又諸腑者，皆陽也，清凈之處。今大腸小腸，胃與膀胱，皆受不凈，其意何也？又問陽宜清凈，而諸腑皆陽也，則當為清凈之處，然大腸小腸，胃與膀胱，反受穢濁，獨不及膽，何也？蓋膽無所受故也。
然∶諸腑者，謂是非也。經言小腸者，受盛之腑也；大腸者，傳寫行道之腑也；膽者、清凈之腑也；胃者，水谷之腑也；膀胱者，津液之腑也。一腑猶無兩名，故知非也。小腸者，心之腑；大腸者，肺之腑；膽者，肝之腑；胃者，脾之腑；膀胱者，腎之腑。
言諸腑雖屬于陽，而非皆清凈之腑也。《素問·靈蘭秘典論》曰∶小腸者，受盛之官，化物出焉。盛音承，貯也。言受胃之物，化其渣滓，故云受盛之腑也。又曰∶大腸者，傳道之官，變化出焉。言小腸中物，至此精汁已盡，變化為糟粕而出，故云行道之腑也。又曰∶膽者，中正之官，決斷出焉。膽無受而有瀉，故云清凈之腑也。又曰∶脾胃者，倉廩之官，五味出焉。言胃主納谷，脾主消谷，二者相合，統稱倉廩之官，故云水谷之腑也。又曰∶膀胱者，州都之官，津液藏焉，氣化則能出矣。言膀胱之水，能化而為氣，由沖任直上，化津化液化汗，故云津液之腑也。諸腑各有名，如上文所云，皆實指受穢濁者也。蓋諸體為陽，而用則為陰，經所謂濁陰歸六腑也。惟膽名清凈，故不受穢濁，若余腑亦名清凈，則有兩名矣。《靈樞·本輸篇》曰∶肺合大腸，心合小腸，肝合膽，脾合胃，腎合膀胱，此其義也。
按∶西醫言小腸緊接于胃之下口，由幽門起至闌門止，約長二丈，通體皆是脂膜相連，中有微絲管，其膽之苦汁，胰之甜汁，均由微絲管注入小腸，化食物，而所化之精汁，由眾液管從膜中吸至頸會管，過肺入心，化赤為血而達各臟。經言小腸者受盛之官，化物出焉者，實指小腸之氣化也。其附小腸之脂膜，即三焦之物，而又屬之脾。小腸又系心之腑，其相通之道，即由微絲管從三焦上膈，至包絡而達心，心遺熱于小腸，則化物不出，為痢為淋，脾陰不足，則中焦不能受盛、為膈食便結，三焦相火不足，不能蒸化水谷，則為溏瀉矣。大腸由闌門接小腸起，至肛門止，約長五尺余，小腸中物，至此精汁已盡化，變為糟粕而出。經言大腸者傳道之官，變化出焉者，指大腸能傳道糟粕也。然大腸所以能傳道者，以其為肺之腑，肺氣下達，故能傳道，是以大便秘結，有升舉肺氣之法也。膽附肝右葉之旁，中貯苦汁，其汁乃下部回血入肝所化，人食后小腸飽滿，上逼膽囊，使其汁流入小腸之內，以榨化食物而利傳渣滓，此西醫之言也。不知膽汁色青而屬陽，本得肝陰所生之氣化，有是氣乃有是汁耳。若以汁論，膽汁多者，膽大而無畏懼；若以氣論，則膽火旺者，亦無畏懼。太過者，不得乎中，則失其正，故有敢為橫暴之事；不及者，不得乎中，則失其正，故常存懼怯之心。經言膽者中正之官，決斷出焉。謂氣不剛不柔，得成中正，而臨事自有決斷也。以肝膽二者合論，肝之陽，藏于陰，故主謀；膽之陽，出于陰，故主斷。若夫瀉而不受，故名清凈之腑也。胃居膈下，其形紆曲如袋，其紋密，故食物易入雖出，上連食管，下接小腸，周遭多細穴，以生津汁，食物經胃津融和，略似濃粥，即出胃之下口幽門，而至小腸頭，與膽之苦青汁，胰之甜白汁會合，榨出精液，經眾液管吸至頸，即過肺入心，化赤為血。