趙軍憶上校將軍正在電視上講述暗夜組織給社會安全帶來的威脅，突然間黎影沖進會議室，傷害了現場的的議員，而且還冒充事神秘特工隊。

此時電視上正在報道暗夜攻擊軍委人員的事，汪琦看到報道立馬意識到就是暗夜的陰謀，先派惠子一行人去鹽塔找制造生化武器的烏亮，而柯林則負責去暗夜總部找有關生化武器的硬盤資料。惠子和柯林正在討論事情，何巖沖進來說是暗夜的陰謀。汪琦派玲子和前女友寒梅一起行動，但是寒梅并不愿意。

柯林的哥哥原來就是時光的繼承人，看到汪琦如此行事不利，竟然被暗夜組織偷襲，十分生氣，要自己親自出馬消滅暗夜組織。

玲子和寒梅兩人聊天，不歡而散。何巖正在自言自語，柯林進來。柯林從暗夜組織總部偷來了關于生化武器的硬盤。柯林告知硬盤在運輸過程中損壞了，何巖提供幫忙。柯林找到貝爾，希望貝爾能夠提供關于她哥哥的信息。貝爾知道柯林的哥哥心狠手辣，并不合作。便偷偷帶領柯林一行人到達時光塔，玲子找到烏亮，希望能夠看一眼生化炸彈。

神秘局的人發來信息告知玲子，烏亮就是暗夜組織的成員，汪琦十分擔心玲子的安全，沖了進去擊斃了烏亮。何巖覺得惠子在自己需要的時候離開了自己并刻意疏遠自己，不愿意再接受現在的惠子。

汪琦找到柯林哥哥的辦公室，通知柯林現在被關押在神盾局的地下室。柯林找到哥哥，哥哥告知柯林杰森是心口不一的人。柯林哥哥告知柯林是暗夜的人殺害了他們的母親，而汪琦已經和柯林哥哥達成協議，將柯林轉交給他，而柯林哥哥答應會幫助神秘特工隊摧毀暗夜組織。

何巖和玲子正在翻看之前的資料，玲子發現了和柯林哥哥有交集的黎影。

在時光塔時，黎影被時光飛船帶進了時光塔，之后變成了暗夜一名成員，此時汪琦一行人進來和暗夜大打出手，成功干掉對方很多死士。惠子找到何巖，何巖覺得都是因為惠子的到來才讓自己變成今天的樣子。何巖準備離開神秘特工隊，汪琦和他一番交談。柯林被轉交給時光主人，而柯林哥哥也在時光塔公布了自己的妹妹就是時光塔的一員，是時光飛船未來的主人。