4月初，左宗棠派隊赴援江山。4月13日，親督率各軍進扎江山縣石笏（hù）地方。14日，在小清湖擊敗李世賢部。16日，分路進攻石門花港。經反復激戰，于20日攻破太平軍營壘。李世賢部東走龍游、壽昌、蘭溪，返金華。左宗棠正議回師衢州，又逢太平軍楊輔清部由皖南寧國進入浙江，經昌化南下遂安，于是改變計劃，令劉典率軍由華埠、馬金自率親兵及各營由常山進駐開化。
5月13日，楊輔清部退回到皖南。左宗棠自開化還軍，于5月31日馳抵衢州西北的沐塵。左得知李世賢已從東、南、北三面聚集重兵圍困衢州，而西路常山已有劉培元一軍駐扎，遂令新到的王德榜、屈蟠兩軍進江山，而自率各軍由北路進擊。
6月8日，左宗棠指揮新任按察使劉典，道員屈蟠、王德榜及總兵劉培元、李定太等分九路并進，在龍游附近擊敗李世賢部。15日，李再戰，又失利，遂從龍游退守金華府。這時太平軍內部存在著太平軍與廣東“花旗”的嚴重矛盾，加上將帥之間“自相猜貳”，大都不接受李世賢號令，所以難以組織強有力的攻勢。6月20日，天王洪秀全命李世賢率軍回救天京。
從全局看，此時太平軍已處于被動地位，而左宗棠指揮的軍隊屢經擴編和增調，總數已達3萬人，而且配備了不少外國侵略者提供的新式槍炮，實力大為增強。
7月3日，左宗棠分南北兩路繼續東進，一路由劉典、楊昌浚率領進攻衢州北部地區，連破太平軍營壘三十余座；另一路由劉培元、屈蟠、王德榜等指揮攻破太平軍衢州東南兩面的營壘，迫使太平軍退守龍游、蘭溪等處，衢州圍解。
圍追堵截戰余杭
衢州雖然安全了，但以后的形勢依然十分嚴峻，面對數十萬之眾的太平軍，左宗棠兵力實在單薄，而清廷分攤各省的軍餉，絕大部分又只是一張空頭支票，根本無法落實，盡管左宗棠后來最大限度地擴充浙軍，也只能達到三四萬人，遠遜于曾、李所部的兵力，而這種擴軍，已經拖欠浙軍大量的軍餉。
即便如此，也不能將這三萬余人全部投入浙江戰場。浙軍攻克嚴州、富陽之后，本來可以較順利地一鼓作氣，乘勝攻克杭州，但此時安徽方面的太平軍先后攻克皖南諸多城鎮，浙軍只能按照曾國藩的命令，抽調劉典、王文瑞一萬多人馬前往增援，經過數月苦戰，將那里的太平軍擊退。
此時，曾國藩要求這一萬多浙軍繼續深入皖南，長期在安徽境內和曾軍進行會剿，這一次，左宗棠拒絕了曾國藩的命令，他只留下由王開琳率領的3300人駐守徽州屯溪鎮，將其余8000人全部撤回浙江。事后證明，左宗棠這一決定是非常正確的。
此時，浙軍已經開始進攻杭州，可是離杭州六十里的余杭也駐有太平軍重兵，如果單攻杭州，余杭的敵軍必然會進行支援，將會使攻城部隊腹背受敵，處于十分危險的境地，因此，必須在攻打杭州的同時，也攻打余杭。這樣，就只好將兩萬余人分開，同時對杭、余兩城發動進攻。本來就嚴重兵力不足，一分為二之后，就更顯單薄了。此時，離杭、余二城不遠的湖州，聚集著大批太平軍，一旦他們趕來增援，攻城浙軍將面臨險境，因此，調回8000人阻擊援兵，顯然十分必要。
