按照左宗棠的看法，金陵、杭州、嘉興等地雖然仍在太平軍固守之中，但早晚必為清軍攻破。問題在于：太平軍在蘇浙皖交界處的溧陽、廣德等地仍有很大一部分兵力，假使曾國藩的蘇皖之軍不與李鴻章的上海軍東西聯成一氣，在南京與蘇州之間形成一條堅固的封鎖線，那么萬一太平軍自皖南贛東一帶突圍，與李世賢部會合，那時即使攻占了金陵等大城市，但整個戰局卻也成為不了之局。左宗棠的分析是有見地的，但是他的建議雖然高人一籌，卻并未引起清廷的重視。當時曾國藩正集中全力攻打南京，自無游擊之師可調，李鴻章又借口常州未破，他的軍隊不能越常州而遠攻溧陽。后來戰局的發展證明左宗棠的預見是準確的。

天京陷落前后，太平軍分散成五路陸續進入江西境內：沛王譚星、宗王李仁壽、天將林正揚等部由浙江開化進入玉山、廣豐；聽王陳炳文、康王汪海洋等部由皖南進入德興；侍王李世賢、來王陸順德、戴王黃呈忠等部由浙江開化進入玉山；凜王劉肇鈞、利王朱興隆等部由蘇南經浙西、皖南進入弋陽；干王洪仁玕、昭王黃文英、佑王李遠繼等部由浙江遂安進入玉山、廣豐。由于各路互不相統屬，勢同流竄，加之后有左宗棠浙西、皖南大軍的追擊，前有江西防軍的攔截，以及鮑超所部大軍的逼攻，太平軍一路損失慘重。

九月，太平軍余部分四路向福建挺進。來王陸順德從廣東大埔北上，占領閩南永定縣，再往北進取龍巖府；侍王李世賢率軍自江西南安府越梅嶺入廣東進攻南雄，后撤圍經平遠、鎮平、大浦等地，九月十四日（10月14日），東向進克閩東南的漳州府，斃清漳州鎮總兵祿魁、汀漳龍道徐曉峰和漳州知府扎克丹布等；天將丁太陽、林正揚等于九月中旬由江西云都、瑞金南下入閩境，十月十六日（11月14日）占領閩西南的武平，擒斬老湘營大將張運蘭（時任按察使），隨后東走永定。同時，康王汪海洋、佑王李遠繼、偕王譚體元、祥王黃隆蕓等占領江西新城縣，旋經寧都、瑞金進入福建汀州境內之灌田。據稱，同治三年秋，進入福建的太平軍總數在30萬人左右。這使閩浙總督左書常極為震驚。他奏請清廷以蔣益澧護理浙江巡撫，以楊昌浚署布政使，自己親自赴閩督戰。

十月二十八日（11月26日），左宗棠從杭州出發，揮清軍分兩路進入福建：西路飭幫辦福建軍務劉典率所部新軍8000人由江西建昌赴汀州府。又奏請清廷以記名臬司王德榜署福建按察使，帶所部五營（約2500人）自江西瑞金入汀州會合作戰：中路以提督黃少春、副將劉明珍兩軍共4000多人由衢州、江山取道福建浦城、建寧赴邵武一帶接防，騰出康國器一軍進攻漳州府；東路則以署浙江提督高連升部4000人、知府魏光邴部500人由杭州東赴寧波，雇輪船由海道赴福州，出興化（今莆田）、泉州。

十月上旬，原奉檄力圖泉州、廈門的署福建陸路提督林文察，偕同副將惠壽率軍進攻漳州。李世賢督軍反攻，擊破了惠壽的營盤，林文察退守玉洲。

十一月初三日（12月1日），李世賢率軍主動出擊，分別進攻萬松關、瑞香亭陸路各營及鎮內水營，陣斬林文察，并打退了署福建水師提督曾玉明的援軍。十一月十九日（12月17），汪海洋、李遠繼、譚體元等于汀州上杭、連城間之南陽、新泉等地，大破左軍西路劉典部，斬副將盧華勝、參將劉教廷，進占楊家坊。翌日，劉典退守連城，王德榜、王開琳等從汀州赴援。二十七日（12月25日），左宗棠率軍行抵延平（即今南平縣），護理浙江巡撫蔣益澧派署衢州鎮總兵劉清亮率3000人援閩。當時在福建的太平軍，主要有兩大支：李世賢以漳州城為中心，占有南靖、云霄（均屬漳州府）、龍巖（屬龍巖州），永定（屬汀州府），擁眾10余萬；汪海洋約有9萬人，扎老營于長汀、連城、上杭（均屬汀州府）交界的南陽，分軍守吉田、下車、南嶺一帶。這樣，閩西南大部地區一時均入太平軍版圖，聲威大振，形成了一個新的基地。左宗棠這時深感兵力不足，以自己所部的兩萬余人，加上協同作戰的閩軍、粵軍亦不過四五萬，不僅雙方實力懸殊，而且左宗棠說：“李、汪諸逆狡悍兇頑，倍于群寇”，深感難于對付。清廷為增加福建兵力，于十二月初五諭令新任福建水師提督吳全美（在粵），陸路提督郭松林（在蘇），汀州鎮總兵沈俊德，漳州鎮總兵李成謀（在鄂），金門鎮總兵王東華（在蘇），建寧鎮總兵張得勝（在皖），各帶本部赴任。

