2.1.4　MiSeq 16S基因測序

初始接種物（RM和AS）和發酵結束后不同接種比的固液相樣品用于微生物菌群分析，其中固相樣品分別命名為IS1、IS2、IS3、IS4和IS5，液相樣品分別命名為IL1、IL2、IL3、IL4、IL5。DNA提取按照Power soil? DNA試劑盒（MoBio，美國）說明書操作，利用引物對338F和806R擴增16S rDNA V3-V4區用于構建擴增文庫[152]，擴增文庫通過MiSeq平臺（Illumina，美國）測序。原始序列拼接后利用QIIME v1.8.0（http://qiime.org/）加工處理。序列去除嵌合體后，按照97%相似水平進行聚類分析，OTUs （operational taxonomic units）序列在Silva 16S rDNA數據庫（Release119，http://www.arb-silva.de）中進行比對，用于α-多樣性、物種注釋信息及群落組成分析（相對豐度保留小數點后四位數字）。測序原始序列提交到NCBI數據庫，序列號為SRP093474 （SRA）。