先是鳳山既陷，官兵鎗炮器械，盡為賊有，賊益橫。邀結(jié)北路大武隴、南仔仙賊目許尚謀寇郡城，又告捷于林爽文。于是三路賊眾皆合。常青患之，亟令道府浚溝濠，修城柵，獎勵義民以備不虞。
三月辛卯（二十三日），莊大田犯郡城小西門，桶盤棧官兵御之，退屯上中洲。壬辰（二十四日），賊目陳靈光、謝檜率眾焚郡城東路新化里，掠竹篙厝，逼草店尾。乙未（二十七日），大武隴賊目許尚、陳聘率眾犯小北門、柴頭港，退屯洲仔尾。是日，林爽文遣其弟林永率眾千人至大穆降。郡城戒嚴。莊大田大喜。克期攻郡城，遣信告林永；林永許諾。于是遍戒眾賊目，皆曰『敬受令』。乙未（二十七日），莊大田攻桶盤棧，別遣其黨莊錫舍攻小南門，謝檜、陳建平攻草店尾，又分眾攻大東門，林水攻大北門，許尚、陳聘攻柴頭港，又分眾攻大北門。當是時，南北賊眾會合，號稱十萬。
總督常青聞賊至，命游擊蔡攀龍固守桶盤棧，游擊邱維揚、守備黃象新固守柴頭港，守備曾紹龍固守草店尾，而自佩弓弩赴大東門督戰(zhàn)。仍令守備王天植守小東門，參將那穆素里保護春牛埔城腳，都司羅光照守小南門，參將宋鼎、左淵等防守大、小北門。齊集義民萬人出城助戰(zhàn)。
賊人環(huán)攻官兵，自黎明至日午，戰(zhàn)益力。官兵鎗炮齊發(fā)，賊旋退復(fù)進。游擊蔡攀龍防守桶盤棧，與賊戰(zhàn)，賊兵東移，蔡攀龍亦引兵東；賊圍之，左右馳突不能脫，所乘馬被創(chuàng)倒地，徒步更戰(zhàn)。常青在城上見之，令參將特克什布馳兵往救，蔡攀龍亦引兵回擊，圍始解；把總余典、王澤高戰(zhàn)死，兵丁死者一百余人。賊目謝檜等又壓小東門城腳縱火，守備王天植急擊救滅。維時義民將萬人，見官兵與賊戰(zhàn)竟日，賊不退，饑疲無人色，皆退入城，城中大擾亂，謂賊已破城，皆逃至海口。無何，賊目莊錫舍投戈請降，單身入城見常青。常青大喜，立予錫舍六品頂帶，賞銀二百兩，仍令錫舍出城擊賊立功。莊大田戰(zhàn)正酣，聞錫舍降，大駭，恐變生，急收眾回南潭。林永、謝檜、許尚等聞莊大田退，亦解去。
莊錫舍，晉江人，渡海家鳳山縣埤頭莊。林爽文倡亂，莊大田糾漳人，莊錫舍糾泉人，其勢相埒。繼而共推大田為主，凡號令皆大田出，錫舍已不能平。自再破鳳山，錫舍力居多，益負功不相下。錫舍有親屬充臺灣道吏，通信往來不絕，大田疑之，使人諷錫舍以所隸泉人歸大田，而以漳人歸錫舍。錫舍益恚。臺灣道永福聞其相猜忌也，囑其親屬以書招降。錫舍諾。至是果降。
莊大田既退，錫舍請赴南路竹滬招集義民，絕大田歸路。常青猶豫未許，知府楊廷樺力保其無二心，乃從之去。
四月戊戌朔，大武隴賊許尚等再攻柴頭港，游擊邱維揚御之，維揚中飛炮死，賊亦敗退。于是眾賊皆知郡城有備，終不可破矣。
初，總督李侍堯至泉州，因官兵勢分力弱，賊勢浸浸日盛，而常青先渡臺灣，惟帶兵五十人，兵力又不足辦賊，即移會兩廣總督孫士毅，密挑健兵四千備征調(diào)。于是孫士毅調(diào)廣東南澳、澄海、海門、平海水師兵二千名，選參將趙勇、廖光宇、都司麥瑞、殷佐良、守備林世春、千總、把總二十五員領(lǐng)之；調(diào)督標、提標香山、碣石、肇慶陸路兵二千名，選副將貴林、官福、謝廷選、游擊雙德、李文升、許廷進、都司王雄、蕭應(yīng)德、杭富、曾燁、劉振唐、守備盧振雄、楊拜揚、嚴文奎、虎彪來、成基、陳上高、千總、把總十六員領(lǐng)之。皆至潮州聽命。而南澳鎮(zhèn)總兵陸廷柱先任臺灣總兵，自請行。孫士毅許之。至是常青請兵信至，總督李侍堯即以所備廣東兵檄陸廷柱管帶徑渡。又咨浙江巡撫瑯玕、提督陳大用調(diào)溫州、黃巖兵三千名，以符常青所請兵七千之數(shù)。
