日本戰國時代的農民暴動被稱為“一向一揆”，它對于所有的統治者來說都是十分棘手的一個問題。織田信長對付該問題的方法是以暴制暴。既然已經啟用“天下布武”的印章，自然一切都要用武力解決。但是，這也需要付出慘痛的代價。。
1574年7月12日，長島殲滅戰的第一槍打響了。信長投入了3萬兵力，大將包括：柴田勝家、佐久間信盛、丹羽長秀、前田利家、佐佐成政、池田恒興、森長可（森可成之子）等人。此外還有織田系親族部隊，由信長長子織田信忠率領的援軍：織田信廣、織田信興、織田信包、織田秀成、津田信成等人。海上，新結成的織田水軍部隊由大將九鬼嘉隆統帥，加上南伊勢織田信孝的神戶水軍和織田信雄的北畠水軍。對于這樣的陣容，本愿寺顯如根本沒有放在眼里，之前還親自來到長島進行作戰動員。紀伊國的雜賀黨首領鈴木佐太夫也派出了紀伊水軍救援長島城。本愿寺的暴民擅長使用鐵炮進行游擊作戰，之前正是這種戰法讓信長的部隊在陸地上受到了很大打擊。這次雖然有了水軍的幫助，但戰況依舊不讓人樂觀。
1574年8月4日，由于織田水軍封鎖了海面，一揆眾的兵糧耗盡，戰局才有所改觀。當天信長攻下了大鳥城，以此為突破，到8月13日為止，一揆眾就只剩下長島本城和江枝城兩座據點了。這時，作為敵人援軍的紀伊水軍也來到了戰場，準備為長島城送去糧食。信長立刻下令九鬼嘉隆討伐紀伊水軍。對于剛建成的織田水軍來說，戰斗并不輕松，然而信長和嘉隆給織田水軍配備的秘密武器使勝利的天枰轉向了織田一方，那就是鐵炮。古代傳統水戰中，弓箭是最有效的武器，所以船只多配備弓箭手。對于十分喜歡鐵炮的信長來說，在船上試用鐵炮是一項重大的改革。這種創新的想法也得到了九鬼嘉隆的認可，所以織田水軍的部分戰船都裝備了鐵炮。就這樣，有先進武器的織田水軍打敗了還在使用弓箭的紀伊水軍。這時傳來了江枝城暴民首領清九郎求見信長的消息。
一位面相樸實，皮膚黝黑的農民被帶到信長面前。“參見信長大人！”“你就是暴民的首領么？見我有什么事？”信長很不耐煩。“您圍城多日，我們已經彈盡糧絕，現在我們想把城池獻給大人。”“噢？那你們有什么條件呢？”“我們希望交出城池后坐船逃往攝津國的石山本愿寺，希望您網開一面不要追殺。”信長心想自己的部隊也已經連戰了一月有余，不妨接受他們的投降。“那好吧，你們準備何時獻城？”“7日之后……”“為何要等那么久？”“這。。城中百姓眾多，跟他們商議很花時間……”“好吧。”也許是過度的疲勞讓信長沒仔細考慮就答應了這個樸實農民的請求，但這位農民身后站著的卻是老謀深算的本愿寺顯如。
7日過后，信長的部隊得到了休整，而清九郎那邊卻沒了消息。信長多次派使者去交涉，可清九郎稱病推辭不見。信長慢慢的發現事情有問題，找來大家商議。“對于清九郎的事大家怎么看？”柴田勝家首先發話：“殿下，現在我軍已經休整完畢，沒有必要再跟他和談了，直接把城打下來就是！”丹羽長秀建議道：“這很可能是清九郎故意在拖延時間，我聽說毛利家也已經派出了村上水軍向這邊進發，時間越長只能對我們越不利。”池田恒興說：“聽說德川家的高天神城守將已經投降了武田勝賴，家康殿下那邊也十分緊急的希望您能去援助。”大家各抒己見。“唉，可惜竹中半兵衛不在身邊”信長嘆了口氣。就在這時候，有人進來報告“江枝城已經有隊伍陸續的向海邊走去。”“清九郎真的開始撤退了？走！大家跟我看看去。”
信長騎馬帶著眾將前去觀看，可把信長氣壞了。這哪里是逃跑？簡直就是在搬家么，說什么投降獻城，無非是緩兵之計。清九郎等百姓完全一副悠然的狀態，準備將城中的一切家當都帶走，他們有說有笑，動作十分緩慢。這時已經是1574年9月20日了。信長后悔中了清九郎的緩兵之計“照他們這樣子撤退等到年底也撤不干凈啊！可惡！立刻下令對正在向海邊搬運物品的農民和百姓發動攻擊。”同時，信長還命令九鬼嘉隆一旦發現有出海的船只一律擊沉，并提放毛利的援軍。憤怒的清九郎帶領民眾組織反擊，最后不敵身亡，江枝城陷落。
9月27日，信長包圍了長島城御堂。9月28日拂曉，信長下令猛攻！信長之兄織田信廣（就是以前被今川家俘虜用來換回德川家康的人）帶領織田親族第一個沖向了城池。信長更是親自來到城下督戰。敵人守在城中不斷的向外發射鐵炮，兩波沖鋒都被打了回來。柴田勝家和丹羽長秀見狀帶領本隊吸引敵方火力，終于織田信廣的第三次沖鋒攻破了長島城的大門。可織田信廣等織田親族立功心切，單獨殺入城中并不斷深入。后續的部隊由于受到鐵炮的攻擊多半并沒有跟上，導致了慘劇的發生……時至中午，正在馬上督戰的信長不斷接到噩耗“織田親族隊在三道門外遭到敵人伏擊……”“織田信廣大人戰死……”“織田信興大人戰死……”“織田秀成大人戰死……”“津田信成大人戰死……”自己親人接二連三陣亡的消息讓他已經說不出話，只能用兩眼緊緊望著長島城的屋檐……
天色已晚，信長暫時收兵，叫來了眾將開會。先是由親族隊僥幸逃回來的織田信忠和織田信包交代城內的情況。對于信廣等人的死大家也都十分傷心，簡單的進行了哀悼。之后，信長發話：“諸位，我已經決定了。今晚夜戰，放火燒城。”……眾將都大吃一驚，面面相覷，難道比睿山的一幕又要重新上演了？最有資歷的佐久間信盛壯著膽子說：“殿下，長島與比睿山不同，城中的都是百姓農民，不可妄殺啊。”信長憤怒的說：“在我眼里他們已經不是百姓了，還記得清九郎么？城中的人應該也都與他一樣，是被本愿寺顯如迷惑了的暴民。我們已經耽誤了太多時間，必須在10月到來前結束這場戰斗！”看著信長憤怒的表情，沒有人再提出其他意見。晚上8時，準備好火攻的信長部隊再次對長島城發動了進攻。城內的暴民沒有想到信長會夜戰，當然也更沒想到他使用了火攻。。
1574年9月29日，和比睿山一樣，長島本愿寺御堂被一場大火燃燒殆盡，想逃出城外的百姓被守在城門口的織田軍無差別虐殺.死亡者2萬余人……