胰者，附脾之物，脾統血，胰中之甜白汁，乃脾血得脾陽之氣化而成。經言脾胃者，倉廩之官，五味出焉。蓋胃納谷，脾消谷，二者相合，而后成功，故可統稱倉廩也。然膽汁化食，戴元禮入肝之說，有由來矣。膀胱居兩跨骨內正中，即陰交骨里，體圓如盤，舒縮自如，下口與前陰相連，上口有小孔甚細，為下焦之脂膜遮閉，飲入之水，由胃下幽門之上小竅，散布下焦網膜，滲入為溺，無溺則縮，溺至則舒，溺多則漲。西醫但知膀胱藏溺，而不知水入膀胱，化氣上行，則為津液，所剩余質，乃下出而為溺。經言膀胱者，州都之官，津液藏焉，氣化則能出矣。其言氣化則能出者，謂出津液，非出溺也。氣化二字，前于八難腎間動氣論中，已約略言之，今再詳陳其義。夫氣者乃火交于水所化，觀十二辟卦，干陽入坤陰而化為氣，氣升為云為雨，人與天地參，其陰陽之理一也。蓋人心主火，人鼻吸入之氣，乃天陽也，亦屬火。從鼻入肺，歷心系，引心火，循脊背之膂筋，下入腎系。又從腎系以達下焦氣海。氣海者何？即三焦之根，位居臍下，經謂胞室，王清任謂之氣府者是也。
凡人吸入之天陽，合心火下至胞室，則蒸動膀胱之水，化氣上騰，其氣透出膀胱，入于胞室，上循臍旁，由沖任上膈入肺，而還出于口，隨呼而出，上出之氣，著漆石則為露珠，在口舌臟腑之中，則為津液，又外出于皮毛，以薰膚潤肌而為汗，所謂氣化則津液能出者此也。老人溺多，化氣少而水質多，壯者溺少，化氣多而水質少也。吸入從脊，督脈主之，呼出從膈，任脈主之，吸入陽也，火交于水也，呼出陰也，氣即是水也。火不足以蒸水，則津液不升，氣不得化，水不足以濟火，則津液干枯，小水不下，故曰膀胱者，津液之腑也。
小腸謂赤腸，大腸謂白腸，膽者謂青腸，胃者謂黃腸，膀胱者謂黑腸，下焦之所治也。
此以五行五臟之色，以分別五腑，皆名為腸，則俱受穢濁，所以明不凈之故也，下焦之所治者，《靈樞·營衛生會篇》曰∶水谷者，常并居于胃中，成糟粕而俱下于大腸，而成下焦，滲而俱下，濟泌別汁，循下焦而滲入膀胱焉。故五腑皆下焦之氣所治也。
三十六難
三十六難曰∶臟各有一耳，腎獨有兩者，何也？然∶腎兩者，非皆腎也。其左者為腎。右者為命門。命門者，謂精神之所舍，原氣之所系也；男子以藏精，女子以系胞。故知腎有二也。
腎有兩枚，左右各一，一主水，一主火，應乎升降之機也。命門者，以其為三焦之根，十二經元氣之海，藏精施化之具，系胞受孕之處，為人生命之原，故曰命門也。《靈樞·根結篇》、《素問·陰陽離合論》所謂太陽根起于至陰，結于命門。命門者，目也。此指太陽經終于睛明，睛明所夾之處為腦心，乃至命之穴，故曰命門，與此義不同。然實指右腎為命門，恐未盡是，以氣脈論之，水升于左，火降于右，左右者，陰陽之道路，升降之樞機，越人診脈獨取寸口，以左尺候水，右尺候火，故左名腎，右名命門，其義或取乎此。
