一座古廟起火，里面一幅700年前的神秘古畫是唯一幸存者，而這幅畫的背面有時光飛船上相同的符號。

神秘特工隊來到畫展中心找到這幅畫的展覽現場，惠子和玲子成功進入現場。杰森和何巖偵察清楚周圍的情況，突然間發現昊天也在現場，何巖為了不暴露身份，找到昊天，希望他能保守秘密，昊天答應了他。惠子和玲子來到儲藏室找畫，沒想到地下室里面布滿了細細的縱橫交錯的紅線。由于已經被敵人發現，惠子大搖大擺地走了進去，觸動了報警裝置，但是畫根本不在儲藏室，柯林查到畫已經被昊天帶走了。

昊天給趙軍憶上校打電話，告訴他畫已經到手，但是神秘特工隊出現了。沒有拿到畫的惠子和玲子準備離開，昊天出現，希望何巖等人能夠和他合作解出時光飛船上符號的意義，何巖答應。

柯林和杰森正在說話，惠子鼓勵何巖去和她們說話。玲子打算去偷畫，看到了昊天，已經被洗腦的昊天打暈了玲子，而昊天正是黎影假扮的。黎影的同伴假扮昊天去抓何巖。

何巖將自己藏在車庫，不愿意和別人交流，惠子勸他。假扮的昊天來到神秘特工隊，直接叫走柯林和黎影談判，假扮的昊天在神秘特工隊隊員周圍里裝上了病毒炸彈。

何巖和假扮的昊天在車上談話，何巖懷疑假扮的昊天。何巖意識到

玲子醒過來，暗夜希望將她洗腦。玲子趁機掙脫，將暗夜打到。而何巖識破了假的昊天，兩人動手。昊天趕來幫忙，真假兩昊天打架，而何巖則去找畫。昊天成功打敗暗夜死士，而何巖擊倒死士，將畫拿走。

病毒炸彈啟動，何巖意識到問題的所在，趕緊和柯林一起將炸彈拆除，神秘特工隊的飛機安全。

惠子找到玲子，兩人撤離。昊天要和何巖慶祝今天倆人的成功合作，而何巖也卸下心結，和大家打成一片。此時汪琦回來了，想要和巖和昊天將今晚的情況討論一遍，昊天希望能夠和汪琦面談，汪琦拒絕。汪琦意識有人和他一樣也想知道方時光飛船上的符號，將之刻在了那幅畫的背面。而杰森的真實身份是暗夜的臥底也漸漸浮出水面。

原來柯林已經給杰森準備好了后路，如果杰森不能夠待在神秘特工隊，柯林就會將杰森送去她父親身邊。杰森對這樣的安排十分感動，但是汪琦命令柯林現在就殺了杰森。