埃德加·胡佛出生在一個普通移民后代的家庭里，父母兄姐對他寵愛有加。小時候他就很聰明，學業優良。在學校里，他也是一個出類拔萃的人物，受到老師和學生的歡迎。這為他后來走進聯邦調查局擔負重任奠定了良好的基礎。
普通人家誕生的孩子
在18、19世紀的美國移民潮中，兩個分別來自德國和瑞士的家庭來到美國，他們的后代，出現了一個足以讓美國人愛恨交加的人物。
埃德加于1912年曾在一個小日記本中記錄了胡佛家族的重要資料，當時他17歲，在中區高中高年級讀書。“1857年11月21日，我父親狄克遜·N.胡佛出生在西北區第六街道第（空白）號，我母親安妮·M.夏特琳于1861年9月12日生于華盛頓。狄克遜·N.胡佛于1879年9月11日8時在東南區的‘B’和第四街長老會教堂娶安妮·M.夏特琳為妻。那天，天氣涼爽，夜色迷人，切斯特博士主持婚禮。這是國會山舉行過的規模最大的婚禮。教堂從里到外直至門口和臺階上都擠滿了人，當時我父親22歲，母親19歲。”
在華盛頓國會山背后三條街區之外，有一個廣闊的廣場，叫作西沃德廣場。從廣場413號到國會山，散步只需5分鐘。約翰·埃德加·胡佛于1895年1月1日就出生在這個地方。77年后，他的遺體又被停放在這里供人瞻仰。他在這里住了43年，直到他的母親1938年逝世后他才離開。他是胡佛家族中最后離開此地的人。他離開時，這片地區已經發生了變化，但西沃德廣場的古老價值觀，即南部的、白人的、基督教的、小城鎮的、本世紀初華盛頓的價值觀始終伴隨著他的余生。
埃德加的父親狄克遜·N.胡佛在距西沃德廣場三英里處的華盛頓西北區長大。那里靠近胡佛后來就讀的位于西北區第七街和“O”街的老中區高級中學。狄克遜的父親，即埃德加的祖父約翰·托馬斯·胡佛在美國海岸與大地測量印刷所工作，狄克遜后來在這里當制版工，最后成為印刷所所長。據胡佛家族里傳說，約翰·托馬斯·胡佛之父，即埃德加的曾祖父是個泥瓦匠，曾參加建造國會山。狄克遜的母親，即埃德加的祖母，一直與她的小兒子霍爾斯特德·胡佛住在中區高級中學附近。霍爾斯特德同埃德加一樣，也一直沒有結婚。他同他的孀居母親住在一起，直到她去世。
埃德加的母親安妮在西沃德廣場長大，她的家庭早在南北戰爭之前就定居在那里了。她的祖父母約翰·希茲和安娜·希茲1820年左右從瑞土移居到這里。約翰·希茲是一個采礦工程師，他曾在蘇必利爾湖產銅區和北卡羅來納州的金礦工作過。1853年，已在華盛頓定居的希茲成了瑞土領事（當時在瑞土國內屬高級外交官職位）。在他的三個孩子中有埃德加的外祖母瑪格麗特·夏特琳太太和一個也叫作約翰·希茲的舅爺。這位舅爺于1864年接替其父作了瑞士領事，當時，該職位已升為總領事（希茲及其父親大概都保留了美國和瑞士雙重國籍）。
在埃德加的孩童時期，他的外祖母夏特琳住在廣場對面，她和埃德加的舅爺常在星期天去胡佛家做客。這一家星期天的晚上通常是這樣度過的：一家人圍坐在客廳里的桌子旁，由白胡子的瑞士總領事領讀《圣經》。從夏特琳這邊算來，埃德加是哥倫比亞特區法官威廉·希茲的親戚，也是美國最高法院法官哈羅德·伯頓的遠親。
安妮和狄克遜婚后搬到東南區國會山第六街的一處住宅里，那里離安妮母親的家很近。
據年輕時期的埃德加的日記記載：“1880年9月9日（星期四）凌晨2點30分，我的母親安妮·M·胡佛生下了小狄克遜·N·胡佛。那是一個快樂的日子，醫生是麥金姆。狄克生在東南區第六街第（空白）號。”這個出生的孩子就是埃德加的兄長狄克，比埃德加大15歲。他在個人事務和公務方面都是他弟弟的榜樣。
埃德加的日記里又寫道：“1882年11月12日（星期日）上午10時，我的父母親生下了我的姐姐莉蓮·漢弗萊·胡佛。這是個快樂的日子，醫生是麥金姆。莉蓮的出生地點是東南區西沃德廣場414號，這是她外祖母（瑪格麗特·夏特琳）的家。”
胡佛的雙親先是搬到了這里居住，后來才買下了公園對面的房子。八年后，當胡佛家搬進他家的永久住宅西沃德廣場413號時，另一個孩子又加入到由10歲的小狄克遜和8歲的莉蓮組成的行列里。