按∶西醫言腎形如豆，色紫質堅，頗類豬羊之腎，左右兩枚，長約三寸，闊約寸半，濃約七八分，其重約三兩至四兩。人高腎大，人矮腎小，位在脊骨十二節間，周遭三焦脂膜包裹，腎中有油膜一條，貫于脊骨，名為腎系，下通網膜，又有氣管由肺而下，附脊循行，下入腎系，而透入網膜，達于丹田下焦之原。夫兩腎屬水，中間腎系屬火，即命門也。《素問·刺禁論》云∶七節之旁，中有小心者，即指命門言也。人與天地參，命門與太極相似，太極生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦，八卦生六十四卦，自命門生兩腎，兩腎生六臟六腑，六臟六腑生四肢百骸之類。故人之交媾，未有精聚，先有火會，是火為先天之本始，水為天一之真元，腎中之火，名曰相火，即坎中龍雷之火也。是一陽陷于二陰之中，乃成乎離，而位乎坎，即兩腎有命門之義也。命門乃三焦之根，為相火之宅，相火布于三焦，即由命門始也。陳無擇謂有脂狀如手大，正與膀胱相對，有白脈自中出，夾脊而上貫于腦者，亦指三焦腎系而言也。越人獨取寸口診候，此相火生脾土，命門寄夫右尺，故作左為腎，右為命門以解之，亦水升于左，火降于右之義也。
三十七難
三十七難曰∶五臟之氣，于何發起，通于何許，可曉以不？然∶五臟者，當上關于九竅也。故肺氣通于鼻，鼻和則知香臭矣；肝氣通于目，目和則知黑白矣；脾氣通于口，口和則知谷味矣；心氣通于舌，舌和則知五味矣；腎氣通于耳，耳和則知五音矣。
此節乃《靈樞·脈度篇》文，稍有增易，大意謂五臟和則七竅通，不和則七竅不通。經言上閱七竅，此言九竅，當是簡誤。若潔古認真九竅，添“三焦之氣通于喉，喉和則聲鳴矣”二句，未免蛇足。謝氏曰∶本篇問五臟之氣，于何發起，通于何許，答文止言五臟通九竅之義，而不及五臟之起發，恐有缺文。
五臟不和，則九竅不通，六腑不和，則留結為癰。
五臟神氣之所舍，不和則氣不得上達，故七竅不通。若六腑不和，則血氣留滯于皮腠，有形之物，積聚而為癰矣。此結上起下之辭也。
邪在六腑；則陽脈不和，陽脈不和，則氣留之，氣留之則陽脈盛矣。邪在五臟，則陰脈不和，陰脈不和，則血留之，血留之則陰脈盛矣。陰氣太盛，則陽氣不得相榮也，故曰格。陽氣太盛，則陰氣不得相榮也，故曰關。陰陽相盛，不得相榮也，故曰關格。關格者，不得盡其命而死矣。
陽邪中于六腑，則陽脈不和，陽脈不和，則氣壅而邪實，邪實則不和之脈轉而盛矣。陰邪中于五臟，則陰脈不和，陰脈不和，則血滯而邪實，邪實則不和之脈轉而盛矣。陰陽之脈俱盛，則成關格之證死矣。此亦《靈樞·脈度篇》文，惟“關格”二字，與經文相反，當是錯簡。若夫覆溢關格之脈證，可與三難參觀。
按∶《靈樞·脈度篇》曰∶陰氣太盛，陽氣不能榮，故曰關。陽氣太盛，陰氣不能榮，故曰格。終始篇曰∶人迎四盛，且大且數，名曰溢陽，溢陽為外格。脈口四盛，且大且數，名曰溢陰，溢陰為內關。《素問·六節臟象論》曰∶人迎四盛以上為格陽，寸口四盛以上為關陰。仲景《傷寒論》云∶寸口脈浮而大，浮為虛，大為實，在尺為關，在寸為格。斯皆以陰氣盛為關，陽氣盛為格，故知此節“關格”二字倒置，為錯簡也。
