楊昌濟自幼深受中國傳統文化，主要是儒家典籍的熏陶，服膺孔孟程朱的學說，接受了宋明理學中有益的個人修養和治學方法；同時又深刻研究了船山學說，繼承并發揮了船山對儒家思想所作的批判總結。他的思想基本屬于儒家。不過，他畢竟在外國留學10年，接觸到了西方近代思潮和西方哲學，考察了歐洲資產階級民主社會制度和社會風氣，因而他能夠聯系歐洲學術思想來重新解釋孔孟程朱陸王的學說，他的思想已經不同于傳統的儒家。盡管楊昌濟在思想史上遠沒有康有為、譚嗣同那樣顯赫的地位，但就其思想的傾向和分野來說，他也屬于近現代新儒家的一員。《達化齋日記》中記有這樣一段：“為生徒講教育學史，至培根之倡實驗派哲學，與笛卡兒之倡推理派哲學，因言朱晦庵之學近似培根，王陽明之學近似笛卡兒：一則求理于事物，一則求理于吾心。子曰：學而不思則罔，思而不學則殆。學則有實驗之意，思則有推理之意。又《大學》八條目中之格物致知，亦可作如是觀。格物則實驗之事也，致知則推理之事也。王船山《讀四書大全說》辯格物致知之義甚詳，船山時時辟象山陽明，而其所論致知之功夫，乃與陸王之說合，亦當注意之事也。培根以前之學問，多研究社會問題。培根乃一轉其方向，使學者之心力，專用之于研究自然現象，乃啟近世科學之門徑，其有功于人類者不小。有治身治心之學，倫理學是也；有治人之學，政治學是也；有治物之學，理化博物諸科是也。吾國前此學問，于治身治心治人之學，未始無所研究，獨缺于治物之學，此物質文明所以不能發達也。”（1914年3月18日）這樣從中國重精神文明而論述物質文明不發達，“獨缺于治物學”，即自然科學自古不發達，這種觀點是非常切實非常深刻的，中國確實產生不出而缺一個培根。由此可見楊昌濟學術思想之一斑。
楊昌濟的新儒家思想，是不是可以這樣看：一方面，他繼承了王船山、譚嗣同的遺產；一方面，他又接受了西方近代思潮民主與科學的影響，而加以抉擇批判融會貫通，自成一種比較有進步性的倫理思想和講究實踐的人生觀。在哲學思想上，他雖然是一個信仰進化論的唯心主義者，過于夸大主觀能動性的作用，認為人類社會的進步決定于英雄人物的活動，主張所謂人才救國、教育救國，他的倫理學見解中的唯心主義成分很重；但是由于他是一位具有強烈的愛國主義和民主主義思想的教育家，他的某些在當時具有進步意義的觀點和主張，特別是追求新思想和躬行實踐（前者使他區別于迂腐的守舊學者，后者使他區別于言行不一的所謂“理學先生”），對于當時受教的青年曾起過很大的積極作用。最主要的是，他總是諄諄教導他的學生，要具有崇高的理想和改革社會、國家的偉大抱負，以及實事求是、刻苦實踐的精神。
從《達化齋日記》中可以看到，在出國之前和回國之后，楊昌濟一直在讀《船山遺書》，精讀過的有《讀通鑒論》、《宋論》，他認為船山的史論“勝于御批與司馬氏之評論”（指《御批通鑒》與《資治通鑒》中的“臣光曰”）。其他還有《春秋家說》、《春秋世論》、《博子正蒙注》、《讀四書大全書》等10余種，摘記語錄，分析比較，常有體會與發揮。例如說：“吾國人不惑于風水之說者鮮矣，雖朱子猶惑焉。近世如魏默深、曾滌生、郭筠仙、劉霞仙，皆有此迷信；船山獨卓然不惑，力排五行術數之說，此其所以為卓絕也。”（1914年6月25日）“船山一生卓絕之處，在于主張民族主義，以漢族之受制于外來之民族為深恥極痛，此是船山之大節，吾輩所當知也。今者五族一家，船山所謂狹義之民族主義不復如前日之重要，然所謂外來民族如英法俄德美日者，其壓迫之甚非僅如漢族前日之所經驗，故吾輩不得以五族一家，遂無須乎民族主義也。”（1914年6月24日）當時能夠把對民族主義的理解從反清發展到反對帝國主義，不能不說是楊昌濟的遠見卓識。
