在倭用事，旦所親許心素今在系。誠質心素子，使心素往諭旦立功贖罪；旦為我用，夷勢孤，可圖也」。臣因進巡海道參政孫國禎再四商榷，遂聽其所為；而倭船果稍引去，寇盜皆鳥散，夷子立寡援。及大兵甫臨，棄城遁矣。先臣胡宗憲之間王直于倭，率是道也。近據諜者言紅夷消息，尚泊數船于東番，將有事于呂宋。夫呂宋，我之
屬國；今商民乘春水赴之者甚眾；遭于洋，必無幸矣：可虞者一。東番，倭寇之藪。今雖暫異于夷，久之啖夷利，勢將復合。小則劫洋、大則要市，滋蔓難圖：可虞者二。即亡論紅夷，東番之寇率倚倭陸梁，附于夷固為我患，不附夷亦自能為我患。臣密問鎮臣：「若能使夷、寇相殘，我收漁人之利乎」？鎮臣曰：「唯，唯；且將圖之」。惟是海上人多口，不達「用夷攻夷」之旨，謂我為生事于倭也、謂借資于寇也。非藉廟謨發縱，嫌于自用；倘有黨奸之人出蜚語惑亂視聽，何以自白。念業有明效，何可不使終其緒。伏乞敕部復議，亟令鎮臣乘機會益復廣行間諜，俾得操縱如意，不為旁議所搖；庶幾制倭、夷于掌股之上 ，而東南半壁悉有嘉賴矣』。疏下兵部。
（己丑），巡撫福建南居益條陳彭湖善后事宜：一議彭湖添設路將，一議戍守中左，一議增兵，一議增餉，一議建城池、營舍，一議屯田，一議墩臺，一議用人，一議內地防御。章下所司。
（癸卯），總督兩廣何士晉疏報：『濠鏡澳夷邇來盤據，披猖一時；文武各官決策防御。今內奸絕濟，外夷畏服，愿自毀其城，止留海濱一面以御紅夷』。章下兵部。
（五月己酉），升太仆寺少卿朱欽相為都察院右僉都御史，巡撫福建地方。
（六月壬午），浙江官兵擒滅海寇，撫臣王洽奏捷言：『三月二十二日，外洋有大伙劫賊，偽用「寬和」年號元帥、將軍等旗幟，自稱紅夷「第一哨」，連〈舟宗〉入犯。幸將士用命，鼓勇爭先，一戰而勝；當將賊船燒毀一只、犁沈二只，斬級一十三顆，擒獲二十八人。紅夷諸賊赴水溺死，奪獲偽幟、偽印、火器、倭刀、盔甲等項一百余件；余賊遠遯，海氛頓息』。
下該部。
甲申，命鑄協守副總兵轄管泉南、彭湖二游擊及彭湖新設游擊關防。
（九月丁卯），戶部題覆福建新舊關稅凡十二處以添設紅夷兵餉——從撫臣南居益請也。
（十二月壬午），琉球國中山王世子尚豐遣官赍捧謝恩表文、入貢方物，請乞封典。下所司。
（天啟六年四月辛巳），巡按浙江御史劉之待題：『海寇林七老等糾合紅夷，偽稱王號，揚帆海面，御貨殺商；該撫、按親詣督飭道將率官兵賈勇攻剿，殄厥渠魁；救被擄者，悉令生還。宜論功升賞。陣亡、被傷軍士，乞酌量優恤』。章下所司 。
（五月丙午），巡撫福建朱欽相疏言：『遵旨將前新設欽依中軍千、把總等官盡行裁革，改用名色；總計每年減丁廩銀二千二百一兩有奇，解助大工』。報聞。
（戊申），福建巡撫朱欽相言：『該省西庫貯銀三十七萬（兩），除剿夷開除外，尚有實銀一十九萬三千余兩』。上命盡數解進，不必存留。