日記繼續寫道：“1890年6月2日（星期天）下午3時，我的雙親生下了塞迪·瑪格麗特。這一天是晴天，很熱，醫生是馬倫。塞迪的出生地點是華盛頓哥倫比亞特區西沃德廣場413號。”
1893年，當老狄克遜36歲，安妮32歲，而小狄克遜和莉蓮分別是13歲和11歲時，胡佛家失去了3歲的孩子塞迪。8月2日，塞迪·瑪格麗特因患白喉病死在新澤西州。她被葬在華盛頓特區國會墓地。塞迪的墓地成了胡佛家的圣地。埃德加在信件和日記里都提到過去為這個墓地除草的事。
塞迪死后不到一年半，約翰·埃德加·胡佛出世。他在日記里記載道：“1895年1月1日上午7時30分，我的雙親生下了約翰·埃德加·胡佛。那天很冷，有些積雪，但很晴朗。醫生是馬倫。埃德加的出生地點是東南區西沃德廣場413號。”
埃德加是他父母的寵兒，他的父母溺愛子女。直到他們謝世為止，他們一直對女兒之死充滿內疚之情。埃德加的哥哥、姐姐大概也是出于喪妹之痛，對埃德加特別珍愛。總之，這位未來的聯邦調查局局長是全家的寵兒。
聰慧少年埃德加
從埃德加幼年的照片看來，他是個有點憂郁的孩子，總是偎依在父母的身邊。1901年，他6歲開始上學。那時，西奧多·羅斯福即將成為總統。埃德加從上學一開始，就是個聰慧的學生。他在一年級的平均分數是93.8。從三年級到八年級，他的數學、代數、文法、語言、書法、閱讀、歷史等都是“優”或“良”。
埃德加在日記里寫道：“1901年9月，我6歲進布倫特學校一年級讀書，平均分93.8。三年級第二學期，我名列全班第一，平均分數為96。三年級全學年，我考試名列第一，平均分數為95.8。在1909年6月，我14歲那年從該校畢業。我從未留級，品行優良，在每個年級都有很高的威信。除七年級外，我每年都在布倫特上學。我七年級時在華萊克上學，八年級時又轉到中區高級中學。我最好的班級老師是八年級的多爾頓小姐，她是個杰出的女人，從道德上培養了我。此外，七年級的老師斯諾登小姐從智力上培養了我，四年級的老師欣克爾小姐培養了我的紀律和智力。五年級第一學期，我考試名列第一，平均分數為93.8。”
1906年，埃德加的哥哥狄克26歲，在他的輪船檢查公司的工作上和個人生活上（他27歲時結婚）都面臨一個重要階段。但他還是盡力找出時間幫助他11歲的弟弟編輯一份社區小報，即每期兩頁的《每周評論》。編輯埃德加·胡佛以每份售價1美分的價格售給家里人和鄰居們。埃德加自任印刷商，狄克的身份是本報的“打字員”，他要將弟弟收集來的笑話、鄰里的閑談碎語以及編造的廣告等統統打印出來。復制小報是采用活版印刷，即當時政府機構辦公室里復制文件的一般方法。很可能是狄克讓埃德加到他輪船檢查公司的辦公室里印刷的。
小埃德加不僅是個觀察員和記者，他還很活躍，性格開朗，興趣多變，一旦對什么發生了興趣，就熱心地去干。當然，他大部分時間還是在學校讀書。1909年，他在一所公立學校布倫特小學就讀。他的小學階段幾乎全都是在這里度過的，七年級時轉到華萊克學校（位于賓夕法尼亞大街和第七街的東區高級中學處），這大概是因為布倫特小學的學生過多了。當時像現在一樣，這是學生轉學最普遍的理由。
布倫特的課程要求嚴格，如，八年級學生要學代數學，給學生挑選的文學教材是為了保證學生們熟悉美國的流行古典作品，并對歐洲文學有個粗淺的了解，其中必讀作品有莎士比亞的《威尼斯商人》《希臘神話集》，笛福的《魯賓孫漂流記》，狄更斯的《雙城記》《圣誕頌歌》，等等。在這里，學生們每天課前都要進行禱告，《圣經》是每日的必修課。學校為了教育學生們成為好公民，叫他們了解古代傳奇、圣徒的話以及使西方文明世界居世界領導地位的科學奇跡。在布倫特對限定的思想和價值體系加以貫通并能在作業中表現出來就是一個在學習上取得成功的學生。
