時曾文正公督軍剿捻經(jīng)年，建筑長墻圈制之策，創(chuàng)辦未成，乞病解兵柄；朝廷命公接辦軍務(wù)，命曾文正回兩江本任。六年五月，公行抵河南歸德；疏言：『查捻賊已成流寇，逼之不流，然后會師合剿；原系殄賊上策。明臣孫傳庭謂「須驅(qū)之于必困之途，取之于垂死之日；如第一彼一此爭勝負于矢石之間，即勝亦無關(guān)于蕩平」：實為剿辦流寇篤論。自去冬十一月間奏稱「須蹙之山深水復(fù)之處，棄地以誘其入，然后合各省兵力三、四面圍困之」；亦是陰師其意。本年三月，左宗棠、曾國荃商就湖北襄河?xùn)|岸臼口地方設(shè)圍困賊；五月間，臣又擬就曹、單、豐、碭黃河舊堤分段布扎，冀蹙賊黃、運之間：皆欲就地勢以圖兜圍。無如賊蹤飆疾，兵力未齊；瞬息百變，竟未辦到。茲賊既深入東境，臣軍久役疲乏，斷不敢謂「蹙賊海隅」之議遂有把握；但與其任令長驅(qū)各省、流毒無窮，似不若誘令盤旋偏隅，得辦且辦。臣已密屬潘鼎新、劉銘傳盡力追躡，如果賊竄登萊，我軍即于膠、萊咽喉設(shè)法扼逼，使北不至竄入畿疆、南不得蔓延淮南，局勢自較緊湊。臣并函商李鶴年酌調(diào)張曜、宋慶兩軍進扎汶上運西開河一段，英翰酌調(diào)張得勝、黃秉忠、程文炳各軍進扎宿遷至灘上運河西岸，以備接應(yīng)；前敵張之萬酌調(diào)成子河防軍及淮揚鎮(zhèn)水師移防清淮及阜寧之射陽湖，以杜窺竄里下河之路』。六月，公至山東濟寧州相度形勢，以為任、賴各股皆百戰(zhàn)之余兼游兵散勇裹脅之眾，狡猾剽悍，未可易視。若兵力未足兜圍，迫之過緊、畫地過狹，使其窺破機關(guān)，勢必急圖出竄；稍縱即逝，全局又非。于是定策先防運河，以杜出路；次扼膠、萊，以斷咽喉。山東巡撫丁寶楨一意欲驅(qū)賊出境，與公意見不合。七月，捻突撲濰河，山東守將王心安甫調(diào)防戴廟，捻竟沖出膠、萊之防，遂潰。是時蜚謗交騰，朝廷責(zé)備綦嚴，有罷運防之議。公覆奏，以為『運河?xùn)|、南、北三面，賊氛來往竄擾，官軍分路兜逐，地方雖受蹂躪，然受害者不過數(shù)府縣之地；驅(qū)過運西，則數(shù)省流毒無窮。同是疆土、同是赤子，未便歧視』。乃堅持前議，不少變。于是劉銘傳在安邱、濰縣之交，大戰(zhàn)獲勝；迫至贛榆，銘傳又與馬隊統(tǒng)將善慶力戰(zhàn)，陣斃捻酋任柱，捻勢漸衰；潘鼎新又敗賊于海州上莊。十一月，劉銘傳、唐仁廉等在濰縣、壽光晝夜抄擊，降捻遂多；郭松林、楊鼎勛繼之，無戰(zhàn)不捷。劉銘傳等軍又追至壽光彌河，斬獲幾三萬人。捻酋賴汶光落彌河未死，復(fù)糾合千余騎沖出六塘河防；黃翼升、劉秉璋、李昭慶等水陸馬步躡追，斬殺過半。賴汶光剩百余騎南馳，公留淮勇在揚州守運河者禽斬之；東捻平。東、蘇、皖、豫、鄂五省，一律肅清。公奏捷，后附陳諸軍剿捻以來，馳逐數(shù)省、轉(zhuǎn)戰(zhàn)終年，日行百里，忍饑耐寒，憂讒畏譏，多人生未歷之苦境。方欲令諸將休息；七年正月，西捻張總愚忽由山右渡河北竄，直逼畿輔，京師大震。詔切責(zé)公及河南巡撫李鶴年、陜甘總督左宗棠、直隸總督官文，均奪職。山東巡撫丁寶楨率軍先至河間，溫旨嘉獎；公在濟寧，奉旨籌派各軍由東入直。疏云：『各營追賊南下，至歲抄正初，始收隊回營；人困馬乏，勞苦萬狀。臣遍加撫循、宣傳德意，靡不感激涕零，挾纊同溫。惟劉銘傳適因傷病，暫難遠征；諸將亦多疲乏，休養(yǎng)整頓實須時日。以行軍常理而論，本不宜操之過蹙，致有蹉跌；惟畿疆警報迭至，必當(dāng)提師赴援。臣立即檄調(diào)總兵周盛波、周盛傳等馬步十一營由徐州韓莊拔隊來濟，會合藩司潘鼎新「鼎」字全軍及善慶、溫德勒克西馬隊陸續(xù)進發(fā)，由東阿渡黃；后視何路有警，即向何路截剿。臣趕緊布置后路轉(zhuǎn)運糧餉、軍火各事，并催提督郭松林、楊鼎勛整飭大隊隨后繼進』。附奏：『辦流寇，以堅壁清野為上策。嘉慶初年川、楚教匪，辦理數(shù)十年，卒賴此以收功。