埃德加先是在附近的兩個長老會教堂做禮拜，即位于馬里蘭和東北第六街的東長老會教堂及都市長老會教堂。后來，這兩個教堂合并為國會山長老會，聚會地點在原來的都市教堂。舊的東長老會教堂變成黑人聚會處。胡佛在小學時期的最初幾年大概是在主日學校做禮拜，他在那里領到一本《新約全書》以便背誦圣經經文。埃德加上小學時，狄克加入了路德教會，地址是位于獨立大道的第二、第三街之間的國會圖書館附屬部。
埃德加隨著哥哥加入了路德教，于1907年成為主日學校的班干事，當時狄克是這個主日學校的主管人。1907年9月，這兩兄弟都還是路德教會的教友時，本堂牧師約翰·威德利博士在狄克未婚妻的家里為狄克主持了婚禮。同年12月27日（星期四），這位牧師又在西沃德廣場411號狄克家里為埃德加施了洗禮，從此，埃德加成為正式教徒。
1909年埃德加14歲，他辭去了主日學校的班干事職務，但大概仍然是路德教會的教友，后來又被選為主日學校的校干事，這也許是他這個年齡的人所能擔任的最高職務了。大概就在這時，胡佛兄弟們覺得像他們這樣的年輕人在本區已撈不到什么好處了。狄克開始受輪船檢查機構宣傳的影響，埃德加的目光也開始從東區高中轉向聲望更高的中區高中。兩兄弟開始尋找其他的教會和派別。
1909年2月14日，埃德加參加了基督徒力行社的聚會。該社是公理會的青年組織。第二天，他去救世主教堂聽了狄克的講道。2月16日，他又去圣保羅教堂參加布道會議。根據埃德加在日記中的記載，1909年他還繼續上主日學校，也繼續留在路德教會。但到年底，他和狄克下了很大的決心，狄克從路德教會轉到了老長老會的“老第一”教會，它位于華盛頓西北部國會山腳下，靠近司法部廣場的約翰·馬歇爾廣場，離西沃德廣場約有八個街區或有軌電車一站的距離。
1910年1月9日，狄克擔任本堂長老之職。埃德加再次效法狄克，1910年9月11日，他在日記中寫道：“我加入了長老會，首次從D.麥克勞德博士手中領取了圣餐。”狄克和埃德加可能是由莉蓮介紹到“老第一”的，因為莉蓮1908年6月20日的婚禮就是由“老第一”教堂的牧師主持的。莉蓮是“老第一”教友的另一證據是麥克勞德牧師于1910年6月23日給莉蓮的女兒施了洗禮。
轉到“老第一”后，胡佛兄弟們也就從一個沒有什么社會地位的教會轉到了代表國會山中產階級最高層的教堂，這個教堂是華盛頓最有名望的教堂，也是美國最著名的長老會教堂之一。長老會還沒有這個教堂的時候，就在國會山最高法院的舊樓主持禮拜，它的教友中有總統、最高法院的法官和國會的議員。由于金錢和上流社會在19世紀早期向更遠的西北部移動，因此“老第一”只是頂著上流社會之名，來此聚會的教徒其實都是中產階級。胡佛后來一直保持了“老第一”及其后身“長老會全國中心”的教友資格。他經常說這座教堂和這里的牧師對他青年時代的影響很大，特別是唐納德·坎貝爾·麥克勞德博士，他在1899～1913年間任“老第一”的牧師。其次是約翰·布雷頓·克拉克，他繼麥克勞德之后于1913～1926年任“老第一”的牧師。
雖然埃德加·胡佛曾是路德教堂主日學校的一名雄心勃勃且有獻身精神的成員，但當他轉到“老第一”主日學校后，變得更加虔誠了。他在日記中提到了1910年秋季在該教堂舉行的教師會議。他顯然在整個高中時代一直領導著主日學校的一個班級。他的朋友們回憶說，他經常身穿他在中區高級中學軍訓時的制服去給他主日學校的班級上課。他們認為這表現出他有非同尋常的熱誠。
埃德加作為主日學校教師的職責是根據由全國性主日學校組織“美國主日學校聯合會”制定的圣經課文準備每一周的講課。他還負責防止“老第一”主日學校的學員轉入別校和吸收新的學員，以保持高度的士氣和熱誠。
作為主日學校的教師，如果對學校的教義在社會、政治或宗教方面有什么保留，或者不善于管理同他年齡相差無幾的學員，他就不可能取得極大的成功。胡佛時期的主日學校是一個具有一百多年悠久歷史的全國性機構，它的品格和風格久負盛名。很多美國人認為它的宗旨頗有吸引力，也有一些人認為它十分荒謬，埃德加·胡佛顯然是接受它的。
埃德加和狄克并非生來就是進主日學校的材料，只可以算是皈依宗教者。對他們來說，在主日學校不僅能學到禮儀，而且使人有機會投身到前進的新教運動中去，使變化中的美國產生一種秩序。主日學校把胡佛卷入到時代精神中來。胡佛在主日學校里接觸的人都認為“組織不但是一種需要，而且是生活中的主要創造行為”。胡佛日后事業上的重要標志是他的組織才能和對官僚程序的熱愛，這也是當年作為主日學校的領導者取得成功的必備條件。