埃德加讀書時期的華盛頓公立學校，注重公民身份和紀律（直到1913年還有體罰）。學校要求學生衣著正規，男孩子穿短上衣，打領帶，低年級學生穿燈籠褲，高年級學生穿長褲，女孩子穿女服或裙子配寬大短外套。學生的服裝是如此統一，從他們在教室里照的照片上看，好像都穿著制服。布倫特小學在另一個方面也很統一，由于當時學校實行種族隔離，所以該校只有白人學生。
埃德加可以自由支配他的課余時間，或者自己玩耍，或者參加有組織的課外活動。他在1908年至1910年的日記中寫道：“去了木匠鋪，我做了一個相框，威廉幫忙。忙了好一陣子。”他14歲時開始在全市到處考察。1909年7月間，萊特兄弟在阿靈頓的邁爾斯堡試圖創一項飛行紀錄。埃德加花了三天時間等著看這次飛行。他在7月30日寫道，“去了阿靈頓的邁爾斯堡。萊特兄弟去亞歷山大來回用了14.2分鐘，（我是）旁觀者中第一個同奧維爾握手的人。”當然，他還繼續著他對市內許多施工現場的考察。他在日記中寫道：“步行去新聯合會。所有的小路都走過了，但西區尚未開放。沒有鋪路面，不準行駛汽車，設了四個路障。參眾議院大廈即將竣工。”
埃德加閱讀當時的流行書籍，并在日記中提到過幾本。“白天在閱讀文學書籍”“翻閱讀雜志”，“讀了一點《朱達·伊斯卡里奧特的福音》，一本了不起的書”，“上午休息，下午讀《環形樓梯》。”同時，他還幫助母親在花園里干活，幫她貯存花園的產品。他喜歡記錄天氣的變化，有時他使用南方用語，不說“降雪”，而說“雪降在那里”。
埃德加很喜歡幫人從附近市場運送食品雜貨，因此得了一個“神行太保”的綽號，而且，還有小費可拿。他后來回憶道，“我開始掙錢了。我12歲時開始運送雜貨，那時市場還沒有雇人送貨。但我發現如果有人站在商店門外，手提重貨的顧客很樂意接受別人的幫忙，并且很感激地付給小費。我第一次幫別人時，便提著兩只箱子走了兩英里，因而得了10美分的小費。我發現干得越快，錢就掙得越多。所以，我經常跑去跑回。由于每天放學后跑到市場和每星期六從早7點至晚7點都等在東區市場外面，我平均每天可以掙到兩塊錢。當時這筆錢可以贖回一個國王了。”在他的日記里記載了很多朋友的名字，包括男孩和女孩，還記載著一些非正式拜訪和帶有20世紀風格的正式“看望”的事。每逢節日，他就給家人和朋友們寄出明信片。
隨著年齡的增長，埃德加對新聞越來越感興趣，特別是有關犯罪和災難的新聞。“據報，西西里死亡人數約為20萬，財產損失為十幾億美元。多爾頓小姐（我的八年級老師）預言，今天11時16分時在亞洲東部和沿海島嶼將有地震。”“人們被殺死在參議院大樓里。”“謀殺貝勒·埃爾默斯的兇手艾本博士被蘇格蘭巡官迪龍在蒙特羅斯附近抓獲。”他所記載的事情一定是引起了家人的注意，因為他們開始屢屢在信中提到一些重要案件。他母親寫道，“對艾倫斯的審判一定很有趣。我從報上看到已經在得梅因抓到了他們一伙中的最后一個。我想他們并不像報紙上描寫的那樣壞。”
埃德加遇事警覺，對他看到的和所做的事都研究一番它的重要性和利害。在關心并溺愛他的父母、哥哥姐姐的保護下，他很早就對自己的看法和能力深信不疑。他想當然地認為他的意見和言論對他和別人都同樣有趣。他重視客觀事實，而不是他本人情緒上的反應。他的簡短筆記有注意細節、一絲不茍的特點，而且能注重別人的意見。由于他依靠家里人而不是依靠朋友，并一直同長輩在一起，所以從小做事就像個大人。埃德加很小就學會了控制自己的情感，盡管他的家庭成員之間彼此感情很深。父母和兄長的關心愛護給了他自信和首創精神，但也使他擔心怎樣才不辜負他們對自己的極高期望——也是他自己的極高期望。
主日學校的虔誠教師
在20世紀初的華盛頓，加入教會是提高社會地位的一條重要途徑。雄心勃勃的年輕人可借加入教會以示他將獻身于崇高事業，也可在教徒聚會中謀取領導位置以提高社會地位。
除了學習之外，埃德加在青少年時期把很多注意力都放在教會上了。他的哥哥狄克活躍于許多教會組織中，這個年輕人希望成為牧師。他進了他哥哥的主日學校，聽他哥哥定期在市內教會的布道，并幫助他在哥倫比亞特區監獄及市內濱河區傳教。