經言氣獨行于五臟，不榮于六腑者，何也？然∶夫氣之所行也，如水之流，不得息也。故陰脈榮于五臟，陽脈榮于六腑，如環之無端，莫知其紀，終而復始，其不覆溢，人氣內溫于臟腑，外濡于腠理。
滑氏曰∶此因上章“營”字之意，而推及之也。亦《靈樞》十七篇文，大同小異。所謂氣行于五臟，不營六腑者，非不營行六腑，謂在陰經，則營于五臟，在陽經，則營于六腑。脈氣周流，如環無端，則無關格覆溢之患，而人氣內得以溫于臟腑，外得以濡于腠理矣。
三十八難
三十八難曰∶臟惟有五，腑獨有六者，何也？然∶所謂腑有六者，謂三焦也。有原氣之別焉，主持諸氣，有名而無形，其經屬手少陽，此外腑也，故言腑有六焉。
三焦有形，于二十五難注中已詳細言之。此論三焦為原氣別使，根于命門，導引諸氣，潛行默運于一身之中，無或間斷也。外腑，謂在諸臟腑之外也，三焦之形質可考，三焦之氣化難見，故曰有名而無形也。
三十九難
三十九難曰∶經言腑有五，臟有六者，何也？然∶六腑者，止有五腑也。五臟亦有六臟者，謂腎有兩臟也。其左為腎，右為命門。命門者，謂精神之所舍也，男子以藏精，女子以系胞，其氣與腎通，故言臟有六也。腑有五者，何也？然∶五臟各一腑，三焦亦是一腑，然不屬于五臟，故言腑有五焉。
經言腑五臟有六，無考，不知所出。又以三焦不附于臟，故不名為腑，雖有六腑，只五腑也。
臟亦有六者，以右腎命門，指為一臟也，然腎雖有兩，而左右之氣相通，實皆腎而已，恐不得分為兩臟。命門辨說，已詳言三十六難注中，可參合而觀之。
按∶五臟五腑，以合五行，肺合大腸，金也；肝合膽，木也；腎合膀胱，水也；心合小腸，火也；脾合胃，土也。手厥陰，包絡，即心外之衣，為心主之宮城，手少陽三焦，乃腔內脂膜，為臟腑之郛郭，同司相火而相合，是六臟六腑，以應夫十二經脈也。若以腎分為兩臟，則為七臟矣。《靈樞·本輸篇》腎合膀胱，膀胱者，津液之腑也。少陽屬腎，腎上連肺，故將兩臟。三焦者，中瀆之腑也，水道出焉，屬膀胱，是孤之腑也。經言腎將兩臟者，以腎兼主水火二氣也。
少陽三焦之脈，散于胸中，而腎脈亦上連于肺，肺為天而主氣，三焦之下俞，屬于膀胱，而膀胱為津液之腑，乃腎之合，三焦主相火，生于腎而游行于上下，膀胱主水，亦生于腎，蓋以水臟而領水腑也。然膀胱之氣，化津化液化汗，皆三焦相火蒸騰所致。夫天一之水，地二之火，皆腎所生，合而論之是太極，分而論之猶兩儀。故本藏篇曰∶腎合三焦膀胱，三焦膀胱者，腠理毫毛其應，即此義也。且腎雖兼將兩臟，實陰陽相貫，水火互交，并主藏精，而為生氣之原，不得謂三焦無形，分腎為兩臟明矣。
四十難
四十難曰∶經言肝主色，心主臭，脾主味，肺主聲，腎主液。鼻者肺之候，而反知香臭；耳者腎之候，而反聞聲。其意何也？然∶肺者，西方金也，金生于巳，巳者，南方火也，火者心，心主臭，故令鼻知香臭；腎者，北方水也，水生于申，申者，西方金，金者肺，肺主聲，故令耳聞聲。