埃德加任主日學校教師時，常常在班上領唱贊美詩和訓練學生們背誦圣經（他本人曾是“老第一”唱詩班的童聲高音部成員，直到他變嗓子為止）。唱歌是主日學校最著名也是最普及的活動。活動中出現了這樣一些著名的贊美詩，如：“圣經這樣告訴我們，我們將在河邊集會”，“傾聽主日學校大隊的腳步聲”及“我是一名小士兵”。胡佛最喜歡聽主日學校孩子們集會時唱的一首反對犯罪的歌，“叫他住手！叫他住手！無論他犯了什么錯。”
胡佛在主日學校強調背誦圣經，且采用全國主日學校組織規定的標準課程表。他的教學計劃是根據孩子們的興趣選出段落，把每堂課都組織得像一篇訴狀，引導全班人接受其中的道德訓誡，并為耶穌做出裁決。這位前主日學校教師的做法和目標與他后來任聯邦調查局局長時沒有什么兩樣，只是他在道德課上引用的例子已經不是該隱和亞伯，而是約翰·迪林杰、馬·巴克和哈里·德克斯特·懷特等人，如此而已。
1948年時，胡佛曾把他的主日學校描繪為“預防犯罪實驗室”，美國人以為他指的是主日學校每周灌輸的道德格言，但對他來說，主日學校的意義遠遠不止這些，它反映并強調了一個幾乎被人忘卻的生活方式，它曾經是保衛傳統的美國不受外來人侵擾的十字軍，而外來人的真正罪過就是他們引起了胡佛幼時的美國，即西沃德廣場的美國的恐怖感。
高級中學的優等生
在華盛頓受尊敬的中產階級認為，公立學校同教會一樣，是神圣的機構。1909年，埃德加決定離開西沃德廣場去三英里外的中區高級中學上學，而不去相隔一個街區的東區高級中學（狄克和莉蓮讀過書的中學），這是經過深思熟慮的，目的是尋求本市能夠提供的最佳機會。中區高級中學是市里歷史最悠久、最有威望、最負盛名的公立學校，能從那里畢業便是在白人中產階層社區里取得了一項重要成就。
中區高中是埃德加施展雄心的一個理想地方。該校于1882年成立，是城內第一所白人學校，當時東區、西區、分校、商業學校、技校都還沒有成立。人們稱它為華盛頓高中。1909年至1913年，胡佛在那里上學時，該校位于第七街和“O”N·W·街的舊址。胡佛畢業三年后，學校搬到了第十三街和克里夫頓街N·W·的一個居民區，距離哈佛大學僅幾個街區。中區高中連同它的學校設施和運動場占了整整一個街區，當時是全市最好的學校。
胡佛上學期間，華盛頓的公立學校在學術上已達到了很高水平，學校領導有方，管理出色，特區當局撥給的預算足以使歷任校長聘到優秀的教師。當時，華盛頓的公立學校，特別是高中名聲遠揚，因此吸引了不少弗吉尼亞和馬里蘭的學生離開本州來此就學。從1902年到1920年，其中包括胡佛在那里讀書的時期，中區高中是由埃默里·M.威爾遜領導，他被畢業生們譽為該校歷史上最優秀的校長。威爾遜領導著一支杰出的教師隊伍，他為學生們（胡佛入學那年有1060名學生）制訂的課程表要求極為嚴格，此外還定期邀請美國政界名流來校演講，該校在華盛頓地區鼓吹學校精神和推崇榮譽感。學生們都積極參加體育活動和課外活動，他們代表本校在校際競爭中爭奪球隊和俱樂部的領導職位，奪得勝利就會贏得贊頌。球隊獲勝后，學生們就會聚集起來慶祝勝利，齊唱“贊美給我們賜福的上帝”。華盛頓也將該校的學生看作本市青年中的精英，所以學生們也都想在本校爭得一點名氣。
就像傳說中的英國公立學校的學生們一樣，中區高中出來的許多學生對他們在這里經歷的生活都懷有非常強烈的感情，似乎在他們后來的生活里就找不出什么事情值得與它相比。一位校長說，中區高中甚至超過了英國公立學校。“論出人頭地的畢業生之多，中區高中堪與伊頓公學或哈羅公學相比。”這位校長在1941年寫道，“只有一點例外……那就是，進入這所學校不看等級、財富和社會地位，所有人都可以進來，每個人在這里和后來生活中出名的機會都是均等的。”1912年（胡佛畢業的前一年）的畢業生代表在該校第55屆聯誼會上說：“中區高中具有一個私立學校的全部熱情，我所指的是所有的人都可以進入本校。從本校出去的人中許多都成了杰出的公民——醫生、律師、外交官。它雖然是一所公立高級中學，但它享有地位。它有一種個性，有一種氣魄。”
不過并非所有人都可以進入中區高中，因為它是一所種族隔離的學校，排除黑人入校似乎是使中區高中學生們具有優越感的一個主要因素。在該校的出版物中隨處可見種族主義的意識。