文正督兩江，公仍在幕府，曉暢戎機，應事如流水；文正深倚之。安慶既克，文正奏薦左公宗棠任浙江軍事、奏薦弟國荃任江寧軍事、奏薦公任江蘇軍事；疏曰：『李某才大心細，可獨口一面』。同治元年春，公補福建延建邵遺缺道，加按察使銜；遂令招淮勇七千人，赴上海。時金陵賊盛，九洑洲、燕子磯賊屯林立；租洋人輪船八艘渡兵。公在安慶，商于文正公，遴選各軍驍將：舊在廬州帶勇已有四將，曰劉銘傳、曰周盛波、曰張樹聲、曰吳長慶；復于曾軍選得程學啟、湘軍選得郭松林、霆軍選得楊鼎勛諸將。又奏調舉人潘鼎新、編修劉秉璋，派弟鶴章總營務。師抵上海，賊大驚，以為公從天而下。公軍悉循曾軍營制，營五百人，壘高濠深；士卒日夕數操，出入有法度：吳民以為創見。四月，詔公署江蘇巡撫。公并用洋將，克嘉定、青浦、奉賢三縣，又納降收南匯縣。偽忠王李秀成糾黨二十萬犯上海屯營，公親督諸軍大破之，斬馘萬人。會有詔促公往鎮江會將軍都興阿之師進剿，公奏言：『接督臣曾國藩書，頗以進攻金陵兵單為虞。曾國荃亦言：官軍止能圍西南兩面，深溝高壘，以水師為根本、以江南為糧路，先自固以圖賊；非增二萬余人，不能合圍。臣查金陵城大而堅，和春、張國梁統帥八、九萬圍攻日久，功敗垂成；今蘇、浙兩省遍地賊區黏連一片，賊處處可進援，尤與昔年情形迥異。所恃楚師穩練，較勝他軍；賊數眾多，未盡精悍。曾國荃軍不及二萬，不足合圍，即不能制賊死命。此次李秀成等撲犯松滬，負創而遯，聞將連合杭、湖賊眾赴救金陵。臣急欲馳往鎮江，就近援助。無如原部陸軍僅數千人，分兩處則均不得力，專一路則尚可自立；兵事重大，臣何敢易言之也。滬中官民向恃洋人為安危，乃援賊東來之先，洋人分兵四出；援賊大至之后，洋人斂兵不動。臣揆度夷情，似非暗與賊通，坐觀成敗；實系懾于賊眾，不敢向前。若非臣親督兵將痛挫兇鋒，患且不測。以是知洋人不可專恃，滬防必須自強。臣忝任蘇撫，既不能棄滬中每月二十萬餉源之地，又不敢援鎮江上下游接應之師；左右思維，實無長策。至滬上原有水陸兵勇簡汰整頓，非臣親自部署，不能鈐制。所帶諸將中，尚有勇敢樸實之材，實少應變御眾之選；且資望皆淺，未可令獨當一面。臣斷不偏信吳中紳士之言，貽誤大局。惟軍事以得人心為本，臣之谫陋，到滬稍系軍民之望；未便親自移動，遽失眾心。曾國藩處，似亦無統兵大員可派來滬。可否容臣將滬事辦妥，移師出江？抑臣更有言者：馮子材等催臣前往，實欲臣到鎮為該軍籌餉，未必為進剿起見。江北完善地方，所出之餉專供都興阿一軍尚無缺乏，而畛域已分；江南止存鎮、滬兩處，每月僅能由滬分給三萬，臣實深內愧。馮子材尚能戰守，而兵勇疲惰已非一日；長江師船大半朽壞，劫奪成風。臣即頡頑其間，止能自立一軍，未便控制諸將。若輕言整頓，先失和衷之義；若親軍太少，亦無整頓之資。此皆實在為難情形，臣不敢稍有徇隱』。疏入，詔緩鎮江之行。六月，會洋將華爾克金山衛，于是上海、松江大定。七月、克青浦。