無何，詔授湖廣總督常青為將軍，福州將軍恒瑞、陸路提督藍元枚為參贊大臣領(lǐng)兵渡海。又命廣東高廉鎮(zhèn)總兵梁朝桂馳往軍前，與陸廷柱分領(lǐng)粵兵。又詔總督李侍堯親至廈門、蚶江照料軍行。于是參贊恒瑞、協(xié)領(lǐng)豐申布、海興阿、色普興額、防御札克丹、奇成額、佐領(lǐng)札魯永文、伊爾哈圖等，帶領(lǐng)驍騎校前鋒領(lǐng)催甲兵一千余人至廈門渡鹿耳門。浙江溫州總兵魏大斌、副將詹殿擢、游擊董秉燦、千總、把總十一員，兵一千名，亦至廈門渡鹿耳門。又分遣游擊裴起鰲、都司田智、守備丁士偉、魏際隆、千總、把總二十四員，兵二千人至蚶江，隨參贊藍元枚渡鹿仔港。
初，莊大田圍府城急，常青日夜督將士堵御。見將士不足恃，并疏請侍衛(wèi)巴圖魯八員到軍前領(lǐng)兵。維時颶臺大作，自三月以來，幾二旬不得內(nèi)地文報。常青盼望援兵，至廢寢食。四月丁巳（二十日），詔至臺灣，常青拜受將軍之命。又聞恒瑞、藍元枚授參贊，領(lǐng)大兵將至，心乃安。而廣東先調(diào)兵四千已連檣并至矣。兵勢大振。
有旨治失陷鳳山之罪，殛郝壯猷于臺灣市。參將那穆素里以下逃回各官，悉革職留軍前效力。總兵柴大紀、普吉保戴罪圖功，以責后效。
初，常青檄總兵柴大紀合鹿港官兵攻斗六門，通南北道路。柴大紀不可，辭曰：『諸羅見兵不過千余，今棄縣城率兵輕進，賊人必乘虛攻縣。縣城萬有一失，其誰任此咎？某以為應(yīng)分兵三路：一從他里霧出虎尾溪至大里杙；一從大埔林出斗六門向東，由石榴班、水沙連至南投；再令普總兵由鹿港出東西螺至石榴班合兵。三路并進，賊應(yīng)接不暇，乃可圖也。然諸羅兵單，惟將軍亟發(fā)兵助之』。常青以大紀言告臺灣道府，皆曰：『宜如柴總兵言。』四月壬子（十五日），參將潘韜、守備曾紹龍、黃象新帶水師金門兵一千一百人往諸羅，從柴大紀之請也。癸丑（十六日），師次木柵，道阻，改由鹿耳門覓海船取道笨港至諸羅縣。
維時諸羅南至府城，北至鹿港，賊巢數(shù)十，時出劫掠。柴大紀患之。命孫朝亮帶兵一百人駐笨港，蔡朝頒帶兵二百人駐麻豆。笨港在縣東北二十里，上達鹿港；而麻豆則縣南府北適中之要隘也。
柴大紀接將軍常青檄促進兵，上書曰：『四月十二日，有從賊兵丁林盛、許高升詭赴軍前投到，某訊得其實，即問林爽文所在。據(jù)云：林爽文現(xiàn)在牛稠山，與軍師董喜謀約南路賊攻諸羅。某若領(lǐng)大兵北指，賊人聞風必竄歸，捕之益難為力。不若速飭普總兵帶鹿港之師前來會合，絕賊人歸路。若首逆就擒，則余匪不攻自散矣。又諸羅之南，賊匪阻絕糧道，把總蔡朝頒現(xiàn)屯麻豆，而兵單恐為賊乘，亦望將軍發(fā)兵五、六百人赴麻豆協(xié)剿，使諸羅、府城道路常通、緩急可恃，實為目前急務(wù)』。常青得書，飛檄總兵普吉保帶鹿港大兵至諸羅，與柴大紀合兵擒逆首，而仍檄革職守備黃喬救麻豆。
