畢達哥拉斯提出靈魂輪回說，這種宗教思想很多學者認為來源于奧爾斐斯教教義。他認為，靈魂是不朽的，人活著的時候，靈魂被囚禁在肉體中，人死后，靈魂獲得自由，可以輪回轉世，可以轉變為別的人，也可以轉為別的生物?！盀榱耸轨`魂凈化，使死后靈魂脫離輪回之苦，得以超升，他們就定出了許多清規戒律，如不食肉，不食豆子，不朝太陽小便，不踐踏剪下來的指甲或頭發，房子里不許有燕子，不要用劍（鐵）撥火，起床后要把被單扯平，毋使人看得出有人在上面睡過，等等”。這些規定帶有圖騰和巫術禁忌的影子，具有濃厚的神秘色彩。畢達哥拉斯派還非常重視體育和音樂，認為它們也有凈化靈魂的作用。體育既能強身健體，還能節欲清心，凈化靈魂；音樂的主要功能就是凈化心靈。一些成員還對醫學、生理學、數學、天文學等進行研究，他們研究自然科學的目的仍然是凈化靈魂。

由于畢達哥拉斯派重視音樂的凈化作用，在研究音樂的過程中，發現音樂和數有著密切關系，進而對數的作用無限夸大，把它說成萬物的始基和本原，認為萬物都是對數的模仿，數的法則統領萬物。對此，亞里士多德曾說：“由于他們在數目中間見到了各種各類和諧的特性與比例，而一切其他事物就其整個本性來說都是以數目為范型的，數目本身則先于自然中的一切其他事物，所以他們從這一切進行推論，認為數目的元素就是萬物的元素，認為整個的天是一個和諧，一個數目?！薄斑@些哲學家顯然是把數目看成本原，把它既看作存在物的質料因，又拿來描寫存在物的性質和狀態”。數何以成了萬物的本原，又是如何產生萬物的？畢達哥拉斯認為：“萬物的本原是一。從一產生出二，二是從屬于一的不定的質料，一則是原因。從完滿的一與不定的二中產生出各種數目；從數產生出點；從點產生出線；從線產生出面；從面產生出體；從體產生出感覺所及的一切形體，產生出四種元素：水，火，土，氣。這四種元素以各種不同的方式互相轉化，于是創造出有生命的、精神的、球形的世界?！狈彩菙刀家浴耙弧睘榛A，一是點，代表第一原則，最高本原，等同于“理性、靈魂”；二是線，表示運動、變化，可用于變化中的“意見”，所以又稱為“不定的二”；三是三角形，用來給“和諧”、“全體”下定義，表示“長、寬、高”三個向度，是第一個完滿之數；四為體，土為立方體，火為四面體，氣為八面體，水為24面體。具有“正義”、“神圣”之意，是“永恒流動的自然的根源”；五為婚姻，五是奇數（雄）與偶數（雌）的結合，意喻“婚姻”；六表示“和諧”與“完全”，代表等級；七表示“機會”、“定時”和“智慧”，指一周七天，太陽在天體中的位置以及帶來的季節變化，智慧女神雅典娜；八為“友誼”和“愛情”，八是諧音的象征，八個為一組的物體均和諧；九為“強大”與“正義”，代表海洋之神俄刻阿諾和普羅米修斯；十是“完滿”、“完美”和“完善”，表示“偉大”和“全能”，“使一切事物成為完滿和實現了一切事物。”為了對十的崇拜，他認為天體也是十個，即水星、金星、火星、木星、土星、恒星、太陽、月亮、地球、對地，“對地”則是臆造的第十個天體。

畢達哥拉斯從“一”中發現奇與偶、有限與無限的關系，對辯證法的發展做出了貢獻。在對生活認識的基礎上，提出“黃金分割”的理論，發現數與和諧有緊密關系，這種思想與宗教、神話的幻想相聯系，具有神秘色彩。運用數字推理，開啟數學與神學的結合，后來成為基督教哲學的特征之一。羅素說：“有一個只能顯示于理智而不能顯示于感官的永恒世界，全部的這一觀念都是從畢達哥拉斯那里得來的。如果不是他，基督徒便不會認為基督就是道；如果不是他，神學家就不會追求上帝存在與靈魂不朽的邏輯證明。”靈魂不滅，數字推理對基督教哲學產生了深遠影響。

