在弘治三年（庚戌，1490）的嚴冬時節，王守仁攜帶著自己的妻子回到了故鄉浙江余姚。他真正獨立成家了。

祖父已經病得很嚴重。見到了自己的孫兒和孫媳，感到慰藉。王守仁在祖父生命的最后時期，守護在病榻邊服侍。

正月下旬，王倫闔眼，謝世而去。王守仁是孫子，父親又不在，就跟著伯父和叔父打理后事，同時報告在北京的父親。

在北京的王華，在此之前已經知道自己父親病重了。當時，他在京為官已經九年，經過考核，按照規定，在吏部的王敞、張悅等當路者，本來想要提拔他。但是，他自從得知父親病重的消息，就病倒了，閉門不出。

朝廷派人來催，朋友也勸說：“你先到新職就任，等到真的有不幸的消息了，你再不出門也不晚。”

王華這時心緒難定，回答：“父親有重病，自己不能在旁匍匐侍候湯藥，又豈能為了升遷，匆匆碌碌地奔波官場？等到家中有信，父親有幸無恙，我再外出也不晚吧。”于是一邊安排，一邊在家中苦苦等候。

雖說有心理準備，真的接到訃聞，還是控制不住感情，王華嚎啕大哭，數次昏死過去。當天他就獨自南奔。

回到余姚，和家中兄弟等親屬操辦喪事，把父親葬在穴湖山祖墳中。他在墳旁搭了個草廬，為父親守喪。據說墓地原來是個虎穴，晚上時常有老虎出沒。他也不顧，晝夜在墳邊哭泣，無視老虎。那些老虎也就臥在草廬邊上，據說也不侵犯人畜。[30]

祖父的去世，使王守仁失去了一個和他早年最為密切的親人。看著父親痛苦的樣子，想到祖父以往對自己的關照，面對著故鄉的山水親人，王守仁認真地思考著自己的人生。

王華在服喪期間，除了痛苦之外，也想到要為自己的親屬做點事。于是，他就把從兄弟王冕、王階、王宮以及妹婿牧相等找來，讓他們和王守仁一起讀書，給他們講解儒家經典的經義。

三年的居喪期間，王守仁和父親一起在余姚度過。

王守仁在這一時期，與父親有了進一步的接觸，加深了對父親的理解，當然也會從父親那里了解到官場的各種情況；對于自己的人生，有了進一步的認識。

人們發現，這一時期的王守仁變了。過去他待人比較隨意和順，喜歡隨意開玩笑，這時突然變得像另一個人，時常端坐著，話也少了。弟兄們都不理解，問他為何如此，他說：“過去我放逸，現在知道自己的過錯了。”他白天和大家一起聽父親的講課，晚上則搜取各種經學、史學、諸子的典籍，認真研讀。他的學業、文字表述都有了很大的進步。眾兄弟都自嘆不如。[31]

這時，已經身居政權高層的父親，對他的影響相當大。