八月，偽慕王譚紹洸糾眾十余萬再犯上海，公督諸軍，再大破之；水師又攻賊淀山湖，克蘆墟、尤家莊，盡平沿湖賊卡。四江口屯營被圍危急，公又督援軍擊破之。先后斬級百余，滬防三次肅清。奏入，優詔以公補江蘇巡撫。二年正月，授公兼五口通商大臣。二月，諸軍解常熟圍。三月，復太倉州城。四月，克昆山新陽，殺賊三萬余人，生禽七千。由是，程總兵學啟進逼蘇垣，合洋將水陸軍破賊四大壘，偽納王郜云官等八人殺偽慕王譚紹洸以城降；公用程學啟密謀，誅之。十月二十七日，公整部收蘇州省城。捷奏入，賞太子少保銜、黃馬袿。公于是與洋將戈登商議，奏裁常勝軍以節糜費；與曾文正公合疏請減蘇、松浮糧，以蘇民困：詔從之。明年二月，分軍至浙江境，克嘉興府。四月，公親督軍克常州，江蘇肅清；賞騎都尉世職。時江寧城垂克，朝旨屢命公移得勝之師助剿；公有讓功之意，奏請先攻湖州，克長興。方議遣炮隊、槍隊助攻，而曾公國荃克金陵捷書至；公逐分軍令劉銘傳、周盛波由東壩取廣德，潘鼎新、劉秉章由松江攻湖州，郭松林、楊鼎勛由滬航海援閩。未幾，粵賊平，公封一等肅毅伯。

明年五月，曾文正奉命馳赴山東剿辦捻匪，公奉命暫署兩江總督。公上疏云：『臣吳疆承乏，三載于茲。雖思竭慮以效忠，竊愧過多而功少。仰荷酬庸曠典，異數迭加：兄弟同列封圻，將佐多膺專閫。每念寇氛未靖、時勢多艱，輒互相儆戒，懼有隕越，致負圣主倚畀之隆。茲復特降恩綸，暫權督篆；聞命震悚，日夜旁皇。竊以臣籍隸安徽，該省系總督兼轄，例須回避。又兩江政務殷繁，所屬蹂躪已久，雕瘵萬分；善后各事、兵餉二端，在在棘手：誠如圣諭「任大責重」。微臣才智短絀，非所克勝。揣分量力，必應吁請固辭。惟親王僧格林沁剿賊陣亡，捻氛日熾；直東一帶失此長城，中外震驚。宵旰憂勞，急盼曾國藩前往督師，需人接替；臣何敢拘泥常例，引嫌避位，致誤事機！即料理交卸，馳赴金陵，暫行接印。此間善后，如浚河、興學、撫恤、勸農及常鎮招墾荒田、上海通商洋務，均次第辦有端緒。藩司劉郇膏接護撫篆，情形熟悉，地方一切可無貽誤。惟蘇境水陸防軍三萬余人，均已分布各隘；又援剿福建之提督郭松林、楊鼎勛兩軍共八千余人，援剿徐州、淮、揚之提督黃翼升、劉銘傳、周盛波、臬司張樹聲、道員吳毓芬等軍共二萬數千人，除黃翼升、李朝斌兩枝水師系曾國藩舊部，余皆由臣募練而成，各軍餉糧、軍火專指蘇、滬稅厘：經奏明在案。統計每月餉需及制造、采辦各項雜支額款，將近五十萬；而蘇、滬稅厘及藩庫地丁牽算，月收不足三十萬。挪東掩西，盡力湊濟。雖前敵各營時時匱乏呼號，徒以恩義相維，尚不至于嘩潰；臣獨心憂之！是以迭次奉撥京餉，義不敢辭；甘餉迄難定數，每月能解一萬，已為勉力。臣非忍恝置西陲，實迫于不容已也。臣暫署督篆，距蘇較近；所有調度兵將、籌劃餉需，自當引為己責，隨時會商曾國藩照章悉心經理，以期仰副宸廑』。旋奉旨命公督軍河、洛；公奏言：『綜其大要，約有三端：一、兵勢難遠分也。