蘇格拉底（約前469～前399年）大約在公元前469年出生于雅典，父親是雕刻匠，母親是助產婆。他致力于哲學和社會活動，在伯羅奔尼撒戰爭中，曾三次出征。在他的一生中，希臘奴隸主階級內部斗爭激烈，他被當局判為死刑，罪名是破壞宗教和敗壞青年人的思想，他拒絕利用機會逃生，公元前399年在獄中飲毒酒而死。

蘇格拉底沒有著作流傳下來，有關他的學說主要來自色諾芬的回憶錄和柏拉圖的對話集。他相信靈魂不滅，希望人死后靈魂能夠轉世。他認為，自然界和人類都是神創造的，人的理性不能認識神所創造的東西。神給人創造了靈魂，這使人優越于其他動物，讓人認識到神的存在和事物的秩序。神擁有絕對的權力統治世界，人只能領會神的意志。人是無知的，知識只能從神而來。真正的知識與善密切相關，他把倫理學說建立在知識論上，一個人有了知識，就不會作惡，而無知就會產生邪惡。他認為知識來源于神。人的靈魂一旦脫離了肉體，就能與神合一，達到不朽。蘇格拉底善于通過“辯證法”把每一個人意識中的思想啟發出來，他的“辯證法”就是“精神助產術”，通常采用問答的方法，通過詰難，讓對方陷于矛盾中，承認自己無知，并不斷修正意見，最終形成真理。他說：“美德和真正的幸福是一致的，如果一個人不節制、勇敢、聰明和正直，就不會幸福?！边@種觀點對基督教倫理的形成具有啟示作用。

柏拉圖（約前427～前347年）出身于雅典貴族家庭，他的父母都是名門之后。由于家庭出身和社會關系，從小就厭惡民主制，力圖恢復貴族奴隸主政權。這種政治態度與蘇格拉底的影響有關，他跟隨蘇格拉底學習達8年之久，公元前399年，蘇格拉底被雅典民主政體判處死刑，這件事使他更加痛恨民主制。蘇格拉底死后，他投奔歐克里德，進一步接受愛利亞派的學說，到非洲學習數學，后到意大利南部結識畢達哥拉斯派門人，吸收一些畢達哥拉斯派的哲學思想，即把數看成萬物的始基和靈魂轉世的神秘主義說法。公元前387年，在雅典創辦“學園”，學生來自四面八方，學習哲學、數學、天文學、物理學等科目，柏拉圖在“學園”中一邊著述，一邊講學，前后達41年。在此期間，曾兩次去意大利宣傳他的政治主張，以期實現自己的政治理想，但以失敗告終。

柏拉圖的哲學在理念觀、回憶說、靈魂不滅和世界等級模式等方面影響著基督教。柏拉圖認為，理式是獨立于物質世界和人類意識之外的客觀存在，它是永恒不變的，個別事物有生有滅。個別事物都是對理式的模仿，是理式的影子，有些事物則難以找到相對應的理式，如污泥、穢物等。但他又認為理式塑造萬物，萬物一定有相應的理式。理式世界真實、完善，現象世界不真實、不完善，并且虛幻多變。