李世賢因急于擺脫左宗棠糾纏，以回援天京，于六月中旬以攻為守，調大軍分兩路直取遂安，奔襲左軍后路。于是左宗棠調劉典等九營4000人回援。六月二十日，劉典等部與太平軍戰于遂安東南。二十七日（7月18日），李世賢退回金華，將兵力集中于金華、蘭溪、龍游、武義一線，作堅守打算。左宗棠統兵進入浙江以來，由于太平軍將士的英勇奮戰，使其進展相當緩慢，入浙八個月始終未能越過衢州一線。直至同治元年八月上旬，新任浙江布政使蔣益澧率廣西左江鎮總兵高連升、副將熊建益的湘軍8000人從廣西經湖南開抵衢州，戰局才開始發生變化。七月，清軍攻陷處州府，閏八月十三日（10月6日），蔣部高連升一軍攻陷嚴州府壽昌。李世賢見一時無法擊潰左宗棠的進攻，只好派將分兵扼守金華、湯溪、龍游一帶，阻截清軍東進。他自己則于是年閏八月（1862年10月上旬）奉洪秀全之命，率精兵7萬多人馳救天京。此時，浙江太平軍力量頓時薄弱。重點設防的龍游、湯溪等城，真正能作戰的留防士兵不過數千人。群龍無首，自然會亂成一團，部隊統帥不在，留浙各支太平軍沒有統一的指揮，士氣下降了很多，甚至有些將領選擇了投敵變節。而這一切，對左宗棠來說，都是非常好的機會。此后，不到半年時間，清軍相繼攻陷湯溪、龍游、蘭溪、金華、武義、永康、東陽、義烏、浦江、諸暨等地，特別是攻下了嚴州西北的軍事要地桐廬。桐廬位于浙江中游，自桐廬七里瀧徑下地勢漸平，江面漸闊。由于桐廬失守，太平軍在杭州上游的重地只有富陽（屬杭州府）一城了，浙西防線因而全部潰垮。為指揮各軍沿江直取杭州，左宗棠于同治二年正月下旬（1853年3月中旬），將大本營從金華移至嚴州府治（在浙江上游），派蔣益澧逼攻杭州。
在浙東方面，英法侵略聯軍于同治元年四月十二日（5月10日）悍然進攻寧波的太平軍。當時英國有戰艦4艘，水兵330人，由“爭勝”號艦長刁樂克統帶；法艦兩艘，水兵70余人，由“伊臺”號艦長耿尼統率。經過激戰，太平軍戴王黃呈忠、首王范汝增受重傷撤退，法艦長耿尼亦被擊斃，由“孔夫子”號艦長勒伯勒東繼任統領。此外，刁樂克在寧波當地招募了中國游民1000人，由英軍軍官訓練、統帶，組成中英混合軍，稱“常安軍”和“定勝軍”，又稱“綠頭勇”；不久，法國人寧波海關稅務司日意格等，也招募了400名士兵，頭戴花巾，稱“花頭勇”，后陸續擴充至1500人，組成中法混合軍，取名“常捷軍”。中英、中法混合軍成立后，就伙同清廷已革道臺張景渠，攻占慈澳、余姚，奪得奉化。此后，雙方展開了拉鋸戰。
這時，清廷還應法國公使之請，任命勒伯勒東為署浙江總兵，帶“常捷軍”1500人防守寧波。寧波作為對外貿易的一個重要口岸，在軍事上居于重要地位。通過寧波，既可以輸入軍火、糧食等重要補給品，又可以取得海關稅這筆重要收入。因此，左宗棠對寧波是很重視，他委派史致諤署理寧紹臺道，并明確指出：“浙中餉源全在寧波海口，此處無人籌劃，終無自立之理，仰面求人，其效已可睹也。”
同治二年正月二十六日（3月15日），清軍占領紹興，而“常捷軍”頭目法人勒伯勒東被太平軍擊斃。鎮海、臺州等地，也先后被地方地主武裝和中英、中法混合軍所奪占。二月初，張景渠又占領蕭山，逼近杭州。這樣，浙境太平軍的力量更為削弱，“金華、龍游、嚴郡、溫、臺等處陸續退守，兵屯富陽”。李秀成的部將聽王陳炳文、歸王鄧光明亦增援富陽，以保杭州。二月，左宗棠水師由副將楊政漠率領在富陽擊毀太平軍船只數百艘，太平軍全局崩潰已不可避免。曾國藩對此十分高興，致函左宗棠說：
閣下受事于糜爛之后，如大海巨颶櫓傾楫摧，一理陰云解駁，稍睹畔岸，遠近智愚，疇不怍慰！