楊昌濟教書不是照本宣科，往往將自己的心得，如《論語類鈔》和《達化齋日記》中的有關篇章，向學生講解，以啟發學生觸類旁通，獨立思考。《達化齋日記》里記下了一次講課的內容：“余嘗教人以有勝于無，動勝于靜，乃是為太無作為之人而立論；其實有為固不易，有不為亦不易。社會時時要求我做事，欲拒斥其不合為者，非有十分之果斷與定力不能。船山嘗言：‘動固動也，靜變動也；動則使靜者動，靜則使動者靜，皆非用力不可。’此說正與力學慣性之法則相合。”（1915年3月17日）楊昌濟征引王船山的意見而加以發揮。這種動靜觀給了毛澤東很大的影響，他完全贊成楊昌濟的“動勝于靜”的觀點，楊昌濟自己多年實行冷水浴、靜坐、廢止朝食三種健身法，毛澤東對后兩種則并不盲從老師。他在1917年寫的《體育之研究》一文中說：“人者，動物也，則動尚矣……動以營生也，此淺言之也；動以衛國也，此大言之也；皆非本義。動也者，蓋養乎吾生、樂乎吾心而已……愚拙之見，天地蓋惟有動而已。”好動，強調運動和斗爭，不僅在哲學觀點上，后來幾乎成了毛澤東性格的一部分，終其一生都是如此。
《達化齋日記》中常見對譚嗣同的推崇。日記里回憶了當年同譚嗣同的接觸：“譚復生于戊戌年在湖南創立延年會，其命意在于省去無謂之應酬，以所省出之精力時候讀書辦事。謂計人壽命之修短，不以其年齡之多少，而以其作事之多少；如作事多則雖中年亦可云壽考，如作事少則雖耄耋亦可云天亡；省去無謂之應酬，則人人可多辦事，人人延年益壽矣，故曰延年會也。”（1914年6月2日）“戊戌歲曾在南學會發一問（如何理解‘天地之大德曰生’）。譚復生答云：‘于圣賢微言大義晦盲否塞之秋，獨能發如此奇偉精深之問，此豈秦漢以下之學者胸中所能有哉？茲事體大，余亦何敢論斷，總之以民為主，如何可以救民，即以如何為是，則頭頭是道，眾說皆通矣。’”（1914年10月15日）
在譚嗣同那里，楊昌濟不只是接受了他的維新主張和“以民為主”的民主思想，還改變了自己對佛學的看法。《達化齋日記》里從譚嗣同的《仁學》中摘引了兩大段談論佛學的文章，其中有這樣兩種意思：“天下治也，則一切眾生，普遍成佛。不惟無教主，乃至無教；不惟無君主，乃至無民主……”“夫惟好學深思，《六經》未有不與佛經合者也。”接著說：“援儒入釋，昔賢所譏，然溝通儒釋之巧，未有過于以上所鈔之二段者。余習聞儒者之言，頗不甚滿意于佛說；譚瀏陽乃重佛若此，使我意為之一轉。余現雖尚未研究佛學，已確認其哲學上之價值矣。”（1914年6月19日）由此楊昌濟對佛學也產生了若干興趣，似乎也接觸了一些佛教典籍。日記里記下了友人的一段談話：“《四十二章經》似《論語》，《圓覺經》、《楞嚴經》似《大學》、《中庸》，《大乘起信論》似《孟子》，《六祖壇經》似《傳習錄》，《華嚴經》似《周易》，《祖宗八要》似倫理心理。”（1915年4月7日）這種影響甚至也傳遞到了毛澤東的身上，1920年6月7日，他在給黎錦熙的信中就表示了“文字學、言語學和佛學，我都很想研究”。我們不清楚他是否作過直接的研究，但《仁學》中間談到的某些東西似留下了痕跡。例如，《仁學》中說的“佛之所謂眼耳鼻舌身，孔皆謂之身”（轉引自《達化齋日記》1914年6月18日）。后來毛澤東在《人的正確思想是從哪里來的？》一文中說：“無數客觀外界的現象通過人的眼、耳、鼻、舌、身這五個官能反映到自己的頭腦中來”。這五個字，至少這個“身”字，就是從那里借來的。