人如何通過感官和知覺認識一般真理，柏拉圖認為，這不過是回憶靈魂在前世的經歷，知識來源于回憶。人的靈魂先于肉體而存在，它在進入肉體前，居于理式世界中。當靈魂依附于肉體，投到人世生活時，理式知識暫時被遺忘，在人世事物的刺激下，被遺忘的知識逐漸被回憶起來，對事物的認識過程就是回憶的過程。有關知識來源于回憶，柏拉圖有過很深入地闡述。他說：“如果是我們在出世前獲得了知識，出世時把它丟了，后來又通過使用各種感覺官能重新得到了原來具有的知識，那么，我們稱為學習的這個過程，實際上不就是恢復我們固有的知識嗎？我們把它稱為回憶對不對呢？完全對……那些所謂學習的人后來只不過在回憶，而學習只不過是回憶?！彼终f，“既然心靈是不死的，并且已經投生了好多次，既然它已經看到了陽間和陰間的一切東西，因此它獲得了所有一切事物的知識。因此人的靈魂能夠把它以前所得到的關于美德以及其他事物的知識回憶起來，是不足為奇的。因為既然一切東西都是血脈相通的，而靈魂也已經學會了一切，因此就沒有理由說我們不能夠通過對于一件事情的記憶——這個記憶我們稱為學習——來發現一切其他的事物，……因為一切研究，一切學習都只不過是回憶罷了?！痹诎乩瓐D看來，人們獲得的知識并不是別人傳授的，主要是通過回憶得來的，人們的教育只能起引導作用。柏拉圖認為靈魂是不朽的，靈魂雖然寄居在肉體中，但它的本質是努力向上的，一旦脫離肉體，它就要飛升到神的世界。飛升到所能達到的境界，取決于努力和修行的程度，如果十分努力，修行深，就能達到最高境界，與神相交，靈魂得以升華；反之，如果留戀感官世界，靈魂就會禁錮在肉體中。物質世界的繁華不過是過眼云煙，使靈魂從中解脫才是人生的最終目的。

柏拉圖從理式學說出發，勾畫了一整套“世界等級模式”，世界由理式世界和現象世界組成，理式世界是現象世界的本質。在神秘而不可見的最高神之下是世界的創造者，又稱造物主或次神，造物主以理式世界為藍圖，以善的理念作指導，把各種理念的模樣加入混沌的物質中，使之成為一個秩序井然的現象世界。造物主首先創造人的理性靈魂，在所創造的一切生物中，人是萬物之靈，次神創造人的靈魂的非理性部分和身體，還創造動物。靈魂也是有等級的，造物主之下是天體靈魂，其次是人的靈魂，動物靈魂是最低等級的。人類靈魂又分為理性、意志和欲望，決定著人類靈魂的上升或沉淪。柏拉圖把理想國的人分為三等，第一等是憑智慧管理國家的哲學家，故有“哲學王”之說，“哲學王”是金子創造出來的，級別最高；第二等是憑勇敢保衛國家的武士；第三等是從事手工業、商業和農業的“自由民”，他們服從統治。柏拉圖強調神的單一性和永恒性，以及至善觀和靈魂得救等思想，為基督教神學所吸收。梯利說：“基督教力圖使它的教義被有教養的羅馬人所理解和接受時，柏拉圖的體系乃成為它的思想寶庫。它的唯心主義、目的論、以一套理念為世界模型的思想、二元論、神秘論、對物質和感官世界的輕蔑、倫理的國家、靈魂不死的論證和人類墮落的學說，所有這些以及許多其他論點，對于希望表明這種新信仰是合乎理性的人來說，是受歡迎的禮品。”柏拉圖的理論在古羅馬以及中世紀都產生過深刻的影響。

與基督教關系密切的哲學思想還有古希臘晚期和羅馬時期的斯多亞學派、猶太—希臘哲學派和新柏拉圖主義。

公元前338年，希臘北方的馬其頓王菲力二世征服希臘各邦，亞歷山大繼承王位后，于公元前334年開始遠征，在12年中，憑借強大的軍事力量，建立了地跨歐亞非三大洲的帝國。亞歷山大死后，帝國一分為三，最后被羅馬征服。亞歷山大的東征，不僅促進這些地區社會歷史的演變，而且對東西方學術文化的交流和發展起到了推動作用。亞歷山大既想用武力征服世界，也想用希臘文明改造世界。據說他在征戰中建立了70多個希臘式城市，希臘的神廟、劇場、文學藝術、哲學等遍布各地，希臘文明與當地政治、思想文化融合在一起，歷史上把公元前334年到公元前30年這一時期，稱為希臘化時期。羅馬憑借強大的軍事力量創建了橫跨歐亞非三大洲的帝國，在征戰中，不斷吸收希臘的先進文化，從照搬向借鑒乃至創作過渡，羅馬人在武力和政治上征服了希臘，希臘卻在文化上征服了羅馬，可以說，羅馬成為希臘文化的直接繼承者。正如W.C.丹皮爾所說：“兩代以后，到公元前1世紀，羅馬人就征服了全世界，但是希臘的學術也征服了羅馬人。”羅馬人在希臘文明的基礎上建立了自己的文明。