皖南太平軍為牽制左軍東進，分兩路由皖入贛，以攏左宗棠后方：一路由歙（shè）縣、休寧準備越過婺源，直取江西的德縣、樂平；一路由黔縣準備越過祁門進取江西浮梁、景德鎮。為鞏固后方，左宗棠不得不將劉典一軍8000余人調回建德（嚴州府治）轉向皖南。這時由左宗棠直接指揮的兵力雖有3萬余人，但相當分散，除劉典、王開琳兩軍一萬余人（王開琳部3000余人）部署在皖南外，還有萬人左右分守下游的新城、桐廬和上游的淳安、遂安以及衢州、金華、嚴州等地。進攻富陽的部隊只有蔣益澧1萬多人，加上軍餉缺乏，瘟疫流行（左宗棠軍前后病死4000多人），所以在富陽與太平軍相持五個多月，毫無進展，左宗棠自己也得了瘧疾，陷入一籌莫展的境地。最后他決計求助于法國人組織的洋槍隊。同治二年七月二十六日（1863年9月8日），左宗棠將浙東德克碑的“常捷軍”1500人調至，配合蔣益澧進攻富陽。八月初七日（9月19日），清軍與“常捷軍”聯合攻破富陽城外卡壘，翌日占領富陽城，高連升部亦破新橋，并進而攻杭州。九月初六日（10月18日），太平軍聽王陳炳文、歸王鄧光明集中一萬余人分四路反攻，被擊敗。十月十八日（11月28日）太平軍再次從杭州反擊，又被高連升與“常捷軍”擊退。十一月初十日（12月20日），左宗棠從富陽趕至余杭督師，雙方在杭州、余杭展開了激烈的爭奪戰。
曾國藩為了迅速絞殺太平天國運動，在奪得安慶重鎮之后，他進一步加強了進攻部署。早在同治元年三月（1862年4月），他派李鴻章率領淮軍至上海，以上海為基地，全面進犯蘇福省。同年四月又讓其弟曾國荃率湘軍東下，圍攻天京。加上左宗棠率部進入浙東，攻陷富陽、撲犯杭州，太平天國處于三面夾擊之下，完全陷入被動挨打、其防線逐步瓦解的局面。十月二十四日（12月15日）太平軍的長江下游的主要城市蘇州失守，守城將士也出現了變節投敵的情況：其守將郜永寬等八人刺殺了慕王譚紹光，向淮軍投降。叛變事件也在浙江不斷出現。從同治二年十一月初七日到同治三年正月初八日（1863年12月17日到1864年2月25日），由于平湖、乍浦、海鹽、澉浦、嘉善、海寧、桐鄉等地的守將紛紛投敵，杭州成了一座孤城。
同治三年正月初九日（1864年2月15日），左宗棠將提督黃少春一軍從余杭調至嚴州，以遏阻從皖南援浙的太平軍。這時，皖南太平軍已由績溪進入昌化（屬杭州府），并南下淳安、遂安（嚴州府屬），威脅左軍后路。左宗棠做了嚴密的防務：命魏喻義自新城南屯嚴州，喻得成屯金華，戴奉聘屯衢州，并調王開琳部“老湘軍”由屯溪下趨淳安。正月十五日，王開琳會合黃少春部擊敗太平軍于遂安之昏口，太平軍分走婺源（皖南）、玉山（贛東）。二月十八日（3月25日），進入浙江北部的淮軍攻陷嘉興，杭州太平軍更失掎角之勢。城內個別將領圖謀通敵。二十一日（3月28日），蔣益澧、高連升等用大炮轟塌城垛三丈。二十三日后半夜，聽王陳炳文棄城北走。二十五日清晨，左軍攻陷杭州，蔣益澧、高連升等部及德克碑的中法混合軍入城后即大肆搶劫。同一天，太平軍康王汪海洋也棄余杭北走武康（屬浙江湖州府），清軍康國器等占領余杭城。三月初二日（4月7日），左宗棠進駐杭州，始申虜獲之禁，婦女財物各從其主，有敢取自賊中者，罪之。禁軍士入民居，招商開市。