譚嗣同的《仁學》中，吸收了佛學“靈魂不滅”和王船山物質不滅的思想。楊昌濟化為自己的語言：“勢力亦常住不滅。”他生前發表的最后一篇文章《告學生》中說：“物質不滅，勢力不滅，獨患無誠耳。陽氣發處，金石亦透；精神一到，何事不成！”這也就是《仁學》中所鼓吹的“心力”說：“夫心力最大者，無不可為。”楊昌濟認為：“天之力莫大于日，地之力莫大于電，人之力莫大于心。”這是他在講堂上向學生極力灌輸的一種思想。毛澤東寫過一篇《心之力》的文章，被老師大加贊賞，打了100分。
在楊昌濟心目中最大偶像應該說是曾國藩。這一位湖南老鄉是中國近代史上關系極大的人物，他所創建和統率的湘軍是清王朝撲滅太平天國起義的主力軍，他因此得到“漢奸劊子手”的稱號。如果不是只看這一個方面，那么，他的辦事精神以及治學和文章等方面，都有過人之處，在道德方面也是個律己很嚴的人，因而在舊時士大夫階層中博得了廣泛的尊敬。楊昌濟對曾國藩的尊崇，可說是一種時代潮流，他無論治學乃至立身行事，都是以曾國藩為自己的楷模。這些都對他的學生產生深刻的影響。《達化齋日記》中關于曾國藩的記載很多。例如，1899年8月18日：“日內又萌停看《通鑒》（指《資治通鑒》）專看《文編》（指《皇朝經世文編》）之念，此大不可也。昔曾文正自定課程，每日讀史十頁，終身不間斷，此可師也。”1914年9月12日：“昨日將曾文正公家書鈔完，頗自以為喜，已做成一事矣；此后仍當節鈔其家訓與日記，擬合刻之，名曰曾氏嘉言。”1914年10月23日：“曾文正在營中讀書如常，云借此以養心。”1915年3月4日：“今日從周印昆處借來曾文正手書日記，共四十本。觀文正之所以自克者，如多言、好名、忿怒等，余幸無之；又如好諧謔，亦非余之習慣。”同月11日：“文正在宿松時，每日出看營墻。”同月12日：“文正扎營，每以羅盤定周圍地方之方位，查各營所掘濠溝，用竹竿量驗。每營皆步行親量，觀其果掘自一丈五尺否。文正又親點各營兵勇之名。”“今日看文正咸豐九年十二月日記，兼看同時之家書、家訓，于文正為事益為了然。惜無書札奏牘耳。”
由此可見，有關曾國藩的讀書、治學和治軍、行政，乃至為人處世等方面，楊昌濟無不關心和師法。他不只是下了一番工夫研讀曾國藩的日記，在他自己寫的日記中，人們也依稀可見模仿曾國藩的態度，常常可以遇到自我反省的地方。例如：“日內忽忽不樂，實為非理。平心自問，有何不足之處耶？若大局危急，則所謂他人之事，天意主張者，盡吾一人之心，一日之心而已，徒憂何益乎？子曰小人長戚戚，傳曰無憂而戚憂必讎焉，不可不戒也。”（1899年8月20日）又如：“予恒有自滿之過，形于辭色，二三益友，往往微示風旨以警動之。此大病痛，宜痛加克治者也。人莫不自智而愚人，不知人之竊笑其愚也。負質愚魯，雖竭力學問猶不免于笑焉，是誠莫可如何之事；惟勿好自用以益人之笑，斯為極不可忘者。曾子曰：十目所視，十手所指，其嚴乎！詩曰：人之多言，亦可畏也。反顧生平，不勝愧悚。”（同月24日）又如：“人在社會之中，不能絕無交際，要不可過于脫略，使人生惡感情。余今日赴席，散席后即歸，未與座客一一告別，似乎簡傲，此后宜留意也。”