（七月丁亥），命工部催解福建存積銀兩以助大工。初，福建布政司西庫貯銀三十七萬兩，備防海之用；以紅夷發難，調兵增餉動支開銷十七萬兩，尚存二十萬兩。布政使沈演以聞，上即命解進。尋以解官劉日珩遷延未到，傳諭趣之。
（九月丙子），巡撫福建右僉都御史朱欽相言：『近奉明旨，停止榷稅；此浩蕩皇仁，臣子敢不仰體。惟是閩中稅分新舊，海澄洋稅與福州稅課司從來額征以給兵餉。且彭湖向為紅夷竊據，今筑城增兵，遠海長戍，儼然一重鎮，兵不可撤；則舍洋稅，餉無所出。相應仍遵前旨，以濟急需。若閩安、竹崎等關，則萬歷年間新開之稅也；新稅已停，無容再議。但未奉旨之先，已收過閩安等稅四千余金；倘留抵新餉，固出特恩。若以大工浩煩，仍當解助；非臣所敢妄覬也』。得旨：『海澄洋稅與福州稅課司從來額征以給兵餉，準照舊行，不得與新稅同免。其收過閩安等稅銀四千余兩，仍著解進以助大工』。
（十月丁卯），升山東布政使司右布政使朱一馮為都察院右僉都御史，巡撫福建地方。
（十一月）丁丑，兵部尚書馮嘉會覆「福建巡撫右僉都御史朱欽相疏」言：『福建新設旗鼓中軍備、總共二十七員，今奉明旨裁革。然武弁之用欽依，所以通武弁之窮、亦以塞僥幸之竇，以用人之權歸之朝廷也。除巡視海道中軍等缺聽該撫選委名色外，查泉州新舊營等缺，括其兵數、衡以地險，仍當照舊用欽依。見任者照舊管事，咨回著復原任』。從之。
戊戌，先是，閩中自紅夷發難后，奸民隨處生心，招徒結黨，稱王稱國；而楊六、蔡三、鍾六等擁眾海上幾數千人，楊六尤桀黠稱雄。福建巡撫朱欽相檄總兵俞咨皋會兵進剿，賊稍稍遁入東粵；督臣商周祚亦大發舟師，南北夾擊，賊始窮促。于是蔡三走日本，鍾六為楊六并殺，亦屏息東番；楊六遂率其黨三千余人、大小戰船七十二只，詣俞咨皋乞降；遣指揮王應選宣諭，一時歸農者二千人，楊六等愿剿賊自效。撫臣朱欽相以聞，兼敘總兵俞咨皋等將士之功。兵部尚書馮嘉會因言：『閩昔患夷，今乃患寇。昔患賊與賊合，今患賊與民合、且與兵合。何以言之？內地奸宄，窟海為生；始而勾引，既而接濟，甚至代為輸轉：所謂「賊與民合」者此也。自紅夷已靖，閩以乏餉故，盡撤新兵。凡新兵皆市井亡命，狗吠而雞鳴者；一隸行伍，心膽益粗。撤之使去，去將安適？計有浮梁剽掠而已。其與我兵向皆熟識，以其類群間同貓鼠：所謂「賊與兵合」者此也。夫御海賊與御陸賊異，御今日海賊又與御昔（日）海賊異。閩北自沙埕、南達南澳，上下幾二千里。其人皆沿海而居，煙火相連、市鎮互錯，賊無時無處不可焚掠。而我以數千兵碁置其間，疏若晨星，難顧首尾；即欲合兵夾擊，而彼已揚帆于窮島絕嶼之外。非若平原峻嶺，其來有路、其去有方，可以設伏據險而取也：所謂「御海賊與（御）陸賊異」者此也。閩負山阻海，地瘠民貧；田園甚稀，額征有數。往時藩司貯有備倭銀兩數十萬以防不虞，日者紅夷闌入，支費近半。舊藩臣沈演復以其余貯盡數入告助工，而藩庫中無復有錙誅之遺矣；公私告匱，行伍從何充實？器械從何置辦？船只從何增添？所謂「御今日海賊與昔日海賊異」者此也。