四月庚申（二十三日），黃喬帶鳳山潰兵三百名至大溪墘，賊眾聞之，自大武隴南下?lián)涔俦俦荒苓M。有蕭壟、麻豆各莊鄉(xiāng)民聞官兵為賊阻，合眾出拒賊。賊退。官兵既至麻豆，賊益橫。黃喬不能守，屢書告急。常青檄總兵柴大紀就近援之。柴大紀遣游擊楊起麟、李隆、守備黃象新帶兵八百人，并鹿仔草、鹽水港、下加冬、哆啰嘓各鄉(xiāng)義民隨往救麻豆。五月丁丑（十一日），楊起麟等至鹽水港，而麻豆已失守矣。
先是黃喬等偵知賊人將來犯，先領(lǐng)官兵、義民出莊西拒賊。賊忽從莊中出攻官兵。官兵驚潰，黃喬走回府城。千總盧思聰、外委姚登皆死之。戊寅（十二日），楊起麟等率師至麻豆，賊力拒官兵。官兵擊賊，死亦數(shù)十人。既聞黃喬兵已潰散，麻豆莊民多與賊通，復(fù)聞有賊二千人自糞箕湖出擾鹽水港，乃旋師。
游擊楊起麟等領(lǐng)兵至鹽水港，將回諸羅，佳里興巡檢邵宗堯因麻豆失守，賊人圖鹽水港益亟，稟請留師駐港中。柴大紀從之。由是鹽水港始為重鎮(zhèn)矣。
黃喬發(fā)郡城之先一日，常青檄令總兵普吉保發(fā)兵會剿林爽文。普吉保遲疑不決。常青又連檄促之。不得已始領(lǐng)兵三千人南下。五月丁卯朔，至土庫。柴大紀后至，普吉保大怒，謂柴大紀失期約。維時林爽文聞官兵至，亦自牛稠山回大里杙。普吉保既詢知林爽文已去，益怒，謂為柴大紀所賣，爭執(zhí)不已，各令師馳歸。署鹿港同知黃嘉訓(xùn)密稟常青曰：『普總?cè)钟谒脑露呷张d師，迂途繞道，由二林沿海而行，致賊人聞信先回大里杙。普總?cè)钟谖逶鲁跻蝗赵谕翈斓胤脚c柴總?cè)謺希庖姴煌Z言搶白，悻悻而散。初六日領(lǐng)兵仍回鹿港，沿途經(jīng)過村莊，攀留大兵者充途塞道，乃徑行不顧，決意回港。是行也，不見一賊，不折一矢，而職等承辦人夫車仗，費帑至三千余兩，僅供兩總?cè)忠粓隹诮恰Ｗ猿醢巳找詠恚湛側(cè)纸?jīng)過地方，溪墘厝、二林、貓仔千等處，賊人焚毀略盡，傷亡鄉(xiāng)勇數(shù)百人，又不發(fā)兵救應(yīng)，致離港二十里外盡為賊有，警息一日數(shù)聞，民心惶懼，無不唾罵』！常青聞之，駭愕，移檄切責之，普吉保亦抗書自辨，不伏罪。而諸羅北路阻絕，實自此始矣。
當是時，常青意在先靖南路，屢遣人偵莊大田所在。
先是莊錫舍既投誠歸鳳山，為莊大田所得，大田欲誅之。其黨許光來等皆泉人，為錫舍左袒，言『錫舍實無降意，為人罣誤，今既歸，不宜自傷羽翼，快敵人心』。大田亦以泉人多，恐殺錫舍，人心變。因留錫舍居左右，每行與偕。錫舍請自效，皆不許。頃之，林爽文寇諸羅，乞眾于大田。大田遣陳靈光、張基光等率眾往助爽文，自與錫舍居南潭。錫舍乘機遣心腹赴埤頭取家屬，由海道抵郡，而別遣人密報常青，言大田在南潭，眾賊皆赴北路，宜乘其無備取之。
五月戊寅（十二日），常青督將士三千人親赴南潭，莊大田聞風先遁。常青擒番婦金娘、賊目林紅以歸。金娘，下淡水番婦，習符咒，為人治病。莊錫舍攻鳳山時，請為軍師，臨陣令其誦符咒祈神佑，軍中皆稱曰「仙姑」。鳳山破，皆推仙姑之功。林爽文偽封一品柱國夫人。林紅者，無他技能，與番婦私，每迎敵，隨番婦左右而已。莊錫舍既投誠，番婦歸大田。是時大田遁走，錫舍誘之同行，遂擒之以獻常青，檻送京師，伏法。