十二月初四（1865年1月1日），左軍中路黃少春進至漳州北溪，與高連升會同進攻李世賢。二十八日，閩粵清軍占領永定縣。同治四年一月二十四日（2月19日），清延建邵道康國器率軍攻占九龍江上下游咽喉要地——龍巖，切斷了李世賢與汪海洋兩軍的聯絡。二十七日，劉典、王德榜聯軍大破汪海洋之軍于連城新泉，使其精銳喪失過半。二月初四（3月1日），劉典、王德榜等占領汀州、連城間的南陽鄉，太平軍走上杭、永定。初七日（3月4日），劉典、工德榜又在上杭白沙擊敗汪海洋部。

三月初三日（3月29日），李世賢派軍分由崎下橋、北尾橋、打鼓山出城進攻，被黃少春、高連升等部擊敗。

二月初，李鴻章派郭松林、楊鼎勛兩軍8000人（配有洋槍）坐輪船由海道援閩，分別于三月初五、三月十七日抵廈門。左宗棠令其分道進海澄、漳浦，以攻漳州府南。十六日，郭松林聯合高連升、黃少春擊敗李世賢部。十八日，李世賢屢攻清軍漳州以北營壘，均被擊退。左宗棠再調劉明燈五營取道福州，由興、泉赴安溪，增加進攻漳州兵力。他本人也于四月十五日（5月9日）抵福州，就近督戰。四月中旬，淮軍郭松林、楊鼎勛等，左軍王德榜等分別在漳州南面和西北擊敗太平軍，合圍漳州府城。二十一日（5月15日），高連升、黃少春見烏頭門與東北樓內的寨勢成掎角之勢，認為要想攻克漳城，必先破樓內的賊寨；想取得樓內，必先破烏頭門的賊壘，于是會商劉清亮、王德榜、郭松林、楊鼎勛各軍，分路齊進，烏頭門十四壘被次第攻毀。太平軍傷亡慘重，余部向南靖退卻。各軍乘機攻城，李世賢率軍巷戰不勝，由西門撤出。至深夜，各軍陸續入城，太平軍在閩南的重要根據地漳州陷落。次日，南靖也被追擊而至的王德榜軍會同劉典軍攻陷。

三月下旬，劉典、康國器分路進攻汪海洋部。四月中旬，汪海洋南走廣東大埔（舊治在今大埔縣以北），因遇廣東清軍阻擊，又折回閩南。四月二十五日（1865年5月19日），汪海洋、李遠繼、譚體元兵分七路進攻永定，清軍在獅龍嶺伏擊獲勝，翌日再戰，汪海洋再敗，損失嚴重，后撤向西北，據守上杭、中都一帶。永定解圍。這一仗，康國器以八千之眾擊敗太平軍七萬人，主要靠抬槍之力，熟悉地形。左宗棠對康國器以少勝多，予以嘉獎。

李世賢撤出漳州后，即退向粵閩交界的平和縣，王德榜、高連升、黃少春等部清軍緊追不舍，太平軍傷亡頗眾。四月二十七日（5月21日），淮軍郭松林、楊鼎勛兩部，相繼攻陷漳浦縣城，五月初一日（5月25日），再陷云霄廳及福建東南端的詔安。五月初二（5月26日），康國器派康熊飛各營會同王開琳部截擊，李世賢軍大敗，降者達萬余人，李世賢帶傷連夜率十數騎乘馬過河逃脫，其軍散亡略盡。次日，楊鼎勛等軍分路追殺，宗王李學金戰死，天將何春貴等率余部兩萬余人降于王開琳。來王陸順德、天將林正揚率部撤入廣東境內，五月初七（6月2日），占領鎮平縣。至此，閩南太平軍只剩下汪海洋一軍數萬人，在上杭、中都一帶活動，于是清軍追剿太平軍余部的主要戰事從福建轉入廣東。

移師粵省除后患

同治四年（1865年）初，左宗棠加緊調集各路人馬進攻太平軍。江蘇巡撫李鴻章派郭松林、楊鼎勛兩軍由蘇援閩，抵達廈門。四月十五日（5月9日），左宗棠來到福州。調黃少春、王德榜率楚軍會同郭松林、楊鼎勛部淮軍猛攻漳州，李世賢向西南敗走。汪海洋部在永定、上杭等地連戰失利，不得已離閩入粵，占廣東鎮平縣（今蕉嶺）。汪海洋在鎮平筑營一個多月后，李世賢于六月底至汪海洋處，卻被汪殺害，實在令人痛惜。此時清朝方面則集中了來自福建、廣東、江西三省的軍隊對鎮平形成圍困之勢。汪海洋突出重圍，一度進入江西，后又轉進廣東，攻占嘉應州（今梅縣市）城，并決計在此死守。左宗棠則一面調兵遣將圍攻嘉應州，一面行抵廣東大埔親自督戰。清廷也發布上諭令左宗棠節制廣東、福建、江西三省軍隊，授予他“節制三省之責”。

隨著戰局的變化，左宗棠的指揮部也步步前移，同治四年五月初十，進抵漳州。汪海洋部撤入廣東后，左宗棠一面嚴令部下緊追，一面派康國器率部5000入粵夾擊。同年閏五月二十三日（7月25日），汪海洋與康國器交戰失利，退回鎮平。左宗棠令高連升、黃少春、劉清亮等在距鎮平數十里處扎營，汪海洋則在鎮平城外分筑30余壘，收稻積谷，準備長期據守。于是左宗棠在城外部署了四支清軍：以康國器、關鎮邦攻鎮平東南；高連升、黃少春、劉清亮嚴扼閩粵武平邊境，堵住太平軍北上之路；劉典、王德榜兩軍分屯福建上杭、武平，作為第二道堵截線，并飭粵軍扼鎮平西南，準備一舉消滅汪海洋部太平軍。