斯多亞學派產生于希臘化時期，它是一個存在時間很長，流傳很廣的哲學學派。芝諾是其創始人和早期代表，據說他早年隨父經商，大約在公元前315年至前313年間來到雅典，閱讀了色諾芬和柏拉圖等人的著作，對蘇格拉底十分推崇。還學習過赫拉克利特、亞里士多德等人的作品。大約在公元前300年，在雅典建立自己的哲學學派。晚期斯多亞學派又稱羅馬斯多亞學派，以塞涅卡、愛比客泰德和馬可·奧勒留·安東尼為代表。斯多亞學派在說明萬物的產生時，把火看作原始的基質，加以唯心主義的發揮。他們認為，上帝是原始的火，具有創造力，它滲透到充滿惰性的性質料中去發揮作用，從而生成宇宙萬物。上帝與世界的關系，猶如人的靈魂與肉體的關系，誰也離不開誰。上帝是萬物的本原和世界的主宰。他們接受了赫拉克利特的循環論思想，引出世界性大火的循環理論。由大火理論和輪回學說，又引出了宿命論，他們認為，世間的一切事物都是絕對地被必然性所支配，這種必然性就是命運，天命是上帝的意志，上帝決定宇宙萬物，人作為宇宙體系的一部分，應該自覺服從命運，用理性指導生活，克制情欲，從而達到善的境界。世界上的一切都是事先安排好的，人們只能逆來順受，聽天由命。這種思想就是要人們敬畏神，絕對地服從神，在生活上忍讓克制，安分守己。他們不主張人沉迷于快樂、煩惱、恐懼和欲望等情緒中，倡導禁欲，要達到不動心、沒有激情的理想境界，順應自然生活。他們認為，人人都是上帝的兒女，彼此都是兄弟，人與人之間應該互相友愛，都是“世界的公民”。斯多亞學派的“世界末日”、“最后審判”、宿命論和禁欲主義、要求人們忍讓寬恕的思想都被基督教所吸收，成為基督教思想體系的部分。

猶太—希臘哲學派主要活動在亞歷山大里亞，亞歷山大里亞是馬其頓王亞歷山大在征戰的過程中，以自己名字命名的埃及城市，從希臘化時期起，就成為世界著名的科學文化城，希臘哲學在這里得到廣泛傳播，同時也接觸了東方宗教，特別是猶太教。猶太—希臘哲學派可以說就是希臘唯心主義哲學和東方宗教教義相結合的產物。最早將猶太教和希臘哲學結合的是逍遙學派的猶太人阿里斯托布魯斯，他認為希臘哲學家的觀點和猶太教義是一致的，希臘人在猶太教經典中汲取營養，同時，他又將希臘哲學用來解釋猶太經典。這一學派最著名的代表是斐洛，他出生在亞歷山大里亞的猶太教家庭，熟悉希臘文學和哲學，他采用當時通用的比喻法，用希臘哲學對猶太經典作寓言式的解釋，他認為希臘哲學源于猶太經典，上帝是絕對超驗的存在物，是萬物的基礎和源泉，他至尊、至善、至美。他把希臘哲學中的世界靈魂和理式概念改造成邏各斯，上帝通過邏各斯的中介，從混沌的質料中創造世界萬物，人的有限理性無法認識和理解上帝，也無法用語言形容，只能相信他的存在。人要從肉體的邪惡中拯救自己，就必須沉思默想、斷絕情欲，依靠上帝的啟示，才能使心靈與神相通，達到神人合一，這也是人生的最高境界。