夫史為記事之書，事萬變而不齊，史文屈曲，而適如其事，則必因事命篇，不為常例所拘，而后能起訖自如，無一言之或遺而或溢也。……或考典章制作，或敘人事終始，或究一人之行，或合同類之事，或錄一時之言，或著一代之文，因事命篇，以緯本紀，則較之左氏之翼經，可無局于年月后先之累，較之遷史之分列，可無歧出互見之煩，文省而事益加明，例簡而義益加精，豈非文質之適宜，古今之中道歟 至于人名事類，合于本末之中，難于稽檢，則別編為表，以經緯之，天象、地形、輿服、儀器，非可本末該之，且亦難以文字著者，則繪為圖以表明之，蓋通《尚書》、《春秋》之本原，而拯馬《史》、班《書》之流弊，其道莫過于此（《書教下》）。
章氏此論，合于近世新史之體例，前已論之；又以因事命題之法，有時而窮，佐之以圖表，其于史學，可謂極盡研幾之能事矣。章氏又引申自注之法，以撰別錄，以極因事命篇之用。其說云：
史以紀事者也，事同而人隔其篇，猶編年之史，事同而年異其卷也。左氏年次正文，忽入詳具某年之句，人知無是理也。馬、班紀傳正文，遽曰詳具某人之傳，何以異乎。然杜氏之治《左》也，于事之先見者，注曰為某年某事張本，于事之后出者，注曰事見某公某年，乃知子注不入正文，則屬辭既無捍格，而核事又易周詳，斯無憾矣?！o傳紀年，區分類別，皆期于事有當而已矣。今于紀傳之史，取其事見某傳互見某篇之類，以其紊入正文，隔閡屬辭義例，因而改為子注，洵足正史例矣，而于史之得以稱事而無憾，猶未盡也。一朝大事，不過數端，紀傳名篇，動逾數十，不特傳文互涉，抑且表、志、載記無不牽連，逐篇散注，不過便人隨事依檢，至于大綱要領，觀者茫然，故于紀傳之史，必當標舉事目，大書為綱，而子紀、志、表、傳與事連者，各于其類附注篇目于下，定著別錄一類，冠于全書之首，俾覽者如振衣之得領，張網之挈綱，治紀傳之要義，未有加于此者也（《史篇別錄例議》）。
別錄之法，非僅用于紀傳已也，亦可用之于編年。其說云：
今為編年，而作別錄，則如每帝紀年之首，著其后妃、皇子、宗室、勛戚、將相、節鎮、卿尹、臺諫、侍從、郡縣守令之屬，區別其名，注其見于某年為始，某年為終，是亦編年之中，可尋列傳之規模也。其大制作、大典禮、大刑獄、大經營，亦可因事定名，區分品目，注其終始年月，是又編年之中，可尋書志之矩則也。至于兩國聘盟爭戰，亦可約舉年月，系事隸名，是又于編年之中，可尋表歷之大端也。如有其事其人，不以一帝為終始者，則于其始見也，注其終詳某帝，于其終見也，注其始詳某帝可也。其有更歷數朝，仿其意而推之可也（同上）。
蓋章氏論史，嘗稱自注之善，謂使自注之例得行，則因援引所及，而得存先世藏書之大概，因以校正藝文著錄之得失，是亦史法之一助（史注），此說誠為至當不易。宋代二李（李燾、李心傳）所撰之史，其自注之可貴，尤逾于本文，即其證也。惟其所謂別錄，雖視《通鑒目錄舉要歷》為加密，然亦僅為索引之一種，須附本書而行，不能自成一史，上較袁樞，尚恐未逮。若夫以事為綱，經緯詳明，可備古今之要刪者，其即近人所稱之通史、別史乎。
漢儒謂《春秋》有大義數十，炳如日星，吾昧于經學家法，不敢妄有論列，惟如章氏之所闡明，實有嗷曒然不可磨滅之處，而所闡明者，厥為史之義例，蓋善于用綜，以歸納法而得之者也。章氏嘗謂胡太學虔，于襞積編纂之功，比小子為縝密，而小子于論撰裁斷，亦較胡君為長，不特取材互省功力，即成書亦互資長技（《上朱大司馬書》），可謂知己知彼矣。蓋以章氏比于劉知幾，一則以揚榷利病為先，一則惟闡明義例是務，惟以揚榷利病為先，故詳于批評，亦兼及體要，惟以闡明義例是務，故挈其綱領，而略于節目，試以經學家之派別喻之，劉氏如治古文學，正文字，明訓詁，究名物器數，而微言大義，即寓乎其中，韋氏如治今文學，惟宣究微言大義之是務，而以文字訓詁、名物器數之瑣細者，為不足措意焉，此則二氏之辨也。
