海軍，對于每個軍隊來說都是十分重要的組成部分，三國時東吳就利用水軍多次戰勝了比自己勢力強大的曹操。在日本戰國時代水戰也一樣重要。想要稱霸全日本的織田信長軍團，無論在陸地在海上都必須是所向無敵的。
1573年9月，信長回到了岐阜城并對在討伐足利、淺井、朝倉等戰斗中有功的武將進行了封賞。其中獎勵“猴子”成為近江今濱城的城主，丹羽長秀成為近江佐和山城城主，兩人平分了淺井長政的領地。朝倉家領地依舊由降將前波吉繼、朝倉景鏡等人管理。明智光秀成為南近江坂本城的城主，其他人也各有獎賞。然而很多人對于信長給予“猴子”的獎勵心存不滿，尤其是像柴田勝家和丹羽長秀等這樣的織田家老臣。后來，木下藤吉郎聽從軍師竹中半兵衛的建議，向信長提出改名的請求。于是，在一次評定大會上，猴子說道：“信長大人，今日猴子終于有了自己的城堡，不過木下藤吉郎這個名字與我城主的身份不太合適。”“喔？這么說來也是，那你準備改成什么名字呢？”“在下想允許柴田勝家和丹羽長秀兩位大人，將名字中的一個字賜給我，組成‘羽柴’這個姓。”在場的柴田勝家和丹羽長秀十分吃驚，并開始注視著這只“猴子”。“哈哈哈，那你為什么要叫羽柴這個姓呢？”“恩，在下認為雖然我是一城之主了，但是論武勇比不過柴田大人，論內政比不過丹羽大人，他們乃是我學習的榜樣。”信長也明白了猴子的用意，希望他能和其他家臣搞好關系，所以轉向丹羽和柴田“權六（柴田），五郎左（丹羽）現在猴子有這么個請求，不知道你倆意下如何？”兩人異口同聲：“既然木下大人有此美意，我等自當同意”。就這樣木下藤吉郎改名為羽柴秀吉，到今濱城上任去了。
然而亂世沒有給信長太多喘息的機會。身在石山本愿寺的本愿寺顯如和尚并沒有放棄，開始策劃對付佛敵信長的又一輪攻勢。不久，在信長領地內的伊勢長島城和朝倉家舊領的越前國就發生了由本愿寺和尚帶頭的農民暴亂“一向一揆”。顯如和尚不僅為他們提供鐵炮等新式武器，更是派遣自己有能力的部下去領導暴動。此外，曾經背叛信長的河內和泉國大名三好義繼，收留了被信長流放的足利義昭，從飯盛城起兵準備攻入京都。
1573年9月24日，伊勢長島城守將瀧川一益告急。信長迅速調集尾張、美濃、伊勢三國的兵力前去救援，但為時已晚。在敵人水陸同時進攻下，長島城再次被攻陷。瀧川一益逃出與信長匯合，信長準備大舉進攻奪回長島城，可是情況卻沒信長想的那么簡單。無數的暴民在宗教的精神控制下已經近乎瘋狂，再加之他們擁有顯如提供的大量鐵炮，同時還有水軍的支持。織田軍陷入了打持久戰的危機。信長果斷撤軍，開始苦想對策。
1573年10月，從長島撤回的織田信長，開始對付另一個敵人三好義繼。從河內國起兵的三好義繼受到了明智光秀與松永久秀的牽制，一直沒能攻克城池。11月信長命佐久間信盛為總大將，明智光秀與松永久秀為援軍，一同攻打三好義繼居城飯盛城。11月16日，三好義繼的家臣們懼怕信長大軍，隨即背叛了義繼獻城投降。近畿內的名門三好家滅亡，其殘余勢力逃亡到四國島。見義繼失敗的足利義昭也繼續南逃，來到了紀伊國的畠山家。
1573年末，信長為了攻克長島城與眾將商議組建水軍一事。可對于水戰，沒有一位有十足經驗的武將。這時，瀧川一益向信長保舉了一名海賊頭領——九鬼嘉隆。早在1570年信長第一次進攻伊勢的時候，曾經也是苦戰一場打下了北伊勢由愿證寺證惠把守的長島城。而在南伊勢則有豪族神戶具盛和大名北畠具教擋在了信長面前。最后兩人不敵信長的大軍，戰敗講和。分別收了信長的三兒子織田信孝和二兒子織田信雄作為養子，等兩子長大成人后直接接收神戶和北畠的家業。其中在與北畠家的戰斗中，信長軍受到過被北畠家雇傭的熊野水軍的攻擊，這支水軍的領袖就是九鬼嘉隆。正因為曾經做過對手，信長深知熊野九鬼海軍的實力，立刻聘請九鬼嘉隆為侍大將，正式組建織田家的水軍。
1574年1月，武田信玄之子武田勝賴兵發兩路，一路攻打德川家康的高天神城。一路攻打織田家東美濃的巖村城。家康派到信長處請求援兵的使者遭到了拒絕。“告訴家康，我將帶領我的兒子信忠一起去援助巖村城的遠山景任。只能讓他自己防守高天神城了。”然而巖村城守將遠山景任業已病重，面對武田的大軍更是心力不足，之后病死城中。景任的遺孀巖村殿帶領城市守軍繼續作戰。武田軍大將秋山信友展開了感情攻勢，最后在信長的援軍來到前俘獲了巖村殿的心，占領了巖村城。信長不想與武田軍正面沖突，退回了岐阜。
1574年3月正親町天皇接見織田信長，授予信長從三位參議的官位。并與信長游覽東大寺正倉院，東大寺中藏有一件圣武天皇留下的皇家寶物“蘭奢待”（一種高級香木）。之前，第8代將軍足利義政曾經向天皇請求割取蘭奢待的一片賞賜給自己。如今信長也向天皇提出了同樣的要求（以向其他大名顯示自己和天皇的親密），天皇答應了信長的請求，并昭告天下。全日本的大名紛紛發來祝賀的信函，就連遠在奧州的伊達家也包括在內。
1574年7月，在伊勢國東南岸熊野灘名叫“鳥羽之砦”的織田軍水軍基地建成（以前海賊的據點）。大將九鬼嘉隆集結了戰斗關船1100艘，大型戰船20艘，向信長復命。“終于是時候了！”信長一聲令下，集結了3萬大軍再次開向長島——這個讓他十分頭疼的地方。