我朝從前武功，專恃兵力；此次軍務，全資勇力。臣初至軍營，習聞周天爵、琦善、向榮、和春諸臣之議論，皆謂綠旗弁兵馴謹而易調遣，各省勇丁桀驁而少紀律。其不得已而用勇，就地招募、隨時遣汰，尚無甚流弊；若遠調數千里外，終必嘩潰誤事。咸豐初年，廣西所募潮勇最多，向榮、張國梁等帶赴江南，沿途騷擾；卒至十年三月金陵之變，一潰而遂不可收拾矣。自曾國藩、江忠源、胡林翼、李續賓等創練楚勇，不用一兵；蓋深知綠營廢弛已久、習氣太深，萬不足以殺敵致果，而以楚將練楚勇恩信素孚、法制嚴密，又由湖南北轉戰江、皖，一水可通，人地相宜，是以歷久而能成功。然李續宜、唐訓方以楚勇剿淮北之捻，劉長佑以楚勇剿直隸之騎馬賊，均未大著功效；則以離鄉太遠、南北異宜，勇性未能馴服，何能得其死力！曾國藩兄弟有鑒于此，故于金陵克復、東南軍事將竣，即將所部湘勇全數遣撤；但屬臣暫留淮勇以備中原剿捻，自系因地制宜。夫捻匪系皖、豫、東三省無賴糾合而成，其隸皖籍者大都潁、蒙、亳、宿人，皆在淮北。臣隸廬州，實在淮南。所部淮勇則廬州、六安、安慶、揚州人居多，皆濱江之處，于長江上下防剿最宜；軍士戰其鄉，亦較得力。其情性、風氣，與淮北迥殊。同治元年，臣初由安慶赴滬，湘勇以去路太遠，多不愿從；乃商之曾國藩，就臣鄉里團練久戰之士，選將束伍，逐漸添募。如程學啟、劉銘傳、潘鼎新、張樹聲、周盛波等始僅為營官，帶數百人耳；嗣因打戰可靠，各增募至數千人，今遂為淮勇最勁之兵。究之用于江、淮南北千余里內，必可指揮如意；若逐漸調于山東、河南邊境，尚能勉強相從。若遽遠赴河、洛、山、陜并預備剿除京東馬賊、甘肅回匪之用，水土不習，誠恐遷地弗良，勇心渙散；不獨素食榖米、驟改麥面一端為可慮也。且朝廷期望于臣，欲以西北軍事相屬，不過以臣在蘇粗立戰功，而臣亦惟賴所部將士踴躍用命。若令臣去平素慣用之健將勁兵不得隨行，臣復何能為役！曾國藩籌設徐州、濟寧、周家口等處防軍，皆臣部最得力者。臣若不調西行，則聲勢不能大振；若全調他往，則東、皖無以自立。若另圖添募馬步，而隨身先無親信可恃之兵勇，必致敗軍僨事而無裨于全局：此兵勢不能遽分之實情也。一、餉源難專恃也。凡欲滅賊，必先治兵；欲強兵，必先足餉；欲籌餉，必先得人與地。臣自咸豐三年至八年，皆在皖北軍中。竊見和春、鄭魁士之軍戰陣頗勇，旋因餉缺而潰；袁甲三、翁同書等繼之，更因餉絕而敗。即十年江南大營之潰、十一年浙江之陷，皆由于糧餉斷絕。官文、胡林翼籌鄂餉以供東征，曾國藩進圖江、皖以江西、湖南、廣東厘金為餉源，左宗棠以浙餉辦閩、浙之賊，臣以滬、蘇入款辦江蘇之賊：皆能自我為政，轉輸不匱，幸而蕆事。從古至今言兵事，未有不先籌餉糈者也。諭旨慮及皖豫發、捻一日不除，盛京、甘肅勢難兼顧。誠以捻滅而后騰出餉需，非徒捻滅而后騰出兵力；有餉則到處兵勇皆可用，無餉則已成勁旅亦無用也。陶茂林、雷正綰均系多隆阿部下百戰驍將，昔何勇而今何怯！