《文史通義》始撰于乾隆三十六七年之間，其《候朱春浦書》所云，出都以來，頗事著述，斟酌藝林，作為《文史通義》，是也（按章厭于三十六年十月出都）。其后續有所作，以迄于卒，如《浙東學術》一篇，系作于嘉慶五年庚申（是年所撰之文總題曰《庚申雜訂》），即章氏卒前一年也。章氏于病篤時，以著述全稿，屬蕭山王宗炎（字穀塍）編定，宗炎旋寫定一目，未及付刊而卒，章氏之次子華紱先勘定《文史通義》《內篇》五卷，《外篇》三卷，并《校讎通義》三卷，初刊于道光十二年（壬辰），于王氏舊目頗有更定，即今之通行本也。茲考內外兩篇，各為六十一，《外篇》所載，悉論方志之作，后已別署為《方志略》，《內篇》之純論史學者，不過《史德》、《史釋》、《史注》、《傳記》、《釋通》、《申鄭》、《答客問》（凡三篇）九篇而已。卷一凡十一篇，專明六經皆史之義，其余皆文史兼論，其意以為史須載之以文，離文不足以言史也。惟其中又有泛論學術者，如《朱陸》、《浙東學術》二篇是也；有專論文學者，如《文德》、《文理》、《古文公式》、《古文十弊》諸篇是也；然論史之旨，亦以寓焉，其命名《文史通義》，亦以此也?！缎Ｗ囃x》撰于乾隆四十四年，初為四卷，后二年游汴，遇盜失去，幸前三卷有友人鈔存本可據（據《酉冬戌春志馀草》），此即初刊本所據也。
其后有《文史通義補編》、《章實齋文集鈔》，散見各叢書中，一九二一年，浙江圖書館始將所藏鈔本《章氏遺書》十八冊，編為二十四卷，排印行世，然猶未備。是年吳興劉承幹亦匯刊《章氏遺書》三十卷，《外篇》十八卷，其所收者，除兩《通義》外，有《方志略》、《文集》、《外集》、《湖北通志檢存稿》及《未成稿》，又以《信摭》、《乙卯箚記》、《丙辰箚記》、《知非日札》、《閱書隨箚》五種，附以《永清縣志》、《和州志》及補遺、附錄、校記，是為《外編》；后又取其《紀元經緯考續》為《外編》之第十九、二十兩卷，章氏遺著，大略具是，非浙本之比矣。茲考其編次之法，大抵依王宗炎所編舊目，而又為之變通，如改《文史通義》《內篇》為六卷，原刊本《外篇》之論方志者，多具于《方志略》及《永清》、《和州》兩志，無事復載，故取諸論文史之散篇，別編為《外篇》三卷，又原刊《校讎通義》無《外篇》，乃取諸論校讎之散篇，編為一卷，核以浙本，蓋用王氏舊目也。又《文史通義》《內篇》文字，與原刊本多所異同，而篇目亦有增并 ，所可考者，大略如此。
章氏所一意經營者，厥惟《史籍考》一書，其書始功于乾隆五十三年，時居湖廣總督畢沅幕中，初為撰《論修史籍考要例》一文，未幾開局纂修，實由章氏主持其事，而洪亮吉、凌廷堪、武億等亦與其役，中間因別撰《湖北通志》，未得專力于此，迨五十八年畢氏失職，章氏亦去湖北，然是時已程功十之八九矣 。然此書實代畢沅而作，執筆者亦非一人。及畢氏歿，稿已散失大半，章氏乃就其家收拾殘叢，欲以獨力續成之。嘉慶三年居杭州，藉謝啟昆之力，乃得著手補修，并為重訂凡例，遺書中所載《史考凡例》是也。茲錄其總目如下：
《史籍考》總目
制書 二卷。
紀傳部 正史十四卷，國史五卷，史稿二卷。
編年部 通史七卷，斷代四卷，記注五卷，圖表三卷。
史學部 考訂一卷，義例一卷，評論一卷，蒙求一卷。
稗史部 雜史十九卷，霸國三卷。
星歷部 天文二卷，歷律六卷，五行二卷，時令二卷。
譜牒部 專家二十六卷，總類二卷，年譜三卷，別譜三卷。
地理部 總載五卷，分載十七卷，方志十六卷，水道三卷，外裔四卷。
故事部 訓典四卷，章奏二十一卷，典要三卷，吏書二卷，戶書七卷，禮書二十三卷，兵書三卷，刑書七卷，工書四卷，官曹三卷。
目錄部 總目三卷，經史一卷，詩文（即文史）五卷，圖書五卷，金石五卷，叢書三卷，釋道一卷。
傳記部 記事五卷，雜事十二卷，類考十三卷，法鑒三卷，言行三卷，人物五卷，別傳六卷，內行三卷，名姓二卷，譜錄六卷。
小說部 瑣語二卷，異聞四卷。
共三百二十五卷 。