即任、賴捻股流竄中原數(shù)省，畏圩寨甚于畏兵。豫東、淮北民風(fēng)強悍，被害已久，逐漸添筑圩寨；深溝高壘，到處與城池相等。是以捻逆一遇即走，不能久停肆擾。近年惟湖北、陜西被擾最甚，以素?zé)o圩寨，籌辦不及；賊得盤旋飽掠，其勢愈張。直、晉向無捻患，民氣尤為樸懦，未能筑寨自守；張總愚本極狡猾、又系窮寇，南有黃河之阻，必致縱橫馳突，無處不流。百姓驚徙蹂躪，詎有已時；徒深浩嘆。且畿疆，河北平原曠野，古稱四戰(zhàn)之地，無險可守；辦流賊與辦守城踞寨之賊，情形迥異。流賊專于避兵，守此則竄彼，迎左則趨右，交臂旋失；情勢使然，非盡兵將之不力也。聞該逆自竄陜西北山后，渡黃入晉，沿途擄獲騾馬愈眾，步賊多改為騎。我軍騎少步多，即騎兵每人不過一馬，追逐病斃，即已無馬；視賊匪每人可二、三騎，隨地擄添，情形則又迥異。自古辦賊，必以彼此強弱、饑飽為定衡。賊未必強于軍官，但彼馬多而我馬少，自有不相及之勢；彼可隨地擄糧，我則隨地購糧，賊常飽而兵常饑，又有不能及之理。今欲絕賊糧、斷賊馬，惟有苦勸嚴諭直隸、山西、河北紳民趕緊堅筑圩寨，一有警信，收糧草、牲畜、老弱壯丁于內(nèi)；既自固其身家，兼以制賊死命。及今為之，亡羊補牢，尚未甚晚。若待深受荼毒，再議補筑，經(jīng)費更難措籌。如果十里一寨，賊至無所掠食、兵至轉(zhuǎn)可賣食，賊雖流而其技漸窮，或可克期撲滅。伏乞皇上特頒訓(xùn)諭，諄飭地方官紳妥速籌辦，實力奉行，勿以空文塘塞；于軍務(wù)大局裨益匪淺』。時捻陷獻縣，詔恭親王會神機營王大臣總京師巡防；侍郎李公鴻藻請派親王為大將軍、李為參贊，詔恭親王節(jié)制左、李及諸督撫，以左公總前敵軍，令侍衛(wèi)陳國瑞領(lǐng)萬人隸神機營、安徽巡撫英翰率師入援。二月，左公師次保定、公至德州；朝廷增命將軍都興阿管神機營，豫軍張曜、宋慶、侍衛(wèi)陳國瑞咸隸麾下。四月，公奏請以劉銘傳總統(tǒng)前敵淮軍；溫旨即促起行，使淮軍與直東民團沿黃河運河筑長墻浚濠以蹙敵，揀派各軍輪替出擊、更番休息；其久追疲乏、須暫休息之軍即在運河?xùn)|岸擇要屯駐，俟敵竄近，立起迎擊，以剿為防；又派豫軍張曜、宋慶分扎夏津、高唐一帶，皖軍程文炳扎陵縣吳橋一帶，為運防遮擴。左公亦派劉松山、郭寶昌等軍自連鎮(zhèn)北至滄洲一帶、減何東岸分扎，與楊鼎勛等淮軍就近策應(yīng)。布置略定，然后進剿。五月，捻股竄向西北；各軍遮擊，迭次獲勝。公乃趁黃伏泛盛漲時，縮地圍扎；以運河為外圈，而就恩縣、夏津、高唐之馬頰河裁長補短劃為里圈，逼賊西南，層層布置。五、六月間，各軍迭次大捷；賊勢衰蹙，降散漸多。張總愚旋向西南逃竄，又由平原向高唐；潘鼎新追百二十里，冒雨至高唐，賊已向博平、清平一帶圖撲。運河官軍早于馬頰河西北岸筑長墻數(shù)百里，足限戎馬；賊萬诇知，已入殼中，竄地愈狹，死期將至。是時各軍以久追疲乏，公乃派劉銘傳新到生力馬軍助戰(zhàn)，軍勢大振，圈賊在徒駭、黃、運之間。銘傳調(diào)集馬步迎擊，追剿數(shù)里；值郭松林東來，馬步全軍遮住去路，又兼河道紛歧、水溜泥濘，捻無所掠食，部黨解散，數(shù)萬眾不知所之。劉、郭兩軍馬隊五、六千人縱橫合擊，禽斬?zé)o算；張總愚赴水死，西捻平。詔公協(xié)辦大學(xué)士，晉太子太保。八月，公入覲京師，兩宮垂詢；公奏『都興阿、左宗棠與臣等始愿皆不及此，實賴圣主鴻福，廟堂決勝于上、神機營諸王大臣控制于中、各省將士奔走效命于外；臣何力之有焉』！皇太后稱善，曰：『也是爾等忠誠所感，故能迅就蕩平』。

公旋拜湖廣總督之命，又赴四川查辦教案；又奉援黔之旨，命公伯兄湖南巡撫李瀚章署湖廣總督。公未就道，改奉詔援陜。九年六月，自潼關(guān)啟行；抵西安，籌定周盛傳等北山剿匪事宜。七月，天津教堂滋事，詔公移緩就急，酌帶郭松林等軍克日起程馳赴近畿一帶駐扎。八月，公抵天津，教案遂結(jié)；曾文正仍總督兩江，公調(diào)直隸總督。