暗夜組織使用新研發的武器襲擊正在舉辦婚禮的海上軍人，殺死了其中八人。得知此情況的汪琦正在等柯林能夠給神秘特工隊送來信息。

貝爾找到柯林的父親，希望能夠拿回時光飛船，但是柯林的父親并不同意，詢問是誰要拿走時光，貝爾答應是時光主人，斯凱的爹不同意送走方尖碑，因為這是最后找回柯林的唯一希望。

時光主人召集時光塔人們開會，而時光塔主人正是會議主持人。時光主人將自己最新的計劃公開，詢問柯林父親的意見，柯林父親的回答讓時光主人印象深刻。

柯林看著古畫背后的符號，汪琦建議她去找貝爾揭秘。貝爾告知汪琦認識柯林的父親。貝爾告訴畫背后的符號是時光塔主人刻上去的。

黎影在暗夜組織大樓里看見柯林，柯林正將信息傳送給神秘特工隊，在一旁的貝爾看在眼里。

惠子懷疑柯林是外星人，這時候昊天打來電話約見汪琦。昊天來到實驗室，直言實驗室里有間諜，杰森被懷疑，但是最后在杰森的抽屜里找到了和暗夜組織聯系的證據，杰森被帶走。

昊天和汪琦見面，汪琦希望昊天能夠將古畫給他。昊天將杰森是暗夜組織間諜的照片給汪琦看。

由于柯林和杰森是實驗伙伴，昊天懷疑是柯林栽贓給杰森。作為刪掉照片的交換條件，貝爾想要帶走柯林去見她的親生父親，汪琦并沒有答應。看到此景，柯林想要沖出去阻止汪琦，但是惠子將她攔住。

汪琦將杰森的照片發給了神秘局的所有雇員，杰森被人追殺，沒想到被臥底在神秘局的楊銳所救。

昊天眼看自己計劃失敗，想要投靠神神秘特工隊，但是汪琦并不答應。汪琦希望貝爾能夠將柯林父親的地址告訴他，然后利用柯林設法接近時光主人。

柯林在地下室的地板上看到了她父親的照片，汪琦趕來。在外面監視這一切的柯林父親眼見自己的親生女兒憎恨自己，怒火中燒。惠子回到神秘特工隊，看見何巖，倆人終于團聚。而楊銳探員正是杰森之前的搭檔，柯林想到自己的父親拋棄了自己這么多年，柯林決定拒絕與父親相認。

汪琦將自己畫的符號顯示給柯林看，柯林回應自己知道這符號背后的意義，其實是一幅地圖。柯林的父親來到神秘特工隊見汪琦，把時光交給汪琦，希望能夠聯手毀掉暗夜組織。