考史籍之分類，應以阮《錄》 《隋志》為祖。劉知幾則謂：偏記小說自成一家，能與正史參行。爰及近古，斯道漸煩，史氏流別，殊途并騖。榷而為論，其流有十：一曰偏記、二曰小錄、三曰逸事、四曰瑣言、五曰郡書、六曰家史、七曰別傳、八曰雜記、九曰地理書、十曰都邑簿（《雜述篇》），是皆別于紀傳、編年二體之外者也。其后史籍多祖《隋志》，其流或殊，大體未異。章氏所分十一部，五十五子目，是否悉當，別待榷論，惟與劉氏用意正同，而又加詳者也?！妒房肌繁疚礆⑶?，原稿以未刊而佚，楊守敬、李之鼎合撰之《叢書舉要》，言畢沅未刊書有《史籍考》百卷，不過虛標其目。或謂其殘稿見藏美國國會圖書館（據《書目答問補正》），亦未知其審也 。
章氏《史籍考》一書今既不傳，亦未嘗無人為之重作，長沙余蘋皋（未詳其名）撰《史書綱領》一書，俞樾為之序云：“余氏竭數十年之心力，撰述成書，體規朱氏《經義考》，網羅古今史書志乘，錄其敘目凡例，視《經義考》加詳，而卷帙倍之，匹于甲乙部之藏，不啻握其鈐轄。”其推許可謂至矣（湘陰郭嵩燾亦為此書作序，見《養知書屋集》）。惜其書迄未付刊，不知流落何所（湘潭黎君澤濟首考及此，或稱余氏所撰本名《史考綱目》）。近日研史之士每欲發憤重撰《史籍考》，而憚其繁重，有撮蕭梁舊史而為之考者，如海鹽朱氏是，有萃晚明史籍而為之考者，如安陽謝氏是，以言理董全帙則尚有待，倘得是書為藍本，而補其未備，不亦事半功倍乎？
章氏所撰諸志，以《永清縣志》二十五篇（今分十卷）為最全，《和州》僅余殘本（今分三卷），《亳州》、《天門》兩志則未之見。《湖北通志》為章氏主修；稿本略具，始以畢沅入覲之際，為陳熷所駁，繼以畢沅失職，主者易人，而全書易其面目，茲就檢存未成兩稿求之，可以見其大凡。其書分為四部：一為通志本書，二為掌故，三為文征，四為叢談。本書分為紀、圖、表、考、政略、、列傳六目，掌故分為吏、戶、禮、兵、刑、工六科，文征分為甲（正史列傳）乙（經濟策畫）丙?。ㄔ~章詩賦）四集，此本于方志立三書之議也。附以叢談，以補其未備。章氏所撰諸志，以此志為用力最深，乃今僅得見其殘稿，惜哉惜哉！
校讎之學，由治書而生者也。先章氏為此學者，有明人胡應麟之《經籍會通》，《四部正訛》?！督浖畷ā匪木恚阂辉弧对戳鳌?，二曰《類例》，三曰《遺軼》，四曰《見聞》，篇章略具，亦《校讎通義》之先聲矣。又有焦竑于所撰《國史經籍志》后，附以《糾謬》一卷，駁正漢、隋、唐、宋諸志及諸家書目分門之誤，亦論校讎學之可稱者。其于章氏之后，續其書者，凡得兩家：一曰雙流劉咸忻之《續校讎通義》，一曰杜定友之《校讎新義》。劉氏所撰諸書，多涉皮相，殊鮮精義，蓋不足論；杜氏用西人十進法，部次吾國舊籍，因謂書籍分類與學術分類不能并為一談，《新義》一書，即為發揮此義而作。夫校讎之學，為史學之支裔，然尚有人賡其業而續其書，向、歆造端，鄭、章衍緒，上下千載，此道不孤，至于《文史通義》一書，尚未聞有人為之續作，范圍有廣狹之殊，撰述有難易之別，率爾操觚之士，其不敢輕于從事，又不待問矣。
近人或推鄭樵，以為可與劉、章二氏鼎足而三，吾謂非其倫也 。章氏嘗盛推鄭氏《通志》，以為其精要在乎義例，此蓋章氏自道其所得，而引鄭以自助耳。鄭氏以一人之力，穿貫諸史，會為一書，體大氣銳，誠可驚嘆，然其力不副心，漏略百出，且語多襲舊，跡不可掩，前已略論之矣。其史學之識解，略具于《通志 總序》及《夾潦遺稿 與方禮部書》，總其精要之語，亦不過百數十言而止耳，求如劉、章二氏之自具篇章，首尾一貫，則鄭氏病未能也。且鄭氏治史之精神，尤在《校讎》一略，其中精語雖多，已不能掩其粗疏之跡，況下于此者乎 或又謂吾國自有左丘明、司馬遷、班固、荀悅、杜佑、司馬光、袁樞諸人，然后有史，自有劉知幾、鄭樵、章學誠，然后有史學 。吾謂能撰史者，必通史學，左、馬、班、荀諸人皆長于撰史，其精于史學必矣。且史學之名，始于后趙石勒，則劉知幾之前，亦不得謂之無史學，惟論史學之專書，具有家法，言成經緯，則自劉氏始，而章氏繼之，鄭氏不得與焉。此吾所以于馬、班二氏之后，極有取于劉、章二家之作也 。