（1914年3月18日）又如：“昨與人談話，有譏議人之處，此大不可也。蓋乘興而流，未及檢點耳。”（1914年7月18日）又如：“聞生徒之言，似有謂我之教授無味之意，不可不力求進步。”（1914年9月12日）又如：“中華書局為擴張銷路計，請多人簽名介紹，余以未見其書，未肯漫然署諾。”（1914年12月19日）又如：“昨日又讀斯賓塞《感情論》，英文書字小，有傷目力，惟白晝光明時乃讀之，晚間只能讀中國書。余思當務為急，余現在教授心理學，則多讀此種書，乃余之職務有益者，當少看他書，而以全副精神注之如此。”（1915年3月26日）這些日記，真是處處可見真心誠意、修身齊家的工夫，顯出一個正襟危坐、目不斜視的圣人之徒的形象。正如他的學生毛澤東說的，他是“一個道德高尚的人”，他也“努力鼓勵學生立志做一個公平正直、品格高尚和有益于社會的人”。
曾國藩的事跡和著作，也列入了楊昌濟修身課的講授范圍，在他為學生擬定的修身問題中，就有：“曾滌生自課衛生之事，能言之與？”“試言曾滌生教弟之事。”“曾滌生以求闕名齋，何意？”曾國藩的書齋叫“求闕齋”，“闕”就是“缺”，所追求的不是完滿無缺，而是有所不足，還有缺陷；也可以有發現自己缺點的意思。這種謙虛謹慎態度，楊昌濟也是贊賞的。
毛澤東是楊昌濟極為看重的學生，在《達化齋日記》里留下了先生對學生的好感，而且正是以曾國藩為榜樣來勉勵：“毛生澤東，言其所居之地為湘潭與湘鄉連界之地，僅隔一山，而兩地之語言各異。其地在高山之中，聚族而居，人多務農，易于致富，富則往湘鄉買田。風俗純樸，煙賭甚稀。渠之父先亦務農，現業轉販；其弟亦務農，其外家為湘鄉人，亦農家也，而資質俊秀若此，殊為難得。余因以農家多出異材，引曾滌生、梁任公之例以勉之。毛生曾務農二年，民國反正時又曾當兵半年，亦有趣味之履歷也。”（1915年4月5日）
在楊昌濟的影響下，當時毛澤東對曾國藩也確是五體投地的佩服，他在致黎錦熙的信中說：“愚于近人，獨服曾文正。”
楊昌濟極其關心時事，這是同他的愛國主義精神，天下興亡、匹夫有責相一致的。他極力提倡“日日看報，則心目中時時有一社會國家之觀念，而憂世愛國之心自愈積而愈厚。積累久之則深明世故，可以應無窮之變，投其所向而無不如志。此真精神知識之營養，如飯食之不可缺者矣”。他對日本欲吞并中國早有所感：“余前在日本東京高等師范學校聽其西洋歷史講義，謂中國人與羅馬人同，唯寶愛其文化；雖外人入主其國，茍不傷其文化，即亦安之。私心揣測，謂日人不懷好意，頗有繼滿洲人入主中國之思想，此吾國人所當深念也。”（1914年6月24日）當時日本正逼袁世凱接受二十一條，《達化齋日記》涉及此事時說：“外人之謀我者著著進步，而我之所以自衛者毫無進步，甚可憂也。”（1915年2月27日）袁世凱屈于日本壓力接受二十一條，日記寫道：“此國民之恥也。”（5月10日）可見他對國事的憂慮。“五七”國恥激發了全國人民的愛國怒潮，楊昌濟“至第一師范學校，為國事而講演，余以‘不死求己、猛進、堅忍’八字勉諸生”。（同月27日）在反對袁世凱陰謀稱帝時，第一師范的愛國師生是一致行動的，毛澤東曾以學生會名義，集康有為、粱啟超的反袁文章，印發過小冊子。對于正在進行的歐戰（第一次世界大戰），楊昌濟也很關心。《達化齋日記》中有多處涉及了戰事，報紙上關于交戰雙方武器裝備的情況，他都擇要摘記。他對時局的關心毫無疑問也影響了他的學生。