其一潰、再潰之故，可想而知。曾國藩夏間奉命剿捻，臣忝署江督，即以后路籌餉引為己任，以安其心。數月以來，分屯豫、東、蘇、皖千余里湘、淮兵勇四萬余糧運供支，源源接濟；又兼籌蘇松揚州留防各陸營、長江外海各水師、皖南北江南防剿遣撤各湘軍之餉。雖以入抵出，不敷尚多；竭力勻撥，幸無貽誤。臣若奉旨西行，現在前路剿捻、后路分防各軍之餉，尚無專責之人。即臣帶兵遠出，餉源當出于何處？籌餉當責成何人？亦未蒙圣明指示。若無確然可指之款率眾前往，必為雷正綰、陶茂林之續；若非切實可靠之人維持后路，亦無以安曾國藩與臣軍各將士之心。臣嘗默籌熟計，目今大患在捻與回，自應先圖滅捻。若以現餉養現兵，約計河南可養戰士一萬五千，山東可養戰士二萬，安徽可養戰士一萬，江蘇可養戰士六、七萬，湖北可養戰士四、五萬。各省督、撫果熟諳韜略、認真籌餉練兵，使一兵得一兵之用，通力合作、勿存推諉爭忌之心，則兵與餉可漸足，一、二年間可奏效；若皇上專派督剿大員，而各督、撫謂事有專屬，或擁兵觀望，或玩視軍需，或勝則爭功、敗則諉咎，遂使客兵出境種種牽掣，亦難必其收功之遲速矣。臣若赴豫，欲圖兜滅北捻，必須多練馬隊以備沖突，廣置車騾以資轉運，需餉甚巨。豫中蹂躪已久，力難供應；若專指蘇餉，目下蘇、滬稅厘分供前敵淮軍已虞饑潰，再添募馬步，人數益眾、道路益遠，勢必不支。臣一經離任，恐亦不能遙制：此餉源不能專恃之實情也。一、軍火難常接濟也。臣軍久在江南剿賊，習見洋人火器之精利；于是盡棄中國習用之抬、鳥鎗，而變為洋鎗隊。現計出省及留防陸軍五萬余人，約有洋鎗三、四萬桿，銅帽月需千余萬顆，粗細洋火藥月需十余萬斤，均按月在上海、香港各洋行先期采買，陸續供支；臣每親自料理。又有開花炮隊四營，一為潘鼎新帶往濟寧，一交劉秉璋鎮守蘇州；其副將羅榮光、劉玉龍兩營為臣親兵，現分守金陵城外之下關、江東橋兩處江口。緣洋人最重開花炮，目下長江通商番舶來往，奸人覬覦；偵知有此利器，可稍奪兇魄。洋炮重者千余斤、輕亦數百斤，其炮具之堅精、藥彈之繁冗，臣講求數年，稍窺秘要；他人多未及見，更未與知。臣既辛苦練成，若出省督師，必須酌量調往，藉壯聲威。惟炮隊所用器械、子彈盡仿洋式，所需銅、鐵、木、煤各項工料均來自外國，故須就近設局制造。蘇州先設有三局，嗣因丁日昌在滬購得機器鐵廠一座，將丁日昌、韓殿甲兩局移上海鐵廠；曾經奏明，欲再移設金陵附近濱江偏僻處所，為久遠之計。但事體繁重，須有精心果力者主持其事，方冀漸收功效；臣若遠赴他省，則炮局與鐵廠久必廢弛。不但技藝不能漸精，且慮工需多有缺乏；而臣軍接濟，亦將有斷絕之時。臣部將士皆已熟習洋器，慣用剿賊；設此后臨敵不能應手或遠道解運不及，將若之何！臣與洋將共事數年，彼視軍火、鎗炮為行軍第一重大之事；中國將領往往隔膜置之，無怪軍威不能自振。臣軍所向則以此為命脈關系，誠不敢輕以付托：此軍火恐不能常接濟之實情也』。疏入，詔緩河、洛之行。