在杭州的爭奪戰中，太平軍堅忍不拔，楚軍屢攻不下，傷亡嚴重，幾次遭潰敗。直到1864年3月，由于嘉興被楚軍攻陷，杭州的糧道和交通線都被切斷，無法據守，守將陳炳文動搖出走，錢桂仁率部千余人獻城投降，杭州城才被拿下。左宗棠獲加太子少保銜。8月，左宗棠主部攻陷湖州，受封為一等恪靖伯。
蘇浙根據地瓦解，蘇杭陷落。在太湖地區抗擊中外反動武裝的太平天國此后失去了回旋余地，不得不舍棄蘇浙，“就食江西”。三月初四日（4月9日），左宗棠遣楊昌浚率軍攻陷武康。初五日，太平軍石門（屬嘉興府）守將鄧光明投降。同日，李世賢、楊輔清、汪海洋退至昌化。以后，李世賢由皖南進入江西，汪海洋、陳炳文等轉戰浙皖；黃文金、楊輔清則留守湖州，與清軍在湖州一帶激戰兩個多月。
七月十二日（8月13日），干王洪仁玕亦至湖州。其時湘軍、淮軍已向胡州合擊，二十五日（8月26日），湖州城南門守將陳學明向蔣益澧投降。二十六日，洪仁玕、黃文金等決定放棄湖州，西走江西。二十七日（8月28日），左軍將領蔣益澧、高連升以及“常捷軍”首領德克碑會同淮軍將領郭松林、潘鼎新、張樹聲、劉秉璋等占領湖州府城。二十八日，由湖州西走的太平軍被左軍在梅溪擊敗。同日，楊昌浚經過月余的進圍，占領湖州府西境的安吉縣城，并追至孝平。
七月底八月初，黃文金與洪仁玕、黃文英、李繼佑等，在皖南作戰失利后東走浙江昌化。八月初五日（9月5日），黃文金病死，黃文英統率其軍。初七日，在昌化白蛇嶺被左軍擊敗西走。初八日，左軍在浙皖交界處之蜀口再敗太平軍。十八日，黃少春在遂安十六都迫使太平軍兩萬余人投降。八月下旬，左軍分別在常山、江山一帶擊敗太平軍。太平軍在皖浙作戰相繼失利，紛紛轉入江西，浙江境內的戰事基本結束。同治三年九月六日，左宗棠上奏朝廷，稱浙江太平軍已全部肅清。這樣，左宗棠又為清王朝建立了“規復浙江”的大功。
李世賢在江西聽到天京已破的消息，與康王汪海洋率部轉移到福建，相繼攻克汀州、漳州等城，建立了根據地。清政府采取分進合擊的方針，派左宗棠督楚軍從江西、浙江分道攻入福建。
赴閩督戰追余部
早在同治二三年間，當左宗棠所部的蔣益澧一軍，正以萬人之眾圍攻杭州，李鴻章的淮軍正由蘇州進攻常州，曾國荃在南京城外包圍圈逐步縮小，太平天國形勢日趨險惡之時，左宗棠便預料到，清軍各路人馬只知集中全力進攻那些名城大邑，卻忽略了防堵太平軍可能突圍退卻的必經之路。于是他特上一折，提出了防堵太平軍的意見。
金陵寇勢已蹙（cù），句容、溧陽、廣德均為賊據，其必由此逃竄，殆無可疑。臣三次函商曾國藩，遠防不如近剿，請其注意廣德。設寇由廣德竄入皖南腹地，晝夜疾馳，不數日即可出險，恐寧城各將，來弗擊，去弗追，終成不了之局也。曾國藩所慮，以無大支游擊之師。臣竊以為賊勢實窮，官軍兵力亦未為薄，如權緩急應之，蘇州既克，杭州之圍正急，海寧、嘉興之賊，不足為蘇州之患也。常州陳坤書，李鴻章言其不甚耐戰，暫舍不攻，金陵破，常州必應手而下。唯溧陽守賊李世賢狡悍著聞，賊竄必假道于此。李鴻章如暫緩嘉興不攻，由無錫移軍急攻宜興、溧陽，西北與曾國藩溧水守軍聯絡，縱未能即拔，較空此一路任賊竄過，自為騰之。曾國藩力持堅寧之議，見正布蓋皖南、江西防兵，固為老成之見。然賊知我以堅守為主，必不攻，各將以堅守為事，必不戰。倘賊舍城不攻，從間道疾馳而過，恐調撥尾追亦有所不及。何如厚集兵力，扼廣德、建平、東壩，與李鴻章一軍聯絡之為得乎？臣思慮所及，敢畢獻其愚。