五月乙酉（十九日），參贊恒瑞至臺灣，總兵梁朝桂、魏大斌等亦先后至。大兵齊集，常青將興師，因賊勢蔓延，大張文告，曉諭百姓曰：『林爽文罪孽滔天，莊大田同惡相濟。本將軍奉命督師，掃除元惡。憐爾無辜百姓，受其誑惑。凡茲脅從，咸與惟新。有能倒戈效順者，概原不問。或能擒獻渠兇，更當宥罪論賞』。
五月辛巳（十五日），將軍常青、參贊恒瑞以總兵梁朝桂、魏大斌為前鋒，副將謝廷選、蔡攀龍為左右翼，副將官福貴林、參將特克什布為翼長，投誠賊目莊錫舍為響導(dǎo)，統(tǒng)領(lǐng)福州駐防協(xié)領(lǐng)、佐領(lǐng)、驍騎校、并福建、廣東、浙江、綠營將弁四百三十七員，滿漢征兵五千五百人，出大北門較場，登壇誓師，殺賊目高番祭纛啟行。聞賊目莊大田屯南潭，遣總兵梁朝桂往捕，不利。大兵屯關(guān)帝廳，會日暮，營壘未立，將士露宿。夜半，軍中驚擾，達旦乃定。壬午（十六日），遣莊錫舍往探賊情，久之，言賊目莊大田聞大兵至，先糾集大武隴賊目許尚、陳聘、本縣莊、布袋尾賊目謝檜、陳靈光等，率眾數(shù)千人，在南潭掘濠樹柵，阻我?guī)煛Ｕ堃源蟊Ω爸９锼龋ǘ呷眨Ｇ唷⒑闳鹣煿ツ咸丁Ｙ\出三路迎敵，官兵退據(jù)嵌頂。賊亦退。守備林士春率眾逐賊，賊逼之，官兵不能救。守備林士春、千總謝元、把總劉茂貴、外委盧鳳皆戰(zhàn)死，陣亡兵丁數(shù)十人。于是常青、恒瑞飛章以聞，再請?zhí)碚{(diào)大兵萬人，以資剿捕。而賊人知官兵惟在自守，益往來大武隴、南潭，不復(fù)有所忌憚矣。
常青出札關(guān)帝廳之日，參贊藍元枚與賊戰(zhàn)于田中央，敗績。五月乙亥（初九日），藍元枚統(tǒng)領(lǐng)浙江兵二千名至鹿港，謂普吉保曰：『賊自猖獗以來，歷七月余，屢經(jīng)官兵剿捕，而賊益肆，非與賊決一死戰(zhàn)，何以完事』？辛巳（十五日），藍元枚檄普吉保領(lǐng)游擊海亮、都司陳邦光、守備丁士偉率兵千人防八卦山，派守備張奉廷率兵三百人防大肚溪。藍元枚自率游擊琢靈阿、穆騰額、守備唐昌宗、潘國材，直抵柴坑仔。行至彰化縣北門，賊目陳泮、林琴率眾張左右翼迎官兵。賊皆赤體或襤褸被身。藍元枚易之，命勿施鎗炮，曰：『此等皆難民，為賊脅從耳』。令前騎招之降，無應(yīng)者。須臾，賊擁至，短兵接，賊益增。藍元枚令穆騰額、唐昌宗當其左，自率琢靈阿、潘國材當其右。時雨后溝圳水皆滿，賊人赤足。泥濘中往來如飛，而官兵徒涉或蹶躓。唐昌宗率把總羅洪燦、外委潘健、吉兆等大呼犯溪流直沖賊中堅，賊皆披靡。使后騎招穆騰額以兵接應(yīng)，穆騰額遲疑不肯前。會藍元枚見賊勢盛，收兵回營。穆騰額亦馳歸。賊人知援師不繼，更率眾逼官兵。唐昌宗揮刀奮擊，不能脫。賊人用鉤鐮鉤其足仆地，亂攢之死。千總魏際榮、把總羅洪燦、外委潘建、吉兆。兵丁一百余人，皆死之。于是藍元枚知賊勢猖獗，非現(xiàn)兵所能辦，亦飛章請?zhí)肀骱髨D矣。
當是時，南北賊眾益輕官兵，肆焚掠。鄉(xiāng)民知官兵不足恃，從賊者亦日眾。而諸羅當南北道路之中，賊擾尤甚。
初，莊大田寇郡城，使人說林爽文合力。林爽文將從之。其黨董喜不可，曰：『我往攻郡城，柴大紀必躡我之后，且或乘虛搗我巢穴。巢穴一失，大事去矣。今用兵當自諸羅始』。林爽文然之，而諸羅始無寧日矣。