今該撫、鎮諸臣能使賊楊六等俛首革面，率眾就撫；我且因而用之，分別列營，使貪使詐，計莫便焉。然必嚴為令曰：「若輩能殺賊自效，當貸若死；功多者為請于朝，敘賚有差。其有抗違及騷擾者，治如法」。如此則鎮臣之威靈，真足以制服諸賊；而為封疆、為桑梓之念，亦實足取信天下矣』。得旨：『這就撫海寇散者解網貸罪、用者懸格待功，如議行。余黨縱橫，還嚴行申飭。但能使民不與寇合、寇不與兵合，即是防御之略；不得茍且塞責』。
（天啟七年三月）丁丑，浙江巡撫潘汝禎言：『閩、浙比鄰，忽有閩人王清等駕巨舟，稱閩省義民，聯〈舟宗〉越境；恐其假托橫行，防賊者即自為賊。伏乞申嚴海禁』！得旨：『浙、閩俱瀕海鄰倭，向慮奸民勾引，各厲禁船只不許往來。突有王清統率多船入境，停泊行使；是否剿賊？是否奉閩撫明文？既經該撫移咨閩中查究外，以后還著各遵舊禁，嚴緝彼此境上流突，以絕地方奸利之民勾倭生端』。
（八月甲午朔），升都司僉書管湖廣洞庭守備事劉承胤為福建彭湖游擊將軍。
癸丑，巡撫福建朱一馮言：『年來海上嘯聚，如薩子馬、鍾六老眈伺境外者無論，在福屬則有朱屎老所在流突以至蔡三老向為中路所逐，未幾，二年復歸順。鎮東大小址、草嶼之間，以賊船報警。今所在擒斬累累，計蕩〈酋咸〉匪朝伊夕。所慮者，劇賊鄭芝龍與酉二老也。日者中左、銅山、漳浦、詔安等處所在告急，臣檄募澳民為奇兵，而舟楫未備，不能飛渡也；檄練鄉兵，而室廬自保，不能遠赴也；檄沿海營兵、省城營兵及標下親兵應援，而聞警東馳、賊復西騖，疲于奔命。臣一身策應，四面支撐；蓋受事三月而屢九回百結者，不啻歲余矣。且天下止有「恨賊、畏賊」之人心，而閩中獨有「德賊、附賊」之眾志。計一大創之，非厚集師武力不可。而閩庫無一镮之積，臣暫那藩司錢糧以應；而錢糧自有正項，那借將何償還！臣固不能數乞貸于該司，而道將又不能不責辦于臣。其責辦于臣者，如債家之征通，纔有不應，誤事之虞立至；而臣乞貸于該司者，如寠人之抱券，前尚未償，指囷之口難開。閩省錢糧額數原少，如京、邊以及加派遼餉、助工等項，臣何敢輒請！而雜派各項銀兩，輸之度支，不過九牛之一毛；而留之本省，便是涸鮒之斗水。伏乞皇上軫念海邦，俯捐遺秉滯穗，使臣得為數米之炊而不至為無米之炊。若此區區者而并靳之，則不如索臣于枯魚之肆，而閩事去矣。抑賊所掠金錢滿載，遇諸生則饋以贐，遇貧民則給以錢；重償以招接濟，厚糈以餌間諜：使鬼通神，人人樂為之用。此時雖得十數萬金錢造巨艦、鑄大銃、募死士、益精兵，猶恐勝敗之數，我與賊共之。而臣以措大之錙誅、敵御貨之泥沙，不待舳艫相接，而賊已揶揄臣之襟捉肘露，以為無如彼何矣』！得旨：『閩省劇寇縱橫，若不大加掃蕩，后將何極！覽奏，具見該撫滅賊固圉之意。所請錢糧系京、邊及遼餉、助工等項干系上供，的不得那動。其雜派各項銀兩，準留該省聽用動支為剿賊之費。事平之日，造冊核銷。此事養廱已久，該撫用心剿除，務期海氛盡掃，以稱朕懷』。